ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ matchere ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
matcher - Waterman-Eggert ການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນຂອງສອງລໍາດັບ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ຜູ້ຕໍ່ສູ້ - ລໍາດັບ ລໍາດັບ - ລໍາດັບ ລໍາດັບ [- ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນ matrix] [- ທາງເລືອກ integer]
[-gapopen integer] [- ຂະຫຍາຍ integer] -outfile align
ຜູ້ຕໍ່ສູ້ -ຊ່ວຍ
ລາຍລະອຽດ
ຜູ້ຕໍ່ສູ້ ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite”). ມັນແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງກຸ່ມຄໍາສັ່ງ "ຈັດຮຽງ: ທ້ອງຖິ່ນ".
OPTIONS
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
- ລໍາດັບ ລໍາດັບ
- ລໍາດັບ ລໍາດັບ
- ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນ matrix
ນີ້ແມ່ນໄຟລ໌ຕາຕະລາງຄະແນນທີ່ໃຊ້ໃນເວລາປຽບທຽບລໍາດັບ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນມັນແມ່ນ
ໄຟລ໌ 'EBLOSUM62' (ສໍາລັບທາດໂປຼຕີນ) ຫຼືໄຟລ໌ 'EDNAFULL' (ສໍາລັບລໍາດັບ nucleic). ເຫຼົ່ານີ້
ໄຟລ໌ຖືກພົບເຫັນຢູ່ໃນໄດເລກະທໍລີ 'ຂໍ້ມູນ' ຂອງການຕິດຕັ້ງ EMBOSS.
ເພີ່ມເຕີມ ສ່ວນ
- ທາງເລືອກ integer
ນີ້ກໍານົດຈໍານວນຂອງຜົນຜະລິດທີ່ກົງກັນທາງເລືອກ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນພຽງແຕ່ສູງສຸດ
ການຈັດລໍາດັບຄະແນນແມ່ນສະແດງໃຫ້ເຫັນ. ຄ່າຂອງ 2 ເຮັດໃຫ້ທ່ານມີການຈັດຮຽງທີ່ສົມເຫດສົມຜົນອື່ນໆ. ໃນ
ບາງກໍລະນີ, ຕົວຢ່າງໂປຣຕີນ multidomain ຂອງ cDNA ແລະການປຽບທຽບ DNA genomic,
ອາດຈະມີການຈັດຕັ້ງທີ່ໜ້າສົນໃຈ ແລະ ສຳຄັນອື່ນໆ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1
-gapopen integer
ການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງແມ່ນຄະແນນທີ່ເອົາອອກໄປເມື່ອຊ່ອງຫວ່າງຖືກສ້າງຂື້ນ. ມູນຄ່າທີ່ດີທີ່ສຸດແມ່ນຂຶ້ນກັບ
ກ່ຽວກັບທາງເລືອກຂອງມາຕຣິກເບື້ອງປຽບທຽບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ 14 ຖືວ່າທ່ານກໍາລັງໃຊ້
EBLOSUM62 matrix ສໍາລັບລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ, ຫຼືຄ່າຂອງ 16 ແລະ ENDAFULL matrix ສໍາລັບ
ລໍາດັບ nucleotide. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: @($(acdprotein)? 14 : 16)
- ຂະຫຍາຍ integer
ຄວາມຍາວຂອງຊ່ອງຫວ່າງ, ຫຼືການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ, ການລົງໂທດແມ່ນເພີ່ມການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງມາດຕະຖານສໍາລັບ
ແຕ່ລະພື້ນຖານຫຼື residue ໃນຊ່ອງຫວ່າງ. ນີ້ແມ່ນຊ່ອງຫວ່າງດົນປານໃດຖືກລົງໂທດ. ປົກກະຕິແລ້ວທ່ານຈະ
ຄາດຫວັງວ່າຊ່ອງຫວ່າງຍາວບໍ່ຫຼາຍປານໃດແທນທີ່ຈະເປັນຊ່ອງຫວ່າງສັ້ນຫຼາຍ, ສະນັ້ນການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງການລົງໂທດ
ຄວນຈະຕ່ໍາກວ່າການລົງໂທດຊ່ອງຫວ່າງ. ຂໍ້ຍົກເວັ້ນແມ່ນບ່ອນທີ່ລໍາດັບຫນຶ່ງຫຼືທັງສອງຢູ່
ອ່ານດຽວທີ່ມີຂໍ້ຜິດພາດໃນການຈັດລໍາດັບທີ່ເປັນໄປໄດ້ໃນກໍລະນີທີ່ເຈົ້າຄາດຫວັງຫຼາຍ
ຊ່ອງຫວ່າງພື້ນຖານດຽວ. ທ່ານສາມາດໄດ້ຮັບຜົນໄດ້ຮັບນີ້ໂດຍການກໍານົດຊ່ອງຫວ່າງການລົງໂທດເປັນສູນ (ຫຼືຫຼາຍ
ຕ່ໍາ) ແລະການນໍາໃຊ້ການລົງໂທດການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງເພື່ອຄວບຄຸມການໃຫ້ຄະແນນຊ່ອງຫວ່າງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
@($(acdprotein)? 4:4)
ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
-outfile align
ໃຊ້ matchere ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
