ntdpal - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

ntdpal - ສະຫນອງການທໍາງານການຈັດຕໍາແຫນ່ງຂອງ Primer3

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ntdpal [-ກ gval] [-ລ ລວາລ] [-ມ mval] [-f1, f2, f3] [-p] [-s] [-e] {seq1} {seq2} {ຮູບແບບການ}

ລາຍລະອຽດ

Ntdpal (NucleoTide Dynamic Programming ALignment) ແມ່ນໂຄງການແບບຢືນຢູ່ຄົນດຽວທີ່ສະຫນອງ.
ການທໍາງານການຈັດຕໍາແຫນ່ງຂອງ Primer3 (ທ້ອງຖິ່ນ, aka Smith-Waterman, ທົ່ວໂລກ, aka
Needleman-Wunsch, ບວກກັບ "ເຄິ່ງຫນຶ່ງຂອງໂລກ").

OPTIONS

-g gval
gval ແມ່ນ float (ບວກ) (.01 ຄວາມແມ່ນຍໍາ) ລະບຸການລົງໂທດສໍາລັບການສ້າງຊ່ອງຫວ່າງ
ຕາມລໍາດັບ (ການລົງໂທດແມ່ນລົບອອກຈາກຄະແນນຜົນຜະລິດ)

-l h
ລວາລ ເປັນການເລື່ອນ (ບວກ) (.01 ຄວາມແມ່ນຍໍາ) ລະບຸໂທດສໍາລັບການຂະຫຍາຍຊ່ອງຫວ່າງ
ຕາມລໍາດັບ (ການລົງໂທດແມ່ນລົບອອກຈາກຄະແນນຜົນຜະລິດ)

-a
ເຮັດໃຫ້ຕາຕະລາງຄະແນນຖືກດັດແກ້ໂດຍ dpal_set_ambiguity_codes.

-e
ເຮັດໃຫ້ຕໍາແຫນ່ງສິ້ນສຸດຂອງການຈັດລໍາດັບໃນທັງສອງລໍາດັບຖືກພິມ. ຢ່າ
ສັບສົນກັບ 'e' ຮູບແບບການ.

-f1, -f2, -f3
ບັງຄັບໃຫ້ປະຕິບັດສະເພາະ. -f2 ກໍາລັງໃຊ້ການປະຕິບັດທີ່ອາດຈະສະຫນອງ
ຂໍ້​ຄວາມ​ຜິດ​ພາດ​ໃຫ້​ຂໍ້​ມູນ​ເພີ່ມ​ເຕີມ​, ອາດ​ຈະ​ມີ​ຄ່າ​ໃຊ້​ຈ່າຍ​ຂອງ​ຄວາມ​ໄວ​ບາງ​.

-h
ໃຊ້ຕາຕະລາງຄະແນນທີ່ແຕກຕ່າງກັນ: G ແລະ C ກົງກັນ = 3, A ແລະ T = 2, ແລະບໍ່ກົງກັນ =
-0.5. (ມາຕຣິກເບື້ອງການໃຫ້ຄະແນນເລີ່ມຕົ້ນມອບໝາຍ 1 ໃຫ້ກັບການຈັບຄູ່, ແລະ -1 ໃຫ້ກັບການບໍ່ກົງກັນ.)

-p
ເຮັດໃຫ້ການຈັດລໍາດັບສະແດງຢູ່ໃນ stderr.

-s
ສາເຫດ ພຽງແຕ່ ຄະແນນທີ່ຈະພິມ.

-m mval
ແມ່ນຊ່ອງຫວ່າງສູງສຸດທີ່ອະນຸຍາດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 3).

seq1 ແລະ seq2
ແມ່ນລໍາດັບທີ່ຈະສອດຄ່ອງ.

ຮູບແບບການ
ແມ່ນຫນຶ່ງໃນ g, G, l, ຫຼື L ການລະບຸລະດັບໂລກ, ທົ່ວໂລກທີ່ຍຶດຫມັ້ນ, ທ້ອງຖິ່ນ, ຫຼືທ້ອງຖິ່ນ
end-anchored alignment ຕາມລໍາດັບ. ສໍາລັບການເຂົ້າກັນໄດ້ໃນດ້ານຫລັງ e ເທົ່າກັບ G.

ການອ້າງອິງ

ກະລຸນາອ້າງເຖິງ Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 ໃນ WWW ສໍາລັບຜູ້ໃຊ້ທົ່ວໄປແລະສໍາລັບ
ນັກຂຽນໂປລແກລມຊີວະວິທະຍາ." ໃນ S. Krawetz ແລະ S. Misener, eds. ວິທີການຊີວະວິທະຍາແລະ
ອະນຸສັນຍາໃນຊຸດ Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
ຫນ້າ 365-386.

ໃຊ້ ntdpal ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net