gmx-covar - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmx-covar - ຄິດໄລ່ ແລະ diagonalize matrix covariance

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-ຂອງ [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [- ເຈົ້າ ] [-xvg ] [-[ບໍ່]ເຫມາະ]
[-[ບໍ່]ອ້າງອີງ] [-[ບໍ່]mwa] [- ສຸດທ້າຍ ] [-[ບໍ່]pbc]

ລາຍລະອຽດ

gmx ໂຄວາ ຄິດໄລ່ ແລະ diagonalizes (mass-weighted) matrix covariance. ທັງໝົດ
ໂຄງສ້າງແມ່ນເຫມາະສົມກັບໂຄງສ້າງໃນໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ. ໃນເວລາທີ່ນີ້ບໍ່ແມ່ນການແລ່ນ
ການປ້ອນຂໍ້ມູນແຕ່ລະໄລຍະຈະບໍ່ຖືກພິຈາລະນາ. ໃນເວລາທີ່ເຫມາະແລະກຸ່ມການວິເຄາະ
ແມ່ນຄືກັນແລະການວິເຄາະແມ່ນບໍ່ມີມະຫາຊົນ, ນ້ໍາ, ເຫມາະຍັງຈະບໍ່
ມະຫາຊົນ.

eigenvectors ຖືກຂຽນໃສ່ໄຟລ໌ trajectory (-v). ໃນເວລາທີ່ປະລໍາມະນູດຽວກັນຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບ
ການ​ປັບ​ແຕ່ງ​ແລະ​ການ​ວິ​ເຄາະ​ຄວາມ​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​, ໂຄງ​ປະ​ກອບ​ການ​ກະ​ສານ​ອ້າງ​ອີງ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ເຫມາະ​ແມ່ນ​ຂຽນ​ທໍາ​ອິດ​
ດ້ວຍ t=-1. ສະເລ່ຍ (ຫຼືອ້າງອີງເມື່ອ -ref ຖືກນໍາໃຊ້) ໂຄງສ້າງແມ່ນຂຽນດ້ວຍ t = 0,
eigenvectors ຖືກຂຽນເປັນກອບທີ່ມີຕົວເລກ eigenvector ເປັນເວລາ.

eigenvectors ສາມາດຖືກວິເຄາະດ້ວຍ gmx ອະເນກ.

ທາງເລືອກ -ascii ຂຽນ matrix sibariance ທັງໝົດໃສ່ໄຟລ໌ ASCII. ຄໍາສັ່ງຂອງ
ອົງປະກອບແມ່ນ: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

ທາງເລືອກ -xpm ຂຽນ matrix covariance ທັງຫມົດເປັນ .xpm ຍື່ນ.

ທາງເລືອກ -xpma ຂຽນມາຕຣິກເບື້ອງຂອງຄວາມແປປວນປະລໍາມະນູເປັນ .xpm ໄຟລ໌, ie ສໍາລັບແຕ່ລະຄູ່ອະຕອມ
ຜົນລວມຂອງຄວາມແປປວນ xx, yy ແລະ zz ແມ່ນຂຽນ.

ໃຫ້ສັງເກດວ່າເສັ້ນຂວາງຂອງ matrix ຕ້ອງການຄວາມຊົງຈໍາແລະເວລາທີ່ຈະເພີ່ມຂຶ້ນຢູ່ທີ່
ຢ່າງນ້ອຍໄວເທົ່າທີ່ຈະສີ່ຫຼ່ຽມຂອງຈໍານວນປະລໍາມະນູທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ. ມັນງ່າຍທີ່ຈະແລ່ນອອກຈາກ
ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ, ໃນກໍລະນີດັ່ງກ່າວນີ້, ເຄື່ອງມືນີ້ອາດຈະອອກຈາກ 'Segmentation fault'. ເຈົ້າ​ຄວນ
ພິຈາລະນາຢ່າງລະອຽດວ່າຊຸດປະລໍາມະນູທີ່ຫຼຸດລົງຈະຕອບສະຫນອງຄວາມຕ້ອງການຂອງເຈົ້າສໍາລັບຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຕ່ໍາ.

OPTIONS

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ໂຄງສ້າງ+ມະຫາຊົນ(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
ເສັ້ນທາງຄວາມແມ່ນຍໍາເຕັມ: tr cpt tng

-ຂອງ [<.gro/.g96/...>] (ສະເລ່ຍ.pdb)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp

-l [<.log>] (covar.log)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-ascii [<.dat>] (covar.dat) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທົ່ວໄປ

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (ຖ້າຕ້ອງການ)
X PixMap ໄຟລ໌ matrix ເຂົ້າກັນໄດ້

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (ຖ້າຕ້ອງການ)
X PixMap ໄຟລ໌ matrix ເຂົ້າກັນໄດ້

ທາງເລືອກອື່ນ:

-b (0​)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory

-e (0​)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory

-dt (0​)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)

- ເຈົ້າ (ps)
ຫົວໜ່ວຍສໍາລັບຄ່າເວລາ: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ

-[ບໍ່]ເຫມາະ (ແມ່ນແລ້ວ)
ພໍດີກັບໂຄງສ້າງອ້າງອີງ

-[ບໍ່]ອ້າງອີງ (ບໍ່ມີ)
ໃຊ້ deviation ຈາກ conformation ໃນໄຟລ໌ໂຄງສ້າງແທນທີ່ຈະຈາກ
ໂດຍສະເລ່ຍ

-[ບໍ່]mwa (ບໍ່ມີ)
ການວິເຄາະຄວາມຜັນຜວນຂອງມະຫາຊົນ

- ສຸດທ້າຍ (-1)
eigenvector ສຸດທ້າຍທີ່ຈະຂຽນທັນທີ (-1 ແມ່ນຈົນກ່ວາສຸດທ້າຍ)

-[ບໍ່]pbc (ແມ່ນແລ້ວ)
ນຳໃຊ້ການແກ້ໄຂສຳລັບເງື່ອນໄຂເຂດແດນແຕ່ລະໄລຍະ

ໃຊ້ gmx-covar ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net