ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ makehmmerdb ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
makehmmerdb - ສ້າງໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນ HMMER binary ຈາກໄຟລ໌ລໍາດັບ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
makehmmerdb [ທາງເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
makehmmerdb ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອສ້າງໄຟລ໌ຄູ່ຈາກໄຟລ໌ລໍາດັບ DNA. ໄຟລ໌ຄູ່ນີ້ອາດຈະ
ຖືກນໍາໃຊ້ເປັນຖານຂໍ້ມູນເປົ້າຫມາຍສໍາລັບເຄື່ອງມືຄົ້ນຫາ DNA nhmmer.ການນໍາໃຊ້Defaultການຕັ້ງຄ່າin nhmmer,
ນີ້ເຮັດໃຫ້ການເລັ່ງປະມານ 10 ເທົ່າໂດຍການສູນເສຍຄວາມອ່ອນໄຫວເລັກນ້ອຍໃນດັດຊະນີ.
(ວິທີການນີ້ໄດ້ຮັບການທົດສອບຢ່າງກວ້າງຂວາງ, ແຕ່ຍັງຄວນຈະໄດ້ຮັບການປິ່ນປົວເປັນບາງສ່ວນ
ທົດລອງ.)
OPTIONS
-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.
ອື່ນໆ OPTIONS
-- ຂໍ້ມູນ
ຢືນຢັນວ່າໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ . ຮູບແບບທີ່ຍອມຮັບປະກອບມີ
ໄວ, ສັນຍາລັກ, genbank, ddbj, uniprot, stockholm, pfam, a2m, ແລະ afa. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
ເພື່ອກວດຫາຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ໂດຍອັດຕະໂນມັດ.
--bin_length
ຄວາມຍາວຖັງ. ໄຟລ໌ຖານສອງແມ່ນຂຶ້ນກັບໂຄງສ້າງຂໍ້ມູນທີ່ເອີ້ນວ່າດັດຊະນີ FM, ເຊິ່ງ
ຈັດລະບຽບສໍາເນົາອະນຸຍາດຂອງລໍາດັບໃນ bins ຂອງຄວາມຍາວ . ຄວາມຍາວຂອງຖັງທີ່ຍາວກວ່າ
ຈະນໍາໄປສູ່ໄຟລ໌ຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າ (ເພາະວ່າຂໍ້ມູນຖືກຈັບກ່ຽວກັບແຕ່ລະຖັງ) ແລະອາດຈະເປັນ
ເວລາສອບຖາມຊ້າລົງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 256. ຫຼາຍກ່ວາ 512 ອາດຈະເຮັດໃຫ້ຫນ້າສັງເກດ
ການຫຼຸດຜ່ອນຄວາມໄວ.
--sa_freq
Suffix array ຕົວຢ່າງອັດຕາ. ໂຄງສ້າງດັດສະນີ FM ຍັງເອົາຕົວຢ່າງຈາກພື້ນຖານ
array suffix ສໍາລັບຖານຂໍ້ມູນລໍາດັບ. ການເກັບຕົວຢ່າງເລື້ອຍໆ (ຄ່ານ້ອຍກວ່າສໍາລັບ
) ຈະເຮັດໃຫ້ຂະໜາດໄຟລ໌ໃຫຍ່ຂຶ້ນ ແລະຊອກຫາໄວຂຶ້ນ (ຈົນກ່ວາຂະໜາດໄຟລ໌ຈະໃຫຍ່ຂຶ້ນ
ພຽງພໍທີ່ຈະເຮັດໃຫ້ I/O ເປັນຄໍຂວດ). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 8. ຕ້ອງເປັນພະລັງງານຂອງ
2.
--block_size
ລຳດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນຖືກແຍກອອກເປັນທ່ອນໄມ້ຂະໜາດ ລ້ານຕົວອັກສອນ. ດັດຊະນີ FM
ຖືກສ້າງຂຶ້ນສໍາລັບແຕ່ລະຕັນ, ແທນທີ່ຈະສ້າງດັດສະນີ FM ສໍາລັບລໍາດັບທັງຫມົດ
ຖານຂໍ້ມູນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 50. ທ່ອນໄມ້ທີ່ໃຫຍ່ກວ່າເບິ່ງຄືວ່າບໍ່ໃຫ້ຄວາມໄວຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ
ເພີ່ມຂຶ້ນ.
ໃຊ້ makehmmerdb ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
