ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ primeGSRf ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
primeDLRS, primeGSRf - ເຄື່ອງມື reconciliation ຕົ້ນໄມ້ຂອງແຂກໃນເຈົ້າພາບ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
primeDLRS [OPTIONS] seqfile hostfile [gsfile]
ລາຍລະອຽດ
ເຄື່ອງມື reconciliation ຕົ້ນໄມ້ຂອງແຂກໃນເຈົ້າພາບ, ເຮັດໃຫ້ການວິເຄາະຂອງຕົວຢ່າງ topologies ຕົ້ນໄມ້ຂອງແຂກ,
ຄຸນສົມບັດ reconciliation ແລະອັດຕາການສູນເສຍການຊ້ໍາກັນ. ອີງໃສ່ກອບ MCMC Bayesian
ການນໍາໃຊ້ຕົວແບບ GSR ທີ່ຕິດພັນ. ຊື່ໂຄງການເກົ່າ, primeGSRf, ຍັງມີຢູ່ເປັນ
symlink ກັບ primeDLRS.
1) topology ຕົ້ນໄມ້ແຂກແລະເວລາທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງຕົນແມ່ນແບບຈໍາລອງທີ່ມີການຊໍ້າຊ້ອນ -
ຂະບວນການສູນເສຍຕາມ Gene Evolution Model (GEM).
2) ລໍາດັບ evolution ແມ່ນຕົວແບບທີ່ມີຮູບແບບການທົດແທນທີ່ກໍານົດໂດຍຜູ້ໃຊ້.
3) ການປ່ຽນແປງອັດຕາການວິວັດທະນາການຕາມແຄມຕົ້ນໄມ້ແຂກ (ໂມງໂມເລກຸນຜ່ອນຄາຍ)
ຖືກສ້າງແບບຈໍາລອງດ້ວຍຄ່າ iid ຈາກການແຈກຢາຍທີ່ເລືອກໂດຍຜູ້ໃຊ້.
4) ລໍາດັບການປ່ຽນແປງອັດຕາການປ່ຽນແປງໃນໄລຍະສະຖານທີ່ (ຕໍາແຫນ່ງ) ແມ່ນແບບຈໍາລອງຕາມ
ການແຈກຢາຍ Gamma ທີ່ຖືກຕັດແຍກ.
ການຈັດຕັ້ງປະຕິບັດໃຊ້ການຕັດສິນໃຈຂອງຕົ້ນໄມ້ເຈົ້າພາບເພື່ອປະຕິບັດການຄິດໄລ່ຂອງມັນ.
ກະລຸນາກວດສອບທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່, ເພາະວ່າທ່ານຈະຕ້ອງການປ່ຽນແປງການຕັ້ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ທາງເລືອກ -r
ອາດຈະເປັນປະໂຫຍດເພື່ອຫຼີກເວັ້ນບັນຫາຕົວເລກເນື່ອງຈາກການປັບຂະຫນາດ.
seqfile ເປັນໄຟລ໌ທີ່ມີລໍາດັບການຈັດລໍາດັບສໍາລັບໃບໄມ້ຢືນຕົ້ນແຂກ.
hostfile ເປັນໄຟລ໌ PrIME Newick ກັບ host tree incl. ເວລາທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ໃບຕ້ອງມີ
ເວລາ 0 ແລະຮາກມີເວລາ > 0.
gsfile ແມ່ນໄຟລ໌ທີ່ຂັ້ນດ້ວຍແຖບທີ່ກ່ຽວກັບໃບໄມ້ຢືນຕົ້ນແຂກກັບໃບໄມ້ຢືນຕົ້ນຖ້າບໍ່ມີຂໍ້ມູນ
ລວມຢູ່ໃນ hostfile.
OPTIONS
-h, -u, -?
ສະແດງການຊ່ວຍເຫຼືອ (ຂໍ້ຄວາມນີ້).
-o ເອກະສານ
ອອກຊື່ໄຟລ໌. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ stderr.
-s UNSIGNED_INT
ແກ່ນສໍາລັບເຄື່ອງກໍາເນີດຈໍານວນ pseudo-random. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງແກ່ນແບບສຸ່ມ.
-i UNSIGNED_INT
ຈໍານວນການຊໍ້າຄືນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ .
-t UNSIGNED_INT
thinning, ie ຕົວຢ່າງທຸກໆ -th iteration. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ .
-w UNSIGNED_INT
ຜົນການວິນິດໄສເພື່ອ stderr ທຸກ -th ຕົວຢ່າງ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ .
-q ບໍ່ອອກຜົນການວິນິດໄສ. ບໍ່ງຽບໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
-m MCMC|PDHC|PD
ປະເພດການປະຕິບັດ (MCMC, ການປີນພູຄວາມຫນາແຫນ້ນຫຼັງຈາກຄ່າເບື້ອງຕົ້ນ, ຫຼືພຽງແຕ່.
ຄວາມຫນາແຫນ້ນດ້ານຫລັງເບື້ອງຕົ້ນ). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ .
- ສມ UniformAA|JC69|F81|JTT|UniformCodon|ArveCodon
ຮູບແບບການທົດແທນ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
-ສຸ DNA|AminoAcid|Codon
...float(n*(n-1)/2)>
ຮູບແບບການທົດແທນທີ່ກໍານົດໂດຍຜູ້ໃຊ້. ຂະໜາດຂອງ Pi ແລະ R ຕ້ອງພໍດີກັບປະເພດຂໍ້ມູນ (DNA: n=4,
AminoAcid: n=20, Codon: n=62). R ແມ່ນໃຫ້ເປັນມາຕຣິກເບື້ອງສາມຫຼ່ຽມເທິງແປ.
ຢ່າໃຊ້ທັງສອງທາງເລືອກ -Su ແລະ -Sm.
-ນ UNSIGNED_INT
ຈໍານວນຂັ້ນຕອນຂອງການແຜ່ກະຈາຍ Gamma discretized ສໍາລັບອັດຕາການວິວັດທະນາການລໍາດັບ
ການປ່ຽນແປງຫຼາຍກວ່າສະຖານທີ່. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ (ບໍ່ມີການປ່ຽນແປງ).
- Ed Gamma|InvG|LogN|ເຄື່ອງແບບ
ການແຜ່ກະຈາຍສໍາລັບການປ່ຽນແປງອັດຕາການປ່ຽນແປງຂອງລໍາດັບ iid ຫຼາຍກວ່າແຄມຕົ້ນໄມ້ຂອງແຂກ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ (ບໍ່ໃຫ້ສັບສົນກັບ -Sn).
- Ep ລູກລອຍ ລູກລອຍ
ຄ່າສະເລ່ຍເບື້ອງຕົ້ນ ແລະຄວາມແຕກຕ່າງຂອງອັດຕາວິວັດທະນາການຕາມລຳດັບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງກົດລະບຽບງ່າຍໆ -
ໂປ້ມືອີງຕາມເວລາຕົ້ນໄມ້ເຈົ້າພາບ.
-Ef ແກ້ໄຂຄ່າສະເລ່ຍ ແລະຄວາມແຕກຕ່າງຂອງອັດຕາວິວັດທະນາການຕາມລຳດັບ. ບໍ່ໄດ້ແກ້ໄຂໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
-Gi ເອກະສານ
ຊື່ໄຟລ໌ທີ່ມີ topology ຕົ້ນໄມ້ແຂກເບື້ອງຕົ້ນ.
-ກກ ການແກ້ໄຂຕົ້ນໄມ້ topology ແຂກ, ເຊັ່ນວ່າປະຕິບັດການບໍ່ມີການແລກປ່ຽນກິ່ງງ່າ. ບໍ່ໄດ້ແກ້ໄຂໂດຍ
Default
-ກລ ແກ້ໄຂຄວາມຍາວຂອງຂອບຕົ້ນໄມ້ຂອງແຂກເບື້ອງຕົ້ນ (ນອກຈາກ topology), ie ແກ້ໄຂແຂບ
ຄວາມຍາວ. ບໍ່ໄດ້ແກ້ໄຂໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
-Bp ລູກລອຍ ລູກລອຍ
ອັດຕາການຊໍ້າຊ້ອນ ແລະການສູນເສຍເບື້ອງຕົ້ນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ ແລະ .
-Bf ແກ້ໄຂການຊໍ້າຊ້ອນເບື້ອງຕົ້ນ ແລະອັດຕາການສູນເສຍ. ບໍ່ໄດ້ແກ້ໄຂໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
- ທ ລູກລອຍ
ລົບລ້າງຊ່ວງເວລາຂອງຂອບເທິງຮາກໃນຕົ້ນໄມ້ເຈົ້າພາບ. ຖ້າຄ່າແມ່ນ <=0, span
ຈະຖືກຕັ້ງໃຫ້ເທົ່າກັບເວລາຂອງຮາກຫາໃບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງຄ່າໃນໄຟລ໌ host tree.
ເບິ່ງທາງເລືອກ -Dtt.
- ດທ ລູກລອຍ
ໄລຍະເວລາຂອງການຕັດສິນໃຈໂດຍປະມານ. ກໍານົດເປັນ 0 ເພື່ອແບ່ງທຸກຂອບໃນຫຼາຍໆຢ່າງເທົ່າທຽມກັນ
ພາກສ່ວນ (ເບິ່ງ -Di). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ . ເບິ່ງ -Dtt ສໍາລັບຂອບຂ້າງເທິງຮາກ.
-ດີ UNSIGNED_INT
ຈໍານວນຕໍາ່ສຸດທີ່ຈະຕັດຂອບໃນແຕ່ລະໃນ. ຖ້າ -Dt ຖືກຕັ້ງຄ່າເປັນ 0, ນີ້ຈະກາຍເປັນ
ຈໍານວນທີ່ແນ່ນອນຂອງພາກສ່ວນ. ຕ່ຳສຸດ 2. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ . ເບິ່ງ -Dtt ສໍາລັບຂອບຂ້າງເທິງຮາກ.
- ດທ UNSIGNED_INT
ລົບລ້າງຈຳນວນຂອງຈຸດຕັດແຍກສຳລັບຂອບເທິງຮາກໃນຕົ້ນໄມ້ເຈົ້າພາບ. ໂດຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ໂດຍບໍ່ຄໍານຶງເຖິງໄລຍະເວລາ, ນີ້ຖືກກໍານົດເປັນຈໍານວນຈຸດສໍາລັບ a
(ສົມມຸດຕິຖານ) ຮາກຫາໃບ
-r Rescale the host tree ເພື່ອໃຫ້ເວລາຂອງຮາກຫາໃບເທົ່າກັບ 1.0. ສົມມຸດຕິຖານທັງໝົດ
ຕົວກໍານົດການຈະຫມາຍເຖິງຂະຫນາດໃຫມ່. ປິດຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ໃຫ້ສັງເກດວ່າ discretization
ຕົວກໍານົດການບໍ່ໄດ້ຖືກປັບຂະຫນາດ.
-Z ຢ່າພິມເວລາຕິດຝາ ແລະເວລາ CPU ທີ່ຜ່ານໄປ
-W ຢ່າພິມເສັ້ນຄໍາສັ່ງ
-debuginfo
ສະແດງໃຫ້ເຫັນອື່ນໆ. ຂໍ້ມູນກັບ stderr ກ່ອນທີ່ຈະ iterating. ບໍ່ສະແດງໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
ອອກ STATUS
0 ການປະຕິບັດໂຄງການສົບຜົນສໍາເລັດ.
1 ເກີດຄວາມຜິດພາດບາງຢ່າງ
URL
ຫນ້າທໍາອິດຂອງ prime-phylo: http://prime.sbc.su.se
ໃຊ້ primeGSrf ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
