ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ HPCmapper ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
HPCmapper - ສ້າງສະຄຣິບເພື່ອແຜນທີ່ອ່ານ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
HPCmapper [-vb] [-kint(20)] [-wint(6)] [-hint(50)] [-tint] [-Mint]
[-eສອງ (85)][-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mຕິດຕາມ]+ [-dalint(4)] [-degint(25)]
ref:db|ເຂື່ອນ ອ່ານ:db|dam [ທໍາອິດ: int[-ສຸດທ້າຍ: int]]
ລາຍລະອຽດ
HPCmapper ຂຽນສະຄຣິບ UNIX shell ກັບຜົນຜະລິດມາດຕະຖານທີ່ປະກອບດ້ວຍລໍາດັບຂອງ
ຄໍາສັ່ງທີ່ມີປະສິດທິຜົນ "ແຜນທີ່" ທຸກໆການອ່ານໃນ DB reads ຕໍ່ກັບຊຸດອ້າງອີງຂອງ
ລໍາດັບໃນ DB ການອ້າງອີງຫຼັກ, ການບັນທຶກການຈັດຕັ້ງທ້ອງຖິ່ນທັງຫມົດທີ່ພົບເຫັນໃນລໍາດັບຂອງໄຟລ໌
ref.reads.1.las, ref.reads.2.las, ແລະອື່ນໆ, ບ່ອນທີ່ ref.reads.k.las ປະກອບດ້ວຍການຈັດລຽງ
ລະຫວ່າງທັງຫມົດຂອງ ການອ້າງອີງຫຼັກ ແລະຕັນ k'th ຂອງ reads. ຕົວກໍານົດການແມ່ນຄືກັນກັບ
ສໍາລັບການ HPCdaligner(1) ຊ່ວຍປະຢັດວ່າ -k, -h, ແລະ -e ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຖືກກໍານົດໃຫ້ເຫມາະສົມສໍາລັບ
ແຜນທີ່, ແລະ -A ແລະ -I ທາງເລືອກທີ່ບໍ່ມີຄວາມຫມາຍ ການອ້າງອີງຫຼັກ ແລະ reads ຄາດວ່າຈະເປັນ
ຊຸດຂໍ້ມູນທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.
ຖ້າຈຳນວນເຕັມ ຄັ້ງທໍາອິດ ແລະ ສຸດທ້າຍ ຫາຍໄປ, ຫຼັງຈາກນັ້ນ script ທີ່ຜະລິດແມ່ນສໍາລັບທຸກໆຕັນໃນ
ຖານຂໍ້ມູນ readsທີ່ຢູ່ ຖ້າຫາກວ່າ ຄັ້ງທໍາອິດ ປະຈຸບັນ HPCmapper ຜະລິດສະຄຣິບທີ່ປຽບທຽບ
ຕັນ ຄັ້ງທໍາອິດ ໂດຍຜ່ານການ ສຸດທ້າຍ (ສຸດທ້າຍ = ຄັ້ງທໍາອິດ ຖ້າບໍ່ມີ) ຕໍ່ DAM ການອ້າງອີງຫຼັກ.
ໃຊ້ HPCmapper ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
