gmx-rotacf - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmx-rotacf - ຄິດ​ໄລ່​ຟັງ​ຊັນ​ສະ​ຫະ​ພັນ​ການ​ຫມຸນ​ສໍາ​ລັບ​ໂມ​ເລ​ກຸນ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[ບໍ່]ວ] [-xvg ] [-[ບໍ່]ງ] [-[ບໍ່]ເວີ]
[-acflen ] [-[ບໍ່]ເຮັດໃຫ້ປົກກະຕິ] [-P ]
[-fitfn ] [- ເລີ່ມຕົ້ນ ] [-endfit ]

ລາຍລະອຽດ

gmx rotacf ຄິດໄລ່ການທໍາງານຂອງການພົວພັນ rotational ສໍາລັບໂມເລກຸນ. ອະຕອມ triplets
(i,j,k) ຕ້ອງໄດ້ຮັບການໃຫ້ຢູ່ໃນໄຟລ໌ດັດສະນີ, ກໍານົດສອງ vectors ij ແລະ jk. ພືດຫມູນວຽນ
ACF ຖືກຄິດໄລ່ເປັນຟັງຊັນ autocorrelation ຂອງ vector n = ij x jk, ie the
ຜະລິດຕະພັນຂ້າມຂອງສອງ vectors. ນັບຕັ້ງແຕ່ສາມປະລໍາມະນູ span ຍົນ, ຄໍາສັ່ງຂອງສາມ
ປະລໍາມະນູບໍ່ສໍາຄັນ. ທາງເລືອກ, ໂດຍການຮຽກຮ້ອງ -d ສະຫຼັບ, ທ່ານສາມາດຄິດໄລ່ໄດ້
ຟັງຊັນ correlation rotational ສໍາລັບໂມເລກຸນ linear ໂດຍການລະບຸຄູ່ atom (i,j) ໃນ
ໄຟລ໌ດັດສະນີ.

ຕົວຢ່າງ

gmx rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n ດັດຊະນີ -o rotacf-x-P1 -fa expfit-x-P1 - ເລີ່ມຕົ້ນ 2.5
-endfit 20.0

ນີ້ຈະຄິດໄລ່ການທໍາງານຂອງການພົວພັນ rotational ໂດຍໃຊ້ຄໍາສັ່ງທໍາອິດ Legendre
polynomial ຂອງມຸມຂອງ vector ກໍານົດໂດຍໄຟລ໌ດັດຊະນີ. ການທໍາງານຂອງການພົວພັນກັນ
ຈະຖືກປັບໃຫ້ພໍດີຈາກ 2.5 ps ຈົນຮອດ 20.0 ps ໄປຫາຄ່າເລກກຳລັງສອງພາຣາມິເຕີ.

OPTIONS

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ

-n [<.ndx>] (index.ndx)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

ທາງເລືອກອື່ນ:

-b (0​)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory

-e (0​)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory

-dt (0​)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)

-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ

-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ

-[ບໍ່]ງ (ບໍ່ມີ)
ໃຊ້ index doublets (vectors) ສໍາລັບຟັງຊັນ correlation ແທນ triplets (ຍົນ)

-[ບໍ່]ເວີ (ແມ່ນແລ້ວ)
ສະເລ່ຍຫຼາຍກວ່າໂມເລກຸນ

-acflen (-1)
ຄວາມຍາວຂອງ ACF, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເຄິ່ງຫນຶ່ງຂອງຈໍານວນກອບ

-[ບໍ່]ເຮັດໃຫ້ປົກກະຕິ (ແມ່ນແລ້ວ)
ປັບ ACF ໃຫ້ເປັນປົກກະຕິ

-P (0​)
ຄໍາສັ່ງຂອງ Legendre polynomial ສໍາລັບ ACF (0 ຊີ້ໃຫ້ເຫັນບໍ່ມີ): 0, 1, 2, 3

-fitfn (none)
ຟັງຊັນ Fit: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

- ເລີ່ມຕົ້ນ (0​)
ເວລາທີ່ຈະເລີ່ມການປັບຕົວເລກກຳລັງຂອງຟັງຊັນຄວາມສຳພັນ

-endfit (-1)
ເວລາທີ່ຈະສິ້ນສຸດການພໍດີຂອງເລກກຳລັງຂອງຟັງຊັນຄວາມສຳພັນ, -1 ແມ່ນຈົນກ່ວາ
ໃນຕອນທ້າຍ

ໃຊ້ gmx-rotacf ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net