ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ ipig ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຟຣີຫຼາຍອັນຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
ipig - ການເຊື່ອມໂຍງ PSMs ເຂົ້າໃນການສະແດງພາບຂອງຕົວທ່ອງເວັບ Genome
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ipig <psm ໄຟລ໌> |-g|-c|-cg [ ]
ລາຍລະອຽດ
iPiG ເປົ້າຫມາຍການລວມຕົວຂອງ peptide spectrum matches (PSMs) ຈາກ mass spectrometry
(MS) ການກໍານົດ peptide ເຂົ້າໄປໃນສາຍຕາຂອງ genomic ສະຫນອງໃຫ້ໂດຍ genome browser ເຊັ່ນ
ເປັນ UCSC genome browser (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG ໃຊ້ PSMs ຈາກຮູບແບບມາດຕະຖານ MS mzIdentML (*.mzid) ຫຼືໃນຮູບແບບຂໍ້ຄວາມ ແລະ
ສະຫນອງຜົນໄດ້ຮັບໃນຮູບແບບການຕິດຕາມ genome (ໄຟລ໌ BED ແລະ GFF3), ຊຶ່ງສາມາດໄດ້ຢ່າງງ່າຍດາຍ
ນໍາເຂົ້າເຂົ້າໄປໃນຕົວທ່ອງເວັບຂອງ genome.
OPTIONS
<psm ໄຟລ໌>
ຊີ້ບອກໄຟລ໌ທີ່ມີ peptide spectrum matches (mzid/txt)
-g, -gui
ເລີ່ມຕົ້ນການໂຕ້ຕອບຜູ້ໃຊ້ແບບກາຟິກຂອງ iPiG
-c, - ການຄວບຄຸມ
ເລີ່ມຕົ້ນການຄວບຄຸມ gene, ໄຟລ໌ທີ່ຈໍາເປັນຕ້ອງໄດ້ຮັບການຊີ້ບອກໃນການຕັ້ງຄ່າ
ເອກະສານ
-cg, -controlgui
ເລີ່ມຕົ້ນການໂຕ້ຕອບຜູ້ໃຊ້ແບບກາຟິກຂອງການຄວບຄຸມ gene
-d, - ດາວໂຫຼດ
ເລີ່ມການດາວໂຫຼດ gui
ໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າທີ່ແຕກຕ່າງກັນສາມາດໄດ້ຮັບການຊີ້ບອກ (ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ ipig.conf ຈະຖືກໂຫລດໂດຍ
ເລີ່ມຕົ້ນ)
ຄວາມຕ້ອງການເພີ່ມເຕີມ:
ການນໍາໃຊ້ຮູບແບບທີ່ບໍ່ແມ່ນ gui, ໄຟລ໌ config (ipig.conf ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ) ຕ້ອງມີຫຼາຍໆອັນ
ຕົວກໍານົດການເພີ່ມເຕີມ, ເຊັ່ນ: ການຊີ້ບອກ genome ອ້າງອີງແລະອື່ນໆ.
ໃນຮູບແບບ gui (-g ແລະ -cg), ຕົວກໍານົດການເພີ່ມເຕີມສາມາດໄດ້ຮັບການຊີ້ບອກສອງວິທີ, ພາຍໃນ
ການໂຕ້ຕອບຫຼືກັບໄຟລ໌ config ເຊັ່ນດຽວກັນ.
ເຂົ້າໄປເບິ່ງ readme.txt ແລະ ipig.conf ສໍາລັບຕົວຢ່າງ ແລະລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບ
ຕົວກໍານົດການເພີ່ມເຕີມ
ໃຊ້ ipig ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
