gmx-helix - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmx-helix - ຄິດໄລ່ຄຸນສົມບັດພື້ນຖານຂອງ alpha helices

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmx helix [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ບໍ່]ວ] [-r0 ] [-[ບໍ່] q] [-[ບໍ່]F]
[-[ບໍ່]db] [-[ບໍ່]ev] [-ahxstart ] [- ອາເຊນ ]

ລາຍລະອຽດ

gmx helix ຄິດໄລ່ຄຸນສົມບັດ helix ທຸກປະເພດ. ທໍາອິດ, peptide ໄດ້ຖືກກວດກາເພື່ອຊອກຫາ
ສ່ວນ helical ທີ່ຍາວທີ່ສຸດ, ຕາມການກໍານົດໂດຍພັນທະບັດ hydrogen ແລະມຸມ phi/psi. ນ້ອຍນັ້ນແມ່ນ
ເຫມາະກັບ helix ທີ່ເຫມາະສົມປະມານ z- ແກນ ແລະຕັ້ງສູນກາງປະມານຕົ້ນກໍາເນີດ. ຫຼັງ​ຈາກ​ນັ້ນ​
ຄຸນ​ສົມ​ບັດ​ດັ່ງ​ຕໍ່​ໄປ​ນີ້​ແມ່ນ​ຄໍາ​ນວນ​:

· ລັດສະໝີ Helix (ໄຟລ໌ radius.xvg). ນີ້ແມ່ນພຽງແຕ່ການບິດເບືອນ RMS ໃນສອງມິຕິ
ສໍາລັບປະລໍາມະນູ Calpha ທັງຫມົດ. ມັນຖືກຄິດໄລ່ເປັນ sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i))))/N) ບ່ອນທີ່ N ແມ່ນ
ຈໍານວນຂອງອະຕອມກະດູກສັນຫຼັງ. ສໍາລັບ helix ທີ່ເຫມາະສົມ radius ແມ່ນ 0.23 nm.

·ບິດ (ໄຟລ໌ twist.xvg). ມຸມ helical ສະເລ່ຍຕໍ່ residue ແມ່ນຄິດໄລ່. ສໍາລັບການ
alpha-helix ມັນແມ່ນ 100 ອົງສາ, ສໍາລັບ 3-10 helices ມັນຈະນ້ອຍລົງ, ແລະສໍາລັບ 5-helices.
ມັນຈະມີຂະຫນາດໃຫຍ່ກວ່າ.

· ເພີ່ມ​ຂຶ້ນ​ຕໍ່​ສານ​ຕົກ​ຄ້າງ (file rise.xvg). ການເພີ່ມຂຶ້ນຂອງ helical ຕໍ່ residue ແມ່ນ plotted ເປັນ
ຄວາມແຕກຕ່າງໃນ z- ປະ​ສານ​ງານ​ລະ​ຫວ່າງ​ປະ​ລໍາ​ມະ​ນູ Calpha​. ສໍາລັບ helix ທີ່ເຫມາະສົມ, ນີ້ແມ່ນ 0.15 nm.

· ຄວາມຍາວທັງໝົດ helix (ໄຟລ໌ len-ahx.xvg). ຄວາມຍາວທັງໝົດຂອງ helix ໃນ nm. ນີ້​ແມ່ນ
ພຽງແຕ່ການເພີ່ມຂຶ້ນຂອງສະເລ່ຍ (ເບິ່ງຂ້າງເທິງ) ເທົ່າຂອງຈໍານວນຂອງ residues helical (ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້).

· Helix dipole, ກະດູກສັນຫຼັງເທົ່ານັ້ນ (ໄຟລ໌ dip-ahx.xvg).

· RMS deviation ຈາກ helix ທີ່ເຫມາະສົມ, ຄິດໄລ່ສໍາລັບປະລໍາມະນູ Calpha ເທົ່ານັ້ນ (ໄຟລ໌
rms-ahx.xvg).

· Calpha ສະເລ່ຍ - Calpha dihedral angle (ໄຟລ໌ phi-ahx.xvg).

· ມຸມ phi ແລະ psi ສະເລ່ຍ (ໄຟລ໌ phipsi.xvg).

· Ellipticity ຢູ່ 222 nm ອີງຕາມ Hirst ແລະ Brooks.

OPTIONS

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ

-n [<.ndx>] (index.ndx)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:

-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp

ທາງເລືອກອື່ນ:

-b (0​)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory

-e (0​)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory

-dt (0​)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)

-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ

-r0 (1​)
ຈໍານວນ residue ທໍາອິດໃນລໍາດັບ

-[ບໍ່] q (ບໍ່ມີ)
ກວດເບິ່ງທຸກຂັ້ນຕອນວ່າສ່ວນໃດຂອງລຳດັບເປັນຮູບທໍ່ກົມ

-[ບໍ່]F (ແມ່ນແລ້ວ)
ສະຫຼັບໃຫ້ພໍດີກັບ helix ທີ່ສົມບູນແບບ

-[ບໍ່]db (ບໍ່ມີ)
ພິມຂໍ້ມູນ debug

-[ບໍ່]ev (ບໍ່ມີ)
ຂຽນໄຟລ໌ 'trajectory' ໃຫມ່ສໍາລັບ ED

-ahxstart (0​)
ທໍາອິດທີ່ຕົກຄ້າງຢູ່ໃນ helix

- ອາເຊນ (0​)
ຕົກຄ້າງສຸດທ້າຍໃນ helix

ໃຊ້ gmx-helix ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net