gt-seed_extend - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

gt-seed_extend - ຄິດໄລ່ການຈັດຮຽງທ້ອງຖິ່ນໂດຍໃຊ້ seed ແລະຂະຫຍາຍ algorithm.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

gt seed_extend [ທາງເລືອກ ...] encseq_basename [encseq_basename]

ລາຍລະອຽດ

-ii [string]
ດັດຊະນີການປ້ອນຂໍ້ມູນສໍາລັບລໍາດັບ encseq ເຂົ້າລະຫັດ

-qii [string]
ດັດສະນີການປ້ອນຂໍ້ມູນແບບສອບຖາມ (encseq)

- ຄວາມຍາວຂອງແກ່ນ [ມູນຄ່າ]
ຄວາມຍາວຕໍ່າສຸດຂອງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງແກ່ນ: logarithm ຂອງຄວາມຍາວປ້ອນເຂົ້າກັບຂະໜາດຕົວອັກສອນພື້ນຖານ

- diagbandwidth [ມູນຄ່າ]
Logarithm ຂອງຄວາມກວ້າງຂອງແຖບເສັ້ນຂວາງ (ສໍາລັບການກັ່ນຕອງ) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 6)

- ການຄຸ້ມຄອງໜ້ອຍ [ມູນຄ່າ]
ການຄຸ້ມຄອງຂັ້ນຕ່ໍາໃນສອງແຖບເສັ້ນຂວາງໃກ້ຄຽງ (ສໍາລັບການກັ່ນຕອງ) ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 2.5 x
ກ້າເບ້ຍ

- ສູງສຸດທີ່ເຄຍ [ມູນຄ່າ]
ຄວາມຖີ່ສູງສຸດຂອງ k-mer (ສໍາລັບການກັ່ນຕອງ) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ)

- ຈໍາ​ກັດ​ [string]
ການນໍາໃຊ້ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາສູງສຸດເພື່ອກໍານົດຄວາມຖີ່ສູງສຸດຂອງ k-mer (ສໍາລັບການກັ່ນຕອງ)
(ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ)

-extendxdrop [ມູນຄ່າ]
ຂະຫຍາຍແກ່ນໃຫ້ທັງສອງດ້ານໂດຍໃຊ້ xdrop algorithm, /optional parameter ລະບຸ
ຄວາມອ່ອນໄຫວ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 97)

-xdrop ຂ້າງ​ລຸ່ມ​ນີ້​ [ມູນຄ່າ]
ລະບຸຄະແນນ xdrop cutoff (0 ຫມາຍຄວາມວ່າກໍານົດອັດຕະໂນມັດຂຶ້ນກັບຄວາມນ້ອຍ)

- ຍືດ​ເຍື້ອ [ມູນຄ່າ]
ຂະຫຍາຍແກ່ນໃຫ້ທັງສອງດ້ານໂດຍໃຊ້ສູດການຄິດໄລ່ຄວາມໂລບມາກ, ພາລາມິເຕີທາງເລືອກລະບຸ
ຄວາມອ່ອນໄຫວ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 97)

-l [ມູນຄ່າ]
ຄວາມຍາວການຈັດຕໍາ່ສຸດທີ່ (ສໍາລັບການຂະຫຍາຍແກ່ນ) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ)

- ຄວາມ​ເຂັ້ມ​ແຂງ​ [ມູນຄ່າ]
ຕົວຕົນຂັ້ນຕ່ຳຂອງຂໍ້ມູນທີ່ກົງກັນ (ສຳລັບການຂະຫຍາຍແກ່ນ) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 80)

-a [ມູນຄ່າ]
ສະແດງການຈັດຮຽງ/ລຳດັບ (ການໂຕ້ຖຽງທາງເລືອກແມ່ນຈຳນວນຖັນຕໍ່ແຖວ) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
70)

- ບໍ່​ມີ​ການ​ປີ້ນ​ກັບ​ກັນ​ [ແມ່ນ|ບໍ່]
ຫ້າມຄຳນວນການຈັບຄູ່ຢູ່ໃນສາຍພັນທີ່ເຕີມເຕັມແບບປີ້ນກັບກັນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

- ບໍ່​ມີ​ຕໍ່​ຫນ້າ​ [ແມ່ນ|ບໍ່]
ຢ່າຄິດໄລ່ການຈັບຄູ່ຢູ່ໃນສາຍສົ່ງຕໍ່ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

-v [ແມ່ນ|ບໍ່]
be verbose (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)

-ຊ່ວຍ
ສະແດງການຊ່ວຍເຫຼືອແລະອອກ

-ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບແລະອອກ

ການລາຍງານ ບັກ

ລາຍງານບັກຫາ[email protected]>.

ໃຊ້ gt-seed_extend ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net