ipcres - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

ipcress - ລະບົບການຈໍາລອງການທົດລອງ In-silico PCR

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ipcress [ ທາງເລືອກໃນການ ] < primer ໄຟລ໌> <ລຳດັບ ເສັ້ນທາງ >

ລາຍລະອຽດ

ipcress ເປັນ In-ຊິລິໂຄ PCR Experiment Simulation Sລະບົບ

ນີ້ແມ່ນເຄື່ອງມືສໍາລັບການຈໍາລອງການທົດລອງ PCR. ທ່ານສະຫນອງໄຟລ໌ທີ່ມີ primers
ແລະຊຸດຂອງລໍາດັບ, ແລະມັນຄາດຄະເນຜະລິດຕະພັນ PCR.

Ipcress ແມ່ນຄ້າຍຄືກັນກັບໂຄງການ e-PCR ຈາກ NCBI, ແຕ່ໄວກວ່າຫຼາຍ, ແລະບໍ່ມີ.
ທົນທຸກຈາກບັນຫາການກໍານົດການຈັບຄູ່ເມື່ອມີສັນຍາລັກທີ່ບໍ່ຊັດເຈນຢູ່ໃກ້ກັບ primer
ສິ້ນສຸດລົງ.

ຖ້າທ່ານສະຫນອງຄູ່ primers ຫຼາຍຄູ່ຮ່ວມກັນ, ipcress ຈະຈໍາລອງການທົດລອງ PCR ໃນ
ຂະຫນານ, ອະນຸຍາດໃຫ້ simulation ກວ້າງ genome ຂອງຈໍານວນຂະຫນາດໃຫຍ່ຂອງການທົດລອງ. ມັນໃຊ້ຫຼາຍ
ຫ້ອງສະຫມຸດຈາກ exonerate ເຄື່ອງ​ມື​ການ​ປຽບ​ທຽບ​ລໍາ​ດັບ​.

ປັດໄຈນໍາເຂົ້າ ຮູບແບບ

ການປ້ອນຂໍ້ມູນສໍາລັບ ipcress ແມ່ນໄຟລ໌ຈໍາກັດພື້ນທີ່ສີຂາວແບບງ່າຍດາຍທີ່ອະທິບາຍການທົດລອງຫນຶ່ງຕໍ່.
ສາຍ. ແຕ່ລະແຖວມີ 5 ຊ່ອງຂໍ້ມູນຕໍ່ໄປນີ້:

id ຕົວລະບຸສໍາລັບການທົດລອງນີ້
primer_A ລໍາດັບສໍາລັບ primer ທໍາອິດ
primer_B ລໍາດັບສໍາລັບ primer ທີສອງ
min_product_len ຄວາມຍາວຂອງຜະລິດຕະພັນຂັ້ນຕ່ໍາເພື່ອລາຍງານ
max_product_len ຄວາມຍາວສູງສຸດຂອງຜະລິດຕະພັນທີ່ຈະລາຍງານ

ນີ້ແມ່ນຕົວຢ່າງແຖວໃນຮູບແບບນີ້:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

OUTPUT ຮູບແບບ

ຮູບແບບຜົນຜະລິດອະທິບາຍຫນຶ່ງຜະລິດຕະພັນ PCR ຕໍ່ແຖວ,
ແລະຖືກນຳໜ້າດ້ວຍ "ipcress:", ຕິດຕາມດ້ວຍ 11 ຊ່ອງຂໍ້ມູນຕໍ່ໄປນີ້:

sequence_id ຕົວລະບຸລໍາດັບ
test_id ID ການທົດລອງ PCR
ຄວາມຍາວຜະລິດຕະພັນ ຄວາມຍາວຂອງຜະລິດຕະພັນ PCR
primer_5 primer 5' (ທັງ A ຫຼື B)
pos_5 ຕໍາແຫນ່ງຂອງ primer 5'
ບໍ່ກົງກັນ_5 ຈໍານວນບໍ່ກົງກັນຢູ່ໃນ primer 5'
primer_3 |
pos_3 | ຊ່ອງຂໍ້ມູນດຽວກັນສໍາລັບ primer 3'
ບໍ່ກົງກັນ_3 |
ຄໍາອະທິບາຍ ລາຍລະອຽດຂອງຜະລິດຕະພັນ PCR

ຊ່ອງລາຍລະອຽດແມ່ນໜຶ່ງໃນ 4 ສະຕຣິງຕໍ່ໄປນີ້:

ໄປຂ້າງຫນ້າ ຜະລິດຕະພັນປົກກະຕິ, primer A ປະຕິບັດຕາມໂດຍ B
revcomp ຜະລິດຕະພັນປົກກະຕິ, primer B ຕິດຕາມດ້ວຍ A
single_A ຜະລິດຕະພັນທີ່ບໍ່ດີທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ primer_A ເທົ່ານັ້ນ
single_B ຜະລິດຕະພັນທີ່ບໍ່ດີທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ primer_B ເທົ່ານັ້ນ

ນອກຈາກນີ້ຍັງມີການສະແດງຜົນທີ່ມະນຸດສາມາດອ່ານໄດ້, ບໍ່ໄດ້ຖືກອອກແບບເພື່ອວິເຄາະ (ເບິ່ງ:
-- pretty ຂ້າງ​ລຸ່ມ​ນີ້​)​.

ທົ່ວໄປ OPTIONS

ການໂຕ້ຖຽງສ່ວນໃຫຍ່ມີຮູບແບບສັ້ນແລະຍາວ. ຮູບແບບຍາວ
ມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະມີຄວາມຫມັ້ນຄົງໃນໄລຍະເວລາ, ແລະເພາະສະນັ້ນຄວນຈະຖືກນໍາໃຊ້ໃນສະຄິບທີ່
ໂທຫາ ipcress.

-h | -- ການຊ່ວຍເຫຼືອສັ້ນ
ສະແດງການຊ່ວຍເຫຼືອ. ນີ້ຈະສະແດງສະຫຼຸບຫຍໍ້ຂອງທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແລະຄ່າທີ່ກໍານົດໄວ້ໃນປັດຈຸບັນ.

- ຊ່ວຍ
ນີ້ສະແດງໃຫ້ເຫັນທາງເລືອກການຊ່ວຍເຫຼືອທັງຫມົດລວມທັງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ຄ່າທີ່ກໍານົດໄວ້ໃນປັດຈຸບັນ,
ແລະຕົວແປສະພາບແວດລ້ອມທີ່ອາດຈະຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອກໍານົດແຕ່ລະພາລາມິເຕີ. ຈະມີ
ເປັນຕົວຊີ້ບອກວ່າທາງເລືອກໃດແມ່ນບັງຄັບ. ທາງເລືອກທີ່ບັງຄັບບໍ່ມີ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ແລະຕ້ອງມີຄ່າທີ່ສະໜອງໃຫ້ ipcress ເພື່ອແລ່ນ. ຖ້າຫາກວ່າທາງເລືອກໃນການບັງຄັບ
ຖືກນໍາໃຊ້ຕາມລໍາດັບ, ທຸງຂອງພວກເຂົາອາດຈະຖືກຂ້າມຈາກເສັ້ນຄໍາສັ່ງ (ເບິ່ງຕົວຢ່າງ
ຂ້າງລຸ່ມນີ້). ບໍ່ເຫມືອນກັບຫນ້າຜູ້ຊາຍນີ້, ຂໍ້ມູນຈາກທາງເລືອກນີ້ຈະຂຶ້ນຢູ່ສະເຫມີ
ມາຮອດປະຈຸບັນກັບເວີຊັນຫຼ້າສຸດຂອງໂຄງການ.

-v | - ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງຕົວເລກສະບັບ. ຍັງສະແດງຂໍ້ມູນອື່ນໆເຊັ່ນ: ວັນທີກໍ່ສ້າງ
ແລະສະບັບ glib ໃຊ້.

ເອກະສານ ປັດໄຈນໍາເຂົ້າ OPTIONS

-i | --ການປ້ອນຂໍ້ມູນ
ຂໍ້ມູນການທົດລອງ PCR ໃນຮູບແບບໄຟລ໌ ipcress ທີ່ອະທິບາຍຂ້າງເທິງ.

-s | --ລຳດັບ
ລະບຸລໍາດັບ. ຫຼາຍໆໄຟລ໌ອາດຈະຖືກລະບຸຢູ່ທີ່ນີ້, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ FSM ຫຼຸດລົງ
ການກໍ່ສ້າງ overhead, ແລະເຮັດໃຫ້ ipcress ແລ່ນໄວກວ່າການແລ່ນຂະບວນການ
ແຍກຕ່າງຫາກ.

IPCRESS PARAMETERS

-m | --ບໍ່ກົງກັນ
ລະບຸຈໍານວນບໍ່ກົງກັນທີ່ອະນຸຍາດຕໍ່ primer. ການອະນຸຍາດໃຫ້ບໍ່ກົງກັນຫຼຸດລົງ
ຄວາມໄວຂອງໂຄງການເປັນບ້ານ primer ຂະຫນາດໃຫຍ່ຕ້ອງໄດ້ຮັບການກໍ່ສ້າງ, ແລະ
ການທົດລອງຫນ້ອຍສາມາດຖືກຕິດຕັ້ງຢູ່ໃນຫນ່ວຍຄວາມຈໍາກ່ອນທີ່ຈະສະແກນແຕ່ລະລໍາດັບ
ຖານຂໍ້ມູນ.

-M | -- ຄວາມ​ຊົງ​ຈໍາ​
ລະບຸຈໍານວນຫນ່ວຍຄວາມຈໍາທີ່ໂຄງການຄວນໃຊ້. ຄວາມຊົງຈໍາຫຼາຍຂື້ນ
ipcress ທີ່ມີຢູ່, ມັນຈະແລ່ນໄວຂຶ້ນ, ຍ້ອນວ່າການທົດລອງ PCR ຫຼາຍຂຶ້ນສາມາດດໍາເນີນການໄດ້
ໃນແຕ່ລະ scan ຂອງຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ. ນີ້ບໍ່ລວມເອົາຫນ່ວຍຄວາມຈໍາທີ່ໃຊ້ໃນລະຫວ່າງການ
scan (ສໍາລັບການເກັບຮັກສາຜົນໄດ້ຮັບບາງສ່ວນແລະລໍາດັບ), ດັ່ງນັ້ນຈໍານວນຕົວຈິງຂອງ
ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາທີ່ໃຊ້ຈະສູງກວ່າເລັກນ້ອຍ.

-p | --ງາມ
ສະແດງຜົນໄດ້ຮັບໃນຮູບແບບທີ່ມະນຸດສາມາດອ່ານໄດ້, ບໍ່ໄດ້ອອກແບບມາສໍາລັບການແຍກວິເຄາະ.

-P | -- ຜະ​ລິດ​ຕະ​ພັນ
ສະແດງຜະລິດຕະພັນ PCR ເປັນລໍາດັບຮູບແບບ FASTA.

-S | -- ແກ່ນ
ລະບຸຄວາມຍາວຂອງເມັດສໍາລັບ wordneighbourhood ສໍາລັບ FSM. ຖ້າຕັ້ງເປັນສູນ,
primer ເຕັມແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້. ຄໍາສັບທີ່ສັ້ນກວ່າຫຼຸດຜ່ອນຂະຫນາດຂອງເຂດໃກ້ຄຽງ, ແຕ່
ເພີ່ມເວລາທີ່ປະຕິບັດໂດຍ ipcress ເພື່ອກັ່ນຕອງການຈັບຄູ່ໃນທາງບວກທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງ.

ENVIRONMENT

ບໍ່ໄດ້ບັນທຶກເທື່ອ.

ຕົວຢ່າງ

ipcress test.ipcress sequence.fasta
ນີ້ແມ່ນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດທີ່ ipcress ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້.
ipcress dbsts_human.ipcress --ລຳດັບ ncbi30/*.fasta --ບໍ່ກົງກັນ 1
ປຽບທຽບໄຟລ໌ທີ່ປ້ອນເຂົ້າກັບຊຸດຂອງໄຟລ໌ fasta, ອະນຸຍາດໃຫ້ຫນຶ່ງບໍ່ກົງກັນໃນແຕ່ລະ
primer.

ເວີຊັ່ນ

ເອກະສານນີ້ມາພ້ອມກັບເວີຊັນ 2.2.0 ຂອງຊຸດ exonerate.

ໃຊ້ ipcress ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net