gmx-nmtraj - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmx-nmtraj - ສ້າງ trajectory oscillating virtual ຈາກ eigenvector

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-Eignr ]
[- ໄລຍະ ] [- ອຸນ​ຫະ​ພູມ ] [- ຄວາມກວ້າງໄກ ]
[-nframes ]

ລາຍລະອຽດ

gmx nmtraj ສ້າງ trajectory virtual ຈາກ eigenvector, ທີ່ສອດຄ້ອງກັນກັບ a
oscillation Cartesian ປະສົມກົມກຽວປະມານໂຄງສ້າງສະເລ່ຍ. eigenvectors ຄວນ
ປົກກະຕິແລ້ວຈະມີນ້ໍາຫນັກຫຼາຍ, ແຕ່ທ່ານສາມາດນໍາໃຊ້ eigenvectors ທີ່ບໍ່ມີນ້ໍາຫນັກເພື່ອສ້າງ
ການເຄື່ອນໄຫວທາງມຸມ. ກອບຜົນຜະລິດໄດ້ຖືກຂຽນເປັນໄຟລ໌ trajectory ກວມເອົາທັງຫມົດ
ໄລຍະເວລາ, ແລະກອບທໍາອິດແມ່ນໂຄງສ້າງສະເລ່ຍ. ຖ້າທ່ານຂຽນ trajectory ໃນ (ຫຼື
ແປງເປັນ) ຮູບແບບ PDB ທ່ານສາມາດເບິ່ງມັນໄດ້ໂດຍກົງໃນ PyMol ແລະຍັງ render ເປັນ photorealistic
ຮູບ​ເງົາ. ຄວາມກວ້າງຂອງການເຄື່ອນໄຫວແມ່ນຄິດໄລ່ຈາກ eigenvalues ​​ແລະອຸນຫະພູມທີ່ກໍານົດໄວ້ກ່ອນ,
ສົມມຸດວ່າ equipartition ຂອງພະລັງງານໃນໄລຍະທຸກທິບາຍຮູບແບບ. ເພື່ອເຮັດໃຫ້ການເຄື່ອນໄຫວເຫັນໄດ້ຊັດເຈນໃນ
PyMol ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການຂະຫຍາຍມັນໂດຍການຕັ້ງຄ່າອຸນຫະພູມສູງທີ່ບໍ່ເປັນຈິງ.
ຢ່າງໃດກໍ່ຕາມ, ຈົ່ງຮູ້ວ່າທັງການຍ້າຍ Cartesian linear ແລະການນ້ໍາຫນັກມະຫາຊົນຈະ
ນໍາໄປສູ່ການຜິດປົກກະຕິໂຄງສ້າງທີ່ຮ້າຍແຮງສໍາລັບຄວາມກວ້າງຂວາງສູງ - ນີ້ແມ່ນພຽງແຕ່ຂໍ້ຈໍາກັດ
ຂອງ Cartesian ຮູບແບບປົກກະຕິ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ eigenvector ທີ່ເລືອກແມ່ນຕັ້ງເປັນ 7, ນັບຕັ້ງແຕ່
ຫົກໂຫມດປົກກະຕິທໍາອິດແມ່ນລະດັບການແປແລະການຫມຸນຂອງເສລີພາບ.

OPTIONS

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ໂຄງສ້າງ+ມະຫາຊົນ(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
ເສັ້ນທາງຄວາມແມ່ນຍໍາເຕັມ: tr cpt tng

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:

-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr gro g96 pdb tng

ທາງເລືອກອື່ນ:

-Eignr (7​)
ສາຍຂອງ eigenvectors ທີ່ຈະໃຊ້ (ທໍາອິດແມ່ນ 1)

- ໄລຍະ (0.0​)
ສະຕຣິງຂອງໄລຍະ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.0)

- ອຸນ​ຫະ​ພູມ (300​)
ອຸນຫະພູມ (K)

- ຄວາມກວ້າງໄກ (0.25​)
ຄວາມກວ້າງໃຫຍ່ຂອງໂໝດທີ່ມີ eigenvalue<=0

-nframes (30​)
ຈໍານວນເຟຣມທີ່ຈະສ້າງ

ໃຊ້ gmx-nmtraj ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net