ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ hmmfetch ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
hmmfetch - ດຶງຂໍ້ມູນ HMM ຈາກໄຟລ໌ໃດໜຶ່ງ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
hmmfetch [ທາງເລືອກ]
(ດຶງເອົາຊື່ HMM )
hmmfetch -f [ທາງເລືອກ]
(ດຶງເອົາ HMM ທັງໝົດທີ່ມີລາຍຊື່ຢູ່ໃນ )
hmmfetch --index [ທາງເລືອກ]
(ດັດຊະນີ ສໍາລັບການດຶງຂໍ້ມູນ)
ລາຍລະອຽດ
ດຶງຂໍ້ມູນ HMMs ໜຶ່ງ ຫຼືຫຼາຍກວ່ານັ້ນມາຈາກອັນ (ຖານຂໍ້ມູນ Pfam ຂະຫນາດໃຫຍ່, ສໍາລັບ
ຕົວຢ່າງ).
ສໍາລັບຄວາມໄວສູງສຸດ, ໄດ້ ຄວນຖືກດັດສະນີກ່ອນ, ໂດຍໃຊ້ hmmfetch --index. ໄດ້
index ແມ່ນໄຟລ໌ສອງຊື່ .ssi. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ນີ້ແມ່ນທາງເລືອກ, ແລະການດຶງຂໍ້ມູນຈະ
ຍັງເຮັດວຽກຈາກໄຟລ໌ unindexed, ເຖິງແມ່ນວ່າຫຼາຍຊ້າຫຼາຍ.
ຮູບແບບເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເພື່ອດຶງຂໍ້ມູນໂປຣໄຟລ໌ດຽວໂດຍຊື່ຫຼືການເຂົ້າ, ເອີ້ນວ່າ .
ຍົກຕົວຢ່າງ:
% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045
ມີ -f ທາງເລືອກ, ກ ທີ່ມີບັນຊີລາຍຊື່ຂອງຫນຶ່ງຫຼືຫຼາຍກະແຈຖືກອ່ານແທນ.
ຊ່ອງຫວ່າງທໍາອິດທີ່ຂັ້ນດ້ວຍຊ່ອງຫວ່າງຢູ່ໃນແຕ່ລະແຖວທີ່ບໍ່ແມ່ນຄໍາຄິດເຫັນທີ່ບໍ່ຫວ່າງເປົ່າຂອງ
ຖືກນໍາໃຊ້ເປັນ , ແລະຂໍ້ມູນໃດໆທີ່ຍັງເຫຼືອຢູ່ໃນເສັ້ນແມ່ນຖືກລະເລີຍ. ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ມີຄວາມຫລາກຫລາຍ
ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທີ່ຂັ້ນດ້ວຍຊ່ອງຫວ່າງເພື່ອໃຊ້ເປັນ ດ.
ເມື່ອນໍາໃຊ້ -f ແລະ , ຖ້າ hmmfile ໄດ້ຖືກດັດຊະນີ, ກະແຈແມ່ນໄດ້ຮັບການດຶງຂໍ້ມູນໃນ
ສັ່ງໃຫ້ເຂົາເຈົ້າເກີດຂຶ້ນໃນ ໄຟລ໌ຄີ, ແຕ່ຖ້າ hmmfile ບໍ່ໄດ້ຖືກດັດສະນີ, ລະຫັດຈະຖືກດຶງອອກມາໃນ
ສັ່ງໃຫ້ເຂົາເຈົ້າເກີດຂຶ້ນໃນ hmmfile. ນີ້ແມ່ນຜົນຂ້າງຄຽງຂອງການປະຕິບັດທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້
ລະຫັດຫຼາຍອັນທີ່ຈະຖືກດຶງອອກມາເຖິງແມ່ນວ່າ ເປັນກະແສທີ່ບໍ່ສາມາດລົມຄືນໄດ້, ເຊັ່ນ: a
ທໍ່ວັດສະດຸປ້ອນມາດຕະຖານ.
ໃນການນໍາໃຊ້ປົກກະຕິ (ໂດຍບໍ່ມີການ --index or -f ທາງເລືອກ) ອາດຈະເປັນ '-' (dash), ຊຶ່ງຫມາຍຄວາມວ່າ
ການອ່ານຂໍ້ມູນຈາກ stdin ແທນທີ່ຈະເປັນໄຟລ໌. ກັບ --index ທາງເລືອກ, ອາດຈະບໍ່
ເປັນ '-'; ມັນບໍ່ມີຄວາມຫມາຍທີ່ຈະດັດສະນີກະແສການປ້ອນຂໍ້ມູນມາດຕະຖານ. ກັບ -f ທາງເລືອກ,
ບໍ່ວ່າຈະເປັນ or (ແຕ່ບໍ່ແມ່ນທັງສອງ) ອາດຈະເປັນ '-'. ມັນມັກຈະເປັນປະໂຫຍດໂດຍສະເພາະ
ອ່ານ ຈາກການປ້ອນຂໍ້ມູນມາດຕະຖານ, ເນື່ອງຈາກວ່ານີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ນໍາໃຊ້ເພື່ອນໍາໃຊ້ຄໍາສັ່ງ arbitrary
ການຮຽກຮ້ອງສາຍເພື່ອສ້າງລາຍຊື່ ຫຼືການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກ HMM, ຈາກນັ້ນເອົາພວກມັນທັງໝົດໄປຫາອັນໃໝ່
ໄຟລ໌, ພຽງແຕ່ມີຄໍາສັ່ງດຽວ.
ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, HMMs ທີ່ດຶງມາຈະຖືກພິມເປັນຜົນຜະລິດມາດຕະຖານໃນຮູບແບບ HMMER3.
OPTIONS
-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.
-f ການໂຕ້ຖຽງຄໍາສັ່ງທີສອງແມ່ນ a ແທນທີ່ຈະເປັນອັນດຽວ . ໄດ້
ພາກສະຫນາມທໍາອິດໃນແຕ່ລະເສັ້ນຂອງ ຖືກນໍາໃຊ້ເປັນການດຶງຂໍ້ມູນ (ຊື່ HMM
ຫຼືການເຂົ້າເປັນສະມາຊິກ). ເສັ້ນເປົ່າແລະເສັ້ນສະແດງຄວາມຄິດເຫັນ (ທີ່ເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍຕົວອັກສອນ #) ແມ່ນ
ບໍ່ສົນໃຈ.
-o ສົ່ງອອກ HMM(s) ໄປຫາໄຟລ໌ ແທນທີ່ຈະເປັນຜົນຜະລິດມາດຕະຖານ.
-O ສົ່ງ HMM(s) ໄປຫາແຕ່ລະໄຟລ໌ທີ່ມີຊື່ ແທນທີ່ຈະເປັນຜົນຜະລິດມາດຕະຖານ. ກັບ
ໄດ້ -f ທາງເລືອກ, ນີ້ສາມາດສົ່ງຜົນໃຫ້ຫຼາຍໄຟລ໌ໄດ້ຖືກສ້າງຕັ້ງຂຶ້ນ.
--index
ແທນທີ່ຈະດຶງຂໍ້ມູນຫນຶ່ງຫຼືຫຼາຍຈາກ , ດັດສະນີ ສໍາລັບການ
ການຄົ້ນຫາໃນອະນາຄົດ. ນີ້ສ້າງເປັນ .ssi ໄຟລ໌ດັດຊະນີຖານສອງ.
ໃຊ້ hmmfetch ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
