ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ infoaligne ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຟຣີຫຼາຍອັນຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
infoalign - ສະແດງຂໍ້ມູນພື້ນຖານກ່ຽວກັບການຈັດລໍາດັບຫຼາຍອັນ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
infoalign - ລໍາດັບ seqset [- ມາຕຣິກເບື້ອງ matrix] [-refseq string] - ຫຼາຍ float
- ຕົວຕົນ float -outfile outfile [-html ປຸ້ຍ] -ພຽງແຕ່ ປຸ້ຍ -ຫົວຂໍ້ ປຸ້ຍ
-ອາເມລິກາ ປຸ້ຍ -yam ປຸ້ຍ - ຄວາມຍາວລໍາດັບ ປຸ້ຍ - ຄວາມຍາວຈັດຕັ້ງ ປຸ້ຍ - ຊ່ອງຫວ່າງ ປຸ້ຍ
- ຊ່ອງຫວ່າງ ປຸ້ຍ -idcount ປຸ້ຍ - ຈໍານວນຈໍານວນ ປຸ້ຍ - ຄວາມແຕກຕ່າງ ປຸ້ຍ
- ການປ່ຽນແປງ ປຸ້ຍ - ນໍ້າໜັກ ປຸ້ຍ - ລາຍລະອຽດ ປຸ້ຍ
infoalign -ຊ່ວຍ
ລາຍລະອຽດ
infoalign ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite”). ມັນແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງ "ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ: ຫຼາຍ, ດຶງຂໍ້ມູນ: ຂໍ້ມູນລໍາດັບ"
ກຸ່ມຄໍາສັ່ງ.
OPTIONS
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
- ລໍາດັບ seqset
ການຈັດລໍາດັບລໍາດັບທີ່ຈະສະແດງ.
- ມາຕຣິກເບື້ອງ matrix
ນີ້ແມ່ນໄຟລ໌ຕາຕະລາງຄະແນນທີ່ໃຊ້ໃນເວລາປຽບທຽບລໍາດັບ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນມັນແມ່ນ
ໄຟລ໌ 'EBLOSUM62' (ສໍາລັບທາດໂປຼຕີນ) ຫຼືໄຟລ໌ 'EDNAFULL' (ສໍາລັບລໍາດັບ nucleic). ເຫຼົ່ານີ້
ໄຟລ໌ຖືກພົບເຫັນຢູ່ໃນໄດເລກະທໍລີ 'ຂໍ້ມູນ' ຂອງການຕິດຕັ້ງ EMBOSS.
-refseq string
ຖ້າທ່ານໃຫ້ຕົວເລກໃນການຈັດລໍາດັບຫຼືຊື່ຂອງລໍາດັບ, ມັນຈະຖືກນໍາໄປ
ເປັນລໍາດັບອ້າງອີງ. ລໍາດັບການອ້າງອິງແມ່ນຫນຶ່ງຕໍ່ຕ້ານທີ່ທັງຫມົດ
ລໍາດັບອື່ນໆແມ່ນປຽບທຽບ. ຖ້າອັນນີ້ຖືກຕັ້ງເປັນ 0 ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ລໍາດັບຄວາມເຫັນດີນໍາຈະເປັນ
ໃຊ້ເປັນລໍາດັບອ້າງອີງ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ລໍາດັບຄວາມເຫັນດີນໍາຖືກນໍາໃຊ້ເປັນ
ລໍາດັບອ້າງອີງ.
ແບບພິເສດ ສ່ວນ
- ຫຼາຍ float
ກໍານົດການຕັດອອກສໍາລັບ % ຂອງການແຂ່ງຂັນຄະແນນທາງບວກຂ້າງລຸ່ມນີ້ທີ່ບໍ່ມີຄວາມເປັນເອກະພາບ.
ອັດຕາສ່ວນຫຼາຍໃນຕອນຕົ້ນແມ່ນປະຕິບັດເປັນ 50% ຂອງນ້ໍາຫນັກທັງຫມົດຂອງລໍາດັບທັງຫມົດໃນ
ການຈັດວາງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50.0
- ຕົວຕົນ float
ສະຫນອງສະຖານທີ່ຂອງການກໍານົດຈໍານວນທີ່ຕ້ອງການຂອງຕົວຕົນຢູ່ໃນຕໍາແຫນ່ງສໍາລັບການ
ມັນເພື່ອໃຫ້ເປັນເອກະສັນ. ດັ່ງນັ້ນ, ຖ້າອັນນີ້ຖືກຕັ້ງເປັນ 100% ພຽງແຕ່ຖັນຂອງຕົວຕົນ
ປະກອບສ່ວນເຂົ້າໃນຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.0
ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
-outfile outfile
ຖ້າທ່ານໃສ່ຊື່ຂອງໄຟລ໌ທີ່ນີ້, ໂຄງການນີ້ຈະຂຽນລາຍລະອຽດລໍາດັບ
ເຂົ້າໄປໃນໄຟລ໌ນັ້ນ.
-html ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
-ພຽງແຕ່ ປຸ້ຍ
ນີ້ແມ່ນວິທີການເຮັດໃຫ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງສັ້ນລົງຖ້າທ່ານຕ້ອງການພຽງແຕ່ສອງສາມຢ່າງ
ສະແດງ. ແທນທີ່ຈະລະບຸ: '-nohead -nousa -noname -noalign -nogaps -nogapcount
-nosimcount -noidcount -nodiffcount -noweight' ເພື່ອໃຫ້ໄດ້ຜົນຜະລິດຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບເທົ່ານັ້ນ,
ທ່ານສາມາດກໍານົດ '-only -seqlength' ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N
-ຫົວຂໍ້ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: @(!$(ເທົ່ານັ້ນ))
-ອາເມລິກາ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: @(!$(ເທົ່ານັ້ນ))
-yam ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: @(!$(ເທົ່ານັ້ນ))
- ຄວາມຍາວລໍາດັບ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: @(!$(ເທົ່ານັ້ນ))
- ຄວາມຍາວຈັດຕັ້ງ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: @(!$(ເທົ່ານັ້ນ))
- ຊ່ອງຫວ່າງ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: @(!$(ເທົ່ານັ້ນ))
- ຊ່ອງຫວ່າງ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: @(!$(ເທົ່ານັ້ນ))
-idcount ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: @(!$(ເທົ່ານັ້ນ))
- ຈໍານວນຈໍານວນ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: @(!$(ເທົ່ານັ້ນ))
- ຄວາມແຕກຕ່າງ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: @(!$(ເທົ່ານັ້ນ))
- ການປ່ຽນແປງ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: @(!$(ເທົ່ານັ້ນ))
- ນໍ້າໜັກ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: @(!$(ເທົ່ານັ້ນ))
- ລາຍລະອຽດ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: @(!$(ເທົ່ານັ້ນ))
ໃຊ້ infoaligne ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
