ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ prof ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
prof - ໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງແລະຕົວຄາດເດົາການເຂົ້າຫາຕົວລະລາຍ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
prof [ເອກະສານປະກອບ+] [ຕົວເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
ໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງແມ່ນຄາດຄະເນໂດຍລະບົບເຄືອຂ່າຍ neural ການຈັດອັນດັບທີ່ຄາດວ່າຈະເປັນ
ຄວາມຖືກຕ້ອງສະເລ່ຍ > 72% ສໍາລັບສາມລັດ helix, strand ແລະ loop (Rost & Sander, PNAS,
1993, 90, 7558-7562; Rost & Sander, JMB, 1993, 232, 584-599; ແລະ Rost & Sander,
ທາດໂປຼຕີນ, 1994, 19, 55-72; ການປະເມີນຜົນຂອງຄວາມຖືກຕ້ອງ). ການປະເມີນຜົນໃນຊຸດຂໍ້ມູນດຽວກັນ,
PROFsec ຖືກຈັດອັນດັບຢູ່ທີ່ສິບຈຸດສ່ວນຮ້ອຍສູງກວ່າຄວາມຖືກຕ້ອງສາມລັດຫຼາຍກວ່າວິທີການທີ່ໃຊ້
ຂໍ້ມູນພຽງແຕ່ລໍາດັບດຽວ, ແລະຫຼາຍກ່ວາຫົກເປີເຊັນສູງກ່ວາ,
ຕົວຢ່າງ: ວິທີການນໍາໃຊ້ຂໍ້ມູນການຈັດລໍາດັບໂດຍອີງໃສ່ສະຖິຕິ (Levin, Pascarella, Argos &
Garnier, Prot. Eng., 6, 849-54, 1993). ການຄາດຄະເນ PHDsec ມີສາມລັກສະນະຕົ້ນຕໍ:
1. ປັບປຸງຄວາມຖືກຕ້ອງຜ່ານຂໍ້ມູນວິວັດທະນາການຈາກການຈັດລໍາດັບຫຼາຍອັນ
2. ປັບປຸງການຄາດເດົາສາຍເບຕ້າຜ່ານຂັ້ນຕອນການຝຶກອົບຮົມທີ່ສົມດູນ
3. ການຄາດຄະເນທີ່ຖືກຕ້ອງຫຼາຍຂອງພາກສ່ວນໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງໂດຍການນໍາໃຊ້ລະບົບຫຼາຍລະດັບ
ການເຂົ້າເຖິງຕົວລະລາຍແມ່ນຄາດຄະເນໂດຍການໃຫ້ຄະແນນວິທີການເຄືອຂ່າຍ neural ໃນການພົວພັນກັນ
ຄ່າສໍາປະສິດ (ການພົວພັນລະຫວ່າງການສັງເກດການທົດລອງແລະຕົວລະລາຍທີ່ກ່ຽວຂ້ອງຄາດຄະເນ
ຄວາມສາມາດເຂົ້າເຖິງ) ຂອງ 0.54 cross-validated ໃນຊຸດຂອງ 238 globular proteins (Rost & Sander,
ທາດໂປຼຕີນ, 1994, 20, 216-226; ການປະເມີນຜົນຂອງຄວາມຖືກຕ້ອງ). ຜົນຜະລິດຂອງເຄືອຂ່າຍ neural ໄດ້
ລະຫັດສໍາລັບ 10 ລັດຂອງການເຂົ້າເຖິງທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ. ສະແດງອອກໃນຫົວໜ່ວຍຂອງຄວາມແຕກຕ່າງ
ລະຫວ່າງການຄາດຄະເນໂດຍການສ້າງແບບຈໍາລອງ homology (ວິທີການທີ່ດີທີ່ສຸດ) ແລະການຄາດຄະເນໃນແບບສຸ່ມ (ຮ້າຍແຮງທີ່ສຸດ
ວິທີການ), PROFacc ແມ່ນບາງສ່ວນຮ້ອຍລະ 26 ເໜືອກວ່າເຄືອຂ່າຍ neural ທີ່ປຽບທຽບໄດ້
ການນໍາໃຊ້ສາມລັດຜົນຜະລິດ (ຝັງ, ລະດັບກາງ, ເປີດເຜີຍ) ແລະການນໍາໃຊ້ຂໍ້ມູນທີ່ບໍ່ມີຈາກ
ການຈັດຮຽງຫຼາຍອັນ.
helices transmembrane ໃນທາດໂປຼຕີນຈາກເຍື່ອປະສົມປະສານແມ່ນຄາດຄະເນໂດຍລະບົບ neural
ເຄືອຂ່າຍ. ຂໍ້ບົກຜ່ອງຂອງລະບົບເຄືອຂ່າຍແມ່ນວ່າ helices ຍາວເກີນໄປ
ຄາດຄະເນ. ເຫຼົ່ານີ້ຖືກຕັດໂດຍການກັ່ນຕອງ empirical. ການຄາດຄະເນສຸດທ້າຍ (Rost et al.,
ວິທະຍາສາດທາດໂປຼຕີນ, 1995, 4, 521-533; ການປະເມີນຜົນຂອງຄວາມຖືກຕ້ອງ) ມີຄວາມຄາດຫວັງຕໍ່ການຕົກຄ້າງ
ຄວາມຖືກຕ້ອງປະມານ 95%. ຈໍານວນຂອງຜົນບວກທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງ, ie, helices transmembrane
ຄາດຄະເນໃນທາດໂປຼຕີນຈາກ globular, ແມ່ນປະມານ 2%. ການຄາດຄະເນເຄືອຂ່າຍ neural ຂອງ
transmembrane helices (PHDhtm) ໄດ້ຖືກປັບປຸງຄືນໃຫມ່ໂດຍລະບົບການດໍາເນີນໂຄງການແບບເຄື່ອນໄຫວ. ນີ້
ວິທີການເຮັດໃຫ້ການຄາດຄະເນທີ່ຖືກຕ້ອງຂອງ helices transmembrane ທັງຫມົດສໍາລັບ 89% ຂອງ 131.
ທາດໂປຼຕີນທີ່ໃຊ້ໃນການທົດສອບການກວດສອບຂ້າມ; ຫຼາຍກ່ວາ 98% ຂອງ helices transmembrane ໄດ້
ຄາດຄະເນຢ່າງຖືກຕ້ອງ. ຜົນຜະລິດຂອງວິທີການນີ້ແມ່ນໃຊ້ເພື່ອຄາດຄະເນ topology, ie, the
ທິດທາງຂອງ N-term ກ່ຽວກັບເຍື່ອ. ຄວາມຖືກຕ້ອງຄາດຄະເນຂອງ
ການຄາດຄະເນ topology ແມ່ນ> 86%. ຄວາມຖືກຕ້ອງຂອງການຄາດຄະເນແມ່ນສູງກວ່າສະເລ່ຍສໍາລັບ eukaryotic
ທາດໂປຼຕີນແລະຕ່ໍາກວ່າສະເລ່ຍສໍາລັບ prokaryotes. PHDtopology ແມ່ນຖືກຕ້ອງຫຼາຍກ່ວາທັງຫມົດ
ວິທີການອື່ນໆທີ່ທົດສອບໃນຊຸດຂໍ້ມູນດຽວກັນ.
ຖ້າບໍ່ມີທາງເລືອກໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ (ເຊັ່ນ: --fileRdb or --fileOut) ແມ່ນໄດ້ຮັບການຈັດຮູບແບບ RDB
ຜົນຜະລິດແມ່ນລາຍລັກອັກສອນເຂົ້າໄປໃນ ./INPUTFILENAME.prof ບ່ອນທີ່ 'prof' ທົດແທນການຂະຫຍາຍຂອງ
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ. ໃນການຂາດສ່ວນຂະຫຍາຍ '.prof' ຖືກຕໍ່ທ້າຍໃສ່ຊື່ໄຟລ໌ທີ່ປ້ອນເຂົ້າ.
ຜົນຜະລິດ ຮູບແບບ
ຮູບແບບ RDB ແມ່ນການອະທິບາຍດ້ວຍຕົນເອງ, ເບິ່ງຜົນໄດ້ຮັບຕົວຢ່າງໃນ /share/profphd/prof/exa.
ຂໍ້ມູນອ້າງອິງ
Rost, B. ແລະ Sander, C. (1994a). ການສົມທົບຂໍ້ມູນຂ່າວສານ evolutionary ແລະເຄືອຂ່າຍ neural ກັບ
ຄາດຄະເນໂຄງສ້າງຮອງຂອງທາດໂປຼຕີນ. ທາດໂປຼຕີນ, 19(1), 55-72.
Rost, B. ແລະ Sander, C. (1994b). ການອະນຸລັກແລະການຄາດຄະເນຂອງການເຂົ້າເຖິງ solvent ໃນ
ຄອບຄົວທາດໂປຼຕີນ. ທາດໂປຼຕີນ, 20(3), 216-26.
Rost, B., Casadio, R., Fariselli, P., and Sander, C. (1995). helices transmembrane
ຄາດຄະເນຄວາມຖືກຕ້ອງ 95%. ວິທະຍາສາດທາດໂປຼຕີນ, 4(3), 521-33.
OPTIONS
ເບິ່ງແຕ່ລະຄໍາສໍາຄັນສໍາລັບການຊ່ວຍເຫຼືອເພີ່ມເຕີມ. ສ່ວນໃຫຍ່ເຫຼົ່ານີ້ມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະແຕກ.
ຮູບແບບການເຊື່ອມຕໍ່ທາງເລືອກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ=3)
3 ຄາດຄະເນ sec + acc + htm
acc ຄາດຄະເນການເຂົ້າເຖິງ solvent, ເທົ່ານັ້ນ
ali ເພີ່ມການຈັດລຽງເພື່ອ 'ມະນຸດສາມາດອ່ານໄດ້' ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ PROF
ໂຄ້ງ
ສະຖາປັດຕະຍະກຳລະບົບ (ເຊັ່ນ: SGI64|SGI5|SGI32|SUNMP|ALPHA)
ASCII
ຂຽນ 'ມະນຸດສາມາດອ່ານໄດ້' ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ PROF
ທີ່ດີທີ່ສຸດ
PROF ທີ່ມີຄວາມຖືກຕ້ອງດີທີ່ສຸດ ແລະໃຊ້ເວລາແລ່ນດົນທີ່ສຸດ
ທັງສອງ
ຄາດຄະເນໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງ ແລະການເຂົ້າເຖິງຕົວລະລາຍ
ຂໍ້ມູນ
data= ສໍາລັບ HTML ອອກ: ພຽງແຕ່ພາກສ່ວນຂອງການຄາດຄະເນລາຍລັກອັກສອນ
debug
ຮັກສາໄຟລ໌ປານກາງສ່ວນໃຫຍ່, ພິມຂໍ້ຄວາມແກ້ບັນຫາ
dirWork
ໄດເຣັກທໍຣີບ່ອນເຮັດວຽກ, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ໄດເຣັກທໍຣີຊົ່ວຄາວຈາກ File::Temp::tempdir. ຕ້ອງມີຢ່າງເຕັມສ່ວນ
ເສັ້ນທາງທີ່ມີຄຸນວຸດທິ.
ຮູ້ຈັກເຮັດວຽກ.
doEval
ດໍາເນີນການປະເມີນຜົນສໍາລັບບັນຊີລາຍຊື່ (ພຽງແຕ່ສໍາລັບໂຄງສ້າງທີ່ຮູ້ຈັກແລະລາຍຊື່)
doFilterHssp
ກັ່ນຕອງໄຟລ໌ HSSP ທີ່ປ້ອນເຂົ້າ (ບໍ່ລວມບາງຄູ່)
doHtmfil
ເຮັດການກັ່ນຕອງການຄາດເດົາຂອງເຍື່ອ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
doHtmisit
ກວດສອບຄວາມເຂັ້ມແຂງຂອງ helix ເຍື່ອທີ່ຄາດຄະເນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
doHtmref
ປັບປຸງການຄາດເດົາຂອງເຍື່ອ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
doHtmtop
DO membrane helix topology (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)
dssp
ປ່ຽນ PROF ເປັນຮູບແບບ DSSP
ຂະຫຍາຍ
ຂະຫຍາຍການແຊກເມື່ອປ່ຽນຜົນຜະລິດເປັນຮູບແບບ MSF
ໄວ
PROF ທີ່ມີຄວາມຖືກຕ້ອງຕ່ໍາສຸດແລະຄວາມໄວສູງສຸດ
fileCasp
ຊື່ຂອງຜົນຜະລິດ PROF ໃນຮູບແບບ CASP (file.caspProf)
fileDssp
ຊື່ຂອງຜົນຜະລິດ PROF ໃນຮູບແບບ DSSP (file.dsspProf)
fileHtml
ຊື່ຂອງຜົນຜະລິດ PROF ໃນຮູບແບບ HTML (file.htmlProf)
ໄຟລ໌Msf
ຊື່ຂອງຜົນຜະລິດ PROF ໃນຮູບແບບ MSF (file.msfProf)
fileNotHtm
ຊື່ຂອງໄຟລ໌ໝາຍວ່າບໍ່ພົບ helix ເຍື່ອ
ໄຟລ໌ອອກ
ຊື່ຂອງຜົນຜະລິດ PROF ໃນຮູບແບບ RDB (file.rdbProf)
ຮູ້ຈັກເຮັດວຽກ.
fileProf
ຊື່ຂອງຜົນຜະລິດ PROF ໃນຮູບແບບທີ່ມະນຸດອ່ານໄດ້ (file.prof)
ແຕກ.
ໄຟລ໌Rdb
ຊື່ຂອງຜົນຜະລິດ PROF ໃນຮູບແບບ RDB (file.rdbProf)
ຮູ້ຈັກເຮັດວຽກ.
fileSaf
ຊື່ຂອງຜົນຜະລິດ PROF ໃນຮູບແບບ SAF (file.safProf)
ການກັ່ນຕອງ
ກັ່ນຕອງໄຟລ໌ HSSP ທີ່ປ້ອນເຂົ້າ (ບໍ່ລວມບາງຄູ່)
ດີ
PROF ທີ່ມີຄວາມຖືກຕ້ອງດີແລະຄວາມໄວປານກາງ
graph
ເພີ່ມກຣາຟ ASCII ໃສ່ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ PROF 'ມະນຸດອ່ານໄດ້'
htm ໃຊ້: 'htm = 'ໃຫ້ helix transmembrane ຫນ້ອຍທີ່ສຸດທີ່ກວດພົບໃນຕອນຕົ້ນແມ່ນ 'htm=0'
(resp. htm=0.8) ຕົວເລກທີ່ນ້ອຍກວ່າ false positives ຫຼາຍແລະບໍ່ຖືກຕ້ອງລົບ!
ການໂຕ້ຖຽງ html
'hmtl' ຫຼື 'html= 'ຂຽນຮູບແບບ HTML ຂອງການຄາດຄະເນ 'html' ຈະສົ່ງຜົນໃຫ້
ວ່າຜົນຜະລິດ PROF ຖືກປ່ຽນເປັນ HTML 'html=body' ຈໍາກັດໄຟລ໌ HTML ກັບ
ສ່ວນແທັກ HTML_BODY 'html=head' ຈຳກັດໄຟລ໌ HTML ໃສ່ສ່ວນແທັກ HTML_HEADER
'html=all' ໃຫ້ທັງ HEADER ແລະ BODY
KeepConv
ຮັກສາການປ່ຽນແປງໄຟລ໌ເຂົ້າໄປໃນຮູບແບບ HSSP
keepFilter argument
<*|doKeepFilter=1> ຮັກສາໄຟລ໌ HSSP ທີ່ຖືກກັ່ນຕອງ
ການໂຕ້ຖຽງ keepHssp
<*|doKeepHssp=1> ຮັກສາໄຟລ໌ HSSP ລະດັບປານກາງ
ການໂຕ້ຖຽງ keepNetDb
<*|doKeepNetDb=1> ຮັກສາໄຟລ໌ DbNet ລະດັບປານກາງ
ລາຍການໂຕ້ແຍ້ງ
<*|isList=1> ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນແມ່ນລາຍການໄຟລ໌
msf ປ່ຽນ PROF ເປັນຮູບແບບ MSF
ງາມ
ໃຫ້ 'ງາມ-D' ເພື່ອກໍານົດມູນຄ່າງາມ (ບູລິມະສິດ) ຂອງວຽກ
noProfHead
ຢ່າຄັດລອກໄຟລ໌ທີ່ມີຕາຕະລາງເຂົ້າໄປໃນໄດເລກະທໍລີທ້ອງຖິ່ນ
noSearch
ສັ້ນສໍາລັບ doSearchFile=0, ie ບໍ່ມີການຊອກຫາໄຟລ໌ DB
ໂນອາຊີ
surpress ຂຽນ ASCII (ເຊັ່ນ: ມະນຸດສາມາດອ່ານໄດ້) ໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບ
nohtml
surpress ຂຽນໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບ HTML
ບໍ່ງາມ
ວຽກເຮັດງານທໍາຈະບໍ່ງາມ, ie ບໍ່ດໍາເນີນການກັບບູລິມະສິດຕ່ໍາກວ່າ
notEval
ຢ່າກວດເບິ່ງຄວາມຖືກຕ້ອງເຖິງແມ່ນວ່າໂຄງສ້າງທີ່ຮູ້ຈັກ
ບໍ່ແມ່ນHtmfil
ຢ່າກັ່ນຕອງການຄາດເດົາຂອງເຍື່ອ
ບໍ່ແມ່ນ
ຢ່າກວດເບິ່ງວ່າເຍື່ອ helix ແຂງແຮງພຽງພໍຫຼືບໍ່
notHtmref
ຢ່າປັບປຸງການຄາດຄະເນຂອງເຍື່ອ
ບໍ່ແມ່ນHtmtop
ຫ້າມບໍ່ໃຫ້ເຍື່ອຫຸ້ມສະ ໝອງ topology
NaPerLineAli
ຈໍານວນຕົວອັກສອນທີ່ໃຊ້ສໍາລັບໄຟລ໌ MSF. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 50.
ຕົວເລກນາທີ
ຈໍານວນຫນ້ອຍຂອງການຕົກຄ້າງເພື່ອດໍາເນີນການເຄືອຂ່າຍ, ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ prd=symbolPrdShort. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 9.
ເລືອກຈູຣີ
ເພີ່ມ PHD ໃຫ້ກັບຄະນະລູກຂຸນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 'ປົກກະຕິ, ໃຊ້PHD'.
ຕົວກໍານົດການອື່ນໆຈໍານວນຫຼາຍປ່ຽນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບການຫນຶ່ງນີ້ເປັນຜົນຂ້າງຄຽງ, ບັນຊີລາຍຊື່ແມ່ນ
ບໍ່ຄົບຖ້ວນສົມບູນ:
phd, nophd, /^para(3|ທັງສອງ|Sec|Acc|Htm|CapH|CapE|CapHE)/, /^para?/, jct
para3
ໄຟລ໌ພາລາມິເຕີສໍາລັບ sec+acc+htm. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ` /net/PROFboth_best.par'.
paraAcc
ໄຟລ໌ພາລາມິເຕີສໍາລັບ acc. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ` /net/PROFacc_best.par'.
paraBoth
ໄຟລ໌ພາລາມິເຕີສໍາລັບ sec+acc. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ` /net/PROFboth_best.par'.
paraSec
ໄຟລ໌ພາລາມິເຕີສໍາລັບວິນາທີ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ` /net/PROFsec_best.par'.
riSubAcc
ດັດຊະນີຄວາມໜ້າເຊື່ອຖືຕໍ່າສຸດ (RI) ສໍາລັບຊຸດຍ່ອຍ PROFacc. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 4.
riSubSec
ດັດຊະນີຄວາມຫນ້າເຊື່ອຖືຕໍ່າສຸດ (RI) ສໍາລັບຊຸດຍ່ອຍ PROFsec. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5.
riSubSym
ສັນຍາລັກຂອງສານຕົກຄ້າງທີ່ຄາດຄະເນດ້ວຍ RI < riSubSec/Acc. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: `.'.
s_k_i_p
ບັນຫາ, ຄູ່ມື, ຄໍາແນະນໍາ, notation, txt, ຮູ້ຈັກ, ແລ້ວ, ວັນທີ, ວັນທີ, aa, Lhssp, numaa,
ລະຫັດ
saf ປ່ຽນ PROF ເປັນຮູບແບບ SAF
scrAddHelp
scrGoal
ການປ່ຽນເຄືອຂ່າຍ neural
scrHelpTxt
ຍອມຮັບຮູບແບບໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
hssp,dssp,msf,saf,fastamul,pirmul,fasta,pir,gcg,ສະວິດ
scrIn
list_of_files (ຫຼືໄຟລ໌ດຽວ) parameter_file
scrName
prof
scrNarg
2
sec ຄາດຄະເນໂຄງສ້າງມັດທະຍົມ, ເທົ່ານັ້ນ
ງຽບ
ບໍ່ມີຂໍ້ມູນຂຽນໃສ່ຫນ້າຈໍ - ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ຂ້າມຫາຍໄປ
ຢ່າເອົາລູກອອກຖ້າໄຟລ໌ປ້ອນເຂົ້າຫາຍໄປ!
ແຫຼ່ງໄຟລ໌
prof
ການທົດສອບ
ແມ່ນພຽງແຕ່ການທົດສອບ (ໄວກວ່າ)
translate-jobid-in-param-values
String 'jobid' ຖືກປ່ຽນແທນດ້ວຍ $par{jobid}
tst ແລ່ນໄວໂດຍຜ່ານໂຄງການ, ຄວາມຖືກຕ້ອງຕ່ໍາ
ຜູ້ໃຊ້
ຊື່ຜູ້ໃຊ້
- ການປ່ຽນແປງ
Print version
ໃຊ້ຜູ້ຊ່ຽວຊານອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net