ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ masai_mapper ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
masai_mapper - Masai Mapper
ສະຫຼຸບສັງລວມ
masai_mapper [ຕົວເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
Masai ເປັນແຜນທີ່ອ່ານໄວແລະຖືກຕ້ອງໂດຍອີງໃສ່ແກ່ນໂດຍປະມານແລະຫຼາຍ
ການຕິດຕາມຄືນ.
ເບິ່ງ http://www.seqan.de/projects/masai ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ.
(c) ລິຂະສິດ 2011-2012 ໂດຍ Enrico Siragusa.
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້.
- ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບ
ຕົວເລືອກແຜນທີ່:
-ມມ, --mapping-mode STR
ເລືອກຮູບແບບແຜນທີ່. ຫນຶ່ງໃນທັງຫມົດ, ທັງຫມົດທີ່ດີທີ່ສຸດ, ແລະອັນໃດທີ່ດີທີ່ສຸດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ທີ່ດີທີ່ສຸດ.
-mb, --mapping-block NUMBER
ຈໍານວນການອ່ານສູງສຸດທີ່ຈະເຮັດແຜນທີ່ໃນຄັ້ງດຽວ. ໃນຂອບເຂດ [10000..inf]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
2147483647.
-e, -- ຄວາມຜິດພາດ NUMBER
ຈໍານວນຂໍ້ຜິດພາດສູງສຸດຕໍ່ການອ່ານ. ໃນຂອບເຂດ [0..32]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5.
-sl, -- ຄວາມຍາວຂອງແກ່ນ NUMBER
ຄວາມຍາວຂອງແກ່ນຕໍ່າສຸດ. ໃນຂອບເຂດ [10..100]. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 33.
- ນ, --ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງ
ຢ່າຈັດຮຽງການອ່ານທີ່ມີຊ່ອງຫວ່າງ.
ຕົວເລືອກດັດຊະນີ Genome:
-x, --index STR
ເລືອກປະເພດດັດຊະນີ genome. ຫນຶ່ງໃນ esa, sa, qgram, ແລະ fm. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: sa.
-xp, --index-prefix STR
ລະບຸຊື່ຄຳນຳໜ້າດັດຊະນີ genome. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ໃຊ້ຄຳນຳໜ້າຊື່ໄຟລ໌ genome.
ຕົວເລືອກຜົນຜະລິດ:
-o, --output-file ເອກະສານ
ລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ໃຊ້ຄຳນຳໜ້າຊື່ໄຟລ໌ອ່ານ. ປະເພດໄຟລ໌ທີ່ຖືກຕ້ອງ
ແມ່ນ: ດິບ ແລະ sam.
-nc, --no-cigar
ບໍ່ໃຫ້ອອກສາຍ CIGAR. ນີ້ມີຜົນກະທົບພຽງແຕ່ຜົນຜະລິດ SAM.
ທາງເລືອກໃນການດີບັກ:
-nv, --no-verify
ຢ່າຢັ້ງຢືນການຕີເມັດພັນ.
- ນ, --no-dump
ຢ່າຖິ້ມຜົນໄດ້ຮັບ.
-nm, --ບໍ່ຫຼາຍ
ປິດການໃຊ້ງານ backtracking ຫຼາຍ.
ເວີຊັ່ນ
masai_mapper version: 0.7.1 [14053] ອັບເດດຫຼ້າສຸດ 2013-05-16
ໃຊ້ masai_mapper ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
