hhconsensus - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

hhconsensus - ຄິດໄລ່ລໍາດັບຄວາມເຫັນດີສໍາລັບໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ A3M/FASTA

ສະຫຼຸບສັງລວມ

hhconsensus -i [ທາງເລືອກໃນການ]

ລາຍລະອຽດ

HHconsensus ເວີຊັ່ນ 2.0.16 (ມັງກອນ 2013) ຄິດໄລ່ລຳດັບຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມສຳລັບ
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ A3M/FASTA. (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A, ແລະ Soding J. HHblits: ຟ້າຜ່າ-ໄວຊ້ຳ.
ລໍາດັບທາດໂປຼຕີນທີ່ຊອກຫາໂດຍການຈັດລໍາດັບ HMM-HMM. ນັດ. ວິທີການ 9: 173-175 (2011).

-i
ການຈັດຮຽງແບບສອບຖາມ (A2M, A3M, ຫຼື FASTA), ຫຼື ສອບຖາມ HMM

ຜົນຜະລິດ ຕົວເລືອກ:
-s
ຕື່ມລໍາດັບຄວາມເຫັນດີນໍາໃນ FASTA (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = )

-o
ຂຽນການຈັດຮຽງຕາມລໍາດັບຄວາມເຫັນດີນໍາໃນ A3M

-oa3ມ
ດຽວກັນ

-oa2ມ
ຂຽນການຈັດຮຽງຕາມລໍາດັບຄວາມເຫັນດີນໍາໃນ A2M

-ofas
ຂຽນສອດຄ່ອງຕາມລໍາດັບໃນ FASTA

-v
ໂຫມດ verbose: 0: ບໍ່ມີຜົນຜະລິດຫນ້າຈໍ 1: warings ເທົ່ານັ້ນ 2: verbose

ການ​ກັ່ນ​ຕອງ ການປ້ອນຂໍ້ມູນ alignment (ທາງເລືອກ ສາມາດເຮັດໄດ້ be ລວມ):
-id [0,100] ຕົວຕົນຂອງລໍາດັບຄູ່ສູງສຸດ (%) (def=100)

- ຄວາມ​ແຕກ​ຕ່າງ [0,inf[ ການກັ່ນຕອງຊຸດທີ່ຫຼາກຫຼາຍທີ່ສຸດຂອງລໍາດັບ, ຮັກສາຢ່າງຫນ້ອຍນີ້

ຫຼາຍ​ລໍາ​ດັບ​ໃນ​ແຕ່​ລະ block ຂອງ >50 ຖັນ (def=0​)

-cov [0,100] ການຄຸ້ມຄອງຂັ້ນຕ່ຳດ້ວຍການສອບຖາມ (%) (def=0)

- qid [0,100] ການລະບຸຕົວຕົນຂອງລຳດັບຂັ້ນຕ່ຳດ້ວຍການສອບຖາມ (%) (def=0)

-qsc [0,100] ຄະ​ແນນ​ຕ່ຳ​ສຸດ​ຕໍ່​ຖັນ​ທີ່​ມີ​ຄຳ​ຖາມ (def=-20.0)

ການປ້ອນຂໍ້ມູນ alignment ຮູບແບບ:
-M a2m ໃຊ້ A2M/A3M (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ): ຕົວພິມໃຫຍ່ = Match; ຕົວພິມນ້ອຍ = ແຊກ; '-' = ລຶບ; '.' =
ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​ສອດ​ຄ່ອງ​ກັບ​ການ​ແຊກ (ອາດ​ຈະ​ຖືກ​ລະ​ເວັ້ນ​)

-M ຄັ້ງທໍາອິດ
ໃຊ້ FASTA: ຖັນທີ່ມີ residue ໃນລໍາດັບທີ 1 ແມ່ນສະຖານະທີ່ກົງກັນ

-M [0,100]
ໃຊ້ FASTA: ຖັນທີ່ມີຊ່ອງຫວ່າງໜ້ອຍກວ່າ X% ແມ່ນສະຖານະທີ່ກົງກັນ

ອື່ນ ໆ ຕົວເລືອກ:
- ຕື່ມ ເພີ່ມຂໍ້ມູນໂຄງສ້າງສຳຮອງທີ່ຄາດຄະເນໄວ້ຈາກ PSIPRED

ຕົວຢ່າງ: hhconsensus -i stdin -s stdout

ໃຊ້ hhconsensus ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net