gmod_gff3_preprocessor.plp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

$0 - ກະກຽມໄຟລ໌ GFF3 ສໍາລັບການໂຫຼດຈໍານວນຫລາຍເຂົ້າໄປໃນຖານຂໍ້ມູນ chado.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

%gmod_gff_preprocessor [ຕົວເລືອກ] --gfffile

ຄໍາສັ່ງ-ເສັ້ນ OPTIONS

--gfffile ໄຟລ໌ທີ່ມີ GFF3 (ທາງເລືອກ, ສາມາດອ່ານໄດ້
ຈາກ stdin)
--outfile ຊື່ kernel ທີ່ຈະຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການຕັ້ງຊື່ໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບ
--splitfile ແບ່ງໄຟລ໌ອອກເປັນຕ່ອນທີ່ສາມາດຈັດການໄດ້ຫຼາຍຂຶ້ນ, ສະໜອງ
ການໂຕ້ຖຽງເພື່ອຄວບຄຸມການແບ່ງປັນ
--onlysplit ແຍກ​ໄຟລ​໌​ແລະ​ຈາກ​ນັ້ນ​ອອກ (ເຊັ່ນ​: ບໍ່​ຄັດ​ເລືອກ​)
--nosplit ຢ່າແບ່ງໄຟລ໌ (ເຊັ່ນ: ຄັດແຍກເທົ່ານັ້ນ)
--hasrefseq ຕັ້ງຄ່ານີ້ຖ້າໄຟລ໌ມີແຖວລໍາດັບອ້າງອີງ
(ຕ້ອງການພຽງແຕ່ຖ້າບໍ່ແຍກໄຟລ໌)
--dbprofile ລະບຸຊື່ໂປຣໄຟລ໌ gmod.conf (ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນໃຊ້ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
--inheritance_tiers ທ່ານຄາດຫວັງວ່າການສືບທອດຫຼາຍລະດັບເທົ່າໃດ
ມີ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 3)

ລາຍລະອຽດ

splitfile -- ພຽງແຕ່ຕັ້ງທຸງນີ້ເປັນ 1 ຈະເຮັດໃຫ້ໄຟລ໌ຖືກແຍກໂດຍການອ້າງອີງ
ລຳດັບ. ຖ້າທ່ານສະຫນອງການໂຕ້ຖຽງທາງເລືອກ, ມັນຈະຖືກແບ່ງປັນຕື່ມອີກຕາມ
ກົດ​ລະ​ບຽບ​ເຫຼົ່າ​ນີ້​:

source=1 ແຍກໄຟລ໌ຕາມຄ່າໃນຖັນແຫຼ່ງ
source=a,b,c ວາງສາຍທີ່ມີແຫຼ່ງທີ່ກົງກັນ (ຜ່ານການສະແດງຜົນປົກກະຕິ)
'a', 'b', ຫຼື 'c' ໃນໄຟລ໌ແຍກຕ່າງຫາກ
type=a,b,c ວາງສາຍທີ່ມີປະເພດທີ່ກົງກັບ 'a', 'b', ຫຼື 'c' ໃນ
ໄຟລ໌ແຍກຕ່າງຫາກ

ຕົວຢ່າງ, ຖ້າທ່ານຕ້ອງການໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບການວິເຄາະທັງຫມົດຂອງທ່ານເຂົ້າໄປໃນໄຟລ໌ແຍກຕ່າງຫາກ, ທ່ານ
ສາມາດຊີ້ບອກ '--splitfile type=match', ແລະ cDNA_match ທັງໝົດ, EST_match ແລະ
ລັກສະນະ cross_genome_match ຈະເຂົ້າໄປໃນໄຟລ໌ແຍກຕ່າງຫາກ (ແຍກຕາມລໍາດັບອ້າງອີງ).

inheritence_tiers -- ຈໍານວນລະດັບການສືບທອດໄຟລ໌ນີ້ມີ. ຕົວຢ່າງ, ຖ້າ
ໄຟລ໌ມີ genes "dogma ກາງ" ຢູ່ໃນມັນ (gene/mRNA/ exon, polypeptide), ຫຼັງຈາກນັ້ນມັນມີ 3. Up.
ເຖິງ 4 ແມ່ນສະຫນັບສະຫນູນແຕ່ຈໍານວນທີ່ສູງກວ່າ, ມັນປະຕິບັດໄດ້ຊ້າຫຼາຍ. ຖ້າເຈົ້າບໍ່
ຮູ້, 3 ເປັນການຄາດເດົາທີ່ສົມເຫດສົມຜົນ.

FASTA ລໍາດັບ
ຖ້າໄຟລ໌ GFF3 ມີລໍາດັບ FASTA ໃນຕອນທ້າຍ, ລໍາດັບຈະຖືກຈັດໃສ່ໃນ a
ໄຟລ໌ແຍກຕ່າງຫາກທີ່ມີນາມສະກຸນ '.fasta'. ໄຟລ໌ fasta ນີ້ສາມາດຖືກໂຫລດແຍກຕ່າງຫາກຫຼັງຈາກ
ການ​ແບ່ງ​ປັນ​ແລະ / ຫຼື​ການ​ຄັດ​ເລືອກ​ໄຟລ​໌ GFF3 ຖືກ​ໂຫຼດ​, ໂດຍ​ນໍາ​ໃຊ້​ຄໍາ​ສັ່ງ​:

gmod_bulk_load_gff3.pl -g

ໃຊ້ gmod_gff3_preprocessor.plp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ການບໍລິການ onworks.net