gmx-rms - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmx-rms - ຄິດໄລ່ RMSDs ດ້ວຍໂຄງສ້າງອ້າງອີງ ແລະ RMSD matrices

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmx rms [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]]
[-mir [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]] [- ຫ່າງ [<.xvg>]] [-m [<.xpm>]]
[-ຖັງ [<.dat>]] [- ຂມ [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [- ເຈົ້າ ] [-[ບໍ່]ວ] [-xvg ]
[-ແມ່ນ​ຫຍັງ ] [-[ບໍ່]pbc] [-ເຫມາະ ] [- ກ່ອນ​ຫນ້າ​ນີ້ ]
[-[ບໍ່]ແຍກ] [- ຂ້າມ ] [- ຂ້າມ 2 ] [-ສູງສຸດ ]
[- ນາທີ ] [-bmax ] [-bmin ] [-[ບໍ່]mw]
[-n ລະ​ດັບ​ ] [- ນ ]

ລາຍລະອຽດ

gmx rms ປຽບທຽບໂຄງສ້າງສອງຢ່າງໂດຍການຄຳນວນຄ່າການບ່ຽງເບນຂອງຮາກສະເລ່ຍສີ່ຫຼ່ຽມ (RMSD), the
ຕົວກໍານົດຄວາມຄ້າຍຄືກັນ rho ຂະໜາດເອກະລາດ (rho) ຫຼື rho ຂະຫນາດ (rhosc), ເບິ່ງ Maiorov &
Crippen, ທາດໂປຼຕີນ 22, 273 (1995). ອັນນີ້ຖືກເລືອກໂດຍ -ແມ່ນ​ຫຍັງ.

ແຕ່ລະໂຄງສ້າງຈາກ trajectory (-f) ຖືກປຽບທຽບກັບໂຄງສ້າງອ້າງອີງ. ເອກະສານອ້າງອີງ
ໂຄງສ້າງແມ່ນເອົາມາຈາກໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ (-s).

ມີທາງເລືອກ -mir ຍັງເປັນການປຽບທຽບກັບຮູບພາບບ່ອນແລກປ່ຽນຄວາມຂອງໂຄງສ້າງການອ້າງອິງແມ່ນ
ຄິດໄລ່. ອັນນີ້ເປັນປະໂຫຍດເປັນການອ້າງອີງເຖິງຄຸນຄ່າ 'ທີ່ສໍາຄັນ', ເບິ່ງ Maiorov &
Crippen, ທາດໂປຼຕີນ 22, 273 (1995)

ທາງເລືອກ - ກ່ອນ​ຫນ້າ​ນີ້ ຜະລິດການປຽບທຽບກັບກອບກ່ອນຫນ້າຈໍານວນກອບທີ່ກໍານົດໄວ້
ກ່ອນຫນ້ານີ້.

ທາງເລືອກ -m ຜະລິດ matrix ໃນ .xpm ຮູບແບບຂອງຄ່າປຽບທຽບຂອງແຕ່ລະໂຄງສ້າງໃນ
trajectory ກ່ຽວກັບໂຄງສ້າງເຊິ່ງກັນແລະກັນ. ໄຟລ໌ນີ້ສາມາດຖືກເບິ່ງເຫັນດ້ວຍສໍາລັບ
ຕົວຢ່າງ xv ແລະສາມາດປ່ຽນເປັນ postscript ກັບ gmx xpm2ps.

ທາງເລືອກ -ເຫມາະ ຄວບຄຸມສີ່ຫຼ່ຽມສີ່ຫຼ່ຽມຕໍ່າສຸດຂອງໂຄງສ້າງຢູ່ເທິງສຸດຂອງກັນແລະກັນ:
ພໍດີສົມບູນ (ການຫມຸນແລະການແປ), ການແປພາສາເທົ່ານັ້ນ, ຫຼືບໍ່ມີ fitting ທັງຫມົດ.

ທາງເລືອກ -mw ຄວບຄຸມການລົງນໍ້າໜັກຂອງມວນຊົນ ຫຼື ບໍ່. ຖ້າທ່ານເລືອກທາງເລືອກ
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ) ແລະສະຫນອງທີ່ຖືກຕ້ອງ .tpr ມະຫາຊົນໄຟລ໌ຈະຖືກເອົາມາຈາກບ່ອນນັ້ນ, ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ
ມະຫາຊົນຈະຖືກຫັກອອກຈາກ atommass.dat ຍື່ນໃນ GMXLIB. ນີ້ແມ່ນດີສໍາລັບທາດໂປຼຕີນ,
ແຕ່ບໍ່ຈໍາເປັນສໍາລັບໂມເລກຸນອື່ນໆ. ມະຫາຊົນເລີ່ມຕົ້ນຂອງ 12.011 amu (ຄາບອນ) ຖືກມອບຫມາຍ
ກັບອະຕອມທີ່ບໍ່ຮູ້ຈັກ. ທ່ານສາມາດກວດເບິ່ງວ່ານີ້ເກີດຂຶ້ນໂດຍການເປີດ -ແມງໄມ້ ທຸງ ແລະ
ການ​ກວດ​ກາ​ໄຟລ​໌​ບັນ​ທຶກ​.

ກັບ -f2, 'ໂຄງສ້າງອື່ນໆ' ແມ່ນເອົາມາຈາກ trajectory ທີສອງ, ນີ້ສ້າງ a
ມາຕຣິກເບື້ອງປຽບທຽບຂອງ trajectory ຫນຶ່ງທຽບກັບອື່ນໆ.

ທາງເລືອກ -ຖັງ ບໍ່ dump ສອງຂອງ matrix ປຽບທຽບ.

ທາງເລືອກ - ຂມ ຜະລິດ matrix ຂອງ deviations ມຸມພັນທະບັດສະເລ່ຍໂດຍປຽບທຽບກັບ -m
ທາງເລືອກ. ພຽງແຕ່ພັນທະບັດລະຫວ່າງປະລໍາມະນູຢູ່ໃນກຸ່ມການປຽບທຽບໄດ້ຖືກພິຈາລະນາ.

OPTIONS

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ໂຄງສ້າງ+ມະຫາຊົນ(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:

-o [<.xvg>] (rmsd.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-mir [<.xvg>] (rmsdmir.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-a [<.xvg>] (avgrp.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- ຫ່າງ [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-m [<.xpm>] (rmsd.xpm) (ຖ້າຕ້ອງການ)
X PixMap ໄຟລ໌ matrix ເຂົ້າກັນໄດ້

-ຖັງ [<.dat>] (rmsd.dat) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທົ່ວໄປ

- ຂມ [<.xpm>] (bond.xpm) (ຖ້າຕ້ອງການ)
X PixMap ໄຟລ໌ matrix ເຂົ້າກັນໄດ້

ທາງເລືອກອື່ນ:

-b (0​)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory

-e (0​)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory

-dt (0​)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)

- ເຈົ້າ (ps)
ຫົວໜ່ວຍສໍາລັບຄ່າເວລາ: fs, ps, ns, us, ms, s

-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ

-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ

-ແມ່ນ​ຫຍັງ (rmsd)
ການວັດແທກຄວາມແຕກຕ່າງຂອງໂຄງສ້າງ: rmsd, rho, rhosc

-[ບໍ່]pbc (ແມ່ນແລ້ວ)
ການກວດສອບ PBC

-ເຫມາະ (rot+trans)
ພໍດີກັບໂຄງສ້າງອ້າງອີງ: rot+trans, translation, none

- ກ່ອນ​ຫນ້າ​ນີ້ (0​)
ປຽບທຽບກັບກອບທີ່ຜ່ານມາ

-[ບໍ່]ແຍກ (ບໍ່ມີ)
ແຍກເສັ້ນສະແດງເວລາເປັນສູນ

- ຂ້າມ (1​)
ພຽງແຕ່ຂຽນທຸກກອບ nr-th ເປັນ matrix

- ຂ້າມ 2 (1​)
ພຽງແຕ່ຂຽນທຸກກອບ nr-th ເປັນ matrix

-ສູງສຸດ (-1)
ລະດັບສູງສຸດໃນເມທຣິກປຽບທຽບ

- ນາທີ (-1)
ລະດັບຕໍ່າສຸດໃນເມທຣິກປຽບທຽບ

-bmax (-1)
ລະດັບສູງສຸດໃນ matrix ມຸມພັນທະບັດ

-bmin (-1)
ລະດັບຕໍາ່ສຸດໃນ matrix ມຸມພັນທະບັດ

-[ບໍ່]mw (ແມ່ນແລ້ວ)
ໃຊ້ນ້ໍາຫນັກມະຫາຊົນສໍາລັບ superposition

-n ລະ​ດັບ​ (80​)
ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ລະ​ດັບ​ໃນ matrices ໄດ້​

- ນ (1​)
ຈໍານວນກຸ່ມທີ່ຈະຄິດໄລ່ RMS ລະຫວ່າງ

ໃຊ້ gmx-rms ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net