ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ pynast ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
PyNAST - ການສອດຄ່ອງຂອງລໍາດັບ DNA ສັ້ນ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ປິນາສ [ທາງເລືອກໃນການ] {-i input_fp -t template_fp}
ລາຍລະອຽດ
[] ຊີ້ໃຫ້ເຫັນການປ້ອນຂໍ້ມູນທາງເລືອກ (ຄໍາສັ່ງທີ່ບໍ່ສໍາຄັນ) {} ຊີ້ໃຫ້ເຫັນການປ້ອນຂໍ້ມູນທີ່ຕ້ອງການ (ຄໍາສັ່ງ
ບໍ່ສໍາຄັນ)
ຍົກຕົວຢ່າງ ການນໍາໃຊ້:
ປິນາສ -i my_input.fasta -t my_template.fasta
OPTIONS
- ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງຕົວເລກສະບັບຂອງໂຄງການແລະອອກ
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ ແລະອອກ
-t TEMPLATE_FP, --template_fp=TEMPLATE_FP
ເສັ້ນທາງໄປຫາໄຟລ໌ການຈັດຮຽງແມ່ແບບ [ຕ້ອງການ]
-i INPUT_FP, --input_fp=INPUT_FP
ເສັ້ນທາງເພື່ອປ້ອນໄຟລ໌ fasta [ຕ້ອງການ]
-v, -- verbose
ສະຖານະການພິມແລະຂໍ້ມູນອື່ນໆໃນລະຫວ່າງການປະຕິບັດ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: False]
-p MIN_PCT_ID, --min_pct_id=MIN_PCT_ID
ຕົວຕົນຂອງລໍາດັບເປີເຊັນຕໍ່າສຸດເພື່ອພິຈາລະນາລໍາດັບທີ່ກົງກັນ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 75.0]
-l MIN_LEN, --min_len=MIN_LEN
ຄວາມຍາວຂອງລໍາດັບຕໍາ່ສຸດທີ່ຈະລວມຢູ່ໃນການຈັດລໍາດັບ NAST [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1000]
-m PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD, --pairwise_alignment_method=PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD
ວິທີການປະຕິບັດການຈັດຕໍາແຫນ່ງຄູ່ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: uclust]
-a FSTA_OUT_FP, --fasta_out_fp=FSTA_OUT_FP
ເສັ້ນທາງທີ່ຈະເກັບໄຟລ໌ການຈັດລໍາດັບຜົນໄດ້ຮັບ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ມາຈາກ filepath ປ້ອນເຂົ້າ]
-g LOG_FP, --log_fp=LOG_FP
ເສັ້ນທາງທີ່ຈະເກັບຮັກສາໄຟລ໌ບັນທຶກ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ມາຈາກໄຟລ໌ທີ່ປ້ອນເຂົ້າ]
-f FAILURE_FP, --failure_fp=FAILURE_FP
ເສັ້ນທາງທີ່ຈະເກັບຮັກສາໄຟລ໌ຂອງ seqs ທີ່ລົ້ມເຫລວໃນການຈັດລໍາດັບ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ມາຈາກວັດສະດຸປ້ອນ
filepath]
-e MAX_E_VALUE, --max_e_value=MAX_E_VALUE
ຫຼຸດລາຄາ. ຈະຖືກລຶບອອກໃນ PyNAST 1.2
-d BLAST_DB, --blast_db=BLAST_DB
ຫຼຸດລາຄາ. ຈະຖືກລຶບອອກໃນ PyNAST 1.2
ໃຊ້ pynast ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
