ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ hmmemit ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຟຣີຫຼາຍອັນຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
hmmemit - ລຳດັບຕົວຢ່າງຈາກໂປຣໄຟລ໌ HMM
ສະຫຼຸບສັງລວມ
hmmemit [ທາງເລືອກ] hmmfile
ລາຍລະອຽດ
ໄດ້ hmmemit ຕົວຢ່າງໂປຣແກຣມ (ປ່ອຍຕົວ) ລຳດັບຈາກໂປຣໄຟລ໌ HMM(s) ໃນ hmmfile, ແລະ
ຂຽນໃຫ້ເຂົາເຈົ້າອອກ. ລໍາດັບຕົວຢ່າງອາດຈະເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບຈຸດປະສົງທີ່ຫຼາກຫຼາຍ,
ລວມທັງການສ້າງຜົນບວກທີ່ແທ້ຈິງສັງເຄາະສໍາລັບ benchmarks ຫຼືການທົດສອບ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເພື່ອຕົວຢ່າງຫນຶ່ງລໍາດັບ unaligned ຈາກຮູບແບບຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັກ, ເຊິ່ງ
ຫມາຍຄວາມວ່າແຕ່ລະລໍາດັບປະກອບດ້ວຍຫນຶ່ງໂດເມນທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ. ອີກທາງເລືອກ, ກັບ -c
ທາງເລືອກ, ທ່ານສາມາດປ່ອຍອອກມາເປັນລໍາດັບຄວາມເຫັນດີຂອງກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່ທີ່ງ່າຍດາຍ; ຫຼືກັບ -a ທາງເລືອກ, ເຈົ້າ
ສາມາດ emit ສອດຄ່ອງ (ໃນກໍລະນີໃດກໍ່ຕາມ, ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການກໍານົດ -N ກັບບາງສິ່ງບາງຢ່າງອື່ນ
ກ່ວາຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງມັນ 1 ລຳດັບຕໍ່ຕົວແບບ).
ເປັນທາງເລືອກອື່ນ, ມີ -p ທາງເລືອກທີ່ທ່ານສາມາດຕົວຢ່າງລໍາດັບຈາກການຕັ້ງຄ່າຢ່າງເຕັມທີ່
ປະຫວັດການຊອກຫາ HMMER. ນີ້ຫມາຍຄວາມວ່າການຍົກຕົວຢ່າງ 'ລໍາດັບ homologous' ໂດຍຄໍານິຍາມຂອງ HMMER,
ລວມທັງລໍາດັບ flanking nonhomologous, ການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນ, ແລະຫຼາຍໂດເມນຕໍ່
ລໍາດັບ, ຂຶ້ນກັບຮູບແບບຄວາມຍາວແລະຮູບແບບການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ເລືອກສໍາລັບໂປຣໄຟລ໌.
ໄດ້ hmmfile ອາດມີຫ້ອງສະໝຸດຂອງ HMMs, ເຊິ່ງໃນກໍລະນີແຕ່ລະ HMM ຈະຖືກໃຊ້ໃນທາງກັບກັນ.
ອາດຈະເປັນ '-' (dash), ຊຶ່ງຫມາຍຄວາມວ່າການອ່ານຂໍ້ມູນນີ້ຈາກ stdin ແທນທີ່ຈະເປັນໄຟລ໌.
COMMON OPTIONS
-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.
-o ຊີ້ນໍາລໍາດັບຜົນຜະລິດເພື່ອໄຟລ໌ , ແທນທີ່ຈະ stdout.
-N ຕົວຢ່າງ ລໍາດັບຕໍ່ຕົວແບບ, ແທນທີ່ຈະພຽງແຕ່ຫນຶ່ງ.
OPTIONS ການຄວບຄຸມ ແມ່ນຫຍັງ ເຖິງ ອອກມາ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເພື່ອເອົາຕົວຢ່າງ N ລໍາດັບຈາກຕົວແບບຫຼັກ. ອີກທາງເລືອກ, ທ່ານອາດຈະເລືອກ
ຫນຶ່ງ (ແລະພຽງແຕ່ຫນຶ່ງ) ຂອງທາງເລືອກຕໍ່ໄປນີ້.
-a ປ່ອຍຄວາມສອດຄ່ອງສໍາລັບແຕ່ລະ HMM ໃນ hmmfile ແທນທີ່ຈະເປັນຕົວຢ່າງທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງ
ລຳດັບເທື່ອລະອັນ.
-c ປ່ອຍລໍາດັບຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງກົດລະບຽບຫຼາຍ, ແທນທີ່ຈະເປັນຕົວຢ່າງຂອງລໍາດັບຈາກ
ໂປຣໄຟລ໌ການແຈກຢາຍຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງ HMM. ລໍາດັບຄວາມເຫັນດີເປັນປະກອບໂດຍ
ການເລືອກຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດທີ່ເຫຼືອຢູ່ໃນແຕ່ລະສະຖານະທີ່ກົງກັນ.
-C ປ່ອຍລໍາດັບຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງກົດຫຼາຍແບບທີ່ແປກປະຫຼາດກວ່າ -c ທາງເລືອກ. ຖ້າສູງສຸດ
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ residue ມີ p ນາທີ ສະແດງເປັນຕົວພິມນ້ອຍ 'any' residue (n ຫຼື x); ຖ້າ
p >= ນາທີ ແລະ ນາທີ ສະແດງໃຫ້ເຫັນມັນເປັນ residue ກໍລະນີຕ່ໍາ; ແລະຖ້າ p >= ນາທີ ສະແດງໃຫ້ເຫັນມັນເປັນ
ສານຕົກຄ້າງຂອງຕົວພິມໃຫຍ່. ການຕັ້ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ ນາທີ ແລະ ນາທີ ແມ່ນທັງສອງ 0.0, ເຊິ່ງ
ວິທີການ -C ໃຫ້ຜົນຜະລິດດຽວກັນກັບ -c ເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າທ່ານຍັງກໍານົດ ນາທີ ແລະ ນາທີ ກັບສິ່ງທີ່ທ່ານ
ຕ້ອງການ.
-p ຕົວຢ່າງ ລຳ ດັບທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນຈາກໂປຣໄຟລ໌ການຊອກຫາທີ່ບໍ່ກ່ຽວຂ້ອງ, ບໍ່ແມ່ນຈາກຫຼັກ
ຕົວແບບ. ຮູບແບບຫຼັກປະກອບດ້ວຍພຽງແຕ່ລັດ homologous (ລະຫວ່າງເລີ່ມຕົ້ນ
ແລະຈຸດສິ້ນສຸດຂອງຮູບແບບ HMMER Plan7). ໂປຼໄຟລ໌ປະກອບມີ N nonhomologous,
C, ແລະ J states, local/glocal ແລະ uni/multihit algorithm configuration, ແລະ
ຮູບແບບຄວາມຍາວເປົ້າຫມາຍ. ດັ່ງນັ້ນ, ລໍາດັບຕົວຢ່າງຈາກໂປຣໄຟລ໌ອາດຈະປະກອບມີ
nonhomologous ເຊັ່ນດຽວກັນກັບລໍາດັບ homologous, ແລະອາດຈະມີຫຼາຍກ່ວາຫນຶ່ງ
ສ່ວນລຳດັບທີ່ຄືກັນ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ໂປຼໄຟລ໌ແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບທ້ອງຖິ່ນ multihit, ແລະ
ຄວາມຍາວຂອງລຳດັບເປົ້າໝາຍຖືກກຳນົດຄ່າສຳລັບ L=400.
OPTIONS ການຄວບຄຸມ ສະຖາບັນ ຈາກ PROFILES
ທາງເລືອກເຫຼົ່ານີ້ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ທ່ານໄດ້ກໍານົດ -p ທາງເລືອກ.
-L ກຳນົດຄ່າຕົວແບບຄວາມຍາວລຳດັບເປົ້າໝາຍຂອງໂປຣໄຟລ໌ເພື່ອສ້າງຄວາມຍາວສະເລ່ຍ
ປະມານ ແທນທີ່ຈະເປັນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ 400.
--ທ້ອງຖິ່ນ
ກຳນົດຄ່າໂປຣໄຟລ໌ສຳລັບການຈັດຕຳແໜ່ງທ້ອງຖິ່ນຫຼາຍຈຸດ.
--unilocal
ຕັ້ງຄ່າໂປຣໄຟລ໌ສໍາລັບການຈັດວາງທ້ອງຖິ່ນ unihit (Smith/Waterman).
-- ທ້ອງຖິ່ນ
ຕັ້ງຄ່າໂປຣໄຟລ໌ສໍາລັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງ glocal multihit.
--uniglocal
ຕັ້ງຄ່າໂປຣໄຟລ໌ສໍາລັບການຈັດວາງ glocal unihit.
OPTIONS ການຄວບຄຸມ ແຟນຊີ ເອກະສັນ ສະຖາບັນ
ທາງເລືອກເຫຼົ່ານີ້ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ທ່ານໄດ້ກໍານົດ -C ທາງເລືອກ.
--ນາທີ
ກໍານົດ ນາທີ ເກນສໍາລັບການສະແດງສານຕົກຄ້າງທີ່ອະນຸລັກອ່ອນໆເປັນຕົວພິມນ້ອຍ. (0 <=
x <= 1)
--ນາທີ
ກໍານົດ ນາທີ ເກນສໍາລັບການສະແດງສານຕົກຄ້າງທີ່ສະຫງວນໄວ້ຢ່າງແຂງແຮງເປັນຕົວພິມໃຫຍ່. (0
<= x <= 1)
ອື່ນໆ OPTIONS
-- ແກ່ນ
ແກ່ນເຄື່ອງກໍາເນີດຈໍານວນ Random ກັບ , an integer >= 0. ຖ້າ ບໍ່ແມ່ນສູນ, ໃດໆ
simulations stochastic ຈະໄດ້ຮັບການແຜ່ພັນ; ຄໍາສັ່ງດຽວກັນຈະໃຫ້ຄືກັນ
ຜົນໄດ້ຮັບ. ຖ້າ ແມ່ນ 0, ເຄື່ອງກໍາເນີດເລກສຸ່ມແມ່ນ seeded arbitrarily, ແລະ
ການຈໍາລອງ stochastic ຈະແຕກຕ່າງກັນຈາກການແລ່ນໄປຫາຄໍາສັ່ງດຽວກັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແມ່ນ 0: ໃຊ້ເມັດທີ່ມັກ, ແຕກຕ່າງກັນ hmmemit ແລ່ນຈະສ້າງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ຕົວຢ່າງ.
ໃຊ້ hmmemit ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
