ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-rmsf ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-rmsf - ຄິດໄລ່ການເໜັງຕີງຂອງປະລໍາມະນູ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [- ງົວ [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-ອຄ [<.xvg>]] [- ດີ [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[ບໍ່]ວ] [-xvg ] [-[ບໍ່]ແມ່ນ]
[-[ບໍ່]aniso] [-[ບໍ່]ເຫມາະ]
ລາຍລະອຽດ
gmx rmsf ຄິດໄລ່ການເໜັງຕີງຂອງຄ່າສະເລ່ຍຂອງຮາກ (RMSF, ie standard deviation) ຂອງ
ຕໍາແຫນ່ງປະລໍາມະນູໃນ trajectory (ສະຫນອງໃຫ້ກັບ -f) ຫຼັງຈາກ (ທາງເລືອກ) ເຫມາະກັບ a
ກອບການອ້າງອິງ (ສະຫນອງໃຫ້ກັບ -s).
ມີທາງເລືອກ -oq ຄ່າ RMSF ຖືກປ່ຽນເປັນຄ່າ B-factor, ເຊິ່ງຂຽນເປັນ a
.pdb ໄຟລ໌ທີ່ມີຈຸດປະສານງານ, ຂອງໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ, ຫຼືຂອງ a .pdb ໄຟລ໌ເມື່ອ -q is
ລະບຸ. ທາງເລືອກ - ງົວ ຂຽນປັດໄຈ B ໄປຫາໄຟລ໌ທີ່ມີຈຸດປະສານງານສະເລ່ຍ.
ດ້ວຍທາງເລືອກ -od ຮາກຫມາຍຄວາມວ່າການບ່ຽງເບນສີ່ຫຼ່ຽມກ່ຽວກັບໂຄງສ້າງອ້າງອີງ
ຖືກຄິດໄລ່.
ດ້ວຍທາງເລືອກ - ອານິໂຊ, gmx rmsf ຈະຄິດໄລ່ປັດໄຈອຸນຫະພູມ anisotropic ແລະຫຼັງຈາກນັ້ນມັນ
ຍັງຈະອອກຈຸດປະສານງານສະເລ່ຍ ແລະ a .pdb ໄຟລ໌ທີ່ມີບັນທຶກ ANISOU (ກົງກັບ
ໄດ້ -oq or - ງົວ ທາງເລືອກ). ກະລຸນາຮັບຊາບວ່າຄ່າ U ແມ່ນຂຶ້ນກັບທິດທາງ, ດັ່ງນັ້ນກ່ອນ
ການປຽບທຽບກັບຂໍ້ມູນການທົດລອງທີ່ທ່ານຄວນກວດສອບວ່າທ່ານເຫມາະກັບການທົດລອງ
ປະສານງານ.
ເມື່ອເປັນ .pdb ໄຟລ໌ທີ່ປ້ອນຂໍ້ມູນໄດ້ຖືກສົ່ງໄປໃນໂຄງການແລະ - ອານິໂຊ ທຸງແມ່ນກໍານົດຄວາມສໍາພັນ
ດິນຕອນຂອງ Uij ຈະຖືກສ້າງຂື້ນ, ຖ້າປັດໃຈອຸນຫະພູມ anisotropic ມີຢູ່ໃນ
.pdb ຍື່ນ.
ມີທາງເລືອກ - ດີ ຄ່າສະເລ່ຍ MSF (3x3) matrix ແມ່ນ diagonalized. ນີ້ສະແດງໃຫ້ເຫັນທິດທາງ
ໃນທີ່ປະລໍາມະນູມີການຜັນແປຫຼາຍທີ່ສຸດແລະຫນ້ອຍທີ່ສຸດ.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ໂຄງສ້າງ+ມະຫາຊົນ(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ທະນາຄານຂໍ້ມູນທາດໂປຼຕີນ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ທະນາຄານຂໍ້ມູນທາດໂປຼຕີນ
- ງົວ [<.pdb>] (xaver.pdb) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ທະນາຄານຂໍ້ມູນທາດໂປຼຕີນ
-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
-ອຄ [<.xvg>] (correl.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
- ດີ [<.log>] (rmsf.log) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ
-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ
-[ບໍ່]ແມ່ນ (ບໍ່ມີ)
ຄິດໄລ່ຄ່າສະເລ່ຍສໍາລັບແຕ່ລະ residue
-[ບໍ່]aniso (ບໍ່ມີ)
ຄິດໄລ່ປັດໄຈໄລຍະອຸນຫະພູມ anisotropic
-[ບໍ່]ເຫມາະ (ແມ່ນແລ້ວ)
ເຮັດເປັນ superposition ສີ່ຫຼ່ຽມເລັກນ້ອຍກ່ອນທີ່ຈະຄິດໄລ່ RMSF. ໂດຍບໍ່ມີການນີ້ທ່ານຕ້ອງເຮັດ
ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າໂຄງສ້າງການອ້າງອິງແລະ trajectory ກົງກັນ.
ໃຊ້ gmx-rmsf ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
