ginsi - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

mafft - ໂຄງການຈັດຮຽງຫຼາຍອັນສໍາລັບລໍາດັບອາຊິດ amino ຫຼື nucleotide

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ຂີ້ຄ້ານ [ທາງເລືອກໃນການ] ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

ລິນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

ຈິນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

ອີນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

fftnsi ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

fftns ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

nns ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

ນູນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

mafft-profile ກຸ່ມ 1 ກຸ່ມ 2 [> output]

ການປ້ອນຂໍ້ມູນ, ກຸ່ມ 1 ແລະ ກຸ່ມ 2 ຕ້ອງຢູ່ໃນຮູບແບບ FASTA.

ລາຍລະອຽດ

MAFFT ເປັນໂຄງການການຈັດລໍາດັບຫຼາຍລໍາດັບສໍາລັບລະບົບປະຕິບັດການທີ່ຄ້າຍຄື unix. ມັນສະຫນອງ
ຂອບເຂດຂອງວິທີການຈັດລໍາດັບຫຼາຍ.

ຮັດກຸມ ວິທີການ:
· L-INS-i (ອາດຈະຖືກຕ້ອງທີ່ສຸດ; ແນະນຳສຳລັບ <200 ລຳດັບ; ການປັບປຸງຊ້ຳໆ
ວິທີການລວມຂໍ້ມູນການຈັດຮຽງຄູ່ທ້ອງຖິ່ນ):

ຂີ້ຄ້ານ --ຄູ່ທ້ອງຖິ່ນ --maxiterate 1000 ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

ລິນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

· G-INS-i (ເຫມາະສໍາລັບລໍາດັບຂອງຄວາມຍາວທີ່ຄ້າຍຄືກັນ; ແນະນໍາສໍາລັບ <200 ລໍາດັບ;
ວິ​ທີ​ການ​ປັບ​ປຸງ​ຄືນ​ໃຫມ່​ການ​ລວມ​ເອົາ​ຂໍ້​ມູນ​ການ​ຈັດ​ວາງ​ຄູ່​ຮ່ວມ​ມື​ທົ່ວ​ໂລກ​:

ຂີ້ຄ້ານ --globalpair --maxiterate 1000 ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

ຈິນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

· E-INS-i (ເຫມາະ​ສົມ​ສໍາ​ລັບ​ລໍາ​ດັບ​ທີ່​ມີ​ພາກ​ພື້ນ unalignable ຂະ​ຫນາດ​ໃຫຍ່​; ແນະ​ນໍາ​ໃຫ້​ສໍາ​ລັບ​ການ​
<200 ລຳດັບ):

ຂີ້ຄ້ານ --ep 0 --genafpair --maxiterate 1000 ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

ອີນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

ສໍາລັບ E-INS-i, ໄດ້ --ep 0 ທາງເລືອກແມ່ນແນະນໍາໃຫ້ອະນຸຍາດໃຫ້ຊ່ອງຫວ່າງຂະຫນາດໃຫຍ່.

ຮັດກຸມ ວິທີການ:
· FFT-NS-i (ວິທີການປັບປຸງຊໍ້າຄືນ; ສອງຮອບເທົ່ານັ້ນ):

ຂີ້ຄ້ານ --retree 2 --maxiterate 2 ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

fftnsi ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

· FFT-NS-i (ວິທີການປັບປຸງຊໍ້າຄືນ; ສູງສຸດ 1000 ຊ້ຳ):

ຂີ້ຄ້ານ --retree 2 --maxiterate 1000 ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

· FFT-NS-2 (ໄວ; ວິທີການກ້າວຫນ້າ):

ຂີ້ຄ້ານ --retree 2 --maxiterate 0 ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

fftns ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

· FFT-NS-1 (ໄວຫຼາຍ; ແນະນໍາສໍາລັບ > 2000 ລໍາດັບ; ວິທີການກ້າວຫນ້າທີ່ມີຫຍາບຄາຍ.
ຕົ້ນ​ໄມ້​ນໍາ​ພາ​)​:

ຂີ້ຄ້ານ --retree 1 --maxiterate 0 ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

· NW-NS-i (ວິທີການປັບປຸງຊໍ້າຄືນໂດຍບໍ່ມີການປະມານ FFT; ສອງຮອບເທົ່ານັ້ນ):

ຂີ້ຄ້ານ --retree 2 --maxiterate 2 --nofft ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

ນູນຊີ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

· NW-NS-2 (ໄວ; ວິທີການກ້າວຫນ້າໂດຍບໍ່ມີການປະມານ FFT):

ຂີ້ຄ້ານ --retree 2 --maxiterate 0 --nofft ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

nns ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

· NW-NS-PartTree-1 (ແນະນໍາສໍາລັບ ~10,000 ຫາ ~50,000 ລໍາດັບ; ວິທີການກ້າວຫນ້າ
ດ້ວຍ PartTree algorithm):

ຂີ້ຄ້ານ --retree 1 --maxiterate 0 --nofft --ຕົ້ນໄມ້ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ [> output]

ກຸ່ມຕໍ່ກຸ່ມ ການຈັດວາງ

mafft-profile ກຸ່ມ 1 ກຸ່ມ 2 [> output]

ຫລື:

ຂີ້ຄ້ານ --maxiterate 1000 -- ແກ່ນ ກຸ່ມ 1 -- ແກ່ນ ກຸ່ມ 2 /dev/null [> output]

OPTIONS

ລະບົບວິເຄາະ
--ອັດຕະໂນມັດ
ເລືອກຍຸດທະສາດທີ່ເໝາະສົມໂດຍອັດຕະໂນມັດຈາກ L-INS-i, FFT-NS-i ແລະ FFT-NS-2,
ອີງຕາມຂະຫນາດຂໍ້ມູນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (ສະເໝີ FFT-NS-2)

--6 ຄູ່
ໄລຍະທາງແມ່ນຄິດໄລ່ໂດຍອີງໃສ່ຈໍານວນຂອງ 6mers ແບ່ງປັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ເປີດ

--globalpair
ການຈັດຮຽງຄູ່ທັງໝົດແມ່ນຄຳນວນດ້ວຍ Needleman-Wunsch algorithm. ເພີ່ມເຕີມ
ຖືກຕ້ອງແຕ່ຊ້າກວ່າ --6merpair. ເຫມາະສໍາລັບຊຸດຂອງການຈັດລໍາດັບທົ່ວໂລກ
ລໍາດັບ. ນຳໃຊ້ໄດ້ເຖິງ ~200 ລຳດັບ. ການປະສົມປະສານກັບ --maxiterate 1000
ແມ່ນແນະນໍາ (G-INS-i). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (6mer ໄລຍະຫ່າງແມ່ນໃຊ້)

--ຄູ່ທ້ອງຖິ່ນ
ການຈັດຮຽງຄູ່ທັງໝົດແມ່ນຄຳນວນດ້ວຍວິທີ Smith-Waterman. ຖືກຕ້ອງກວ່າ
ແຕ່ຊ້າກວ່າ --6merpair. ເຫມາະສໍາລັບຊຸດຂອງລໍາດັບການຈັດລໍາດັບທ້ອງຖິ່ນ.
ນຳໃຊ້ໄດ້ເຖິງ ~200 ລຳດັບ. ການປະສົມປະສານກັບ --maxiterate 1000 ແມ່ນ
ແນະນໍາ (L-INS-i). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (6mer ໄລຍະຫ່າງແມ່ນໃຊ້)

--genafpair
ການຈັດຮຽງຄູ່ທັງໝົດແມ່ນຖືກຄຳນວນດ້ວຍສູດການຄິດໄລ່ທ້ອງຖິ່ນກັບຕົວແບບທົ່ວໄປ
ຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຊ່ອງຫວ່າງ affine (Altschul 1998). ຖືກຕ້ອງກວ່າແຕ່ຊ້າກວ່າ --6merpair. ເຫມາະສົມ
ໃນເວລາທີ່ມີຊ່ອງຫວ່າງພາຍໃນຂະຫນາດໃຫຍ່ຄາດວ່າຈະ. ນຳໃຊ້ໄດ້ເຖິງ ~200 ລຳດັບ. ກ
ການປະສົມປະສານກັບ --maxiterate 1000 ແມ່ນແນະນໍາ (E-INS-i). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (6mer
ໄລຍະຫ່າງແມ່ນໃຊ້)

--fastapair
ການຈັດຮຽງຄູ່ທັງໝົດແມ່ນຄຳນວນດ້ວຍ FASTA (Pearson and Lipman 1988). FASTA ແມ່ນ
ຕ້ອງການ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (6mer ໄລຍະຫ່າງແມ່ນໃຊ້)

--ນ້ຳໜັກ ຈໍານວນ
ປັດ​ໄຈ​ນ​້​ໍາ​ຫນັກ​ສໍາ​ລັບ​ໄລ​ຍະ​ຄວາມ​ສອດ​ຄ່ອງ​ຄໍາ​ນວນ​ຈາກ​ການ​ຈັດ​ວາງ​ຄູ່​. ຖືກຕ້ອງ
ເມື່ອບໍ່ວ່າຈະເປັນ --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair ຫຼື --blastpair ແມ່ນ
ເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 2.7

--retree ຈໍານວນ
ຕົ້ນໄມ້ຄູ່ມືແມ່ນຖືກສ້າງຂຶ້ນ ຈໍານວນ ເວລາຢູ່ໃນຂັ້ນຕອນທີ່ກ້າວຫນ້າ. ໃຊ້ໄດ້ກັບໄລຍະທາງ 6mer.
ໃນຕອນຕົ້ນ: 2

--maxiterate ຈໍານວນ
ຈໍານວນ ຮອບວຽນຂອງການປັບປຸງຊໍ້າຄືນໄດ້ຖືກປະຕິບັດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0

--fft
ໃຊ້ການປະມານ FFT ໃນການຈັດຮຽງກຸ່ມຫາກຸ່ມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ເປີດ

--nofft
ຢ່າໃຊ້ການປະມານ FFT ໃນການຈັດຮຽງກຸ່ມຫາກຸ່ມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

-- noscore
ຄະແນນການຈັດຮຽງບໍ່ໄດ້ຖືກກວດສອບໃນຂັ້ນຕອນການປັບປ່ຽນແບບຊ້ຳໆ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (ຄະແນນ
ຖືກ​ກວດ​ສອບ​)

--ບັນທຶກ
ໃຊ້ລະບົບ Myers-Miller (1988) algorithm. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ເປີດອັດຕະໂນມັດເມື່ອ
ຄວາມຍາວການຈັດວາງເກີນ 10,000 (aa/nt).

--ຕົ້ນໄມ້
ໃຊ້ວິທີການກໍ່ສ້າງຕົ້ນໄມ້ໄວ (PartTree, Katoh ແລະ Toh 2007) ດ້ວຍໄລຍະຫ່າງ 6mer.
ແນະ​ນໍາ​ໃຫ້​ສໍາ​ລັບ​ຈໍາ​ນວນ​ຂະ​ຫນາດ​ໃຫຍ່ (> ~ 10,000​) ຂອງ​ລໍາ​ດັບ​ແມ່ນ​ການ​ປ້ອນ​ຂໍ້​ມູນ​. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

--dpparttree
ສູດການຄິດໄລ່ PartTree ຖືກນໍາໃຊ້ກັບໄລຍະຫ່າງໂດຍອີງໃສ່ DP. ເລັກນ້ອຍທີ່ຖືກຕ້ອງແລະ
ຊ້າກວ່າ --parttree. ແນະ​ນໍາ​ໃຫ້​ສໍາ​ລັບ​ຈໍາ​ນວນ​ຂະ​ຫນາດ​ໃຫຍ່ (> ~ 10,000​) ຂອງ​ລໍາ​ດັບ​ແມ່ນ​
ວັດສະດຸປ້ອນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

--fastaparttree
ສູດການຄິດໄລ່ PartTree ຖືກນໍາໃຊ້ກັບໄລຍະຫ່າງໂດຍອີງໃສ່ FASTA. ຖືກຕ້ອງກວ່າເລັກນ້ອຍ
ແລະຊ້າກວ່າ --parttree. ແນະ​ນໍາ​ໃຫ້​ສໍາ​ລັບ​ຈໍາ​ນວນ​ຂະ​ຫນາດ​ໃຫຍ່ (> ~ 10,000​) ຂອງ​ລໍາ​ດັບ​
ແມ່ນການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ຕ້ອງການ FASTA. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

--ສ່ວນ ຈໍານວນ
ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ການ​ແບ່ງ​ປັນ​ໃນ PartTree algorithm​. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50

--ກຸ່ມ ຈໍານວນ
ຢ່າເຮັດໃຫ້ການຈັດລໍາດັບໃຫຍ່ກວ່າ ຈໍານວນ ລໍາດັບ. ໃຊ້ໄດ້ກັບ --* parttree ເທົ່ານັ້ນ
ທາງເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ຈຳນວນຂອງລຳດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ

ພາລາມິເຕີ
--op ຈໍານວນ
ການລົງໂທດເປີດຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ທີ່ການຈັດກຸ່ມຕໍ່ກຸ່ມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1.53

--ep ຈໍານວນ
ຄ່າຊົດເຊີຍ, ເຊິ່ງເຮັດວຽກຄືກັບການລົງໂທດການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ, ສໍາລັບການຈັດຮຽງກຸ່ມຫາກຸ່ມ.
ໃນຕອນຕົ້ນ: 0.123

--lop ຈໍານວນ
ຊ່ອງຫວ່າງເປີດຈຸດໂທດຢູ່ທີ່ການຈັດຄູ່ທ້ອງຖິ່ນ. ຖືກຕ້ອງໃນເວລາທີ່ --localpair ຫຼື
--genafpair ທາງເລືອກແມ່ນເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: -2.00

--lep ຈໍານວນ
ຄ່າຊົດເຊີຍຢູ່ທີ່ການຈັດຮຽງຄູ່ທ້ອງຖິ່ນ. ຖືກຕ້ອງເມື່ອ --localpair ຫຼື --genafpair
ທາງ​ເລືອກ​ຖືກ​ຄັດ​ເລືອກ​. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.1

--lexp ຈໍານວນ
ການລົງໂທດການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ທີ່ການຈັດຮຽງຄູ່ທ້ອງຖິ່ນ. ຖືກຕ້ອງໃນເວລາທີ່ --localpair ຫຼື
--genafpair ທາງເລືອກແມ່ນເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: -0.1

--LOP ຈໍານວນ
ຊ່ອງຫວ່າງການລົງໂທດເພື່ອຂ້າມການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. ຖືກຕ້ອງເມື່ອຕົວເລືອກ --genafpair ແມ່ນ
ເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: -6.00

--LEXP ຈໍານວນ
ການລົງໂທດການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງເພື່ອຂ້າມການຈັດຮຽງ. ຖືກຕ້ອງເມື່ອຕົວເລືອກ --genafpair ແມ່ນ
ເລືອກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.00

--bl ຈໍານວນ
ດອກໄມ້ ຈໍານວນ matrix (Henikoff ແລະ Henikoff 1992) ຖືກນໍາໃຊ້. ຈໍານວນ= 30, 45, 62 ຫຼື 80.
ໃນຕອນຕົ້ນ: 62

--jtt ຈໍານວນ
JTT PAM ຈໍານວນ (Jones et al. 1992) matrix ຖືກນໍາໃຊ້. ຈໍານວນ>0. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: BLOSUM62

--tm ຈໍານວນ
Transmembrane PAM ຈໍານວນ (Jones et al. 1994) matrix ຖືກນໍາໃຊ້. ຈໍານວນ>0. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
BLOUM62

--aamatrix matrixfile
ໃຊ້ເມທຣິກຄະແນນ AA ທີ່ກຳນົດໂດຍຜູ້ໃຊ້. ຮູບແບບຂອງ matrixfile ແມ່ນຄືກັນກັບຂອງ
ລະເບີດ. ບໍ່ສົນໃຈເມື່ອລໍາດັບ nucleotide ຖືກປ້ອນເຂົ້າ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: BLOSUM62

--fmodel
ລວມເອົາຂໍ້ມູນອົງປະກອບຂອງ AA/nuc ເຂົ້າໃນຕາຕະລາງຄະແນນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

ຜົນຜະລິດ
--clustalout
ຮູບແບບຜົນຜະລິດ: ຮູບແບບກຸ່ມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (ຮູບແບບ Fasta)

--ການປ້ອນຂໍ້ມູນ
ຄໍາສັ່ງອອກ: ຄືກັນກັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ເປີດ

--ສັ່ງໃໝ່
ລຳດັບຜົນຜະລິດ: ຈັດຮຽງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ (ຄໍາສັ່ງປ້ອນຂໍ້ມູນ)

--treeout
ຕົ້ນໄມ້ຄູ່ມືແມ່ນຜົນຜະລິດໃຫ້ກັບ ການປ້ອນຂໍ້ມູນໄຟລ໌ .tree. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

--ງຽບ
ບໍ່ໄດ້ລາຍງານຄວາມຄືບຫນ້າ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ

ການປ້ອນຂໍ້ມູນ
-- nuc
ສົມມຸດວ່າລໍາດັບແມ່ນ nucleotide. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ອັດຕະໂນມັດ

--ອາ​ມີ​ໂນ
ສົມມຸດວ່າລໍາດັບແມ່ນອາຊິດ amino. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ອັດຕະໂນມັດ

-- ແກ່ນ ການຈັດວາງ1 [-- ແກ່ນ ການຈັດວາງ2 -- ແກ່ນ ການຈັດວາງ3 ... ]
ການຈັດລຽງເມັດພັນໃຫ້ຢູ່ໃນ alignment_n (ຮູບແບບ fastta) ແມ່ນສອດຄ່ອງກັບລໍາດັບໃນ
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ການສອດຄ່ອງພາຍໃນທຸກໆເມັດແມ່ນຖືກຮັກສາໄວ້.

ໃຊ້ ginsi ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net