Amazon Best VPN GoSearch

OnWorks favicon

makehmmerdb - ອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຄລາວ

ເປີດໃຊ້ makehmmerdb ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີຜ່ານ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator

ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ makehmmerdb ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator

ໂຄງການ:

NAME


makehmmerdb - ສ້າງໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນ HMMER binary ຈາກໄຟລ໌ລໍາດັບ

ສະຫຼຸບສັງລວມ


makehmmerdb [ທາງເລືອກ]

ລາຍລະອຽດ


makehmmerdb ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອສ້າງໄຟລ໌ຄູ່ຈາກໄຟລ໌ລໍາດັບ DNA. ໄຟລ໌ຄູ່ນີ້ອາດຈະ
ຖືກນໍາໃຊ້ເປັນຖານຂໍ້ມູນເປົ້າຫມາຍສໍາລັບເຄື່ອງມືຄົ້ນຫາ DNA nhmmer.ການນໍາໃຊ້Defaultການຕັ້ງຄ່າin nhmmer,
ນີ້ເຮັດໃຫ້ການເລັ່ງປະມານ 10 ເທົ່າໂດຍການສູນເສຍຄວາມອ່ອນໄຫວເລັກນ້ອຍໃນດັດຊະນີ.
(ວິ​ທີ​ການ​ນີ້​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ທົດ​ສອບ​ຢ່າງ​ກວ້າງ​ຂວາງ​, ແຕ່​ຍັງ​ຄວນ​ຈະ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ປິ່ນ​ປົວ​ເປັນ​ບາງ​ສ່ວນ​
ທົດລອງ.)

OPTIONS


-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.

ອື່ນໆ OPTIONS


-- ຂໍ້​ມູນ
ຢືນຢັນວ່າໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ . ຮູບແບບທີ່ຍອມຮັບປະກອບມີ
ໄວ, ສັນຍາລັກ, genbank, ddbj, uniprot, stockholm, pfam, a2m, ແລະ afa. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
ເພື່ອກວດຫາຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ໂດຍອັດຕະໂນມັດ.

--bin_length
ຄວາມຍາວຖັງ. ໄຟລ໌ຖານສອງແມ່ນຂຶ້ນກັບໂຄງສ້າງຂໍ້ມູນທີ່ເອີ້ນວ່າດັດຊະນີ FM, ເຊິ່ງ
ຈັດລະບຽບສໍາເນົາອະນຸຍາດຂອງລໍາດັບໃນ bins ຂອງຄວາມຍາວ . ຄວາມຍາວຂອງຖັງທີ່ຍາວກວ່າ
ຈະນໍາໄປສູ່ໄຟລ໌ຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າ (ເພາະວ່າຂໍ້ມູນຖືກຈັບກ່ຽວກັບແຕ່ລະຖັງ) ແລະອາດຈະເປັນ
ເວລາສອບຖາມຊ້າລົງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 256. ຫຼາຍກ່ວາ 512 ອາດຈະເຮັດໃຫ້ຫນ້າສັງເກດ
ການ​ຫຼຸດ​ຜ່ອນ​ຄວາມ​ໄວ​.

--sa_freq
Suffix array ຕົວຢ່າງອັດຕາ. ໂຄງສ້າງດັດສະນີ FM ຍັງເອົາຕົວຢ່າງຈາກພື້ນຖານ
array suffix ສໍາລັບຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ. ການເກັບຕົວຢ່າງເລື້ອຍໆ (ຄ່ານ້ອຍກວ່າສໍາລັບ
) ຈະເຮັດໃຫ້ຂະໜາດໄຟລ໌ໃຫຍ່ຂຶ້ນ ແລະຊອກຫາໄວຂຶ້ນ (ຈົນກ່ວາຂະໜາດໄຟລ໌ຈະໃຫຍ່ຂຶ້ນ
ພຽງພໍທີ່ຈະເຮັດໃຫ້ I/O ເປັນຄໍຂວດ). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 8. ຕ້ອງເປັນພະລັງງານຂອງ
2.

--block_size
ລຳດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນຖືກແຍກອອກເປັນທ່ອນໄມ້ຂະໜາດ ລ້ານ​ຕົວ​ອັກ​ສອນ​. ດັດຊະນີ FM
ຖືກສ້າງຂຶ້ນສໍາລັບແຕ່ລະຕັນ, ແທນທີ່ຈະສ້າງດັດສະນີ FM ສໍາລັບລໍາດັບທັງຫມົດ
ຖານຂໍ້ມູນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 50. ທ່ອນໄມ້ທີ່ໃຫຍ່ກວ່າເບິ່ງຄືວ່າບໍ່ໃຫ້ຄວາມໄວຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ
ເພີ່ມ​ຂຶ້ນ.

ໃຊ້ makehmmerdb ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net


ເຊີບເວີ ແລະສະຖານີເຮັດວຽກຟຣີ

ດາວໂຫຼດແອັບ Windows ແລະ Linux

Linux ຄຳ ສັ່ງ

Ad




×
ການ​ໂຄ​ສະ​ນາ
?ຊື້ເຄື່ອງ, ຈອງ, ຫຼືຊື້ທີ່ນີ້ — ບໍ່ມີຄ່າໃຊ້ຈ່າຍ, ຊ່ວຍໃຫ້ການບໍລິການຟຣີ.