ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-insert-molecules ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-insert-molecules - ໃສ່ໂມເລກຸນເຂົ້າໄປໃນບ່ອນຫວ່າງທີ່ມີຢູ່
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx insert-molecules [-f [<.gro/.g96/...>]] [- ນີ້ [<.gro/.g96/...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-ກ່ອງ ]
[-nmol ] [- ພະຍາຍາມ ] [- ແກ່ນ ]
[-ລັດເຊຍ ] [- ຂະຫນາດ ] [- ດຣ ]
[- ເນົ່າເປື່ອຍ ]
ລາຍລະອຽດ
gmx ໂມເລກຸນແຊກ inserts -nmol ສຳເນົາຂອງລະບົບທີ່ລະບຸໄວ້ໃນ - ນີ້ ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ.
insertions ໃຊ້ເວລາສະຖານທີ່ບໍ່ວ່າຈະເຂົ້າໄປໃນຊ່ອງຫວ່າງໃນການສອດຄ່ອງ solute ມອບໃຫ້
-f, ຫຼືເຂົ້າໄປໃນກ່ອງເປົ່າໃຫ້ໂດຍ -ກ່ອງ. ລະບຸທັງສອງ -f ແລະ -ກ່ອງ ປະຕິບັດຕົວຄື -f, ແຕ່
ວາງກ່ອງໃໝ່ອ້ອມຕົວລະລາຍກ່ອນທີ່ຈະໃສ່. ຄວາມໄວໃດໆທີ່ມີຢູ່ໃນປະຈຸບັນ
ຍົກເລີກ.
ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ຕໍາແຫນ່ງແຊກແມ່ນແບບສຸ່ມ (ມີເມັດເບື້ອງຕົ້ນທີ່ລະບຸໄວ້ໂດຍ - ແກ່ນ) The
ໂຄງການ iterates ຈົນກ່ວາ -nmol ໂມເລກຸນໄດ້ຖືກໃສ່ເຂົ້າໄປໃນກ່ອງ. ໂມເລກຸນບໍ່ແມ່ນ
ໃສ່ບ່ອນທີ່ໄລຍະຫ່າງລະຫວ່າງປະລໍາມະນູທີ່ມີຢູ່ແລ້ວແລະປະລໍາມະນູໃດໆຂອງ inserted
ໂມເລກຸນແມ່ນຫນ້ອຍກ່ວາຜົນລວມໂດຍອີງໃສ່ van der Waals radii ຂອງທັງສອງປະລໍາມະນູ. ຖານຂໍ້ມູນ
(vdwradii.dat) ຂອງ van der Waals radii ແມ່ນອ່ານໂດຍໂຄງການ, ແລະ radii ຜົນໄດ້ຮັບ
ຂະຫນາດໂດຍ - ຂະຫນາດ. ຖ້າ radii ບໍ່ພົບຢູ່ໃນຖານຂໍ້ມູນ, theatoms ໄດ້ຖືກມອບຫມາຍໃຫ້
(pre-scaled) ໄລຍະຫ່າງ -ລັດເຊຍ.
ຈໍານວນທັງຫມົດຂອງ -nmol * - ພະຍາຍາມ ຄວາມພະຍາຍາມແຊກແມ່ນເຮັດໄດ້ກ່ອນທີ່ຈະຍອມແພ້. ເພີ່ມຂຶ້ນ - ພະຍາຍາມ ຖ້າເຈົ້າ
ມີຂຸມຂະຫນາດນ້ອຍຫຼາຍເພື່ອຕື່ມຂໍ້ມູນໃສ່. ທາງເລືອກ - ເນົ່າເປື່ອຍ ລະບຸວ່າໂມເລກຸນແຊກ
ຖືກຮັດກຸມແບບສຸ່ມກ່ອນທີ່ຈະພະຍາຍາມແຊກ.
ອີກທາງເລືອກ, ໂມເລກຸນສາມາດຖືກໃສ່ພຽງແຕ່ຢູ່ໃນຕໍາແຫນ່ງທີ່ກໍານົດໄວ້ໃນ positions.dat
(-ip). ໄຟລ໌ນັ້ນຄວນຈະມີ 3 ຖັນ (x,y,z), ເຊິ່ງໃຫ້ການເຄື່ອນທີ່ທຽບກັບ
ຕໍາແຫນ່ງໂມເລກຸນປ້ອນຂໍ້ມູນ (- ນີ້). ເພາະສະນັ້ນ, ຖ້າໄຟລ໌ນັ້ນຄວນຈະມີຢ່າງແທ້ຈິງ
ຕໍາແໜ່ງ, ໂມເລກຸນຕ້ອງຢູ່ໃຈກາງ (0,0,0) ກ່ອນທີ່ຈະນໍາໃຊ້ gmx ໂມເລກຸນແຊກ
(ເຊັ່ນ: ຈາກ gmx editconf - ກາງ). ຄຳເຫັນໃນໄຟລ໌ນັ້ນເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ # ແມ່ນບໍ່ສົນໃຈ.
ທາງເລືອກ - ດຣ ກໍານົດການຍ້າຍທີ່ອະນຸຍາດສູງສຸດໃນລະຫວ່າງການທົດລອງແຊກ. - ພະຍາຍາມ ແລະ
- ເນົ່າເປື່ອຍ ເຮັດວຽກຢູ່ໃນຮູບແບບເລີ່ມຕົ້ນ (ເບິ່ງຂ້າງເທິງ).
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ການຕັ້ງຄ່າທີ່ມີຢູ່ແລ້ວເພື່ອແຊກເຂົ້າໃນ: gro g96 pdb brk ent esp tpr
- ນີ້ [<.gro/.g96/...>] (insert.gro)
ການຕັ້ງຄ່າເພື່ອແຊກ: gro g96 pdb brk ent esp tpr
-ip [<.dat>] (positions.dat) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ຕຳແໜ່ງການທົດລອງການແຊກທີ່ກຳນົດໄວ້ລ່ວງໜ້າ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro)
Output configuration ຫຼັງຈາກ insertion: gro g96 pdb brk ent esp
ທາງເລືອກອື່ນ:
-ກ່ອງ (0 0 0)
ຂະໜາດກ່ອງ (inm)
-nmol (0)
ຈໍານວນໂມເລກຸນພິເສດທີ່ຈະໃສ່
- ພະຍາຍາມ (10)
ລອງໃສ່ -nmol ເວລາ - ພະຍາຍາມ ເວລາ
- ແກ່ນ (1997)
ແກ່ນເຄື່ອງກໍາເນີດແບບສຸ່ມ
-ລັດເຊຍ (0.105)
ໄລຍະຫ່າງ van der Waals ເລີ່ມຕົ້ນ
- ຂະຫນາດ (0.57)
ປັດໄຈຂະຫນາດທີ່ຈະຄູນ Van der Waals radii ຈາກຖານຂໍ້ມູນໃນ
share/gromacs/top/vdwradii.dat. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ 0.57 ຜົນຜະລິດຄວາມຫນາແຫນ້ນຢູ່ໃກ້ກັບ
1000 g / l ສໍາລັບທາດໂປຼຕີນໃນນ້ໍາ.
- ດຣ (0 0 0)
ອະນຸຍາດໃຫ້ຍ້າຍໃນ x/y/z ຈາກຕຳແໜ່ງໃນ -ip ເອກະສານ
- ເນົ່າເປື່ອຍ
ໝຸນໂມເລກຸນທີ່ໃສ່ເຂົ້າແບບສຸ່ມ: xyz, z, none
ໃຊ້ gmx-insert-molecules ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
