gmx-tune_pme - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gmx-tune_pme - ເວລາ mdrun ເປັນຫນ້າທີ່ຂອງການຈັດອັນດັບ PME ເພື່ອເພີ່ມປະສິດທິພາບການຕັ້ງຄ່າ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gmx tune_pme [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [- ຕາ​ຕະ​ລາງ​ [<.xvg>]]
[-tabletf [<.xvg>]] [- ຕາ​ຕະ​ລາງ [<.xvg>]]
[- ຕາ​ຕະ​ລາງ [<.xvg>]] [- ແລ່ນຄືນ [<.xtc/.trr/...>]]
[-ອີ [<.edi>]] [-p [<.ອອກ>]] [- ຜິດພາດ [<.log>]]
[- ດັ່ງນັ້ນ [<.tpr>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-ສະຫນາມ [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[- ສັດທາ [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-ra [<.log>]]
[-rs [<.log>]] [-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]]
[-dn [<.ndx>]] [-ແລກປ່ຽນ [<.xvg>]] [-ໂບ [<.trr/.cpt/...>]]
[-bx [<.xtc>]] [-bcpo [<.cpt>]] [-bc [<.gro/.g96/...>]]
[-ເປັນ [<.edr>]] [-bg [<.log>]] [-ເບໂອ [<.xvg>]]
[-bdhdl [<.xvg>]] [-bfield [<.xvg>]] [-btpi [<.xvg>]]
[-btpid [<.xvg>]] [-bdevout [<.xvg>]] [- Brunav [<.xvg>]]
[-bpx [<.xvg>]] [-bpf [<.xvg>]] [-ອ້າຍ [<.xvg>]]
[- bra [<.log>]] [-brs [<.log>]] [-brt [<.log>]]
[-bmtx [<.mtx>]] [-bdn [<.ndx>]] [-bswap [<.xvg>]]
[-xvg ] [-mdrun ] [-e.g ]
[-npstring ] [-ntmpi ] [-r ]
[-ສູງສຸດ ] [- ນາທີ ] [-npme ] [- ແກ້​ໄຂ​ ]
[-rmax ] [-rmin ] [-[ບໍ່]scalevdw]
[-ntpr ] [- ຂັ້ນ​ຕອນ​ ] [- ຕັ້ງ​ຂັ້ນ​ຕອນ​ໃຫມ່​ ]
[-nsteps ] [-[ບໍ່]ເປີດຕົວ] [-[ບໍ່]ນັ່ງ] [-[ບໍ່]ກວດ]
[-gpu_id ] [-[ບໍ່] ຕື່ມໃສ່] [-[ບໍ່]cpnum]
[-defnm ]

ລາຍລະອຽດ

ສໍາລັບຕົວເລກທີ່ລະບຸ -e.g or -ntmpi ຂອງ​ອັນ​ດັບ​, gmx tune_pme ເວລາຢ່າງເປັນລະບົບ gmx mdrun
ດ້ວຍຕົວເລກຕ່າງໆຂອງ PME-only ranks ແລະກໍານົດວ່າການຕັ້ງຄ່າໃດໄວທີ່ສຸດ. ມັນ​ຈະ
ຍັງທົດສອບວ່າປະສິດທິພາບສາມາດໄດ້ຮັບການປັບປຸງໂດຍການປ່ຽນການໂຫຼດຈາກ reciprocal ກັບ
ພື້ນທີ່ທີ່ແທ້ຈິງຂອງຜົນລວມ Ewald. ພຽງ​ແຕ່​ຜ່ານ​ຂອງ​ທ່ານ​ .tpr file to gmx tune_pme ຮ່ວມກັນ
ກັບທາງເລືອກອື່ນສໍາລັບ gmx mdrun ຕາມຄວາມຕ້ອງການ.

gmx tune_pme ຕ້ອງການໂທຫາ gmx mdrun ແລະດັ່ງນັ້ນຈິ່ງຮຽກຮ້ອງໃຫ້ທ່ານລະບຸວິທີການໂທຫາ mdrun
ກັບການໂຕ້ຖຽງກັບ -mdrun ພາລາມິເຕີ. ຂຶ້ນຢູ່ກັບວິທີທີ່ເຈົ້າໄດ້ສ້າງ GROMACS, ຄ່າ
ເຊັ່ນ 'gmx mdrun', 'gmx_d mdrun', ຫຼື 'mdrun_mpi' ອາດຈະຕ້ອງການ.

ໂຄງການທີ່ດໍາເນີນໂຄງການ MPI ສາມາດຖືກຕັ້ງຢູ່ໃນຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ MPIRUN (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ກັບ 'mpirun'). ໃຫ້ສັງເກດວ່າສໍາລັບກອບ MPI ທີ່ແນ່ນອນ, ທ່ານຈໍາເປັນຕ້ອງໃຫ້ເຄື່ອງຈັກ - ຫຼື
hostfile. ນີ້ຍັງສາມາດຜ່ານຕົວແປ MPIRUN, ຕົວຢ່າງ

ການສົ່ງອອກ MPIRUN="/usr/local/mpirun - ໄຟລ໌ເຄື່ອງຈັກ ເຈົ້າພາບ" ໃຫ້ສັງເກດວ່າໃນກໍລະນີດັ່ງກ່າວມັນແມ່ນ
ປົກກະຕິແລ້ວມີຄວາມຈໍາເປັນເພື່ອລວບລວມແລະ / ຫຼືດໍາເນີນການ gmx tune_pme ໂດຍບໍ່ມີການສະຫນັບສະຫນູນ MPI, ດັ່ງນັ້ນມັນສາມາດເຮັດໄດ້
ໂທຫາໂຄງການ MPIRUN.

ກ່ອນທີ່ຈະດໍາເນີນການມາດຕະຖານຕົວຈິງ, gmx tune_pme ຈະກວດສອບດ່ວນວ່າ gmx
mdrun ເຮັດວຽກຕາມທີ່ຄາດໄວ້ກັບການຕັ້ງຄ່າຂະຫນານທີ່ສະຫນອງໃຫ້ຖ້າຫາກວ່າ - ກວດ​ສອບ​ ທາງເລືອກແມ່ນ
ເປີດໃຊ້ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ). ກະລຸນາໂທຫາ gmx tune_pme ດ້ວຍທາງເລືອກປົກກະຕິທີ່ເຈົ້າຈະຜ່ານ
to gmx mdrun ແລະເພີ່ມ -e.g ສໍາລັບຈໍານວນຂອງການຈັດອັນດັບເພື່ອປະຕິບັດການທົດສອບກ່ຽວກັບ, ຫຼື -ntmpi ສໍາລັບການ
ຈໍານວນຂອງກະທູ້. ນອກນັ້ນທ່ານຍັງສາມາດເພີ່ມ -r ເພື່ອເຮັດການທົດສອບແຕ່ລະຄັ້ງຫຼາຍຄັ້ງເພື່ອໃຫ້ດີຂຶ້ນ
ສະຖິຕິ.

gmx tune_pme ສາ​ມາດ​ທົດ​ສອບ​ຫຼາຍ​ຊ່ອງ​ທີ່​ແທ້​ຈິງ / reciprocal workloads ສໍາ​ລັບ​ທ່ານ​. ກັບ -ntpr
ທ່ານຄວບຄຸມຈໍານວນພິເສດ .tpr ໄຟລ໌ຈະຖືກຂຽນດ້ວຍຕົວຕັດໃຫຍ່ ແລະນ້ອຍລົງ
ຕາຂ່າຍ Fourier ຕາມລໍາດັບ. ໂດຍປົກກະຕິ, ການທົດສອບຄັ້ງທໍາອິດ (ຈໍານວນ 0) ຈະຢູ່ກັບ
ການຕັ້ງຄ່າຈາກການປ້ອນຂໍ້ມູນ .tpr ໄຟລ໌; ການທົດສອບຄັ້ງສຸດທ້າຍ (ຕົວເລກ ntpr) ຈະມີ Coulomb
ການ​ຕັດ​ສິນ​ກໍາ​ນົດ​ໂດຍ​ -rmax ດ້ວຍຕາຂ່າຍໄຟຟ້າ PME ເລັກນ້ອຍກວ່າໃນເວລາດຽວກັນ. ສຸດທ້າຍນີ້
ການທົດສອບ, ໄລຍະຫ່າງ Fourier ແມ່ນຄູນດ້ວຍ rmax/rcoulomb. ສ່ວນທີ່ເຫຼືອ .tpr ໄຟລ໌ຈະ
ມີໄລຍະຫ່າງຂອງ Coulomb radii (ແລະ Fourier spacings) ເທົ່າທຽມກັນລະຫວ່າງຈຸດສູງສຸດເຫຼົ່ານີ້. ຫມາຍ​ເຫດ​ ທີ່
ທ່ານສາມາດກໍານົດ -ntpr ເຖິງ 1 ຖ້າທ່ານພຽງແຕ່ຊອກຫາຈໍານວນທີ່ດີທີ່ສຸດຂອງການຈັດອັນດັບ PME ເທົ່ານັ້ນ; ໃນ​ກໍ​ລະ​ນີ​ນັ້ນ
ຂໍ້ມູນຂອງທ່ານ .tpr ໄຟລ໌ຈະຍັງຄົງບໍ່ປ່ຽນແປງ.

ສໍາລັບການແລ່ນມາດຕະຖານ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ 1000 ຂັ້ນຕອນເວລາຄວນຈະພຽງພໍສໍາລັບລະບົບ MD ສ່ວນໃຫຍ່.
ການດຸ່ນດ່ຽງການໂຫຼດແບບເຄື່ອນໄຫວຕ້ອງການເວລາປະມານ 100 ຂັ້ນຕອນເພື່ອປັບຕົວເຂົ້າກັບຄວາມບໍ່ສົມດຸນການໂຫຼດໃນທ້ອງຖິ່ນ,
ດັ່ງນັ້ນ, ຕົວນັບຂັ້ນຕອນເວລາແມ່ນຖືກຕັ້ງຄືນໃໝ່ຫຼັງຈາກ 100 ຂັ້ນຕອນ. ສໍາລັບລະບົບຂະຫນາດໃຫຍ່
(> 1M ອະຕອມ), ເຊັ່ນດຽວກັນກັບສໍາລັບຄວາມຖືກຕ້ອງສູງຂອງການວັດແທກ, ທ່ານຄວນຕັ້ງຄ່າ
- ຕັ້ງ​ຂັ້ນ​ຕອນ​ໃຫມ່​ ກັບມູນຄ່າທີ່ສູງຂຶ້ນ. ຈາກ 'DD' Load imbalance entries ໃນ md.log output
ໄຟລ໌ທີ່ທ່ານສາມາດບອກໄດ້ຫຼັງຈາກວິທີການຫຼາຍຂັ້ນຕອນການໂຫຼດມີຄວາມສົມດູນພຽງພໍ. ຕົວຢ່າງການໂທ:

gmx tune_pme -e.g 64 -s protein.tpr - ເປີດຕົວ

ຫຼັງຈາກໂທ gmx mdrun ຫຼາຍຄັ້ງ, ຂໍ້ມູນການປະຕິບັດລາຍລະອຽດແມ່ນມີຢູ່ໃນ
ໄຟລ​໌​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ໄດ້​ perf.out. ຫມາຍ​ເຫດ​ ວ່າໃນລະຫວ່າງມາດຕະຖານ, ສອງໄຟລ໌ຊົ່ວຄາວ
ຖືກຂຽນ (ທາງເລືອກ -b*), ສິ່ງເຫຼົ່ານີ້ຈະຖືກລຶບອັດຕະໂນມັດຫຼັງຈາກການທົດສອບແຕ່ລະຄັ້ງ.

ຖ້າທ່ານຕ້ອງການການຈໍາລອງເລີ່ມຕົ້ນໂດຍອັດຕະໂນມັດດ້ວຍຕົວກໍານົດການທີ່ດີທີ່ສຸດ, ໃຫ້ໃຊ້
ທາງເລືອກແຖວຄໍາສັ່ງ - ເປີດຕົວ.

ສະຫນັບສະຫນູນພື້ນຖານສໍາລັບ GPU-enabled mdrun ມີຢູ່. ໃຫ້ສະຕຣິງທີ່ມີ IDs ຂອງ GPUs
ທີ່ທ່ານຕ້ອງການທີ່ຈະນໍາໃຊ້ໃນການເພີ່ມປະສິດທິພາບໃນ -gpu_id ການໂຕ້ຖຽງແຖວຄໍາສັ່ງ. ບໍ່​ມັກ
mdrun -gpu_id, ນີ້ບໍ່ໄດ້ຫມາຍເຖິງການສ້າງແຜນທີ່ແຕ່ເປັນພຽງແຕ່ຊຸດທີ່ມີສິດໄດ້ຮັບ. g_tune_pme ຈະ
ກໍ່ສ້າງການໂທຫາ mdrun ທີ່ໃຊ້ຊຸດນີ້ຢ່າງເຫມາະສົມ, ສົມມຸດວ່າ PP ຈັດອັນດັບຕ່ໍາ
ດັດຊະນີຄວນສ້າງແຜນທີ່ກັບ GPUs ທີ່ມີດັດຊະນີຕ່ໍາ, ແລະເພີ່ມຂຶ້ນທັງສອງ monotonically ໃນໄລຍະ
ຊຸດຕາມລໍາດັບ.

OPTIONS

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ

-cpi [<.cpt>] (state.cpt) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດ່ານ

- ຕາ​ຕະ​ລາງ​ [<.xvg>] (ຕາຕະລາງ.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-tabletf [<.xvg>] (tabletf.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- ຕາ​ຕະ​ລາງ [<.xvg>] (tablet.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- ຕາ​ຕະ​ລາງ [<.xvg>] (ຕາຕະລາງ.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- ແລ່ນຄືນ [<.xtc/.trr/...>] (rerun.xtc) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng

-ອີ [<.edi>] (sam.edi) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ການປ້ອນຂໍ້ມູນການເກັບຕົວຢ່າງ ED

ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:

-p [<.ອອກ>] (perf.out)
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທົ່ວໄປ

- ຜິດພາດ [<.log>] (bencherr.log)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

- ດັ່ງນັ້ນ [<.tpr>] (tuned.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
ເສັ້ນທາງຄວາມແມ່ນຍໍາເຕັມ: tr cpt tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເສັ້ນທາງທີ່ຖືກບີບອັດ (ຮູບແບບ tng ຫຼືຮູບແບບ xdr ແບບເຄື່ອນທີ່)

-cpo [<.cpt>] (state.cpt) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດ່ານ

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
ໄຟລ໌ພະລັງງານ

-g [<.log>] (md.log)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ສະຫນາມ [<.xvg>] (field.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- ສັດທາ [<.xvg>] (deviatie.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-pf [<.xvg>] (pullf.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ro [<.xvg>] (rotation.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ra [<.log>] (rotangles.log) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-rt [<.log>] (rottorque.log) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
Hessian matrix

-dn [<.ndx>] (dipole.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

-ແລກປ່ຽນ [<.xvg>] (swapions.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ໂບ [<.trr/.cpt/...>] (bench.trr)
ເສັ້ນທາງຄວາມແມ່ນຍໍາເຕັມ: tr cpt tng

-bx [<.xtc>] (bench.xtc)
ເສັ້ນທາງທີ່ຖືກບີບອັດ (ຮູບແບບ xdr ແບບພົກພາ): xtc

-bcpo [<.cpt>] (bench.cpt)
ໄຟລ໌ດ່ານ

-bc [<.gro/.g96/...>] (bench.gro)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp

-ເປັນ [<.edr>] (bench.edr)
ໄຟລ໌ພະລັງງານ

-bg [<.log>] (bench.log)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-ເບໂອ [<.xvg>] (benchedo.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-bdhdl [<.xvg>] (benchdhdl.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-bfield [<.xvg>] (benchfld.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-btpi [<.xvg>] (benchtpi.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-btpid [<.xvg>] (benchtpid.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-bdevout [<.xvg>] (benchdev.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- Brunav [<.xvg>] (benchrnav.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-bpx [<.xvg>] (benchpx.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-bpf [<.xvg>] (benchpf.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

-ອ້າຍ [<.xvg>] (benchrot.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

- bra [<.log>] (benchrota.log) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-brs [<.log>] (benchrots.log) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-brt [<.log>] (benchrott.log) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ

-bmtx [<.mtx>] (benchn.mtx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
Hessian matrix

-bdn [<.ndx>] (bench.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ

-bswap [<.xvg>] (benchswp.xvg) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr

ທາງເລືອກອື່ນ:

-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ

-mdrun
ເສັ້ນຄໍາສັ່ງເພື່ອດໍາເນີນການຈໍາລອງ, ເຊັ່ນ: 'gmx mdrun' ຫຼື 'mdrun_mpi'

-e.g (1​)
ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ການ​ຈັດ​ອັນ​ດັບ​ເພື່ອ​ດໍາ​ເນີນ​ການ​ທົດ​ສອບ (ຕ້ອງ​ເປັນ​> 2 ສໍາ​ລັບ​ການ​ຈັດ​ອັນ​ດັບ PME ແຍກ​ຕ່າງ​ຫາກ​)

-npstring (np)
ຊື່ຂອງ $MPIRUN ທາງເລືອກທີ່ລະບຸຈໍານວນອັນດັບທີ່ຈະໃຊ້ ('np', ຫຼື 'n';
ໃຊ້ 'none' ຖ້າບໍ່ມີທາງເລືອກດັ່ງກ່າວ): np, n, none

-ntmpi (1​)
ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ MPI-threads ທີ່​ຈະ​ດໍາ​ເນີນ​ການ​ທົດ​ສອບ (ປິດ MPI ແລະ mpirun off​)

-r (2​)
ເຮັດຊ້ໍາການທົດສອບແຕ່ລະອັນນີ້ເລື້ອຍໆ

-ສູງສຸດ (0.5​)
ສ່ວນສູງສຸດຂອງອັນດັບ PME ທີ່ຈະທົດສອບກັບ

- ນາທີ (0.25​)
ສ່ວນນ້ອຍຂອງ PME ອັນດັບທີ່ຈະທົດສອບກັບ

-npme (ອັດຕະໂນມັດ)
ພາຍໃນ -min ແລະ -max, benchmark ຄ່າທີ່ເປັນໄປໄດ້ທັງໝົດສໍາລັບ -npme, ຫຼືພຽງແຕ່ສົມເຫດສົມຜົນ
ຊຸດຍ່ອຍ. ອັດຕະໂນມັດລະເລີຍ -min ແລະ -max ແລະເລືອກຄ່າທີ່ສົມເຫດສົມຜົນປະມານການຄາດເດົາ
ສໍາລັບ npme ໄດ້ມາຈາກ .tpr: auto, all, subset

- ແກ້​ໄຂ​ (-2)
ຖ້າ >= -1, ຢ່າປ່ຽນຈໍານວນອັນດັບ PME ເທົ່ານັ້ນ, ແທນທີ່ຈະໃຊ້ຄ່າຄົງທີ່ນີ້.
ແລະພຽງແຕ່ແຕກຕ່າງກັນ rcoulomb ແລະຊ່ອງຫວ່າງຕາຂ່າຍໄຟຟ້າ PME.

-rmax (0​)
ຖ້າ >0, rcoulomb ສູງສຸດສໍາລັບ -ntpr>1 (ການຂະຫຍາຍ rcoulomb ຜົນໄດ້ຮັບໃນສີ່ເສັ້ນຕາຂ່າຍໄຟຟ້າ.
ການ​ຫຼຸດ​ຜ່ອນ​)

-rmin (0​)
ຖ້າ >0, rcoulomb ໜ້ອຍສຸດສຳລັບ -ntpr>1

-[ບໍ່]scalevdw (ແມ່ນແລ້ວ)
ຂະຫນາດ rvdw ພ້ອມກັບ rcoulomb

-ntpr (0​)
ຈໍານວນ .tpr ໄຟລ໌ເພື່ອມາດຕະຖານ. ສ້າງໄຟລ໌ຈໍານວນຫຼາຍນີ້ດ້ວຍ rcoulomb ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ປັດໄຈການປັບຂະຫນາດຂຶ້ນກັບ -rmin ແລະ -rmax. ຖ້າ < 1, ເລືອກອັດຕະໂນມັດ
ຈໍານວນຂອງ .tpr ໄຟລ​໌​ທີ່​ຈະ​ທົດ​ສອບ​

- ຂັ້ນ​ຕອນ​ (1000​)
ເອົາເວລາສໍາລັບຫຼາຍຂັ້ນຕອນນີ້ໃນການແລ່ນມາດຕະຖານ

- ຕັ້ງ​ຂັ້ນ​ຕອນ​ໃຫມ່​ (100​)
ໃຫ້ dlb ທຽບເທົ່າຂັ້ນຕອນນີ້ຫຼາຍຂັ້ນຕອນກ່ອນທີ່ເວລາຈະຖືກປະຕິບັດ (ຣີເຊັດຕົວນັບຮອບ
ຫຼັງ​ຈາກ​ນີ້​ຫຼາຍ​ຂັ້ນ​ຕອນ​)

-nsteps (-1)
ຖ້າບໍ່ແມ່ນທາງລົບ, ປະຕິບັດຫຼາຍຂັ້ນຕອນນີ້ໃນການດໍາເນີນງານທີ່ແທ້ຈິງ (ຂຽນທັບ nsteps ຈາກ
.tpr, ເພີ່ມ .cpt ຂັ້ນຕອນ)

-[ບໍ່]ເປີດຕົວ (ບໍ່ມີ)
ເປີດຕົວ simulation ທີ່ແທ້ຈິງຫຼັງຈາກການເພີ່ມປະສິດທິພາບ

-[ບໍ່]ນັ່ງ (ແມ່ນແລ້ວ)
ດໍາເນີນການ benchmarks ຫຼືພຽງແຕ່ສ້າງການປ້ອນຂໍ້ມູນ .tpr ແຟ້ມ?

-[ບໍ່]ກວດ (ແມ່ນແລ້ວ)
ກ່ອນທີ່ benchmark ເຮັດວຽກ, ກວດເບິ່ງວ່າ mdrun ເຮັດວຽກຂະຫນານຫຼືບໍ່

-gpu_id
ລາຍຊື່ອຸປະກອນ GPU id-s ທີ່ມີສິດນຳໃຊ້ (ບໍ່ຄືກັບ mdrun, ບໍ່ໄດ້ໝາຍເຖິງອັນໃດ.
ແຜນທີ່)

-[ບໍ່] ຕື່ມໃສ່ (ແມ່ນແລ້ວ)
ຕື່ມໃສ່ກັບໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ຜ່ານມາເມື່ອສືບຕໍ່ຈາກຈຸດກວດກາແທນທີ່ຈະເພີ່ມ
ຈໍາ​ນວນ​ພາກ​ສ່ວນ​ຈໍາ​ລອງ​ກັບ​ຊື່​ໄຟລ​໌​ທັງ​ຫມົດ (ສໍາ​ລັບ​ການ​ເປີດ​ຕົວ​ເທົ່າ​ນັ້ນ​)

-[ບໍ່]cpnum (ບໍ່ມີ)
ເກັບຮັກສາແລະຈໍານວນໄຟລ໌ດ່ານ (ເປີດຕົວເທົ່ານັ້ນ)

-defnm
ຕັ້ງຊື່ໄຟລ໌ເລີ່ມຕົ້ນ (ເປີດຕົວເທົ່ານັ້ນ)

ໃຊ້ gmx-tune_pme ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net