locuspocus - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

locuspocus - ຄິດ​ໄລ່​ພິ​ກັດ locus ສໍາ​ລັບ​ຄໍາ​ອະ​ທິ​ບາຍ​ຂອງ​ເຊື້ອ​ສາຍ​ທີ່​ໄດ້​ຮັບ​

ສະຫຼຸບສັງລວມ

locuspocus [ທາງເລືອກໃນການ] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ... ]

ລາຍລະອຽດ

ທາງເລືອກພື້ນຖານ:

-d|-- ດີບັກ
ພິມ​ຂໍ້​ຄວາມ​ການ​ແກ້​ໄຂ​ບັນ​ຫາ​ລາຍ​ລະ​ອຽດ​ກັບ​ເຄື່ອງ​ຫມາຍ​ປາຍ​ທາງ (ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​ມາດ​ຕະ​ຖານ​)

-h|--ຊ່ວຍ
ພິມຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ແລະອອກ

-v|-- ສະບັບ
ພິມຕົວເລກສະບັບແລະອອກ

iLocus paring:

-l|--delta: INT
ເມື່ອວິເຄາະໄລຍະຫ່າງຂອງ loci, ໃຊ້ delta ຕໍ່ໄປນີ້ເພື່ອຂະຫຍາຍ gene loci ແລະປະກອບ
ພາກພື້ນທີ່ມີທ່າແຮງ; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 500

-s|--ຂ້າມ
ເມື່ອການນັບຈຳ ນວນຈຸດເວລາ, ຍົກເວັ້ນທີ່ບໍ່ໄດ້ລະບຸໄວ້ (ແລະສົມມຸດວ່າບໍ່ສົມບູນ)
iLoci ໃນຕອນທ້າຍຂອງລໍາດັບ

-e|--endsonly
ລາຍງານພຽງແຕ່ຊິ້ນສ່ວນ iLocus ທີ່ບໍ່ຄົບຖ້ວນຢູ່ໃນຕອນທ້າຍທີ່ບໍ່ໄດ້ລະບຸໄວ້ຂອງລໍາດັບ
(ຕື່ມ​ຂໍ້​ມູນ​ໃສ່​ --ຂ້າມ)

-y|--skipiiloci
ບໍ່ໄດ້ລາຍງານ iLoci intergenic

ຕົວເລືອກການປັບປຸງ:

-r|-- ປັບປຸງ
ໂດຍ genes ເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນຈັດກຸ່ມຢູ່ໃນ iLocus ດຽວກັນຖ້າພວກມັນມີການຊ້ອນກັນ; 'ປັບ​ປຸງ'
ໂຫມດຊ່ວຍໃຫ້ການຈັດການພັນທຸກໍາທີ່ຊ້ອນກັນໄດ້ຫຼາຍຂື້ນ

-c|--cds
ໃຊ້ CDS ແທນທີ່ຈະເປັນ UTRs ສໍາລັບການກໍານົດການຊ້ອນກັນຂອງ gene; ໝາຍເຖິງໂໝດ 'ປັບປຸງ'

-m|--minoverlap: INT
ຈໍາ​ນວນ​ຕໍາ​່​ສຸດ​ທີ່​ຂອງ nucleotides ສອງ​ພັນ​ທຸ​ກໍາ​ຕ້ອງ​ໄດ້​ທັບ​ຊ້ອນ​ກັນ​ເພື່ອ​ໃຫ້​ເປັນ​ກຸ່ມ​ດຽວ​ກັນ​
iLocus; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 1

ຕົວເລືອກຜົນໄດ້ຮັບ:

-n|--namefmt: STR
ສະໜອງສະຕຣິງຮູບແບບຮູບແບບ printf ເພື່ອແທນທີ່ຮູບແບບ ID ເລີ່ມຕົ້ນສຳລັບອັນໃໝ່
loci ສ້າງ; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 'locus%lu' (locus1, locus2, ແລະອື່ນໆ) ສໍາລັບ loci ແລະ 'iLocus%lu'
(iLocus1, iLocus2, ແລະອື່ນໆ) ສໍາລັບ interval loci; ໃຫ້ສັງເກດວ່າ string ຮູບແບບຄວນປະກອບມີ a
ຕົວລະບຸ %lu ດຽວທີ່ຈະຕື່ມໃສ່ດ້ວຍຄ່າຈໍານວນເຕັມທີ່ບໍ່ໄດ້ເຊັນຍາວ

-i|--ilens: FILE
ສ້າງໄຟລ໌ທີ່ມີຄວາມຍາວຂອງແຕ່ລະ iLocus intergenic

-g|--genemap: FILE
ພິມແຜນທີ່ຈາກແຕ່ລະຄໍາອະທິບາຍກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາໄປຫາສະຖານທີ່ທີ່ສອດຄ້ອງກັນກັບສິ່ງທີ່ໃຫ້
ເອກະສານ

-o|--outfile: FILE
ຊື່ຂອງໄຟລ໌ທີ່ຜົນໄດ້ຮັບຈະຖືກຂຽນ; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ terminal (ມາດຕະຖານ
ຜົນຜະລິດ)

-T|-- ຮັກສາ
ຮັກສາ ID ຄຸນສົມບັດຕົ້ນສະບັບຈາກໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ; ຂໍ້ຂັດແຍ່ງຈະເກີດຂື້ນຖ້າການປ້ອນຂໍ້ມູນ
ມີຄ່າ ID ທີ່ຊໍ້າກັນ

-t|--transmap: FILE
ພິມແຜນທີ່ຈາກແຕ່ລະຄໍາບັນຍາຍການຖອດຂໍ້ຄວາມໄປຫາສະຖານທີ່ທີ່ສອດຄ້ອງກັນກັບ
ໄຟລ໌ທີ່ໃຫ້

-V|--ຄຳເວົ້າ
ລວມເອົາຄຸນສົມບັດຍ່ອຍຂອງສະຖານທີ່ທັງໝົດ (genes, RNAs, ແລະອື່ນໆ) ໃນຜົນຜະລິດ GFF3; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ປະກອບມີພຽງແຕ່ລັກສະນະສະຖານທີ່

ຕົວເລືອກການປ້ອນຂໍ້ມູນ:

-f|--filter: TYPE
ບັນຊີລາຍຊື່ທີ່ແຍກດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດຂອງປະເພດຄຸນສົມບັດທີ່ຈະໃຊ້ໃນການກໍ່ສ້າງ loci/iLoci; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
'ເຊື້ອສາຍ'

-p|-- ພໍ່ແມ່: CT:PT
ຖ້າຄຸນສົມບັດຂອງປະເພດ $CT ມີຢູ່ໂດຍບໍ່ມີພໍ່ແມ່, ສ້າງພໍ່ແມ່ສໍາລັບຄຸນສົມບັດນີ້
ດ້ວຍປະເພດ $PT; ຕົວຢ່າງ, mRNA: gene ຈະສ້າງຄຸນສົມບັດ gene ເປັນພໍ່ແມ່ສໍາລັບ
ຄຸນສົມບັດ mRNA ລະດັບສູງສຸດໃດໆ; ທາງເລືອກນີ້ສາມາດຖືກກໍານົດຫຼາຍຄັ້ງ

-u|--pseudo
ແກ້ໄຂ pseudogenes ທີ່ຕິດສະຫຼາກຜິດ

ໃຊ້ locuspocus ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net