ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-trjorder ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-trjorder - ສັ່ງໂມເລກຸນຕາມໄລຍະຫ່າງຂອງກຸ່ມ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx trjorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-xvg ] [ສ້າງ ]
[-in ] [-[ບໍ່]com] [-r ] [-[ບໍ່]z]
ລາຍລະອຽດ
gmx trjorder ສັ່ງໃຫ້ໂມເລກຸນຕາມໄລຍະທາງທີ່ນ້ອຍທີ່ສຸດຕໍ່ກັບອະຕອມໃນການອ້າງອີງ
ກຸ່ມ ຫຼື z-coordinate (ມີທາງເລືອກ -z). ມີການສັ່ງທາງໄກ, ມັນຈະຮ້ອງຂໍໃຫ້ມີ
ກຸ່ມຂອງອະຕອມອ້າງອີງ ແລະກຸ່ມຂອງໂມເລກຸນ. ສໍາລັບແຕ່ລະກອບຂອງ trajectory ໄດ້
ໂມເລກຸນທີ່ເລືອກຈະຖືກຈັດຮຽງໃໝ່ຕາມໄລຍະທາງທີ່ສັ້ນທີ່ສຸດລະຫວ່າງອະຕອມ
ຈໍານວນ -in ໃນໂມເລກຸນ ແລະອະຕອມທັງໝົດໃນກຸ່ມອ້າງອີງ. ສູນກາງຂອງມະຫາຊົນຂອງ
ໂມເລກຸນສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ແທນອະຕອມອ້າງອີງໂດຍການຕັ້ງຄ່າ -in ເຖິງ 0. ອະຕອມທັງໝົດຢູ່ໃນ
trajectory ແມ່ນຂຽນໃສ່ trajectory ຜົນຜະລິດ.
gmx trjorder ສາມາດເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບຕົວຢ່າງການວິເຄາະນ້ໍາ n ໃກ້ຄຽງກັບທາດໂປຼຕີນ. ໃນນັ້ນ
ກໍລະນີທີ່ກຸ່ມອ້າງອີງຈະເປັນທາດໂປຼຕີນ ແລະກຸ່ມຂອງໂມເລກຸນຈະປະກອບດ້ວຍ
ປະລໍາມະນູນ້ໍາທັງຫມົດ. ເມື່ອກຸ່ມດັດຊະນີຂອງນ້ໍາ n ທໍາອິດຖືກເຮັດ, ຄໍາສັ່ງ
trajectory ສາມາດນໍາໃຊ້ກັບໂຄງການ GROMACS ໃດຫນຶ່ງເພື່ອວິເຄາະ n ນ້ໍາທີ່ໃກ້ທີ່ສຸດ.
ຖ້າໄຟລ໌ຜົນຜະລິດແມ່ນ a .pdb ໄຟລ໌, ໄລຍະຫ່າງກັບເປົ້າຫມາຍກະສານອ້າງອີງຈະໄດ້ຮັບການເກັບຮັກສາໄວ້ໃນ
ພາກ ສະ ຫນາມ B ປັດ ໃຈ ໃນ ຄໍາ ສັ່ງ ທີ່ ຈະ ໃສ່ ສີ ເຊັ່ນ Rasmol.
ມີທາງເລືອກ -nshell ຈໍານວນຂອງໂມເລກຸນພາຍໃນແກະຂອງ radius ໄດ້ -r ປະມານ
ກຸ່ມອ້າງອີງຖືກພິມອອກ.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ໂຄງສ້າງ+ມະຫາຊົນ(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.xtc/.trr/...>] (ordered.xtc) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr gro g96 pdb tng
-nshell [<.xvg>] (nshell.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ
ສ້າງ (3)
ຈຳນວນອະຕອມໃນໂມເລກຸນ
-in (1)
Atom ໃຊ້ສໍາລັບການຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງ, 0 ແມ່ນ COM
-[ບໍ່]com (ບໍ່ມີ)
ໃຊ້ໄລຍະຫ່າງໄປຫາສູນກາງມະຫາຊົນຂອງກຸ່ມອ້າງອີງ
-r (0)
Cutoff ໃຊ້ສໍາລັບການຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງໃນເວລາທີ່ຄິດໄລ່ຈໍານວນໂມເລກຸນໃນ
ເປືອກຫຸ້ມນອກເຊັ່ນ: ທາດໂປຼຕີນ
-[ບໍ່]z (ບໍ່ມີ)
ສັ່ງໂມເລກຸນໃນ z-coordinate
ໃຊ້ gmx-trjorder ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
