hmmscan - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

hmmscan - ຄົ້ນຫາລໍາດັບທາດໂປຼຕີນຈາກຖານຂໍ້ມູນໂປຼຕີນ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

hmmscan [ທາງເລືອກ]

ລາຍລະອຽດ

hmmscan ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອຄົ້ນຫາລໍາດັບທາດໂປຼຕີນຈາກການລວບລວມຂໍ້ມູນຂອງໂປຼຕີນ. ສໍາລັບ
ແຕ່ລະລໍາດັບໃນ , ໃຊ້ລໍາດັບແບບສອບຖາມເພື່ອຄົ້ນຫາຖານຂໍ້ມູນເປົ້າຫມາຍຂອງ
ໂປຣໄຟລ໌ໃນ , ແລະຜົນຜະລິດອັນດັບບັນຊີລາຍຊື່ຂອງໂປໄຟທີ່ມີຄວາມສໍາຄັນທີ່ສຸດ
ກົງກັບລໍາດັບ.

ໄດ້ ອາດມີຫຼາຍກວ່າໜຶ່ງລຳດັບການສອບຖາມ. ມັນສາມາດຢູ່ໃນຮູບແບບ FASTA, ຫຼື
ຫຼາຍໆຮູບແບບໄຟລ໌ລໍາດັບທົ່ວໄປອື່ນໆ (genbank, embl, ແລະ uniprot, ແລະອື່ນໆ), ຫຼື
ໃນ​ຮູບ​ແບບ​ໄຟລ​໌​ສອດ​ຄ່ອງ (stockholm​, ສອດ​ຄ່ອງ fasta​, ແລະ​ອື່ນໆ​)​. ເບິ່ງ --qformat ທາງເລືອກ
ສໍາລັບບັນຊີລາຍຊື່ຄົບຖ້ວນ.

ໄດ້ ຕ້ອງ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ກົດ​ດັນ​ໂດຍ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ ຊົມເຊີຍ ກ່ອນທີ່ຈະສາມາດຄົ້ນຫາດ້ວຍ hmmscan.
ອັນນີ້ສ້າງສີ່ໄຟລ໌ໄບນາຣີ, ຕໍ່ທ້າຍ .h3{fimp}.

ການສອບຖາມ ອາດຈະເປັນ '-' (ຕົວອັກສອນ dash), ໃນກໍລະນີທີ່ລໍາດັບການສອບຖາມແມ່ນ
ອ່ານຈາກ ກ ທໍ່ແທນທີ່ຈະມາຈາກໄຟລ໌. ໄດ້ ບໍ່ສາມາດອ່ານໄດ້ຈາກ a
stream, ເນື່ອງຈາກວ່າມັນຈໍາເປັນຕ້ອງມີສີ່ໄຟລ໌ binary auxiliary ທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ
ຊົມເຊີຍ.

ຮູບແບບຜົນຜະລິດໄດ້ຖືກອອກແບບມາເພື່ອໃຫ້ມະນຸດສາມາດອ່ານໄດ້, ແຕ່ມັກຈະມີປະລິມານຫຼາຍ
ການອ່ານມັນບໍ່ມີປະໂຫຍດ, ແລະການແຍກມັນເປັນເລື່ອງເຈັບປວດ. ໄດ້ --tblout ແລະ --domtblout ທາງເລືອກໃນການ
ບັນທຶກຜົນຜະລິດໃນຮູບແບບຕາຕະລາງທີ່ງ່າຍດາຍທີ່ຫຍໍ້ແລະງ່າຍຕໍ່ການວິເຄາະ. ໄດ້ -o ທາງເລືອກ
ອະນຸຍາດໃຫ້ປ່ຽນເສັ້ນທາງຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍ, ລວມທັງການຖິ້ມມັນອອກໄປໃນ /dev/null.

OPTIONS

-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.

OPTIONS FOR ການຄວບຄຸມ OUTPUT

-o ຊີ້ທິດທາງຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍທີ່ມະນຸດອ່ານໄດ້ໄປຫາໄຟລ໌ ແທນທີ່ຈະເປັນ stdout ເລີ່ມຕົ້ນ.

--tblout
ບັນທຶກໄຟລ໌ຕາຕະລາງແບບງ່າຍໆ (ຂັ້ນດ້ວຍພື້ນທີ່) ສະຫຼຸບຜົນໄດ້ຮັບຕໍ່ເປົ້າໝາຍ,
ໂດຍພົບເສັ້ນຂໍ້ມູນໜຶ່ງເສັ້ນຕໍ່ຕົວແບບເປົ້າໝາຍທີ່ເປັນເອກະພາບ.

--domtblout
ບັນທຶກໄຟລ໌ຕາຕະລາງແບບງ່າຍໆ (ຂັ້ນດ້ວຍພື້ນທີ່) ສະຫຼຸບຜົນອອກຕໍ່ໂດເມນ,
ກັບເສັ້ນຂໍ້ມູນຫນຶ່ງຕໍ່ໂດເມນ homologous ທີ່ກວດພົບໃນລໍາດັບການສອບຖາມສໍາລັບແຕ່ລະຄົນ
ຮູບແບບດຽວກັນ.

--pfamtblout
ບັນທຶກໄຟລ໌ຕາຕະລາງ succinct ໂດຍສະເພາະ (ພື້ນທີ່ -delimited) ສະຫຼຸບໂດຍຫຍໍ້ຂອງ per-
ຜົນຜະລິດເປົ້າຫມາຍ, ມີເສັ້ນຂໍ້ມູນຫນຶ່ງຕໍ່ຮູບແບບເປົ້າຫມາຍ homologous ພົບ.

--acc ໃຊ້ການເຂົ້າໃຊ້ແທນຊື່ໃນຜົນໄດ້ຮັບຕົ້ນຕໍ, ບ່ອນທີ່ມີໃຫ້ກັບໂປຣໄຟລ໌
ແລະ/ຫຼື ລຳດັບ.

--ໂນອາລີ
ຂ້າມພາກສ່ວນການຈັດຮຽງຈາກຜົນຜະລິດຫຼັກ. ນີ້ສາມາດຫຼຸດລົງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍຜົນຜະລິດ
ປະລິມານ.

--notextw
ບໍ່ຈໍາກັດຄວາມຍາວຂອງແຕ່ລະເສັ້ນໃນຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຈໍາກັດ 120
ຕົວ​ອັກ​ສອນ​ຕໍ່​ແຖວ​, ເຊິ່ງ​ຈະ​ຊ່ວຍ​ໃນ​ການ​ສະ​ແດງ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ໄດ້​ຢ່າງ​ສະ​ອາດ​ຢູ່​ໃນ terminals ແລະ​
ໃນບັນນາທິການ, ແຕ່ສາມາດຕັດເສັ້ນລາຍລະອຽດໂປຣໄຟລ໌ເປົ້າຫມາຍ.

--textw
ກໍານົດຂອບເຂດຄວາມຍາວເສັ້ນຂອງຜົນຜະລິດຕົ້ນຕໍເປັນ ຕົວອັກສອນຕໍ່ແຖວ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
120​.

OPTIONS FOR ການລາຍງານ ເກນກຳນົດ

ການ​ລາຍ​ງານ​ຂອບ​ເຂດ​ຄວບ​ຄຸມ​ການ​ລາຍ​ງານ hits ໃນ​ໄຟລ​໌​ຜົນ​ຜະ​ລິດ (ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ຕົ້ນ​ຕໍ​,
--tblout, ແລະ --domtblout).

-E ໃນຜົນໄດ້ຮັບຕໍ່ເປົ້າຫມາຍ, ລາຍງານໂປຣໄຟລ໌ເປົ້າຫມາຍທີ່ມີ E-value ຂອງ <= . ໄດ້
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 10.0, ຊຶ່ງຫມາຍຄວາມວ່າໂດຍສະເລ່ຍ, ປະມານ 10 ບວກທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງຈະຖືກລາຍງານ
ຕໍ່​ການ​ສອບ​ຖາມ, ດັ່ງ​ນັ້ນ​ທ່ານ​ສາ​ມາດ​ເບິ່ງ​ດ້ານ​ເທິງ​ຂອງ​ສິ່ງ​ລົບ​ກວນ​ແລະ​ການ​ຕັດ​ສິນ​ໃຈ​ສໍາ​ລັບ​ຕົວ​ທ່ານ​ເອງ​ວ່າ​ມັນ​ເປັນ
ສິ່ງລົບກວນແທ້ໆ.

-T ແທນທີ່ຈະກໍານົດຂອບເຂດຜົນຜະລິດຕໍ່ໂປຣໄຟລ໌ໃນ E-value, ແທນທີ່ຈະລາຍງານເປົ້າຫມາຍ
ໂປຣໄຟລ໌ທີ່ມີຄະແນນນ້ອຍຂອງ >= .

--domE
ໃນຜົນຜະລິດຕໍ່ໂດເມນ, ສໍາລັບໂປຼໄຟລ໌ເປົ້າຫມາຍທີ່ພໍໃຈແລ້ວ per-
ລະດັບການລາຍງານໂປຣໄຟລ໌, ລາຍງານໂດເມນສ່ວນບຸກຄົນທີ່ມີເງື່ອນໄຂ E-value
ຂອງ <= . ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 10.0. E-value ທີ່ມີເງື່ອນໄຂຫມາຍເຖິງຕົວເລກທີ່ຄາດໄວ້
ຂອງໂດເມນບວກທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງເພີ່ມເຕີມໃນພື້ນທີ່ຄົ້ນຫາຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າຂອງເຫຼົ່ານັ້ນ
ການປຽບທຽບທີ່ພໍໃຈກັບເກນການລາຍງານຕໍ່ໂປຣໄຟລ໌ແລ້ວ (ແລະດັ່ງນັ້ນ
ຕ້ອງມີຢ່າງຫນ້ອຍຫນຶ່ງໂດເມນ homologous ແລ້ວ).

--domT
ແທນທີ່ຈະກໍານົດຂອບເຂດຜົນຜະລິດຕໍ່ໂດເມນໃນ E-value, ແທນທີ່ຈະລາຍງານໂດເມນດ້ວຍ a
ຄະແນນນ້ອຍຂອງ >= .

OPTIONS FOR ລວມເຂົ້າ ເກນກຳນົດ

ເກນການລວມແມ່ນເຂັ້ມງວດກວ່າການລາຍງານ. ການຄວບຄຸມການລວມເຂົ້າກັນ
hits ອັນໃດຖືກຖືວ່າເປັນທີ່ເຊື່ອຖືໄດ້ພຽງພໍທີ່ຈະຖືກລວມເຂົ້າໃນການຈັດລຽງຜົນຜະລິດຫຼື a
ຮອບຄົ້ນຫາຕໍ່ໄປ. ໃນ hmmscan, ເຊິ່ງບໍ່ມີຜົນຜະລິດການຈັດຕໍາແຫນ່ງໃດໆ (ເຊັ່ນ:
hmmmsearch or phmmer) ຫຼືຂັ້ນຕອນການຄົ້ນຫາຊໍ້າໆ (ເຊັ່ນ jackhmmer), ຂອບເຂດການລວມ
ມີຜົນກະທົບຫນ້ອຍ. ພວກເຂົາເຈົ້າພຽງແຕ່ຜົນກະທົບຕໍ່ສິ່ງທີ່ໂດເມນໄດ້ຮັບການຫມາຍເປັນທີ່ສໍາຄັນ (!) ຫຼື
ຄໍາຖາມ (?) ໃນຜົນຜະລິດໂດເມນ.

--incE
ໃຊ້ E-value ຂອງ <= ຕາມ​ເປົ້າ​ໝາຍ​ລວມ​ຕໍ່​ເປົ້າ​ໝາຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
0.01, ຫມາຍຄວາມວ່າໂດຍສະເລ່ຍ, ປະມານ 1 false positive ຄາດວ່າຈະຢູ່ໃນທຸກໆ
100 ການຄົ້ນຫາທີ່ມີລໍາດັບຄໍາຖາມທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.

--incT
ແທນທີ່ຈະໃຊ້ E-values ​​ສໍາລັບກໍານົດຂອບເຂດການລວມ, ແທນທີ່ຈະໃຊ້ເລັກນ້ອຍ
ຄະແນນຂອງ >= ເປັນຂອບເຂດການລວມເອົາຕໍ່ເປົ້າໝາຍ. ມັນຈະເປັນການຜິດປົກກະຕິທີ່ຈະໃຊ້
bit ເກນຄະແນນທີ່ມີ hmmscan, ເພາະວ່າເຈົ້າບໍ່ໄດ້ຄາດຫວັງຄະແນນດຽວ
ເກນທີ່ຈະເຮັດວຽກສໍາລັບໂປຣໄຟລ໌ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ; ໂປຣໄຟລ໌ທີ່ແຕກຕ່າງກັນມີເລັກນ້ອຍ
ການແຈກຢາຍຄະແນນທີ່ຄາດໄວ້ແຕກຕ່າງກັນ.

--incdomE
ໃຊ້ເງື່ອນໄຂ E-value ຂອງ <= ເປັນຂອບເຂດການລວມເອົາຕໍ່ໂດເມນ, ໃນ
ເປົ້າໝາຍທີ່ພໍໃຈແລ້ວກັບເກນລວມຕໍ່ເປົ້າໝາຍລວມ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.01.

--incdomT
ແທນທີ່ຈະໃຊ້ E-values, ແທນທີ່ຈະໃຊ້ຄະແນນນ້ອຍຂອງ >= ເປັນຕໍ່ໂດເມນ
ເກນລວມ. ເຊັ່ນ​ດຽວ​ກັບ --incT ຂ້າງເທິງ, ມັນຈະເປັນການຜິດປົກກະຕິທີ່ຈະໃຊ້ບິດດຽວ
ເກນຄະແນນໃນ hmmscan.

OPTIONS FOR MODEL-SPECIFIC ຄະແນນ ເກນກຳນົດ

ຖານຂໍ້ມູນໂປຣໄຟລ໌ທີ່ຄັດສັນມາອາດຈະກໍານົດຂອບເຂດຄະແນນບິດສະເພາະສໍາລັບແຕ່ລະໂປຣໄຟລ໌,
ແທນທີ່ເກນໃດນຶ່ງໂດຍອີງໃສ່ຄວາມສຳຄັນທາງສະຖິຕິຢ່າງດຽວ.

ເພື່ອໃຊ້ຕົວເລືອກເຫຼົ່ານີ້, ໂປຣໄຟລ໌ຈະຕ້ອງມີຂໍ້ມູນທີ່ເຫມາະສົມ (GA, TC, ແລະ/ຫຼື NC)
annotation ເກນຄະແນນທາງເລືອກ; ນີ້ແມ່ນເກັບຂຶ້ນໂດຍ hmmbuild ຈາກ​ຮູບ​ແບບ Stockholm​
ໄຟລ໌ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. ແຕ່ລະຕົວເລືອກເກນມີສອງຄະແນນ: ເກນຕໍ່ລຳດັບ
ແລະຂອບເຂດຕໍ່ໂດເມນ ເຫຼົ່ານີ້ປະຕິບັດຄືກັບວ່າ -T --incT --domT
--incdomT ໄດ້​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​ໂດຍ​ສະ​ເພາະ​ໂດຍ​ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ມາດ​ຕະ​ຖານ curated ຂອງ​ແຕ່​ລະ​ແບບ​.

--cut_ga
ໃຊ້ GA (ການລວບລວມ) ຄະແນນບິດໃນຕົວແບບເພື່ອກໍານົດຕໍ່ລໍາດັບ (GA1) ແລະຕໍ່.
ໂດເມນ (GA2) ການລາຍງານແລະການລວມເອົາຂອບເຂດ. ເກນ GA ໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວ
ຖືວ່າເປັນເກນທີ່ໜ້າເຊື່ອຖືໄດ້ທີ່ກຳນົດການເປັນສະມາຊິກຄອບຄົວ; ສໍາລັບ
ຕົວຢ່າງ, ໃນ Pfam, ຂອບເຂດເຫຼົ່ານີ້ກໍານົດສິ່ງທີ່ຖືກລວມຢູ່ໃນ Pfam Full
ການຈັດລໍາດັບໂດຍອີງໃສ່ການຄົ້ນຫາທີ່ມີຮູບແບບ Pfam Seed.

--cut_nc
ໃຊ້ຂອບເຂດຄະແນນບິດຂອງ NC (noise cutoff) ໃນຕົວແບບເພື່ອກໍານົດຕໍ່ລໍາດັບ
(NC1) ແລະການລາຍງານຕໍ່ໂດເມນ (NC2) ແລະເກນການລວມເຂົ້າກັນ. ເກນ NC ແມ່ນ
ໂດຍ​ທົ່ວ​ໄປ​ແລ້ວ​ຖື​ວ່າ​ເປັນ​ຄະ​ແນນ​ຂອງ​ຄະ​ແນນ​ສູງ​ສຸດ​ທີ່​ຮູ້​ຈັກ​ທາງ​ບວກ​ບໍ່​ຖືກ​ຕ້ອງ​.

--cut_tc
ໃຊ້ຂອບເຂດຄະແນນບິດຂອງ NC (ການຕັດທີ່ເຊື່ອຖືໄດ້) ໃນຕົວແບບເພື່ອກໍານົດຕໍ່ລໍາດັບ.
(TC1) ແລະການລາຍງານຕໍ່ໂດເມນ (TC2) ແລະເກນການລວມເຂົ້າກັນ. ເກນ TC ແມ່ນ
ໂດຍ​ທົ່ວ​ໄປ​ແລ້ວ​ຖື​ວ່າ​ເປັນ​ຄະ​ແນນ​ຂອງ​ຄະ​ແນນ​ຕ​່​ໍາ​ສຸດ​ທີ່​ຮູ້​ຈັກ​ທາງ​ບວກ​ທີ່​ແທ້​ຈິງ​ທີ່​
ແມ່ນຢູ່ຂ້າງເທິງຂໍ້ດີທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງທັງຫມົດທີ່ຮູ້ຈັກ.

ການຄວບຄຸມ OF ການ ACCELERATION ທໍ່

ການຊອກຫາ HMMER3 ແມ່ນເລັ່ງໃສ່ທໍ່ການກັ່ນຕອງສາມຂັ້ນຕອນ: ການກັ່ນຕອງ MSV, the
ການກັ່ນຕອງ Viterbi, ແລະການກັ່ນຕອງ Forward. ການກັ່ນຕອງທໍາອິດແມ່ນໄວທີ່ສຸດແລະຫຼາຍທີ່ສຸດ
ປະມານ; ສຸດທ້າຍແມ່ນວິທີການໃຫ້ຄະແນນ Forward ເຕັມ. ນອກນັ້ນຍັງມີຕົວກອງອະຄະຕິ
ຂັ້ນຕອນລະຫວ່າງ MSV ແລະ Viterbi. ເປົ້າຫມາຍທີ່ຜ່ານຂັ້ນຕອນທັງຫມົດໃນທໍ່ເລັ່ງ
ຫຼັງ ຈາກ ນັ້ນ ແມ່ນ ຂຶ້ນ ກັບ postprocessing -- ການ ກໍາ ນົດ ໂດ ເມນ ແລະ ການ ໃຫ້ ຄະ ແນນ ການ ນໍາ ໃຊ້
Forward/Backward Algorithm.

ການປ່ຽນແປງຂອບເຂດການກັ່ນຕອງພຽງແຕ່ເອົາຫຼືລວມເອົາເປົ້າຫມາຍຈາກການພິຈາລະນາ; ການປ່ຽນແປງ
ເກນຕົວກອງບໍ່ປ່ຽນແປງຄະແນນບິດ, ຄ່າອີເມລ໌, ຫຼືການຈັດຮຽງ, ເຊິ່ງທັງໝົດແມ່ນ
ກໍານົດພຽງແຕ່ໃນ postprocessing.

--ສູງສຸດ ປິດຕົວກອງທັງໝົດ, ລວມທັງຕົວກອງອະຄະຕິ, ແລະແລ່ນໄປໜ້າ/ຫຼັງເຕັມ
postprocessing ໃນ​ທຸກ​ເປົ້າ​ຫມາຍ​. ນີ້ເພີ່ມຄວາມອ່ອນໄຫວບາງຢ່າງ, ໃນຂະຫນາດໃຫຍ່
ຄ່າ​ໃຊ້​ຈ່າຍ​ໃນ​ຄວາມ​ໄວ​.

--F1
ກໍານົດຂອບເຂດ P-value ສໍາລັບຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງ MSV. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.02, ຫມາຍຄວາມວ່າ
ຄາດ​ວ່າ​ຄາດ​ວ່າ​ເປົ້າ​ໝາຍ​ທີ່​ບໍ່​ແມ່ນ​ຄົນ​ທີ່​ໄດ້​ຄະ​ແນນ​ສູງ​ສຸດ​ປະມານ 2% ຈະ​ຜ່ານ
ການກັ່ນຕອງ.

--F2
ກໍານົດຂອບເຂດ P-value ສໍາລັບຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງ Viterbi. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.001.

--F3
ກໍານົດຂອບເຂດ P-value ສໍາລັບຂັ້ນຕອນການກັ່ນຕອງ Forward. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1e-5.

--nobias
ປິດຕົວກອງຄວາມລຳອຽງ. ນີ້ຈະເພີ່ມຄວາມອ່ອນໄຫວບາງຢ່າງ, ແຕ່ສາມາດມາຢູ່ທີ່
ຄ່າ​ໃຊ້​ຈ່າຍ​ສູງ​ໃນ​ຄວາມ​ໄວ​, ໂດຍ​ສະ​ເພາະ​ແມ່ນ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ການ​ສອບ​ຖາມ​ມີ​ອະ​ຄະ​ຕິ​ອົງ​ປະ​ກອບ residue (ເຊັ່ນ​:​
ພາກພື້ນລໍາດັບທີ່ຊ້ໍາກັນ, ຫຼືຖ້າຫາກວ່າມັນເປັນທາດໂປຼຕີນຈາກເຍື່ອທີ່ມີພາກພື້ນຂະຫນາດໃຫຍ່ຂອງ
hydrophobicity). ຖ້າບໍ່ມີຕົວກັ່ນຕອງອະຄະຕິ, ລຳດັບຫຼາຍເກີນໄປອາດຜ່ານຕົວກອງໄດ້
ດ້ວຍການສອບຖາມທີ່ມີຄວາມລໍາອຽງ, ເຮັດໃຫ້ການປະຕິບັດຊ້າກວ່າທີ່ຄາດໄວ້ເປັນ
ສູດການຄິດໄລ່ການໄປໜ້າ/ກັບຫຼັງທີ່ເຂັ້ມຂຸ້ນ, ມີຄວາມໜັກໜ່ວງຜິດປົກກະຕິ
ການໂຫຼດ.

ອື່ນໆ OPTIONS

--nonull2
ປິດການແກ້ໄຂຄະແນນ null2 ສໍາລັບອົງປະກອບອະຄະຕິ.

-Z ຢືນຢັນວ່າຈໍານວນເປົ້າຫມາຍທັງຫມົດໃນການຄົ້ນຫາຂອງທ່ານແມ່ນ , ສໍາລັບຈຸດປະສົງ
ຂອງການຄິດໄລ່ E-value ຕໍ່ລໍາດັບ, ແທນທີ່ຈະເປັນຈໍານວນຕົວຈິງຂອງເປົ້າຫມາຍ
ເຫັນ.

--domZ
ຢືນຢັນວ່າຈໍານວນເປົ້າຫມາຍທັງຫມົດໃນການຄົ້ນຫາຂອງທ່ານແມ່ນ , ສໍາລັບຈຸດປະສົງ
ຂອງການຄິດໄລ່ E-value ທີ່ມີເງື່ອນໄຂຕໍ່ໂດເມນ, ແທນທີ່ຈະເປັນຈໍານວນເປົ້າຫມາຍ
ທີ່ຜ່ານເກນການລາຍງານ.

-- ແກ່ນ
ກໍານົດແກ່ນຈໍານວນ Random ເປັນ . ບາງຂັ້ນຕອນໃນການປະມວນຜົນຫຼັງຕ້ອງການ Monte
ການຈຳລອງ Carlo. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນການນໍາໃຊ້ເມັດຄົງທີ່ (42), ດັ່ງນັ້ນຜົນໄດ້ຮັບແມ່ນ
ສາມາດແຜ່ພັນໄດ້ແທ້. ຈຳນວນເຕັມບວກອື່ນໆຈະໃຫ້ແຕກຕ່າງກັນ (ແຕ່ຍັງ
ສາມາດສືບພັນໄດ້) ຜົນໄດ້ຮັບ. ທາງເລືອກຂອງ 0 ໃຊ້ແນວພັນທີ່ເລືອກໂດຍ arbitrarily.

--qformat
ຢືນຢັນວ່າໄຟລ໌ລໍາດັບການສອບຖາມແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ . ຮູບແບບທີ່ຍອມຮັບປະກອບມີ
ໄວ, ສັນຍາລັກ, genbank, ddbj, uniprot, stockholm, pfam, a2m, ແລະ afa.

--cpu
ກໍານົດຈໍານວນຂອງກະທູ້ພະນັກງານຂະຫນານເປັນ . ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, HMMER ຕັ້ງຄ່ານີ້ເປັນ
ຈໍານວນຂອງ CPU cores ມັນກວດພົບໃນເຄື່ອງຂອງທ່ານ - ນັ້ນແມ່ນ, ມັນພະຍາຍາມຂະຫຍາຍສູງສຸດ
ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ຂອງ​ຫຼັກ​ໂຮງ​ງານ​ຜະ​ລິດ​ທີ່​ມີ​ຢູ່​ຂອງ​ທ່ານ​. ການຕັ້ງຄ່າ ສູງກວ່າຈໍານວນ
cores ທີ່ມີຢູ່ແມ່ນຫນ້ອຍຖ້າມີຄ່າໃດໆ, ແຕ່ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການຕັ້ງມັນເປັນບາງສິ່ງບາງຢ່າງ
ຫນ້ອຍ. ທ່ານຍັງສາມາດຄວບຄຸມຕົວເລກນີ້ໄດ້ໂດຍການຕັ້ງຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມ,
HMMER_NCPU.

ຕົວເລືອກນີ້ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າ HMMER ໄດ້ຖືກລວບລວມດ້ວຍການຮອງຮັບກະທູ້ POSIX.
ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແຕ່ມັນອາດຈະຖືກປິດໄວ້ສໍາລັບເວັບໄຊທ໌ຫຼືເຄື່ອງຈັກຂອງທ່ານ
ເຫດຜົນບາງຢ່າງ.

--ຮ້ານ
ສໍາລັບການດີບັກ MPI ຕົ້ນສະບັບ / ເວີຊັ່ນຜູ້ເຮັດວຽກ: ຢຸດຊົ່ວຄາວຫຼັງຈາກເລີ່ມຕົ້ນ, ເພື່ອເປີດໃຊ້ງານ
ນັກພັດທະນາເພື່ອຄັດຕິດຕົວດີບັກກັບຂະບວນການແມ່ບົດແລະຜູ້ເຮັດວຽກທີ່ເຮັດວຽກ. ສົ່ງ
ສັນຍານ SIGCONT ເພື່ອປົດປ່ອຍການຢຸດຊົ່ວຄາວ. (ພາຍໃຕ້ gdb: (GDB) signal ສັນຍາລັກ)

(ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າຮອງຮັບ MPI ທາງເລືອກຖືກເປີດໃຊ້ໃນເວລາລວບລວມ.)

--mpi ດໍາເນີນການໃນ MPI ຕົ້ນສະບັບ / ຮູບແບບພະນັກງານ, ການນໍາໃຊ້ ໄພຣຸນ.

(ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າຮອງຮັບ MPI ທາງເລືອກຖືກເປີດໃຊ້ໃນເວລາລວບລວມ.)

ໃຊ້ hmmscan ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net