indelible - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

indelible - simulator ມີ​ອໍາ​ນາດ​ແລະ​ປ່ຽນ​ແປງ​ຂອງ​ວິ​ວັດ​ທະ​ນາ​ການ​ທາງ​ຊີ​ວະ​ພາບ​

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ຍົກເລີກບໍ່ໄດ້

ບໍ່ມີທາງເລືອກທີ່ສາມາດຜ່ານເສັ້ນຄໍາສັ່ງ.

ລາຍລະອຽດ

ຍົກເລີກບໍ່ໄດ້ ສາມາດຈໍາລອງວິວັດທະນາການຂອງ nucleotide ຫຼາຍພາທິຊັນ, ອາຊິດ amino, ຫຼື codon.
ຊຸດຂໍ້ມູນຜ່ານຂະບວນການແຊກ, ລຶບ, ແລະການທົດແທນຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ
ເວລາ. ຮູບແບບວິວັດທະນາການທົ່ວໄປທັງໝົດແມ່ນໄດ້ຮັບການສະໜັບສະໜູນ.

ເອກະສານສະບັບເຕັມສໍາລັບ ຍົກເລີກບໍ່ໄດ້ ສາມາດໃຊ້ໄດ້ພາຍໃຕ້
/usr/share/doc/indelible/help/index.html.

CONFIGURATION

ຍົກເລີກບໍ່ໄດ້ ອ່ານການຕັ້ງຄ່າສໍາລັບການຈໍາລອງແລ່ນຈາກໄຟລ໌ທີ່ມີຊື່ control.txt ໃນ
ໄດເລກະທໍລີປະຈຸບັນ. ໄຟລ໌ໄດ້ຖືກແບ່ງອອກເປັນທ່ອນໄມ້, ໂດຍແຕ່ລະບລັອກຄວບຄຸມຫນຶ່ງ
ລັກສະນະສະເພາະຂອງການຈໍາລອງ. Blocks ອາດຈະປະກອບມີບລັອກຍ່ອຍເພີ່ມເຕີມ. ຄໍາເຫັນສາມາດ
ໃຫ້ຢູ່ໃນຮູບແບບ C ຫຼື C ++. ຖ້າ ຍົກເລີກບໍ່ໄດ້ ຖືກປະຕິບັດໂດຍບໍ່ມີໄຟລ໌ຄວບຄຸມປະຈຸບັນ, ເປັນ
ໄຟລ໌ຕົວຢ່າງແມ່ນຖືກສ້າງຂຶ້ນ.

[ປະເພດ] ປະເພດ
ທຸກໆໄຟລ໌ຄວບຄຸມຕ້ອງເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ a TYPE ຕັນ. ປະເພດທີ່ເປັນໄປໄດ້ແມ່ນ ນິວເຄລຍ,
AMINOACID, ແລະ ໂຄໂດນ.

[ການຕັ້ງຄ່າ]
ຕັນນີ້ກໍານົດຄວາມມັກຂອງຜູ້ໃຊ້ທີ່ບໍ່ຈໍາເປັນເຊັ່ນ: ປະເພດໄຟລ໌ຜົນຜະລິດແລະ
ຮູບ​ແບບ​, ເມັດ​ສໍາ​ລັບ​ການ​ຜະ​ລິດ​ຈໍາ​ນວນ​ສຸ່ມ​, ແລະ​ວ່າ​ຈະ​ໃຫ້​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ລາຍ​ລະ​ອຽດ​
ບົດລາຍງານ.

[ໂມເດວ] ຊື່ຕົວແບບ
ຕັນນີ້ເລີ່ມຕົ້ນຮູບແບບວິວັດທະນາການໃຫມ່ເພື່ອໃຊ້ສໍາລັບການຈໍາລອງ. ໄດ້
ຕົວກໍານົດການໂດຍສະເພາະລວມທັງແບບຈໍາລອງການທົດແທນ, ອັດຕາ indel ແລະ codon-site
ແບບຈໍາລອງຖືກຄວບຄຸມຜ່ານຕົວແບບຍ່ອຍ. ຊື່ຕົວແບບ ສາມາດເປັນຊື່ໃດກໍໄດ້ທີ່ທ່ານເລືອກ.

[ຕົ້ນໄມ້] ຊື່ຕົ້ນໄມ້ໃຫມ່
ບລັອກນີ້ແມ່ນໃຊ້ເພື່ອລະບຸຕົ້ນໄມ້ແນະນຳທີ່ມີຊື່ໃຫ້ ຊື່ຕົ້ນໄມ້.
ໄລ ຍະ ຫ່າງ evolutionary ແມ່ນ ເປັນ ຕົວ ແທນ ເປັນ ຄວາມ ຍາວ ສາ ຂາ ສໍາ ລັບ ຕົ້ນ ໄມ້ ໃນ NEWICK
ຮູບແບບ.

[ສາຂາ]
ຕັນເຫຼົ່ານີ້ຖືກໃຊ້ເພື່ອຈໍາລອງຂະບວນການທີ່ບໍ່ຢູ່ສະຫມໍ່າສະເຫມີແລະບໍ່ເປັນເອກະພາບ.
ແບບຈໍາລອງທີ່ແຕກຕ່າງກັນສາມາດໄດ້ຮັບການກໍານົດກ່ຽວກັບສາຂາທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງຄໍາແນະນໍາ - ຕົ້ນໄມ້ອະນຸຍາດໃຫ້
ສາຂາທີ່ຈະມີຮູບແບບທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງການທົດແທນ, ການແຜ່ກະຈາຍຄວາມຍາວ indel, ອັດຕາ
heterogeneity, ອົງປະກອບພື້ນຖານແລະອື່ນໆ.

[PARTITIONS] ຊື່ພາທິຊັນ
ໃນ​ລະ​ຫວ່າງ​ການ​ດໍາ​ເນີນ​ການ​ແຕ່​ລະ​ພາກ​ສ່ວນ​ລໍາ​ດັບ​ຫຼາຍ​ສາ​ມາດ​ຈໍາ​ລອງ​ໄດ້​. ສໍາ​ລັບ​ການ​ແບ່ງ​ປັນ​ແຕ່​ລະ​ຄົນ​
ຈະຕ້ອງລະບຸຮູບແບບການວິວັດທະນາການ ແລະ ຄວາມຍາວຂອງລຳດັບ.

[ວິວັດທະນາການ]
ພາຍໃນບລັອກນີ້, ການຈໍາລອງຫຼາຍອັນຂອງພາທິຊັນອາດຈະຖືກສ້າງຂື້ນ.

COPYRIGHT

ສະຫງວນລິຂະສິດ © 2010 William Fletcher License GPLv3+: GNU GPL version 3 ຫຼືຫຼັງຈາກນັ້ນ.
ນີ້​ແມ່ນ​ຊອບ​ແວ​ຟຣີ​: ທ່ານ​ມີ​ອິດ​ສະ​ຫຼະ​ໃນ​ການ​ປ່ຽນ​ແປງ​ແລະ​ແຈກ​ຢາຍ​ມັນ​. ບໍ່​ມີ​ການ​ຮັບ​ປະ​ກັນ​,
ໃນຂອບເຂດທີ່ກົດໝາຍອະນຸຍາດ. ຂໍ້ຄວາມໃບອະນຸຍາດເຕັມແມ່ນມີຢູ່
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.

ການຮັບຮູ້

William Fletcher ແລະ Ziheng Yang (2009). INDELible: A Simulator ປ່ຽນແປງໄດ້ຂອງຊີວະສາດ
ລຳດັບວິວັດທະນາການ, ໂມເລກຸນ ຊີວະສາດ ແລະ ວິວັດທະນາການ, 26(8): 1879-1888.

ໃຊ້ອອນໄລນ໌ທີ່ບໍ່ສາມາດລຶບໄດ້ໂດຍການໃຊ້ບໍລິການ onworks.net