ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ kmer-mask ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຟຣີຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
kmer-mask - ຫນ້າກາກແລະຊຸດການກັ່ນຕອງຂອງລໍາດັບ nucleotide ໂດຍເນື້ອໃນ kmer
ສະຫຼຸບສັງລວມ
kmer-ຫນ້າກາກ {- ນະວະນິຍາຍ|- ຢືນຢັນ} [-mdb mer-database] [-ນາງສາວ ຂະໜາດນ້ອຍ] [-edb ຖານຂໍ້ມູນທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ] [-m
ຂະໜາດນ້ອຍ] [-e ຂະຫນາດໃຫຍ່] [- ລະດັບຕໍ່າ l] [- ຈຸດສູງສຸດ h] [-t ກະທູ້] [-v] [-h
histogram] [- ສົ່ງເສີມການ|- demote|- ຖິ້ມ] -1 in.1.fastq [-2 in.2.fastq] -o output-prefix
ລາຍລະອຽດ
ຫນ້າກາກແລະການກັ່ນຕອງຊຸດຂອງລໍາດັບ (ສົມມຸດວ່າຈະອ່ານ) ໂດຍເນື້ອໃນ kmer. ຫນ້າກາກສາມາດເປັນ
ເຮັດເພື່ອເກັບຮັກສາລໍາດັບນະວະນິຍາຍບໍ່ໄດ້ຢູ່ໃນຖານຂໍ້ມູນ, ຫຼືເພື່ອຮັກສາລໍາດັບທີ່ໄດ້ຮັບການຢືນຢັນໃນປະຈຸບັນ
ໃນຖານຂໍ້ມູນ. ການກັ່ນຕອງຈະແຍກລໍາດັບຢ່າງຄົບຖ້ວນ, ບາງສ່ວນຫຼືບໍ່ໃສ່ຫນ້າກາກ.
OPTIONS
-mdb mer-database
ໂຫລດ masking kmers ຈາກ ເມຣິລ(1) mer-database
-ນາງສາວ ຂະໜາດນ້ອຍ
-edb ຖານຂໍ້ມູນທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ
ຊ່ວຍປະຢັດຫນ້າກາກ kmers ເປັນ ມີຢູ່DB(1) ໄຟລ໌ ຖານຂໍ້ມູນທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ ສໍາລັບການເລີ່ມຕົ້ນໃຫມ່ໄວຂຶ້ນ
-1 in.1.fastq
-2 in.2.fastq
input ອ່ານໄຟລ໌ໃນຮູບແບບ fastq, fastq.gz, fastq.bz2 ຫຼື fastq.xz. ອັນທີສອງແມ່ນ
ທາງເລືອກ, ແຕ່ messes ເຖິງການຈັດປະເພດຜົນຜະລິດຖ້າຫາກວ່າບໍ່ມີ.
-o ອອກ
ຄໍານໍາຫນ້າສໍາລັບການອ່ານຜົນຜະລິດ
ອອກ.ໜ້າກາກເຕັມທີ່.[12].fastq
ອ່ານດ້ວຍພື້ນຖານ 'ເກນຕໍ່າ' ທີ່ຮັກສາໄວ້
ອອກ.ປິດບັງບາງສ່ວນ.[12].fastq
ອ່ານໃນລະຫວ່າງ
ອອກ.ເກັບຮັກສາໄວ້.[12].fastq
ອ່ານດ້ວຍຖານຫຼາຍກວ່າ 'hightreshold' ທີ່ເກັບຮັກສາໄວ້
ອອກ.ຍົກເລີກ.[12].fastq
ອ່ານດ້ວຍສະຖານະທີ່ຂັດແຍ້ງກັນ
-m ຂະໜາດນ້ອຍ
ignore ຖານຂໍ້ມູນ hits ຂ້າງລຸ່ມນີ້ kmers ຫຼາຍຕິດຕໍ່ກັນ (0)
-e ຂະຫຍາຍຂະຫນາດ
ຂະຫຍາຍການຕີຖານຂໍ້ມູນໃນທົ່ວ kmers ທີ່ຂາດຫາຍໄປຈໍານວນຫຼາຍນີ້ (0)
- ນະວະນິຍາຍ ຮັກສາລໍາດັບນະວະນິຍາຍທີ່ບໍ່ມີຢູ່ໃນຖານຂໍ້ມູນ
- ຢືນຢັນ
ຮັກສາລໍາດັບທີ່ໄດ້ຮັບການຢືນຢັນທີ່ມີຢູ່ໃນຖານຂໍ້ມູນ
- ສົ່ງເສີມການ
ສົ່ງເສີມການອ່ານທີ່ເກັບຮັກສາໄວ້ຫນ້ອຍກັບສະຖານະພາບຂອງການອ່ານທີ່ເກັບຮັກສາຫຼາຍ
read1=fullymasked ແລະ read2=partiallymasked -> ທັງສອງຖືກປິດບັງບາງສ່ວນ
- demote
demote ການອ່ານ RETAINED ຫຼາຍເປັນສະຖານະຂອງການອ່ານ RETAINED ຫນ້ອຍລົງ
read1=fullymasked ແລະ read2=partiallymasked -> ທັງສອງຖືກປິດບັງເຕັມຮູບແບບ
- ຖິ້ມ
ຍົກເລີກຄູ່ທີ່ມີສະຖານະຂັດກັນ (DEFAULT) read1=fullymasked ແລະ
read2=partiallymasked -> ທັງສອງຖືກຍົກເລີກ
ສະຖິຕິ on stderr, ຈໍານວນ of ລໍາດັບ ກັບ ຈໍານວນເງິນ ເກັບຮັກສາໄວ້:
- ລະດັບຕໍ່າ t
(0.3333)
- ຈຸດສູງສຸດ t
(0.6667)
-h histogram
ຂຽນ histogram ຂອງຈໍານວນລໍາດັບທີ່ເກັບຮັກສາໄວ້
-t t ການນໍາໃຊ້ t ກະທູ້ຄິດໄລ່
-v ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມຄືບຫນ້າ
ໃຊ້ kmer-mask ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
