go2fmtp - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - ເຄື່ອງມືການແປງ ແລະຫໍ່ຂອງມັນ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology/gene_ontology.obo

ລາຍລະອຽດ

ວິເຄາະໄຟລ໌ ontology ຮູບແບບ GO/OBO ແລະຂຽນອອກເປັນຮູບແບບທີ່ແຕກຕ່າງກັນ

ການໂຕ້ຖຽງ
-e ຂໍ້ຜິດພາດ

ຂຽນຄວາມຜິດພາດການແຍກວິເຄາະໃນ XML - ເລີ່ມຕົ້ນເປັນ STDERR (ບໍ່ຄວນມີຂໍ້ຜິດພາດໃນການແຍກວິເຄາະທີ່ດີ.
ໄຟລ​໌​ທີ່​ສ້າງ​ຕັ້ງ​ຂຶ້ນ​)

-p ຮູບແບບ

ກໍານົດຕົວແຍກທີ່ຈະໃຊ້; ຖ້າປະໄວ້ໂດຍບໍ່ໄດ້ລະບຸ, ຈະເຮັດໃຫ້ການຄາດເດົາໂດຍອີງໃສ່ໄຟລ໌
ຕໍ່ທ້າຍ. ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້ສໍາລັບຮູບແບບ

-w|ນັກຂຽນ ຮູບແບບ

ຮູບແບບສໍາລັບຜົນຜະລິດ - ເບິ່ງຂ້າງລຸ່ມນີ້ສໍາລັບບັນຊີລາຍຊື່

-|xslt XSLT

ຊື່ ຫຼືຊື່ໄຟລ໌ຂອງການຫັນປ່ຽນ XSLT

ນີ້ສາມາດເປັນເສັ້ນທາງຢ່າງແທ້ຈິງໄປຫາໄຟລ໌ທຸກບ່ອນໃນລະບົບໄຟລ໌, ຫຼືພຽງແຕ່ສາມາດເຮັດໄດ້
ເປັນຊື່ຂອງ xslt; ຕົວຢ່າງ

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

ຖ້າຊື່ຖືກລະບຸ, ຫຼັງຈາກນັ້ນທຳອິດທັງໝົດ $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl ຈະຖືກຄົ້ນຫາ; ຖ້າ
GO_ROOT ບໍ່ໄດ້ຕັ້ງ, ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ໂມດູນ perl dir ບ່ອນທີ່ GO ຖືກຕິດຕັ້ງຈະຖືກຄົ້ນຫາ (the
xslts ຈະຖືກຕິດຕັ້ງຢູ່ທີ່ນີ້ໂດຍອັດຕະໂນມັດຖ້າທ່ານປະຕິບັດຕາມຂະບວນການຕິດຕັ້ງປົກກະຕິ)

-use_cache
ຖ້າສະວິດນີ້ຖືກລະບຸ, ຫຼັງຈາກນັ້ນເປີດໂໝດແຄຊ໌.

ດ້ວຍໂຫມດແຄຊ໌, ຄັ້ງທໍາອິດທີ່ທ່ານວິເຄາະໄຟລ໌, ຫຼັງຈາກນັ້ນໄຟລ໌ເພີ່ມເຕີມຈະເປັນ
ສົ່ງອອກໃນຮູບແບບພິເສດທີ່ໄວໃນການວິເຄາະ. ໄຟລ໌ນີ້ຈະມີຊື່ໄຟລ໌ດຽວກັນ
ເປັນໄຟລ໌ຕົ້ນສະບັບ, ຍົກເວັ້ນມັນຈະມີ ".cache" ຕໍ່ທ້າຍ.

ໃນຄັ້ງຕໍ່ໄປທີ່ທ່ານວິເຄາະໄຟລ໌, ໂປຣແກຣມນີ້ຈະກວດສອບການມີຢູ່ໂດຍອັດຕະໂນມັດ
ຂອງໄຟລ໌ ".cache". ຖ້າມັນມີຢູ່, ແລະມີຫຼາຍກວ່າໄຟລ໌ທີ່ທ່ານລະບຸ, ນີ້
ຖືກວິເຄາະແທນ. ຖ້າມັນບໍ່ມີ, ມັນກໍ່ສ້າງໃຫມ່.

ນີ້ຈະນໍາເອົາການປັບປຸງຄວາມໄວສໍາລັບ b ຂອງຮູບແບບຜົນຜະລິດຂ້າງລຸ່ມນີ້ (ເຊັ່ນ:
ບັນຊີລາຍຊື່ເສັ້ນທາງ). ຮູບ​ແບບ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ສ່ວນ​ໃຫຍ່​ເຮັດ​ວຽກ​ຮ່ວມ​ກັບ​ການ​ແຍກ​ຕາມ​ເຫດ​ການ​, ດັ່ງ​ນັ້ນ​ການ​ເກັບ​ຄວາມ​ຈໍາ​ຂອງ​ວັດ​ຖຸ​ນໍາ​
ບໍ່ມີຜົນປະໂຫຍດແລະໃນຄວາມເປັນຈິງຈະຊ້າກວ່າການຂ້າມ cache

ຮູບແບບ
ຮູບແບບທີ່ຂຽນໄດ້ແມ່ນ

go_ont
ໄຟລ໌ທີ່ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ ".ontology"

ເຫຼົ່ານີ້ເກັບຮັກສາ ontology DAGs

go_def
ໄຟລ໌ທີ່ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ ".defs"

go_xref
ການອ້າງອີງຖານຂໍ້ມູນພາຍນອກສໍາລັບເງື່ອນໄຂ GO

ໄຟລ໌ທີ່ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ "2go" (ເຊັ່ນ: ec2go, metacyc2go)

go_assoc
ຄຳອະທິບາຍປະກອບຂອງ gene ຫຼືຜະລິດຕະພັນ gene ໂດຍໃຊ້ GO

ໄຟລ໌ທີ່ມີຄໍານໍາຫນ້າ "gene-association."

obo_text
ໄຟລ໌ທີ່ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ ".obo"

ນີ້ແມ່ນການທົດແທນຮູບແບບໄຟລ໌ໃຫມ່ສໍາລັບຮູບແບບໄຟລ໌ GO flat ທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ. ມັນ
ຈັດການ ontologies, ຄໍານິຍາມແລະ xrefs (ແຕ່ບໍ່ແມ່ນສະມາຄົມ)

obo_xml
ໄຟລ໌ທີ່ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ ".obo.xml" ຫຼື ".obo-xml"

ນີ້ແມ່ນສະບັບ XML ຂອງຮູບແບບໄຟລ໌ OBO ຮາບພຽງຢູ່ຂ້າງເທິງ

prolog
ຂໍ້ເທັດຈິງ prolog - ທ່ານຈະຕ້ອງການ compiler / ນາຍພາສາ prolog ເພື່ອໃຊ້ເຫຼົ່ານີ້. ເຈົ້າ​ສາ​ມາດ
ເຫດຜົນກ່ຽວກັບຂໍ້ເທັດຈິງເຫຼົ່ານີ້ໂດຍໃຊ້ Obol ຫຼືໂຄງການ Bio-LP ທີ່ຈະມາເຖິງ

tbl ງ່າຍດາຍ (lossy) ການເປັນຕົວແທນຕາຕະລາງ

ສະ​ຫຼຸບ​ສັງ​ລວມ
ສາມາດນໍາໃຊ້ໄດ້ທັງໄຟລ໌ ontology ແລະໄຟລ໌ສະມາຄົມ

ເສັ້ນທາງ
ສະແດງໃຫ້ເຫັນເສັ້ນທາງທັງຫມົດໄປຫາຮາກ

ຮູບແບບ OWL owl (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: OWL-DL)

OWL ແມ່ນຮູບແບບມາດຕະຖານ W3C ສໍາລັບ ontologies

ທ່ານຈະຕ້ອງການໄຟລ໌ XSL ຈາກການແຈກຢາຍ go-dev ຢ່າງເຕັມທີ່ເພື່ອດໍາເນີນການນີ້; ເບິ່ງ XML
ພາກສ່ວນໃນhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
ການເປັນຕົວແທນຂອງ YAML ຂອງ GO::Model::Graph object

obj_storable
ການຖິ້ມຂີ້ເຫຍື້ອຂອງ perl GO::Model::Graph object. ທ່ານຕ້ອງການເກັບຮັກສາຈາກ CPAN ສໍາລັບການນີ້
ເຮັດວຽກ. ນີ້ມີຈຸດປະສົງເພື່ອ cache ວັດຖຸຢູ່ໃນລະບົບໄຟລ໌, ສໍາລັບການເຂົ້າເຖິງໄວ. ໄດ້
ການເປັນຕົວແທນ obj_storable ອາດຈະບໍ່ເຄື່ອນທີ່

text_html
ຮູບແບບຜົນຜະລິດ OBO ທີ່ເປັນ html

godb_prestore
XML ທີ່ແຜນທີ່ໂດຍກົງກັບ GODB relational schema (ຫຼັງຈາກນັ້ນສາມາດໂຫລດໄດ້ໂດຍໃຊ້
stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML ທີ່ແຜນທີ່ໂດຍກົງກັບ Chado relational schema (ຫຼັງຈາກນັ້ນສາມາດໂຫລດໄດ້ໂດຍໃຊ້
stag-storenode.pl)

ເອກະສານອ້າງອີງ
<http://www.godatabase.org/dev>

ໃຊ້ go2fmtp ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net