gmx-tcaf - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmx-tcaf - ຄິດໄລ່ຄວາມຫນືດຂອງນໍ້າ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ບໍ່ [<.xvg>]] [-ໂອ [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-ຂອງ [<.xvg>]]
[-ອຄ [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ບໍ່]ວ] [-xvg ] [-[ບໍ່]mol] [-[ບໍ່]k34]
[-wt ] [-acflen ] [-[ບໍ່]ເຮັດໃຫ້ປົກກະຕິ] [-P ]
[-fitfn ] [- ເລີ່ມຕົ້ນ ] [-endfit ]

ລາຍລະອຽດ

gmx tcaf ຄິດ​ໄລ່​ການ​ພົວ​ພັນ​ອັດ​ຕະ​ໂນ​ມັດ​ໃນ​ປັດ​ຈຸ​ບັນ transverse​. ເຫຼົ່ານີ້ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອຄາດຄະເນການ
shear viscosity, eta. ສໍາລັບລາຍລະອຽດເບິ່ງ: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) ຫນ້າ 359-366.

ກະແສຜ່ານທາງຂວາງຖືກຄິດໄລ່ໂດຍໃຊ້ k-vectors (1,0,0) ແລະ (2,0,0) ແຕ່ລະຄົນຢູ່ໃນ
ໄດ້ y- ແລະ z- ທິດທາງ, (1,1,0) ແລະ (1,-1,0) ແຕ່ລະຄົນຍັງຢູ່ໃນ 2 ຍົນອື່ນໆ (ເຫຼົ່ານີ້.
vectors ບໍ່​ເປັນ​ເອ​ກະ​ລາດ​) ແລະ (1,1,1​) ແລະ 3 ເສັ້ນ​ຂວາງ​ປ່ອງ​ອື່ນໆ (ຍັງ​ບໍ່​ໄດ້​
ເອກະລາດ). ສໍາລັບແຕ່ລະ k-vector, sine ແລະ cosine ຖືກນໍາໃຊ້, ປະສົມປະສານກັບ
ຄວາມໄວໃນ 2 ທິດທາງ perpendicular. ນີ້ເຮັດໃຫ້ຈໍານວນທັງຫມົດ 16 * 2 * 2 = 64 transverse
ກະແສ. ອັດ​ຕະ​ໂນ​ມັດ​ຫນຶ່ງ​ແມ່ນ​ຖືກ​ຄິດ​ໄລ່​ເຫມາະ​ສໍາ​ລັບ​ແຕ່​ລະ k​-vector​, ທີ່​ໃຫ້ 16​
TCAFs. ແຕ່ລະ TCAFs ເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນເຫມາະກັບ f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2.
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), ເຊິ່ງໃຫ້ 16 ຄ່າຂອງ tau ແລະ eta. ພໍດີ
ນ​້​ໍາ​ຫນັກ decay exponentially ກັບ​ເວ​ລາ​ຄົງ​ທີ່ w (ໃຫ້​ກັບ -wt) ເປັນ exp(-t/w), ແລະ
TCAF ແລະພໍດີແມ່ນຄິດໄລ່ເຖິງເວລາ 5*w. ຄ່າ eta ຄວນຖືກໃສ່ກັບ 1 - a
eta(k) k^2, ຈາກທີ່ຄົນເຮົາສາມາດປະເມີນຄວາມຫນືດຂອງ shear ໄດ້ຢູ່ທີ່ k=0.

ໃນເວລາທີ່ກ່ອງແມ່ນ cubic, ຫນຶ່ງສາມາດນໍາໃຊ້ທາງເລືອກ -ອຄ, ເຊິ່ງສະເລ່ຍ TCAFs ຫຼາຍກວ່າທັງຫມົດ
k-vectors ທີ່ມີຄວາມຍາວດຽວກັນ. ອັນນີ້ເຮັດໃຫ້ TCAFs ຖືກຕ້ອງຫຼາຍຂຶ້ນ. ທັງກ້ອນ
TCAFs ແລະເຫມາະແມ່ນຂຽນເຖິງ -ອຄ ການຄາດຄະເນ cubic eta ໄດ້ຖືກຂຽນໄວ້ເຊັ່ນກັນ -ov.

ມີທາງເລືອກ -mol, ປະຈຸບັນທາງຂວາງແມ່ນກໍານົດຂອງໂມເລກຸນແທນທີ່ຈະເປັນປະລໍາມະນູ. ໃນ
ກໍລະນີນີ້, ກຸ່ມດັດຊະນີຄວນປະກອບດ້ວຍຕົວເລກໂມເລກຸນແທນທີ່ຈະເປັນຕົວເລກອະຕອມ.

k-dependent viscosities ໃນ -ov ໄຟລ໌ຄວນຈະເຫມາະກັບ eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)
ເພື່ອໃຫ້ໄດ້ຮັບຄວາມຫນືດຢູ່ທີ່ຄວາມຍາວຄື້ນທີ່ບໍ່ມີຂອບເຂດ.

ຫມາຍ​ເຫດ​: ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າທ່ານຂຽນຈຸດປະສານງານແລະຄວາມໄວເລື້ອຍໆພຽງພໍ. ເບື້ອງ​ຕົ້ນ​,
ທີ່ບໍ່ແມ່ນ exponential, ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຟັງຊັນ autocorrelation ແມ່ນມີຄວາມສໍາຄັນຫຼາຍສໍາລັບການໄດ້ຮັບ a
ພໍດີ.

OPTIONS

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
ເສັ້ນທາງຄວາມແມ່ນຍໍາເຕັມ: tr cpt tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໂຄງສ້າງ+ມະຫາຊົນ(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:

-ບໍ່ [<.xvg>] (transcur.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ໂອ [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ຂອງ [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ອຄ [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

ທາງເລືອກອື່ນ:

-b (0​)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory

-e (0​)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory

-dt (0​)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)

-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ

-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ

-[ບໍ່]mol (ບໍ່ມີ)
ຄິດໄລ່ TCAF ຂອງໂມເລກຸນ

-[ບໍ່]k34 (ບໍ່ມີ)
ຍັງໃຊ້ k=(3,0,0) ແລະ k=(4,0,0)

-wt (5​)
ເວລາການເສື່ອມໂຊມແບບ Exponential ສໍາລັບ TCAF ເຫມາະກັບນ້ໍາຫນັກ

-acflen (-1)
ຄວາມຍາວຂອງ ACF, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເຄິ່ງຫນຶ່ງຂອງຈໍານວນກອບ

-[ບໍ່]ເຮັດໃຫ້ປົກກະຕິ (ແມ່ນແລ້ວ)
ປັບ ACF ໃຫ້ເປັນປົກກະຕິ

-P (0​)
ຄໍາສັ່ງຂອງ Legendre polynomial ສໍາລັບ ACF (0 ຊີ້ໃຫ້ເຫັນບໍ່ມີ): 0, 1, 2, 3

-fitfn (none)
ຟັງຊັນ Fit: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

- ເລີ່ມຕົ້ນ (0​)
ເວລາທີ່ຈະເລີ່ມການປັບຕົວເລກກຳລັງຂອງຟັງຊັນຄວາມສຳພັນ

-endfit (-1)
ເວລາທີ່ຈະສິ້ນສຸດການພໍດີຂອງເລກກຳລັງຂອງຟັງຊັນຄວາມສຳພັນ, -1 ແມ່ນຈົນກ່ວາ
ໃນຕອນທ້າຍ

ໃຊ້ gmx-tcaf ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net