metastudent - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

metastudent - ຜູ້ຄາດຄະເນຂອງຄໍາສັບ ontology gene ຈາກລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

metastudent -i FSTA_FILE -o RESULT_FILE_PREFIX [--debug] [--keep-temp] [--silent]
[--output-blast] [--blast-only] [--all-predictions] [--ontologies=MFO or ບີພີ or CCO or
MFO, BPO or ...] [--with-images] [--blast-kickstart-databases=BLAST_RESULT_FILE(S)]
[--temp-dir=DIR] [--config=CONFIG_FILE] !!! ໃຫ້​ແນ່​ໃຈວ່​າ​ໄຟລ​໌ fasta ຂອງ​ທ່ານ​ມີ​ຫຼາຍ​ທີ່​ສຸດ 500​
ລຳດັບ!!!

ລາຍລະອຽດ

Metastudent ຄາດຄະເນເງື່ອນໄຂຂອງ Gene Ontology (GO) ຈາກ Molecular Function Ontology (MFO),
ຂະບວນການທາງຊີວະວິທະຍາ Ontology (BPO) ແລະ Cellular Component Ontology (CCO) ສໍາລັບການປ້ອນທາດໂປຼຕີນ
ລໍາດັບໂດຍ inference ທີ່ອີງໃສ່ homology ຈາກທາດໂປຼຕີນທີ່ຂຽນໄວ້ແລ້ວ.

ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່ (1 GB ໃນຈໍານວນທັງຫມົດ) ທີ່ຈໍາເປັນສໍາລັບການປະຕິບັດງານຂອງ metastudent ໄດ້ຖືກດາວໂຫຼດ
ອັດຕະໂນມັດໃນການນໍາໃຊ້ຄັ້ງທໍາອິດຂອງໂຄງການ. ການດາວໂຫຼດແມ່ນ restartable. ທ່ານ​ຍັງ​ສາ​ມາດ
ໂທຫາຢ່າງຈະແຈ້ງ
metastudentdata (ຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ /usr/bin/metastudentdata) ເພື່ອດາວໂຫລດໄຟລ໌ຂໍ້ມູນ.
ໃນກໍລະນີທີ່ໄດເລກະທໍລີຂໍ້ມູນ (ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ /usr/share/metastudent-data) ບໍ່ສາມາດຂຽນໄດ້ແລະ
ເຈົ້າຍັງບໍ່ໄດ້ຮາກ, ການດໍາເນີນງານແມ່ນ
ພະຍາຍາມຄືນໃຫມ່ກັບ sudo(8).

ຜົນຜະລິດ ຮູບແບບ
ສໍາລັບແຕ່ລະ ontology ທີ່ເລືອກ (ເບິ່ງ --ontologies), ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຫນຶ່ງແມ່ນຜະລິດ (ເບິ່ງ -o). ແຕ່ລະຄົນ
ເສັ້ນຢູ່ໃນແຕ່ລະໄຟລ໌ເຊື່ອມໂຍງທາດໂປຼຕີນທີ່ມີຄໍາສັບ GO ແລະຄວາມຫນ້າເຊື່ອຖືສໍາລັບ
ສະມາຄົມ (0.0 ຫາ 1.0). ຮູບແບບຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນໃຊ້:
ID >

ຂໍ້ມູນອ້າງອິງ

Hamp, T., Kassner, R., Seemayer, S., Vicedo, E., Schaefer, C., Achten, D., ... & Rost, B.
(2013). inference ທີ່ອີງໃສ່ homology ກໍານົດແຖບສູງສໍາລັບການຄາດຄະເນການເຮັດວຽກຂອງທາດໂປຼຕີນ. BMC
ຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານ, 14(Suppl 3), S7.

OPTIONS

-i FASTA_FILE
ໄຟລ໌ fasta ປ້ອນຂໍ້ມູນ. ກະ​ລຸ​ນາ​ພະ​ຍາ​ຍາມ​ທີ່​ຈະ​ເອົາ​ຮູບ​ແບບ​ພິ​ເສດ​ໃດໆ (ເຊັ່ນ​: ຊ່ອງ​ຫວ່າງ​)
ໃນລໍາດັບກ່ອນທີ່ຈະໃຊ້ພວກມັນເປັນການປ້ອນຂໍ້ມູນ. ເນື່ອງຈາກການນໍາໃຊ້ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາສູງ, ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າຂອງທ່ານ
ໄຟລ໌ fasta ມີຢູ່ໃນຫຼາຍ 500 ລໍາດັບ.

-o RESULT_FILE_PREFIX
ຄໍານໍາຫນ້າຊື່ໄຟລ໌ຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ. ຂໍ້ກໍານົດ GO ຖືກຈັດຢູ່ໃນ ontologies.
Metatstudent ປະຕິບັດຕໍ່ແຕ່ລະ ontology ແຕກຕ່າງກັນແລະສົ່ງຜົນໄດ້ຮັບຫນຶ່ງໄຟລ໌ສໍາລັບແຕ່ລະຄົນ.
ຕົວຢ່າງ, ຖ້າ =./myresult ແລະ MFO (Molecular Function Ontology) ແລະ BPO
(Biological Process Ontology) ontologies ຖືກເລືອກ (ເບິ່ງທາງເລືອກ --ontologies), ແລ້ວ
metastudent ສ້າງສອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ: ./myresult.MFO.txt ແລະ ./myresult.BPO.txt.

--debug
ພິມຂໍ້ຄວາມແກ້ບັນຫາເພີ່ມເຕີມ.

--ຮັກສາອຸນຫະພູມ
ວ່າຈະຮັກສາ temp directories ຫຼັງຈາກ metastudent ສໍາເລັດ (ພວກເຂົາສາມາດເປັນ
ເປັນປະໂຫຍດໃນເວລາທີ່ຄວາມຜິດພາດເກີດຂຶ້ນຫຼືປະສົມປະສານກັບ --blast-kickstart-ຖານຂໍ້ມູນ).

--ງຽບ
ບໍ່ມີຂໍ້ຄວາມຄວາມຄືບຫນ້າ (stdout), ມີພຽງແຕ່ຄວາມຜິດພາດ (stderr).

--ອອກ-ລະເບີດ
ວ່າຈະອອກຜົນຂອງການແລ່ນ BLAST ຫຼືບໍ່. ເປັນປະໂຫຍດໃນການປະສົມປະສານກັບ
--blast-kickstart-ຖານຂໍ້ມູນ. ຮູບແບບຊື່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດແມ່ນ
RESULT_FILE_PREFIX. .ລະເບີດ.

-- ລະເບີດເທົ່ານັ້ນ
ວ່າຈະໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບພຽງແຕ່ຜົນຂອງການແລ່ນ BLAST, ແລະບໍ່ມີຫຍັງອີກ. ເບິ່ງຕົວເລືອກ
--ອອກ-ລະເບີດ ແລະ --blast-kickstart-ຖານຂໍ້ມູນ.

-- ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ​ທັງ​ຫມົດ​
ວ່າຈະອອກຜົນການຄາດເດົາຂອງຜູ້ຄາດຄະເນແຕ່ລະຄົນຫຼືບໍ່. ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ
ຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດແມ່ນ . . .txt.

--ບໍ່ມີຊື່
ບໍ່ວ່າຈະເປັນການຍົກເວັ້ນຊື່ຄໍາສັບ GO ຕົວຈິງເປັນຖັນໃນການຄາດຄະເນຜົນຜະລິດຫຼືບໍ່
ໄຟລ໌

-- ມີ​ຮູບ​ພາບ​
ວ່າຈະສ້າງຮູບພາບທີ່ສະແດງເງື່ອນໄຂ GO ທີ່ຄາດເດົາເປັນກາຟ GO ຫຼືບໍ່.
ຕົວເລືອກນີ້ສາມາດໃຊ້ໄດ້ກັບລໍາດັບການປ້ອນຂໍ້ມູນອັນດຽວເທົ່ານັ້ນ ແລະເມື່ອເຊື່ອມຕໍ່ເທົ່ານັ້ນ
ອິນເຕີເນັດ.

--ontologies=MFO or ບີພີ or CCO or MFO, BPO or ...
ບັນຊີລາຍຊື່ທີ່ແຍກດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດຂອງ ontologies ເພື່ອສ້າງການຄາດຄະເນສໍາລັບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ
MFO, BPO, CCO. ຖ້າໃຊ້ປະສົມປະສານກັບ --blast-kickstart-ຖານຂໍ້ມູນ, ຈໍານວນແລະ
ຄໍາສັ່ງຂອງ ontologies ຕ້ອງກົງກັນກັບໄຟລ໌ kickstart.

--blast-kickstart-databases=
ນັບຕັ້ງແຕ່ການແລ່ນ BLAST ປົກກະຕິແລ້ວແມ່ນພາກສ່ວນທີ່ຈະໃຊ້ເວລາດົນທີ່ສຸດໃນ metastudent, ນີ້
ທາງ​ເລືອກ​ອະ​ນຸ​ຍາດ​ໃຫ້​ທ່ານ​ນໍາ​ໃຊ້​ຄືນ​ໃຫມ່​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ຂອງ​ການ​ແລ່ນ​ທີ່​ຜ່ານ​ມາ​. ນີ້ແມ່ນເປັນປະໂຫຍດເພື່ອທົດສອບ, ສໍາລັບ
ຕົວຢ່າງ, ຕົວກໍານົດການທີ່ແຕກຕ່າງກັນຫຼືໃນເວລາທີ່ທ່ານໄດ້ສູນເສຍການຄາດຄະເນ. ຈໍາ​ນວນ​ຂອງ
ໄຟລ໌ kickstart ຕ້ອງກົງກັບຈໍານວນຂອງ ontologies (ເບິ່ງທາງເລືອກ --ontologies).
ແຍກເສັ້ນທາງໄຟລ໌ດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດ. ຍົກ​ຕົວ​ຢ່າງ:
--blast-kickstart-databases= , (ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​ສໍາ​ລັບ​ທັງ​ສອງ​
ontologies) ຫຼື --blast-kickstart-databases=, (ພຽງແຕ່ kickstart BPO;
ໝາຍຈຸດ).

--temp-dir=DIR
ໄດເຣັກທໍຣີ temp ຂອງແມ່ທີ່ຈະໃຊ້ແທນອັນທີ່ລະບຸໄວ້ກັບ tmpDir ໃນ
ໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າ metastudent.

- ໄຟລ໌ = ເອກະສານ
ເສັ້ນທາງໄປຫາໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າ metastudent ແບບກຳນົດເອງ; overrides ການ​ຕັ້ງ​ຄ່າ​ທັງ​ຫມົດ​ຂອງ​
ໄຟລ໌ການຕັ້ງຄ່າທີ່ພົບເຫັນຢູ່ໃນພາກສ່ວນ FILES ຂອງໜ້າຜູ້ຊາຍນີ້.

ໃຊ້ metastudent ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net