mauveAligner - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

mauveAligner - ການກໍ່ສ້າງການຈັດລຽງຂອງພັນທຸກໍາຢ່າງມີປະສິດທິພາບ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

mauveAligner [ຕົວເລືອກ] ...
ຊື່ໄຟລ໌>

ລາຍລະອຽດ

ຂັ້ນຕອນການຈັດຮຽງ mauveAligner ແລະ progressiveMauve ໄດ້ຖືກປະຕິບັດເປັນ
ໂປລແກລມບັນທັດຄໍາສັ່ງລວມກັບຊອບແວ Mauve ທີ່ສາມາດດາວໂຫລດໄດ້. ໃນເວລາທີ່ດໍາເນີນການຈາກ
ເສັ້ນຄໍາສັ່ງ, ໂປລແກລມເຫຼົ່ານີ້ສະຫນອງທາງເລືອກທີ່ຍັງບໍ່ທັນມີຢູ່ໃນການໂຕ້ຕອບຮູບພາບ.

OPTIONS

--output=ຊື່ໄຟລ໌ທີ່ອອກມາ.
ພິມໃສ່ໜ້າຈໍຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ

--ແມ່ ຊອກຫາ MUMs ເທົ່ານັ້ນ, ຢ່າພະຍາຍາມກໍານົດຕັນ collinear ທ້ອງຖິ່ນ (LCBs)

-- ບໍ່ມີການເອີ້ນຄືນ ຢ່າປະຕິບັດການກໍານົດສະມໍ recursive (ຫມາຍຄວາມວ່າ
--no-gapped-alignment)

--no-lcb-extension ຖ້າກໍານົດ LCBs, ຢ່າພະຍາຍາມຂະຫຍາຍ LCBs

--seed-size=ຂະ​ຫນາດ​ການ​ຈັບ​ຄູ່​ເມັດ​ຕົ້ນ​, ຄ່າ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​ແມ່ນ log_2(ຄວາມ​ຍາວ​ສ່ວນ​ຕໍ່​ສະ​ເລ່ຍ​)

--max-extension-iterations=ຈໍາ​ກັດ​ການ​ຂະ​ຫຍາຍ LCB ກັບ​ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ​ການ​ພະ​ຍາ​ຍາມ​ນີ້​,
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 4

--eliminate-ລວມ ລົບລ້າງການເຊື່ອມໂຍງທີ່ເຊື່ອມໂຍງຢູ່ໃນການຈັບຄູ່ຊຸດຍ່ອຍ.

--ນ້ຳໜັກ=ນ້ໍາຫນັກ LCB ຕໍາ່ສຸດໃນຄູ່ພື້ນຖານຕໍ່ລໍາດັບ

--match-input=ໃຊ້ໄຟລ໌ທີ່ກົງກັນທີ່ລະບຸໄວ້ແທນທີ່ຈະຊອກຫາສິ່ງທີ່ກົງກັນ

--lcb-match-input ຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າໄຟລ໌ທີ່ເຂົ້າກັນໄດ້ມີຂໍ້ມູນທີ່ກົງກັນ
ຈັດກຸ່ມເປັນ LCBs

--lcb-input=ໃຊ້ໄຟລ໌ lcb ທີ່ລະບຸແທນທີ່ຈະສ້າງ LCBs (ຂ້າມ LCB
ການຜະລິດ)

--scratch-path=ສໍາລັບ genomes ຂະຫນາດໃຫຍ່, ໃຊ້ໄດເລກະທໍລີສໍາລັບການເກັບຮັກສາຂໍ້ມູນຊົ່ວຄາວ.
ຄວນໃຫ້ສອງເທື່ອ ຫຼືຫຼາຍກວ່ານັ້ນກັບເສັ້ນທາງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.

--id-matrix=ສ້າງສະຖິຕິ LCB ແລະຂຽນໃສ່ໄຟລ໌ທີ່ລະບຸໄວ້

--island-size=ຊອກຫາເກາະທີ່ໃຫຍ່ກວ່າຕົວເລກທີ່ລະບຸ

--island-output=ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ເກາະ​ໄຟລ​໌​ທີ່​ໄດ້​ຮັບ (ຮຽກ​ຮ້ອງ​ໃຫ້​ມີ​ --ຂະຫນາດເກາະ)

--backbone-size=ຊອກຫາເສັ້ນກະດູກສັນຫຼັງທີ່ຍາວກວ່າຈໍານວນ bp ທີ່ລະບຸ

--max-backbone-gap=ອະນຸຍາດໃຫ້ກະດູກສັນຫຼັງຖືກລົບກວນໂດຍຊ່ອງຫວ່າງເຖິງຄວາມຍາວນີ້ໃນ
bp

--backbone-output=ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ເກາະ​ໄຟລ​໌​ທີ່​ໄດ້​ຮັບ (ຮຽກ​ຮ້ອງ​ໃຫ້​ມີ​ --ຂະຫນາດເກາະ)

--coverage-output=ອອກ​ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ການ​ການ​ຄຸ້ມ​ຄອງ​ກັບ​ໄຟລ​໌​ທີ່​ກໍາ​ນົດ​ໄວ້ (- ສໍາ​ລັບ stdout​)

-- ຊ້ຳ ສ້າງແຜນທີ່ຊ້ຳໆ. ສາມາດລະບຸລໍາດັບດຽວໄດ້

--output-guide-tree=ຂຽນອອກເປັນໄມ້ຢືນຕົ້ນຄູ່ມືກັບໄຟລ໌ກໍານົດ

--collinear ສົມມຸດວ່າລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນ collinear -- ພວກມັນບໍ່ມີການຈັດລຽງຄືນໃຫມ່

ຊ່ອງຫວ່າງ alignment ການຄວບຄຸມ:
--no-gapped-alignment ຢ່າປະຕິບັດການຈັດວາງທີ່ມີຊ່ອງຫວ່າງ

--max-gapped-aligner-length=ຈຳນວນຄູ່ພື້ນຖານສູງສຸດເພື່ອພະຍາຍາມຈັດຮຽງຕາມ
aligner ຊ່ອງຫວ່າງ

--min-recursive-gap-length=ຂະຫນາດຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງຊ່ອງຫວ່າງທີ່ Mauve ຈະປະຕິບັດ recursive
ການຍຶດ MUM (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 200)

ເຊັນເຂົ້າ permutation matrix ຕົວເລືອກ:
--permutation-matrix-output=ຂຽນອອກ LCBs ເປັນ matrix permutation ເຊັນກັບ
ໄຟລ໌ທີ່ໃຫ້

--permutation-matrix-min-weight=ມາຕຣິກເບື້ອງ permutation ຈະຖືກຂຽນສໍາລັບທຸກໆ
ຊຸດຂອງ LCBs ທີ່ມີນ້ໍາຫນັກລະຫວ່າງຄ່ານີ້ແລະມູນຄ່າຂອງ --ນ້ຳໜັກ

ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ output ຕົວເລືອກ:
--alignment-output-dir=ສົ່ງຊຸດໄຟລ໌ການຈັດຮຽງ (ໜຶ່ງອັນຕໍ່ LCB) ເປັນ a
ໄດເລກະທໍລີທີ່ມອບໃຫ້

--alignment-output-format=ເລືອກຮູບແບບຜົນຜະລິດສໍາລັບ --alignment-output-dir

--output-alignment=ຂຽນການຈັດຮຽງຮູບແບບ XMFA ກັບໄຟລ໌ທີ່ກໍານົດ

ຮູບແບບຜົນຜະລິດການຈັດຮຽງທີ່ຮອງຮັບແມ່ນ: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

ໃຊ້ mauveAligner ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net