ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-convert-tpr ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-convert-tpr - ສ້າງໄຟລ໌ run-input ທີ່ຖືກດັດແປງ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx convert-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [- ຂະຫຍາຍ ]
[- ຈົນກ່ວາ ] [-nsteps ] [ເວລາ ]
[-[ບໍ່]ສູນ] [-[ບໍ່]vel] [-[ບໍ່]ຕໍ່]
[-init_fep_state ]
ລາຍລະອຽດ
gmx convert-tpr ສາມາດແກ້ໄຂການແລ່ນໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນໃນສີ່ວິທີ.
1. ໂດຍການດັດແກ້ຈໍານວນຂັ້ນຕອນໃນໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແລ່ນດ້ວຍທາງເລືອກ - ຂະຫຍາຍ, - ຈົນກ່ວາ or
-nsteps (nsteps=-1 ຫມາຍຄວາມວ່າຈໍານວນບໍ່ຈໍາກັດຂອງຂັ້ນຕອນ)
2. (ຍົກເລີກແລ້ວ) ໂດຍການສ້າງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນການແລ່ນສຳລັບການແລ່ນຕໍ່ເນື່ອງເມື່ອການຈຳລອງຂອງທ່ານມີ
crashed ເນື່ອງຈາກຕົວຢ່າງເປັນແຜ່ນເຕັມ, ຫຼືໂດຍການເຮັດໃຫ້ການສືບຕໍ່ແລ່ນໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ. ທາງເລືອກນີ້
ລ້າສະໄຫມ, ນັບຕັ້ງແຕ່ mdrun ຕອນນີ້ຂຽນແລະອ່ານໄຟລ໌ດ່ານ. ຫມາຍເຫດ ວ່າກອບທີ່ມີ
ພິກັດແລະຄວາມໄວແມ່ນຈໍາເປັນ. ໃນເວລາທີ່ຄວາມກົດດັນແລະ / ຫຼືອຸນຫະພູມ Nose-Hoover
coupling ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ໄຟລ໌ພະລັງງານສາມາດໄດ້ຮັບການສະຫນອງເພື່ອໃຫ້ໄດ້ຮັບການສືບຕໍ່ທີ່ແນ່ນອນຂອງ
ແລ່ນຕົ້ນສະບັບ.
3. ໂດຍການສ້າງໄຟລ໌ .tpx ສໍາລັບຊຸດຍ່ອຍຂອງໄຟລ໌ tpx ຕົ້ນສະບັບຂອງທ່ານ, ເຊິ່ງເປັນປະໂຫຍດໃນເວລາທີ່
ທ່ານຕ້ອງການທີ່ຈະເອົາ solvent ຈາກໄຟລ໌ .tpx ຂອງທ່ານ, ຫຼືໃນເວລາທີ່ທ່ານຕ້ອງການທີ່ຈະເຮັດໃຫ້ eg ເປັນບໍລິສຸດ
ໄຟລ໌ Calpha .tpx. ໃຫ້ສັງເກດວ່າທ່ານອາດຈະຕ້ອງໃຊ້ -nsteps -1 (ຫຼືຄ້າຍຄືກັນ) ເພື່ອໃຫ້ໄດ້ຮັບອັນນີ້
ເຮັດວຽກ. ຄໍາເຕືອນ: ນີ້ .tpx ເອກະສານ is ບໍ່ ຢ່າງເຕັມສ່ວນ ມີປະໂຫຍດ.
4. ໂດຍກໍານົດຄ່າບໍລິການຂອງກຸ່ມທີ່ກໍານົດເປັນສູນ. ນີ້ແມ່ນເປັນປະໂຫຍດໃນເວລາທີ່ເຮັດຟຣີ
ການຄາດຄະເນພະລັງງານໂດຍນໍາໃຊ້ວິທີການ LIE (Linear Interaction Energy).
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ
-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເສັ້ນທາງຄວາມແມ່ນຍໍາເຕັມ: tr cpt tng
-e [<.edr>] (ener.edr) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ພະລັງງານ
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ
ທາງເລືອກອື່ນ:
- ຂະຫຍາຍ (0)
ຂະຫຍາຍເວລາແລ່ນດ້ວຍຈຳນວນນີ້ (ps)
- ຈົນກ່ວາ (0)
ຂະຫຍາຍເວລາແລ່ນໄປຈົນຮອດເວລາສິ້ນສຸດນີ້ (ps)
-nsteps (0)
ປ່ຽນແປງຈໍານວນຂັ້ນຕອນ
ເວລາ (-1)
ສືບຕໍ່ຈາກກອບໃນເວລານີ້ (ps) ແທນທີ່ຈະເປັນກອບສຸດທ້າຍ
-[ບໍ່]ສູນ (ບໍ່ມີ)
ກໍານົດຄ່າບໍລິການຂອງກຸ່ມ (ຈາກດັດຊະນີ) ເປັນສູນ
-[ບໍ່]vel (ແມ່ນແລ້ວ)
ຕ້ອງການຄວາມໄວຈາກ trajectory
-[ບໍ່]ຕໍ່ (ແມ່ນແລ້ວ)
ສໍາລັບການສືບຕໍ່ທີ່ແນ່ນອນ, ຂໍ້ຈໍາກັດບໍ່ຄວນຖືກນໍາໃຊ້ກ່ອນຂັ້ນຕອນທໍາອິດ
-init_fep_state (0)
ສະຖານະ fep ເພື່ອເລີ່ມຕົ້ນຈາກ
ໃຊ້ gmx-convert-tpr ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
