ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ raxmlHPC ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
ການນໍາໃຊ້ - Randomized Axelerated ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດ
ລາຍລະອຽດ
ໃຊ້ raxml ດ້ວຍການຮອງຮັບ AVX (1 cpus)
ນີ້ແມ່ນ RAxML ເວີຊັ່ນ 8.2.4 ອອກມາໂດຍ Alexandros Stamatakis ໃນວັນທີ 02 ຕຸລາ 2015.
ດ້ວຍການປະກອບສ່ວນລະຫັດທີ່ຊື່ນຊົມຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໂດຍ: Andre Aberer (HITS) Simon Berger
(HITS) Alexey Kozlov (HITS) Kassian Kobert (HITS) David Dao (KIT ແລະ HITS)
Nick Pattengale (Sandia) Wayne Pfeiffer (SDSC) Akifumi S. Tanabe (NRIFS)
ກະລຸນາປຶກສາກັບ RAxML-manual
ກະລຸນາລາຍງານຂໍ້ຜິດພາດຜ່ານກຸ່ມ RAxML google! ກະລຸນາສົ່ງໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນທັງໝົດໃຫ້ພວກເຮົາ, ຖືກຕ້ອງ
invocation, ລາຍລະອຽດຂອງ HW ແລະລະບົບປະຕິບັດການ, ເຊັ່ນດຽວກັນກັບຂໍ້ຄວາມຄວາມຜິດພາດທັງຫມົດທີ່ພິມອອກ
ຫນ້າຈໍ.
raxmlHPC[-SSE3|-AVX|-PTHREADS|-PTHREADS-SSE3|-PTHREADS-AVX|-HYBRID|-HYBRID-SSE3|HYBRID-AVX]
-s sequenceFileName -n outputFileName -m ຕົວແບບທົດແທນ
[-a weightFileName] [-A secondaryStructureSubstModel] [-b
bootstrapRandomNumberSeed] [-B wcCriterionThreshold] [-c numberOfCategories] [-C]
[-d] [-D] [-e likelihoodEpsilon] [-E excludeFileName] [-f
a|A|b|B|c|C|d|D|e|E|F|g|G|h|H|i|I|j|J|k|m|n|N|o|p| P|q|r|R|s|S|t|T|u|v|V|w|W|x|y]
[-F] [-g groupingFileName] [-G placementThreshold] [-h] [-H] [-i
initialRearrangementSetting] [-I autoFC|autoMR|autoMRE|autoMRE_IGN] [-j] [-J
MR|MR_DROP|MRE|STRICT|STRICT_DROP|T_ ] [-k] [-K] [-L MR|MRE|T_ ]
[-M] [-o outGroupName1[,outGroupName2[,...]]][-O] [-p parsimonyRandomSeed] [-P
proteinModel] [-q multipleModelFileName] [-r binaryConstraintTree] [-R
binaryModelParamFile] [-S secondaryStructureFile] [-t userStartingTree] [-T
numberOfThreads] [-u] [-U] [-v] [-V] [-w outputDirectory] [-W slidingWindowSize]
[-x rapidBootstrapRandomNumberSeed] [-X] [-y] [-Y
quartetGroupingFileName|ບັນພະບູລຸດSequenceCandidatesFileName] [-z multipleTreesFile]
[-#|-N numberOfRuns|autoFC|autoMR|autoMRE|autoMRE_IGN]
[--mesquite][--silent][--no-seq-check][--no-bfgs]
[--asc-corr=stamatakis|felsenstein|lewis]
[--flag-check][--auto-prot=ml|bic|aic|aicc]
[--epa-keep-placements=number][--epa-accumulated-threshold=threshold]
[--epa-prob-threshold=threshold] [--JC69][--K80][--HKY85]
-a ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ນ້ຳໜັກຖັນເພື່ອກຳນົດນ້ຳໜັກແຕ່ລະຖັນໃຫ້ແຕ່ລະຖັນ
ການຈັດວາງ. ນ້ຳໜັກເຫຼົ່ານັ້ນຕ້ອງເປັນຈຳນວນເຕັມທີ່ແຍກອອກດ້ວຍປະເພດໃດນຶ່ງ ແລະຈຳນວນໃດນຶ່ງ
ຊ່ອງຫວ່າງພາຍໃນໄຟລ໌ແຍກຕ່າງຫາກ, ເບິ່ງໄຟລ໌ "example_weights" ສໍາລັບຕົວຢ່າງ.
-A ລະບຸຮູບແບບການທົດແທນໂຄງສ້າງຂັ້ນສອງທີ່ປະຕິບັດໃນ RAxML.
ນາມສະກຸນດຽວກັນກັບຢູ່ໃນຄູ່ມື PHASE ແມ່ນໃຊ້, ຮູບແບບທີ່ມີ: S6A, S6B,
S6C, S6D, S6E, S7A, S7B, S7C, S7D, S7E, S7F, S16, S16A, S16B
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ຮູບແບບ GTR 16 ລັດ (S16)
-b ລະບຸຕົວເລກຈໍານວນເຕັມ (ແກ່ນແບບສຸ່ມ) ແລະເປີດໃຊ້ bootstrapping
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
-B ລະບຸຕົວເລກຈຸດລອຍລະຫວ່າງ 0.0 ແລະ 1.0 ທີ່ຈະໃຊ້ເປັນການຕັດ
ເກນການຢຸດການເລີ່ມຕົ້ນທີ່ອີງໃສ່ MR. ການຕັ້ງຄ່າທີ່ແນະນໍາແມ່ນ 0.03.
Default: 0.03 (ການຕັ້ງຄ່າທີ່ແນະນໍາການກໍານົດໂດຍກົງ)
-c ລະບຸຈໍານວນປະເພດອັດຕາທີ່ແຕກຕ່າງກັນສໍາລັບ RAxML ເມື່ອຮູບແບບຂອງອັດຕາ
heterogeneity ຖືກກໍານົດເປັນ CAT ອັດຕາສ່ວນບຸກຄົນຕໍ່ສະຖານທີ່ຖືກຈັດປະເພດເປັນ
numberOfCategories ອັດຕາປະເພດເພື່ອເລັ່ງການຄິດໄລ່.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 25
-C ເປີດໃຊ້ verbose output ສໍາລັບຕົວເລືອກ "-L" ແລະ "-fi". ນີ້ຈະຜະລິດຫຼາຍ, ເປັນ
ເຊັ່ນດຽວກັນກັບໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ verbose ຫຼາຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
-d ເລີ່ມການເພີ່ມປະສິດທິພາບ ML ຈາກຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນແບບສຸ່ມ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
-D ເງື່ອນໄຂການລວມຕົວຂອງການຄົ້ນຫາ ML. ນີ້ຈະທໍາລາຍການຊອກຫາ ML ຖ້າພີ່ນ້ອງ
Robinson-Foulds ໄລຍະຫ່າງລະຫວ່າງຕົ້ນໄມ້ທີ່ໄດ້ຮັບຈາກ SPR ຂີ້ກຽດສອງຄັ້ງຕິດຕໍ່ກັນ
ຮອບວຽນນ້ອຍກວ່າ ຫຼືເທົ່າກັບ 1%. ການນໍາໃຊ້ແນະນໍາສໍາລັບຊຸດຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່ຫຼາຍໃນ
ຂໍ້ກໍານົດຂອງພາສີ. ກ່ຽວກັບຕົ້ນໄມ້ທີ່ມີຫຼາຍກວ່າ 500 ພາສີນີ້ຈະໃຫ້ເວລາປະຕິບັດ
ການປັບປຸງປະມານ 50% ໃນຂະນະທີ່ໃຫ້ຜົນຜະລິດພຽງແຕ່ຕົ້ນໄມ້ທີ່ຮ້າຍແຮງກວ່າເກົ່າ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
-e ກໍານົດຄວາມແມ່ນຍໍາຂອງການເພີ່ມປະສິດທິພາບແບບຈໍາລອງໃນຫນ່ວຍຄວາມເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະບັນທຶກສໍາລັບການເພີ່ມປະສິດທິພາບສຸດທ້າຍຂອງ
topology ຕົ້ນໄມ້
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.1
ສໍາລັບຕົວແບບທີ່ບໍ່ໃຊ້ອັດຕາສ່ວນຂອງສະຖານທີ່ invariant ຄາດຄະເນ
0.001 ສໍາລັບຕົວແບບທີ່ໃຊ້ອັດຕາສ່ວນຂອງສະຖານທີ່ invariant ຄາດຄະເນ
-E ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ທີ່ຍົກເວັ້ນ, ທີ່ປະກອບດ້ວຍສະເພາະຂອງຕໍາແຫນ່ງການຈັດຕໍາແຫນ່ງ
ທ່ານຕ້ອງການທີ່ຈະຍົກເວັ້ນ. ຮູບແບບແມ່ນຄ້າຍຄືກັນກັບ Nexus, ໄຟລ໌ຈະຕ້ອງປະກອບດ້ວຍລາຍການ
ເຊັ່ນ "100-200 300-400", ເພື່ອຍົກເວັ້ນການຂຽນຄໍລໍາດຽວ, ຕົວຢ່າງ, "100-100", ຖ້າທ່ານ
ໃຊ້ຕົວແບບປະສົມ, ໄຟລ໌ຕົວແບບທີ່ດັດແປງທີ່ເຫມາະສົມຈະຖືກຂຽນ.
-f ເລືອກ algorithm:
"-fa": ການວິເຄາະ Bootstrap ຢ່າງໄວວາແລະຄົ້ນຫາຕົ້ນໄມ້ ML ທີ່ໄດ້ຮັບຄະແນນດີທີ່ສຸດໃນໂຄງການດຽວ
ແລ່ນ "-f A": ຄິດໄລ່ລັດບັນພະບຸລຸດຢູ່ຂອບເທິງຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງ ROOTED ສະຫນອງໃຫ້
ດ້ວຍ "-t" "-fb": ແຕ້ມຂໍ້ມູນ bipartition ໃສ່ຕົ້ນໄມ້ທີ່ໃຫ້ດ້ວຍ "-t" ອີງໃສ່
ຢູ່ເທິງຕົ້ນໄມ້ຫຼາຍຕົ້ນ
(ເຊັ່ນ: ຈາກ bootstrap) ໃນໄຟລ໌ທີ່ລະບຸໂດຍ "-z"
"-f B": ປັບແຕ່ງຕົວຂະຫຍາຍ br-len ແລະຕົວກໍານົດການຕົວແບບອື່ນໆ (GTR, alpha, ແລະອື່ນໆ) ໃນຕົ້ນໄມ້
ສະຫນອງໃຫ້ "-t".
ຕົ້ນໄມ້ຕ້ອງມີຄວາມຍາວຂອງງ່າ. ຄວາມຍາວຂອງສາຂາຈະບໍ່ຖືກປັບແຕ່ງ,
ພຽງແຕ່ປັບຂະຫນາດໂດຍມູນຄ່າທົ່ວໄປດຽວ.
"-fc": ກວດເບິ່ງວ່າການຈັດຕໍາແຫນ່ງສາມາດອ່ານໄດ້ຢ່າງຖືກຕ້ອງໂດຍ RAxML "-f C": ບັນພະບຸລຸດ.
ການທົດສອບລໍາດັບສໍາລັບ Jiajie, ຜູ້ໃຊ້ຍັງຈະຕ້ອງໄດ້ສະຫນອງບັນຊີລາຍຊື່ຂອງຊື່ taxon ຜ່ານ
-Y ແຍກດ້ວຍຊ່ອງຫວ່າງ "-fd": ການປີນຂຶ້ນເນີນພູຢ່າງໄວວາໃໝ່
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ເປີດ
"-f D": ການປີນພູຢ່າງໄວວາດ້ວຍສາຍຮັດ RELL "-fe": ປັບຕົວແບບ + ສາຂາ
ຄວາມຍາວຂອງຕົ້ນໄມ້ປ້ອນຂໍ້ມູນພາຍໃຕ້ GAMMA/GAMMAI ພຽງແຕ່ "-f E": ປະຕິບັດໄວຫຼາຍ
ການທົດລອງຄົ້ນຫາຕົ້ນໄມ້, ໃນປັດຈຸບັນພຽງແຕ່ສໍາລັບການທົດສອບ "-f F": ປະຕິບັດໄວ
ການຄົ້ນຫາຕົ້ນໄມ້ທົດລອງ, ໃນປະຈຸບັນພຽງແຕ່ສໍາລັບການທົດສອບ "-fg": ຄອມພິວເຕີ້ຕໍ່ບັນທຶກເວັບໄຊທ໌
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຫນຶ່ງແຮ່ຫຼາຍໄດ້ຜ່ານ
"-z" ແລະຂຽນພວກມັນໃສ່ໄຟລ໌ທີ່ສາມາດອ່ານໄດ້ໂດຍ CONSEL
ຕົວກໍານົດການແບບຈໍາລອງຈະຖືກຄາດຄະເນຢູ່ໃນຕົ້ນໄມ້ທໍາອິດເທົ່ານັ້ນ!
"-f G": compute per site log ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຫນຶ່ງແຮ່ຫຼາຍຜ່ານ
"-z" ແລະຂຽນພວກມັນໃສ່ໄຟລ໌ທີ່ສາມາດອ່ານໄດ້ໂດຍ CONSEL. ຕົວກໍານົດການຂອງຕົວແບບ
ຈະຖືກປະເມີນຄືນໃຫມ່ສໍາລັບແຕ່ລະຕົ້ນໄມ້
"-fh": ການທົດສອບຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງບັນທຶກການຄິດໄລ່ (SH-test) ລະຫວ່າງຕົ້ນໄມ້ທີ່ດີທີ່ສຸດຜ່ານ "-t"
ແລະຊໍ່ຂອງຕົ້ນໄມ້ອື່ນໆຜ່ານ "-z" ຕົວກໍານົດການຂອງຕົວແບບຈະຖືກຄາດຄະເນ
ໃນຕົ້ນໄມ້ທໍາອິດເທົ່ານັ້ນ!
"-f H": ການທົດສອບຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງບັນທຶກການຄິດໄລ່ (SH-test) ລະຫວ່າງຕົ້ນໄມ້ທີ່ດີທີ່ສຸດຜ່ານ "-t"
ແລະຊໍ່ຂອງຕົ້ນໄມ້ອື່ນໆໄດ້ຜ່ານ "-z" ຕົວກໍານົດການຂອງຕົວແບບຈະເປັນ
ການປະເມີນຄືນໃຫມ່ສໍາລັບແຕ່ລະຕົ້ນໄມ້
"-fi": ຄິດໄລ່ຄະແນນ IC ແລະ TC (Salichos and Rokas 2013) ໃນຕົ້ນໄມ້ທີ່ໃຫ້ດ້ວຍ "-t"
ອີງໃສ່ຕົ້ນໄມ້ຫຼາຍຊະນິດ
(ເຊັ່ນ: ຈາກ bootstrap) ໃນໄຟລ໌ທີ່ລະບຸໂດຍ "-z"
"-f I": ສູດການປົ່ງຮາກອອກຕາມຕົ້ນໄມ້ແບບງ່າຍໆສຳລັບຕົ້ນໄມ້ທີ່ບໍ່ໄດ້ປົ່ງຮາກອອກຕາມ.
ມັນຮາກຕົ້ນໄມ້ໂດຍການປົ່ງຮາກອອກຕາມສາຂາທີ່ດຸ່ນດ່ຽງຕົ້ນໄມ້ຍ່ອຍທີ່ດີທີ່ສຸດ
ຄວາມຍາວ (ລວມຍອດຂອງກິ່ງງ່າຢູ່ໃນຕົ້ນໄມ້ຍ່ອຍ) ຂອງຕົ້ນໄມ້ຍ່ອຍຊ້າຍແລະຂວາ. ກ
ສາຂາທີ່ມີຍອດເງິນທີ່ດີທີ່ສຸດບໍ່ມີຢູ່ສະເໝີ! ທ່ານຈໍາເປັນຕ້ອງລະບຸຕົ້ນໄມ້
ທ່ານຕ້ອງການຮາກຜ່ານ "-t".
"-fj": ສ້າງຊໍ່ຂອງໄຟລ໌ການຈັດຮຽງ bootstrapped ຈາກໄຟລ໌ການຈັດຮຽງຕົ້ນສະບັບ.
ທ່ານຈໍາເປັນຕ້ອງກໍານົດເມັດທີ່ມີ "-b" ແລະຈໍານວນຂອງ replicate ກັບ "-#"
"-f J": ຄິດໄລ່ຄ່າສະຫນັບສະຫນຸນຄ້າຍຄື SH ໃນຕົ້ນໄມ້ທີ່ໃຫ້ຜ່ານ "-t". "-fk":
ແກ້ໄຂຄວາມຍາວຂອງສາຂາຍາວໃນຊຸດຂໍ້ມູນແບ່ງປັນທີ່ມີຂໍ້ມູນທີ່ຂາດຫາຍໄປໂດຍການນໍາໃຊ້
ຂັ້ນຕອນການລັກຂະໂມຍຄວາມຍາວຂອງສາຂາ.
ທາງເລືອກນີ້ພຽງແຕ່ເຮັດວຽກຮ່ວມກັນກັບ "-t", "-M", ແລະ "-q". ມັນຈະພິມອອກ
ຕົ້ນໄມ້ທີ່ມີຄວາມຍາວຂອງງ່າສັ້ນກວ່າ, ແຕ່ມີຄະແນນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຄືກັນ.
"-fm": ສົມທຽບ bipartitions ລະຫວ່າງສອງຊໍ່ຂອງຕົ້ນໄມ້ທີ່ຜ່ານ "-t" ແລະ "-z"
ຕາມລໍາດັບ. ນີ້ຈະສົ່ງຄືນຄວາມສຳພັນ Pearson ລະຫວ່າງ bipartitions ທັງໝົດ
ພົບເຫັນຢູ່ໃນສອງໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້. ໄຟລ໌ທີ່ເອີ້ນວ່າ
RAxML_bipartitionFrequencies.outpuFileName ຈະຖືກພິມອອກເຊິ່ງປະກອບດ້ວຍ
ຄວາມຖີ່ bipartition ຄູ່ຂອງສອງຊຸດ
"-fn": ຄິດໄລ່ຄະແນນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງບັນທຶກຂອງຕົ້ນໄມ້ທັງໝົດທີ່ຢູ່ໃນໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ທີ່ສະໜອງໃຫ້ໂດຍ
"-z" ພາຍໃຕ້ GAMMA ຫຼື GAMMA+P-Invar ຕົວກໍານົດການແບບຈໍາລອງຈະຖືກຄາດຄະເນຢູ່ໃນ
ຕົ້ນທໍາອິດເທົ່ານັ້ນ!
"-f N": ຄິດໄລ່ຄະແນນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງບັນທຶກຂອງຕົ້ນໄມ້ທັງໝົດທີ່ຢູ່ໃນໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ທີ່ສະໜອງໃຫ້
"-z" ພາຍໃຕ້ GAMMA ຫຼື GAMMA+P-Invar ຕົວກໍານົດການແບບຈໍາລອງຈະຖືກປະເມີນຄືນໃຫມ່ສໍາລັບ
ແຕ່ລະຕົ້ນໄມ້
"-fo": ການປີນພູໄວເກົ່າ ແລະຊ້າກວ່າໂດຍບໍ່ມີການຕັດທາງ heuristic "-fp": ປະຕິບັດ
ການເພີ່ມ MP stepwise ອັນບໍລິສຸດຂອງລໍາດັບໃຫມ່ໃຫ້ກັບຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນທີ່ບໍ່ຄົບຖ້ວນແລະອອກ
"-f P": ປະຕິບັດການຈັດວາງ phylogenetic ຂອງຕົ້ນໄມ້ຍ່ອຍທີ່ລະບຸໄວ້ໃນໄຟລ໌ຜ່ານ
ຜ່ານ "-z" ເຂົ້າໄປໃນຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງທີ່ໃຫ້
ໃນທີ່ຕົ້ນໄມ້ຍ່ອຍເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນບັນຈຸໂດຍຜ່ານ "-t" ການນໍາໃຊ້
ຂັ້ນຕອນການຈັດວາງແບບວິວັດທະນາການ.
"-fq": ເຄື່ອງຄິດເລກໄວ "-fr": ຄິດໄລ່ຄູ່ Robinson-Foulds (RF)
ໄລຍະຫ່າງລະຫວ່າງຕົ້ນໄມ້ທັງໝົດໃນໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ທີ່ຜ່ານ "-z"
ຖ້າຕົ້ນໄມ້ມີ node labales ເປັນຕົວແທນເປັນຄ່າສະຫນັບສະຫນູນ integer ໂຄງການກໍ່ຈະ
ຄິດໄລ່ສອງລົດຊາດຂອງ
ໄລຍະທາງ Robinson-Foulds (WRF).
"-f R": ຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງ Robinson-Foulds (RF) ຄູ່ທັງໝົດລະຫວ່າງຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງໃຫຍ່.
ຜ່ານ "-t"
ແລະຕົ້ນໄມ້ຂະຫນາດນ້ອຍຈໍານວນຫຼາຍ (ທີ່ຈະຕ້ອງມີສ່ວນຍ່ອຍຂອງ taxa ຂອງຕົ້ນໄມ້ຂະຫນາດໃຫຍ່) ໄດ້ຜ່ານ
"-z".
ທາງເລືອກນີ້ແມ່ນມີຈຸດປະສົງເພື່ອກວດກາເບິ່ງຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງ phylogenies ຂະຫນາດໃຫຍ່ຫຼາຍ
ທີ່ບໍ່ສາມາດກວດສອບສາຍຕາໄດ້ອີກຕໍ່ໄປ.
"-fs": ແຍກການຈັດແບ່ງການແບ່ງສ່ວນຫຼາຍພັນທຸກໍາອອກເປັນຕາມລໍາດັບ
subalignments "-f S": ຄິດໄລ່ຄວາມລໍາອຽງການຈັດວາງສະຖານທີ່ສະເພາະໂດຍໃຊ້ການປະໄວ້
ການທົດສອບທີ່ໄດ້ຮັບການດົນໃຈໂດຍວິທີການຈັດວາງວິວັດການຈັດຕັ້ງ "-ft": ເຮັດເປັນໄມ້ຢືນຕົ້ນ randomized
ຄົ້ນຫາຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນທີ່ຄົງທີ່ "-f T": ເຮັດການເພີ່ມປະສິດທິພາບຢ່າງລະອຽດຂອງ ML
ຕົ້ນໄມ້ຈາກການຄົ້ນຫາ bootstrap ຢ່າງໄວວາໃນຮູບແບບ stand-alone "-fu": ປະຕິບັດ morphological
calibration ນ້ໍາໂດຍນໍາໃຊ້ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດ, ນີ້ຈະກັບຄືນມາ vector ນ້ໍາ.
ທ່ານຈໍາເປັນຕ້ອງໄດ້ສະຫນອງການສອດຄ່ອງ morphological ແລະຕົ້ນໄມ້ກະສານອ້າງອີງໂດຍຜ່ານ "-t"
"-fv": ຈັດລຽງລຳດັບສະພາບແວດລ້ອມເປັນຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງໂດຍລະອຽດ
ອ່ານແຊກ
ທ່ານຈະຕ້ອງເລີ່ມຕົ້ນ RAxML ດ້ວຍຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງທີ່ບໍ່ສົມບູນແບບແລະ
ການຈັດວາງທີ່ປະກອບດ້ວຍລໍາດັບທັງຫມົດ (ການອ້າງອີງ + ຄໍາຖາມ)
"-f V": ການຈັດປະເພດຂອງລໍາດັບສິ່ງແວດລ້ອມເຂົ້າໄປໃນຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງໂດຍລະອຽດ
ອ່ານແຊກ
ທ່ານຈະຕ້ອງເລີ່ມຕົ້ນ RAxML ດ້ວຍຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງທີ່ບໍ່ສົມບູນແບບແລະ
ການຈັດຮຽງທີ່ບັນຈຸທຸກລໍາດັບ (ອ້າງອີງ + ຄໍາຖາມ) ຄໍາເຕືອນ: ນີ້ແມ່ນການທົດສອບ
ການປະຕິບັດເພື່ອການຈັດການຊຸດຂໍ້ມູນຫຼາຍພັນທຸກໍາ/ທັງໝົດ genome ທີ່ມີປະສິດທິພາບຫຼາຍຂຶ້ນ!
"-fw": ການທົດສອບການຄິດໄລ່ ELW ໃນຊໍ່ຂອງຕົ້ນໄມ້ຜ່ານທາງ "-z"
ຕົວກໍານົດການແບບຈໍາລອງຈະຖືກຄາດຄະເນຢູ່ໃນຕົ້ນໄມ້ທໍາອິດເທົ່ານັ້ນ!
"-f W": ຄິດໄລ່ການທົດສອບ ELW ໃນຊໍ່ຕົ້ນໄມ້ທີ່ຜ່ານ "-z"
ຕົວກໍານົດການແບບຈໍາລອງຈະຖືກປະເມີນຄືນໃຫມ່ສໍາລັບແຕ່ລະຕົ້ນໄມ້
"-fx": ຄິດໄລ່ໄລຍະຫ່າງ ML ທີ່ເປັນຄູ່, ຕົວກໍານົດການແບບ ML ຈະຖືກຄາດຄະເນຢູ່ໃນ MP.
ຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນ ຫຼືຕົ້ນໄມ້ທີ່ຜູ້ໃຊ້ກຳນົດເອງຜ່ານທາງ "-t", ອະນຸຍາດໃຫ້ໃຊ້ສະເພາະກັບ GAMMA ເທົ່ານັ້ນ
ແບບຈໍາລອງຂອງອັດຕາ heterogeneity
"-fy": ຈັດປະເພດຂອງລໍາດັບສິ່ງແວດລ້ອມເປັນຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງໂດຍໃຊ້ parsimony
ທ່ານຈະຕ້ອງເລີ່ມຕົ້ນ RAxML ດ້ວຍຕົ້ນໄມ້ອ້າງອີງທີ່ບໍ່ສົມບູນແບບແລະ
ການຈັດວາງທີ່ປະກອບດ້ວຍລໍາດັບທັງຫມົດ (ການອ້າງອີງ + ຄໍາຖາມ)
Default for "-f": ການປີນພູຢ່າງໄວວາໃໝ່
-F ເປີດໃຊ້ການຄົ້ນຫາຕົ້ນໄມ້ ML ພາຍໃຕ້ແບບຈໍາລອງ CAT ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ຂະຫນາດໃຫຍ່ຫຼາຍໂດຍບໍ່ມີການປ່ຽນໄປ
GAMMA ໃນທີ່ສຸດ (ຊ່ວຍປະຢັດຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ). ຕົວເລືອກນີ້ຍັງສາມາດໃຊ້ກັບ GAMMA ໄດ້
ແບບຈໍາລອງເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການເພີ່ມປະສິດທິພາບຢ່າງລະອຽດຂອງຕົ້ນໄມ້ ML ທີ່ໄດ້ຮັບຄະແນນດີທີ່ສຸດໃນ
ຈົບ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
-g ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ຂອງຕົ້ນໄມ້ຂໍ້ຈຳກັດ multifurcating ຕົ້ນໄມ້ນີ້ບໍ່ຕ້ອງການ
ເພື່ອໃຫ້ມີຄວາມສົມບູນແບບ, ie ຈະຕ້ອງບໍ່ມີ taxa ທັງຫມົດ
-G ເປີດໃຊ້ heuristics algorithm ການຈັດວາງແບບວິວັດທະນາການໂດຍອີງໃສ່ ML ໂດຍການລະບຸ
threshold value (ແຕ່ສ່ວນຫນຶ່ງຂອງກິ່ງງ່າ insertion ທີ່ຈະໄດ້ຮັບການປະເມີນໂດຍໃຊ້ຊ້າ
ແຊກພາຍໃຕ້ ML).
-h ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້.
-H ປິດການບີບອັດຮູບແບບ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ເປີດ
-i ການຕັ້ງຄ່າການຈັດລຽງໃຫມ່ໃນເບື້ອງຕົ້ນສໍາລັບການນໍາໃຊ້ການປ່ຽນແປງທາງພູມິສາດຕໍ່ມາ
ໂຄງການໄລຍະ
-I ການວິເຄາະການຢຸດການເລີ່ມຕົ້ນຂອງ posteriori. ໃຊ້:
"-I autoFC" ສໍາລັບເງື່ອນໄຂທີ່ອີງໃສ່ຄວາມຖີ່ "-I autoMR" ສໍາລັບກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່
ເງື່ອນໄຂຕົ້ນໄມ້ເປັນເອກະສັນກັນ "-I autoMRE" ສໍາລັບຕົ້ນໄມ້ເອກະພາບຂອງກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່ທີ່ຂະຫຍາຍອອກ.
ເກນ "-I autoMRE_IGN" ສໍາລັບຕົວຊີ້ວັດທີ່ຄ້າຍຄືກັບ MRE, ແຕ່ລວມເອົາ bipartitions
ພາຍໃຕ້ຂອບເຂດບໍ່ວ່າຈະເຂົ້າກັນໄດ້
ຫຼືບໍ່. ອັນນີ້ຈຳລອງ MRE ແຕ່ໄວກວ່າໃນການຄຳນວນ.
ນອກນັ້ນທ່ານຍັງຈໍາເປັນຕ້ອງໄດ້ຜ່ານໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ທີ່ປະກອບດ້ວຍ bootstrap replicates ຫຼາຍໂດຍຜ່ານ "-z"
-j ລະບຸວ່າໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ລະດັບປານກາງຈະຖືກຂຽນໃສ່ໄຟລ໌ໃນລະຫວ່າງມາດຕະຖານ
ML ແລະ BS ຄົ້ນຫາຕົ້ນໄມ້.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
-J Compute majority rule consensus tree with "-J MR" ຫຼືກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່ຂະຫຍາຍ
ຕົ້ນໄມ້ເອກະສັນກັບ "-J MRE" ຫຼືຕົ້ນໄມ້ເອກະພາບທີ່ເຂັ້ມງວດກັບ "-J STRICT". ສໍາລັບ
ເກນຄວາມເຫັນດີທີ່ກຳນົດເອງ >= 50%, ລະບຸ T_ , ບ່ອນທີ່ 100 >= NUM >= 50.
ຕົວເລືອກ "-J STRICT_DROP" ແລະ "-J MR_DROP" ຈະປະຕິບັດລະບົບທີ່ລະບຸ.
dropsets ທີ່ບັນຈຸ taxa rogue ສະເຫນີໂດຍ Pattengale et al. ໃນເຈ້ຍ
"ການເປີດເຜີຍຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມດ້ານ phylogenetic ທີ່ເຊື່ອງໄວ້". ນອກນັ້ນທ່ານຍັງຈະຕ້ອງໄດ້ສະຫນອງຕົ້ນໄມ້
ໄຟລ໌ທີ່ປະກອບດ້ວຍຕົ້ນໄມ້ທີ່ບໍ່ໄດ້ຮາກຫຼາຍຜ່ານ "-z"
-k ລະບຸວ່າຕົ້ນໄມ້ທີ່ຕິດຢູ່ຄວນຖືກພິມດ້ວຍຄວາມຍາວຂອງງ່າ. ໄດ້
bootstraps ຈະແລ່ນດົນກວ່ານີ້, ເພາະວ່າຕົວກໍານົດການຂອງຕົວແບບຈະຖືກປັບແຕ່ງຢູ່ທີ່
ສິ້ນສຸດແຕ່ລະໄລຍະພາຍໃຕ້ GAMMA ຫຼື GAMMA+P-Invar ຕາມລໍາດັບ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
-K ລະບຸຮູບແບບການທົດແທນຫຼາຍລັດ (ສູງສຸດ 32 ລັດ) ທີ່ໄດ້ປະຕິບັດໃນ
RAxML. ຮູບແບບທີ່ມີຢູ່ແມ່ນ: ORDERED, MK, GTR
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ຮູບແບບ GTR
-L Compute consensus tree labeled by IC ສະຫນັບສະຫນູນແລະມູນຄ່າ TC ໂດຍລວມເປັນ
ສະເໜີໃນ Salichos ແລະ Rokas 2013. ຄິດໄລ່ເປັນໄມ້ຢືນຕົ້ນຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່ກັບ
"-L MR" ຫຼືໄມ້ຢືນຕົ້ນຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່ທີ່ມີ "-L MRE". ສໍາລັບປະເພນີ
ເກນຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມ >= 50%, ລະບຸ "-L T_ ", where 100 >= NUM >= 50. ທ່ານຈະ
ແນ່ນອນຍັງຈໍາເປັນຕ້ອງໄດ້ສະຫນອງໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ທີ່ປະກອບດ້ວຍຕົ້ນໄມ້ທີ່ບໍ່ໄດ້ຮາກຫຼາຍໂດຍຜ່ານ
"-z"!
-m ແບບຈໍາລອງຂອງ Binary (Morphological), Nucleotide, Multi-State, ຫຼືອາຊິດອາມິໂນ
ການທົດແທນ:
ໄບນາຣີ:
"-m BINCAT[X]"
: ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ
ອັດຕາການວິວັດການທີ່ໄດ້ຖືກຈັດປະເພດອອກເປັນຈໍານວນຂອງປະເພດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະຖືກປະເມີນ
ອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ BINGAMMA, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m BINCati[X]"
: ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ
ອັດຕາການວິວັດການທີ່ໄດ້ຖືກຈັດປະເພດອອກເປັນຈໍານວນຂອງປະເພດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະຖືກປະເມີນ
ພາຍໃຕ້ BINGAMMAI ໂດຍອັດຕະໂນມັດ, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m ASC_BINCAT[X]"
: ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ
ອັດຕາການວິວັດການທີ່ໄດ້ຖືກຈັດປະເພດອອກເປັນຈໍານວນຂອງປະເພດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະຖືກປະເມີນ
ອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ BINGAMMA, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ. ASC
ຄໍານໍາຫນ້າຈະແກ້ໄຂຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຄວາມລໍາອຽງໃນການກວດສອບ.
"-m BINGAMMA[X]"
: ແບບຈໍາລອງ GAMMA ຂອງອັດຕາ heterogeneity (ພາລາມິເຕີ alpha ຈະຖືກຄາດຄະເນ).
ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m ASC_BINGAMMA[X]" : ໂມເດວ GAMMA ຂອງອັດຕາ heterogeneity (ພາຣາມິເຕີອັນຟາຈະເປັນ
ຄາດ).
ຄໍານໍາຫນ້າ ASC ຈະແກ້ໄຂຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຄວາມລໍາອຽງໃນການກວດສອບ. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m BINGAMMAI[X]"
: ຄືກັນກັບ BINGAMMA, ແຕ່ມີການຄາດຄະເນອັດຕາສ່ວນຂອງສະຖານທີ່ທີ່ບໍ່ປ່ຽນແປງ.
ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
ທາດນິວເຄລຍ:
"-m GTRCAT[X]"
: GTR + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບອັດຕາການທົດແທນ + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ
ອັດຕາການວິວັດການທີ່ໄດ້ຖືກຈັດປະເພດອອກເປັນຈໍານວນຂອງປະເພດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະເປັນ
ປະເມີນພາຍໃຕ້ GTRGAMMA, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ດ້ວຍທາງເລືອກ
"X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m GTRCATI[X]"
: GTR + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບອັດຕາການທົດແທນ + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ
ອັດຕາການວິວັດການທີ່ໄດ້ຖືກຈັດປະເພດອອກເປັນຈໍານວນຂອງປະເພດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະເປັນ
ປະເມີນພາຍໃຕ້ GTRGAMMAI, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ດ້ວຍທາງເລືອກ
"X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m ASC_GTRCAT[X]"
: GTR + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບອັດຕາການທົດແທນ + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ
ອັດຕາການວິວັດການທີ່ໄດ້ຖືກຈັດປະເພດອອກເປັນຈໍານວນຂອງປະເພດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະເປັນ
ປະເມີນພາຍໃຕ້ GTRGAMMA, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ດ້ວຍທາງເລືອກ
"X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ. ຄຳນຳໜ້າ ASC
willl ແກ້ໄຂຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຄວາມລໍາອຽງໃນການກວດສອບ.
"-m GTRGAMMA[X]"
: GTR + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງອັດຕາການທົດແທນ + ຮູບແບບ GAMMA ຂອງອັດຕາ
heterogeneity (ພາລາມິເຕີ alpha ຈະຖືກຄາດຄະເນ).
ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m ASC_GTRGAMMA[X]" : GTR + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງອັດຕາການທົດແທນ + ຮູບແບບ GAMMA ຂອງອັດຕາ
heterogeneity (ພາລາມິເຕີ alpha ຈະຖືກຄາດຄະເນ). ຄຳນຳໜ້າ ASC ຈະຖືກຕ້ອງ
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບອະຄະຕິການຢັ້ງຢືນ. ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດເຮັດໄດ້
ລະບຸການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m GTRGAMMAI[X]"
: ຄືກັນກັບ GTRGAMMA, ແຕ່ມີການຄາດຄະເນອັດຕາສ່ວນຂອງສະຖານທີ່ທີ່ບໍ່ປ່ຽນແປງ.
ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
ຫຼາຍລັດ:
"-m MULTICAT[X]"
: ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ
ອັດຕາການວິວັດການທີ່ໄດ້ຖືກຈັດປະເພດອອກເປັນຈໍານວນຂອງປະເພດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະຖືກປະເມີນ
ອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ MULTIGAMMA, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m MULTICATI[X]"
: ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ
ອັດຕາການວິວັດການທີ່ໄດ້ຖືກຈັດປະເພດອອກເປັນຈໍານວນຂອງປະເພດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະຖືກປະເມີນ
ອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ MULTIGAMMAI, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m ASC_MULTICAT[X]"
: ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສະຖານທີ່ສະເພາະ
ອັດຕາການວິວັດການທີ່ໄດ້ຖືກຈັດປະເພດອອກເປັນຈໍານວນຂອງປະເພດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະຖືກປະເມີນ
ອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ MULTIGAMMA, ຂຶ້ນກັບຕົວເລືອກການຊອກຫາຕົ້ນໄມ້. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ. ASC
ຄໍານໍາຫນ້າຈະແກ້ໄຂຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຄວາມລໍາອຽງໃນການກວດສອບ.
"-ມ MULTIGAMMA[X]"
: ແບບຈໍາລອງ GAMMA ຂອງອັດຕາ heterogeneity (ພາລາມິເຕີ alpha ຈະຖືກຄາດຄະເນ).
ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m ASC_MULTIGAMMA[X]" : ໂມເດວ GAMMA ຂອງອັດຕາ heterogeneity (ພາຣາມິເຕີອັນຟາຈະເປັນ
ຄາດ).
ຄໍານໍາຫນ້າ ASC ຈະແກ້ໄຂຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບຄວາມລໍາອຽງໃນການກວດສອບ. ກັບ
ທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m MultiGAMMAI[X]"
: ຄືກັນກັບ MULTIGAMMA, ແຕ່ມີການຄາດຄະເນອັດຕາສ່ວນຂອງສະຖານທີ່ທີ່ບໍ່ປ່ຽນແປງ.
ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
ທ່ານສາມາດນໍາໃຊ້ສູງເຖິງ 32 ລັດຕົວອັກສອນທີ່ແຕກຕ່າງກັນເພື່ອເຂົ້າລະຫັດພາກພື້ນຫຼາຍລັດ, ພວກເຂົາເຈົ້າ
ຕ້ອງໃຊ້ຕາມລໍາດັບດັ່ງນີ້: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, A, B, C, D, E,
F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V ie, ຖ້າທ່ານມີ 6 ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ຕົວອັກສອນລະບຸວ່າເຈົ້າຈະໃຊ້ 0, 1, 2, 3, 4, 5 ເພື່ອເຂົ້າລະຫັດເຫຼົ່ານີ້. ການທົດແທນ
ຕົວແບບສໍາລັບພາກພື້ນຫຼາຍລັດສາມາດເລືອກໄດ້ໂດຍຜ່ານທາງເລືອກ "-K".
ອາຊິດອາມິໂນ:
"-m PROTCATmatrixName[F|X]"
: ກໍານົດ AA matrix + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງອັດຕາການທົດແທນ + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງ
ເວັບໄຊສະເພາະ
ອັດຕາການວິວັດການທີ່ໄດ້ຖືກຈັດປະເພດອອກເປັນຈໍານວນຂອງປະເພດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະເປັນ
ປະເມີນອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ PROTGAMMAmatrixName[F|X], ຂຶ້ນກັບຕົ້ນໄມ້
ທາງເລືອກຄົ້ນຫາ. ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງ
ຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m PROTCATTImatrixName[F|X]"
: ກໍານົດ AA matrix + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງອັດຕາການທົດແທນ + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງ
ເວັບໄຊສະເພາະ
ອັດຕາການວິວັດການທີ່ໄດ້ຖືກຈັດປະເພດອອກເປັນຈໍານວນຂອງປະເພດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະເປັນ
ປະເມີນອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ PROTGAMMAImatrixName[F|X], ຂຶ້ນກັບຕົ້ນໄມ້
ທາງເລືອກຄົ້ນຫາ. ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງ
ຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m ASC_PROTCATmatrixName[F|X]"
: ກໍານົດ AA matrix + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງອັດຕາການທົດແທນ + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງ
ເວັບໄຊສະເພາະ
ອັດຕາການວິວັດການທີ່ໄດ້ຖືກຈັດປະເພດອອກເປັນຈໍານວນຂອງປະເພດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ປະເພດອັດຕາສໍາລັບປະສິດທິພາບການຄໍານວນຫຼາຍກວ່າເກົ່າ. ຕົ້ນໄມ້ສຸດທ້າຍອາດຈະເປັນ
ປະເມີນອັດຕະໂນມັດພາຍໃຕ້ PROTGAMMAmatrixName[F|X], ຂຶ້ນກັບຕົ້ນໄມ້
ທາງເລືອກຄົ້ນຫາ. ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງ
ຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ. ຄໍານໍາຫນ້າ ASC ຈະແກ້ໄຂຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບການຢືນຢັນ
ອະຄະຕິ.
"-m PROTGAMMAmatrixName[F|X]"
: ກຳນົດ AA matrix + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງອັດຕາການທົດແທນ + ຮູບແບບ GAMMA ຂອງອັດຕາ
heterogeneity (ພາລາມິເຕີ alpha ຈະຖືກຄາດຄະເນ).
ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m ASC_PROTGAMMAmatrixName[F|X]" : ລະບຸເມທຣິກ AA + ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງການທົດແທນ.
ອັດຕາ + ຮູບແບບ GAMMA ຂອງອັດຕາ
heterogeneity (ພາລາມິເຕີ alpha ຈະຖືກຄາດຄະເນ). ຄຳນຳໜ້າ ASC ຈະຖືກຕ້ອງ
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ສໍາລັບອະຄະຕິການຢັ້ງຢືນ. ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທີ່ທ່ານສາມາດເຮັດໄດ້
ລະບຸການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
"-m PROTGAMMAImatrixName[F|X]"
: ຄືກັນກັບ PROTGAMMAmatrixName[F|X], ແຕ່ມີການຄາດຄະເນອັດຕາສ່ວນຂອງຕົວປ່ຽນແປງ.
ສະຖານທີ່.
ດ້ວຍທາງເລືອກ "X" ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດກໍານົດການຄາດຄະເນ ML ຂອງຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ.
ຮູບແບບການທົດແທນ AA ທີ່ມີຢູ່: DAYHOFF, DCMUT, JTT, MTREV, WAG, RTREV, CPREV,
VT, BLOSUM62, MTMAM, LG, MTART, MTZOA, PMB, HIVB, HIVW, JTTDCMUT, ໄຂ້ຫວັດໃຫຍ່, STMTREV,
DUMMY, DUMMY2, AUTO, LG4M, LG4X, PROT_FILE, GTR_UNLINKED, GTR ດ້ວຍຕົວເລືອກ "F"
ເອກະສານຊ້ອນທ້າຍທ່ານສາມາດລະບຸໄດ້ວ່າທ່ານຕ້ອງການໃຊ້ຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ empirical. ອັດຕະໂນມັດ ແລະ
ບໍ່ຮອງຮັບ AUTOX ອີກຕໍ່ໄປ, ຖ້າທ່ານລະບຸ AUTO ມັນຈະທົດສອບ prot subst.
ຮູບແບບທີ່ມີແລະບໍ່ມີຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ empirical ໃນປັດຈຸບັນ! ກະລຸນາສັງເກດວ່າສໍາລັບ
ແບບຈໍາລອງແບ່ງສ່ວນທີ່ທ່ານສາມາດນອກຈາກນັ້ນລະບຸຕົວແບບ AA ຕໍ່ເຊື້ອສາຍໃນ
ໄຟລ໌ການແບ່ງປັນ (ເບິ່ງຄູ່ມືສໍາລັບລາຍລະອຽດ). ຍັງສັງເກດວ່າຖ້າທ່ານຄາດຄະເນ AA GTR
ຕົວກໍານົດການກ່ຽວກັບຊຸດຂໍ້ມູນແບ່ງສ່ວນ, ພວກມັນຈະຖືກເຊື່ອມຕໍ່ (ຄາດຄະເນຮ່ວມກັນ) ໃນທົ່ວ
ການແບ່ງສ່ວນທັງຫມົດເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການ over-parameterization
-M ສະຫຼັບການປະເມີນຄວາມຍາວແຕ່ລະສາຂາຕໍ່ພາທິຊັນ. ພຽງແຕ່ມີຜົນກະທົບ
ເມື່ອໃຊ້ປະສົມປະສານກັບ "-q" ຄວາມຍາວຂອງສາຂາສໍາລັບແຕ່ລະ partitions ຈະເປັນ
ພິມອອກເປັນໄຟລ໌ແຍກຕ່າງຫາກ A ນ້ໍາຫນັກສະເລ່ຍຂອງຄວາມຍາວຂອງສາຂາແມ່ນຄິດໄລ່ໂດຍ
ການນໍາໃຊ້ຄວາມຍາວຂອງການແບ່ງປັນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
-n ລະບຸຊື່ຂອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ.
-o ລະບຸຊື່ຂອງ outgrpoup ດຽວຫຼືບັນຊີລາຍຊື່ທີ່ແຍກດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດຂອງ outgroups, ເຊັ່ນ:
"-o Rat" ຫຼື "-o Rat, Mouse", ໃນກໍລະນີທີ່ຫຼາຍກຸ່ມນອກບໍ່ແມ່ນ monophyletic
ຊື່ທໍາອິດໃນບັນຊີລາຍຊື່ຈະຖືກເລືອກເປັນກຸ່ມນອກ, ຢ່າປ່ອຍໃຫ້ຊ່ອງຫວ່າງລະຫວ່າງ
ຊື່ taxon!
-O ປິດການກວດສອບລໍາດັບທີ່ບໍ່ໄດ້ກໍານົດຢ່າງສົມບູນໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. ໂຄງການຈະ
ບໍ່ອອກດ້ວຍຂໍ້ຄວາມສະແດງຂໍ້ຜິດພາດເມື່ອ "-O" ຖືກລະບຸ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ກວດສອບການເປີດໃຊ້ງານ
-p ລະບຸແກ່ນຈຳນວນແບບສຸ່ມສຳລັບການອ້າງອີງຂອງ parsimony. ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ທ່ານ
ຜະລິດຜົນໄດ້ຮັບຂອງເຈົ້າຄືນໃຫມ່ແລະຈະຊ່ວຍໃຫ້ຂ້ອຍດີບັກໂຄງການ.
-P ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ຂອງຮູບແບບການທົດແທນ AA (ທາດໂປຼຕີນ) ທີ່ກໍານົດໂດຍຜູ້ໃຊ້. ໄຟລ໌ນີ້
ຕ້ອງມີ 420 ລາຍການ, 400 ທໍາອິດແມ່ນອັດຕາທົດແທນ AA (ອັນນີ້ຕ້ອງ
be a symmetric matrix) ແລະ 20 ສຸດທ້າຍແມ່ນຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ empirical.
-q ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ທີ່ປະກອບດ້ວຍການມອບໝາຍແບບຈໍາລອງເພື່ອຈັດຮຽງ
partitions ສໍາລັບຫຼາຍແບບຂອງການທົດແທນ. ສໍາລັບ syntax ຂອງໄຟລ໌ນີ້ກະລຸນາ
ປຶກສາຫາລືຄູ່ມື.
-r ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ຂອງຕົ້ນໄມ້ຂໍ້ຈຳກັດຄູ່. ຕົ້ນໄມ້ນີ້ບໍ່ຈໍາເປັນຕ້ອງເປັນ
ທີ່ສົມບູນແບບ, ie ຈະຕ້ອງບໍ່ມີ taxa ທັງຫມົດ
-R ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ຂອງໄຟລ໌ພາລາມິເຕີຕົວແບບຖານສອງທີ່ເຄີຍມີມາກ່ອນ
ສ້າງຂຶ້ນດ້ວຍ RAxML ໂດຍໃຊ້ -f e ທາງເລືອກການປະເມີນຕົ້ນໄມ້. ຊື່ໄຟລ໌ຄວນ
ເປັນ: RAxML_binaryModelParameters.runID
-s ລະບຸຊື່ຂອງໄຟລ໌ຂໍ້ມູນການຈັດຮຽງໃນຮູບແບບ PHYLIP
-S ລະບຸຊື່ຂອງໄຟລ໌ໂຄງສ້າງສຳຮອງ. ໄຟລ໌ສາມາດບັນຈຸ "." ສໍາລັບ
ຖັນການຈັດຮຽງທີ່ບໍ່ປະກອບເປັນສ່ວນຂອງລຳຕົ້ນ ແລະຕົວອັກສອນ "()<>[]{}" ເປັນ
ກໍານົດຂອບເຂດຂອງລໍາຕົ້ນແລະ pseudoknots
-t ລະບຸຜູ້ໃຊ້ເລີ່ມຕົ້ນຊື່ໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້ໃນຮູບແບບ Newick
-T ລຸ້ນ PTHREADS ເທົ່ານັ້ນ! ລະບຸຈໍານວນຂອງຫົວຂໍ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການດໍາເນີນການ. ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າ
ຕັ້ງ "-T" ເປັນຈໍານວນ CPU ສ່ວນໃຫຍ່ທີ່ເຈົ້າມີຢູ່ໃນເຄື່ອງຂອງເຈົ້າ, ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ, ຢູ່ທີ່ນັ້ນ
ຈະເປັນການຫຼຸດຜ່ອນການປະຕິບັດຢ່າງໃຫຍ່ຫຼວງ!
-u ໃຊ້ຄ່າປານກາງສໍາລັບການປະມານແຍກຂອງຕົວແບບ GAMMA ຂອງອັດຕາ
ຄວາມແຕກຕ່າງກັນ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
-U ພະຍາຍາມຊ່ວຍປະຢັດຫນ່ວຍຄວາມຈໍາໂດຍໃຊ້ SEV-based ການປະຕິບັດສໍາລັບຖັນຊ່ອງຫວ່າງໃນ gappy ຂະຫນາດໃຫຍ່
ສອດຄ່ອງ ເຕັກນິກແມ່ນໄດ້ອະທິບາຍຢູ່ທີ່ນີ້:
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/470 ນີ້ພຽງແຕ່ຈະເຮັດວຽກສໍາລັບ DNA ແລະ / ຫຼື
ຂໍ້ມູນ PROTEIN ແລະພຽງແຕ່ມີລະຫັດສະບັບ SSE3 ຫຼື AVX-vextorized.
-v ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບ
-V ປິດການນຳໃຊ້ອັດຕາຄວາມແຕກຕ່າງກັນລະຫວ່າງຕົວແບບຂອງເວັບໄຊ ແລະໃຊ້ອັນໜຶ່ງທີ່ບໍ່ມີອັດຕາຄວາມແຕກຕ່າງກັນ
ແທນ. ໃຊ້ໄດ້ພຽງແຕ່ຖ້າທ່ານລະບຸຕົວແບບ CAT ຂອງອັດຕາຄວາມແຕກຕ່າງກັນ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ໃຊ້ອັດຕາຄວາມແຕກຕ່າງກັນ
-w ເສັ້ນທາງເຕັມ (!) ໄປຫາໄດເລກະທໍລີທີ່ RAxML ຈະຂຽນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຂອງມັນ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ໄດເລກະທໍລີປະຈຸບັນ
-W ເລື່ອນຂະໜາດໜ້າຕ່າງສຳລັບການປະອອກ-ໜຶ່ງ-ອອກ-ໜຶ່ງ-ອອກ-ນອກສະຖານທີ່ສະເພາະການຈັດວາງ ລຳອຽງ ສູດການຄິດໄລ່ເທົ່ານັ້ນ
ມີປະສິດທິພາບເມື່ອໃຊ້ປະສົມປະສານກັບ "-f S"
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 100 ເວັບໄຊ
-x ລະບຸຕົວເລກຈໍານວນເຕັມ (ແກ່ນແບບສຸ່ມ) ແລະເປີດໃຊ້ການໃສ່ເກີບໄວ ລະມັດລະວັງ:
ບໍ່ເຫມືອນກັບສະບັບ 7.0.4 RAxML ຈະເຮັດການຈໍາລອງ BS ຢ່າງໄວວາພາຍໃຕ້ຮູບແບບຂອງ
ອັດຕາ heterogeneity ທີ່ທ່ານລະບຸຜ່ານ "-m" ແລະບໍ່ແມ່ນໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນພາຍໃຕ້ CAT
-X ຄືກັນກັບຕົວເລືອກ "-y" ຂ້າງລຸ່ມນີ້, ແນວໃດກໍ່ຕາມການຄົ້ນຫາ parsimony ແມ່ນ superficial ຫຼາຍ.
RAxML ພຽງແຕ່ຈະເຮັດແບບສຸ່ມຄໍາສັ່ງເພີ່ມເຕີມຕາມລໍາດັບ parsimony tree
ການກໍ່ສ້າງຄືນໃຫມ່ໂດຍບໍ່ມີການປະຕິບັດ SPRs ເພີ່ມເຕີມ. ນີ້ອາດຈະເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບ
ຊຸດຂໍ້ມູນ genome ຢ່າງກວ້າງຂວາງຫຼາຍ, ເນື່ອງຈາກວ່ານີ້ສາມາດສ້າງ topologically ຫຼາຍ
ຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
-y ຖ້າທ່ານຕ້ອງການຄິດໄລ່ພຽງແຕ່ຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນ parsimony ກັບ RAxML ລະບຸ "-y", the
ໂຄງການຈະອອກຫຼັງຈາກການຄິດໄລ່ຂອງຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
-Y ຜ່ານຊື່ໄຟລ໌ການຈັດກຸ່ມ quartet ກໍານົດສີ່ກຸ່ມທີ່ຈະແຕ້ມ quartets
ຮູບແບບການປ້ອນໄຟລ໌ຕ້ອງມີ 4 ກຸ່ມໃນຮູບແບບຕໍ່ໄປນີ້: (ໄກ່, ມະນຸດ,
Loach), (ງົວ, Carp), (ຫນູ, ຫນູ, ປະທັບຕາ), (ປາວານ, ກົບ); ພຽງແຕ່ເຮັດວຽກໃນການປະສົມປະສານ
ກັບ -f q !
-z ລະບຸຊື່ໄຟລ໌ຂອງໄຟລ໌ທີ່ປະກອບມີຫຼາຍຕົ້ນໄມ້ເຊັ່ນ: ຈາກ bootstrap
ທີ່ຈະຖືກໃຊ້ເພື່ອແຕ້ມຄ່າ bipartition ໃສ່ຕົ້ນໄມ້ທີ່ມີ "-t", ມັນ
ຍັງສາມາດຖືກໃຊ້ເພື່ອຄິດໄລ່ຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງບັນທຶກແຕ່ລະເວັບໄຊທ໌ໂດຍປະສົມປະສານກັບ "-fg" ແລະ
ເພື່ອອ່ານຊໍ່ຕົ້ນໄມ້ສໍາລັບທາງເລືອກອື່ນ ("-fh", "-fm", "-fn").
-#|-N ລະບຸຈໍານວນຂອງການແລ່ນທາງເລືອກໃນຕົ້ນໄມ້ເລີ່ມຕົ້ນທີ່ແຕກຕ່າງກັນໃນການປະສົມປະສານ
ດ້ວຍຕົວເລືອກ "-b", ນີ້ຈະເອີ້ນການວິເຄາະ boostrap ຫຼາຍໃຫ້ສັງເກດວ່າ "-N"
ໄດ້ຖືກເພີ່ມເປັນທາງເລືອກນັບຕັ້ງແຕ່ "-#" ບາງຄັ້ງກໍ່ເຮັດໃຫ້ເກີດບັນຫາກັບແນ່ນອນ
ລະບົບການຍື່ນສະເຫນີວຽກ MPI, ເນື່ອງຈາກວ່າ "-#" ມັກຈະຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອເລີ່ມຕົ້ນຄໍາເຫັນ. ຖ້າເຈົ້າ
ຕ້ອງການທີ່ຈະນໍາໃຊ້ມາດຕະຖານ bootstopping ລະບຸ "-# autoMR" ຫຼື "-# autoMRE" ຫຼື "-#
autoMRE_IGN" ສໍາລັບເງື່ອນໄຂທີ່ອີງໃສ່ຕົ້ນໄມ້ສ່ວນໃຫຍ່ (ເບິ່ງ -I ທາງເລືອກ) ຫຼື "-#
autoFC" ສໍາລັບເງື່ອນໄຂທີ່ອີງໃສ່ຄວາມຖີ່
ປະສົມປະສານກັບ "-x" ຫຼື "-b"
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1 ການວິເຄາະດຽວ
--mesquite ພິມໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ສາມາດໄດ້ຮັບການວິເຄາະໂດຍ Mesquite.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
--ງຽບ ປິດການພິມຄຳເຕືອນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບລຳດັບທີ່ຄືກັນ ແລະທັງໝົດ
ສະຖານທີ່ທີ່ບໍ່ໄດ້ກໍານົດຢູ່ໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
--no-seq-ກວດ ປິດໃຊ້ງານການກວດສອບການປ້ອນຂໍ້ມູນ MSA ສໍາລັບລໍາດັບທີ່ຄືກັນ ແລະທັງໝົດ
ສະຖານທີ່ທີ່ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ.
ການເປີດໃຊ້ທາງເລືອກນີ້ອາດຈະປະຫຍັດເວລາ, ໂດຍສະເພາະສໍາລັບ phylogenomic ຂະຫນາດໃຫຍ່
ການຈັດວາງ. ກ່ອນທີ່ຈະໃຊ້ນີ້, ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າກວດເບິ່ງການສອດຄ່ອງໂດຍໃຊ້ "-fc"
ທາງເລືອກ!
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
--no-bfgs ປິດການນຳໃຊ້ວິທີການ BFGS ອັດຕະໂນມັດເພື່ອເພີ່ມປະສິດທິພາບອັດຕາ GTR ໃນ unpartitioned
ຊຸດຂໍ້ມູນ DNA
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: BFGS ເປີດ
--asc-corr ອະນຸຍາດໃຫ້ລະບຸປະເພດຂອງການແກ້ໄຂອະຄະຕິການກວດສອບທີ່ທ່ານຕ້ອງການນໍາໃຊ້.
ມີ 3
ປະເພດທີ່ມີຢູ່: --asc-corr=lewis: ການແກ້ໄຂມາດຕະຖານໂດຍ Paul Lewis
--asc-corr=felsenstein: ການແກ້ໄຂແນະນໍາໂດຍ Joe Felsenstein ທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້
ລະບຸຢ່າງຈະແຈ້ງ
ຈໍານວນຂອງສະຖານທີ່ invariable (ຖ້າຫາກວ່າເປັນທີ່ຮູ້ຈັກ) ຫນຶ່ງຕ້ອງການແກ້ໄຂສໍາລັບການ.
--asc-corr=stamakis: ການແກ້ໄຂນໍາສະເຫນີໂດຍຕົນເອງທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ຢ່າງຊັດເຈນ
ລະບຸ
ຈໍານວນຂອງສະຖານທີ່ invariable ສໍາລັບແຕ່ລະຕົວອັກສອນ (ຖ້າຫາກວ່າເປັນທີ່ຮູ້ຈັກ) ຫນຶ່ງຕ້ອງການແກ້ໄຂ
ສໍາລັບ.
--ທຸງ-ກວດ ເມື່ອໃຊ້ຕົວເລືອກນີ້, RAxML ຈະກວດເບິ່ງພຽງແຕ່ວ່າທຸງເສັ້ນຄໍາສັ່ງທັງຫມົດ
ສະເພາະແມ່ນມີຢູ່ແລ້ວອອກ
ດ້ວຍຂໍ້ຄວາມທີ່ສະແດງທຸງບັນທັດຄໍາສັ່ງທີ່ບໍ່ຖືກຕ້ອງທັງໝົດ ຫຼືມີຂໍ້ຄວາມທີ່ລະບຸໄວ້
ວ່າທຸງທັງຫມົດແມ່ນຖືກຕ້ອງ.
--auto-prot=ml|bic|aic|aicc ໃນເວລາທີ່ການນໍາໃຊ້ການຄັດເລືອກຕົວແບບທາດໂປຼຕີນອັດຕະໂນມັດທີ່ທ່ານສາມາດເລືອກເອົາ
ເງື່ອນໄຂໃນການເລືອກຮູບແບບເຫຼົ່ານີ້.
RAxML ຈະທົດສອບ prot subst ທີ່ມີຢູ່ທັງໝົດ. ຮຸ່ນຍົກເວັ້ນສໍາລັບ LG4M, LG4X ແລະ
ແບບຈໍາລອງທີ່ອີງໃສ່ GTR, ມີແລະບໍ່ມີຄວາມຖີ່ພື້ນຖານ empirical. ທ່ານສາມາດເລືອກ
ລະຫວ່າງການຄັດເລືອກໂດຍອີງໃສ່ຄະແນນ ML ແລະເງື່ອນໄຂ BIC, AIC, ແລະ AICc.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ml
--epa-keep-placements=ຈໍານວນ ລະບຸຈໍານວນຂອງບ່ອນທີ່ມີທ່າແຮງທີ່ທ່ານຕ້ອງການທີ່ຈະເກັບຮັກສາໄວ້
ສໍາລັບການອ່ານແຕ່ລະອັນໃນ EPA algorithm.
ໃຫ້ສັງເກດວ່າ, ມູນຄ່າຕົວຈິງທີ່ພິມອອກຍັງຈະຂຶ້ນກັບການຕັ້ງຄ່າສໍາລັບ
--epa-prob-threshold=threshold !
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 7
--epa-prob-threshold=threshold ລະບຸເກນເປີເຊັນສຳລັບການລວມເອົາທ່າແຮງ
ການຈັດວາງຂອງການອ່ານຂຶ້ນຢູ່ກັບ
ນ້ໍາຫນັກຕໍາແຫນ່ງສູງສຸດສໍາລັບການອ່ານນີ້. ຖ້າທ່ານຕັ້ງຄ່ານີ້ເປັນ 0.01 ການຈັດວາງ
ທີ່ມີນ້ໍາຫນັກບັນຈຸເຂົ້າຮຽນ 1 ເປີເຊັນຂອງການຈັດວາງສູງສຸດຈະຍັງຄົງຢູ່
ພິມອອກເປັນໄຟລ໌ຖ້າຫາກວ່າການຕັ້ງຄ່າຂອງ --epa-keep-placements ອະນຸຍາດໃຫ້ສໍາລັບມັນ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.01
--epa-accumulated-threshold=threshold ລະບຸເກນນ້ຳໜັກຄວາມເປັນໄປໄດ້ສະສົມ
ສໍາລັບສະຖານທີ່ທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງການອ່ານແມ່ນພິມ
ຍື່ນ. ສະຖານທີ່ສໍາລັບການອ່ານຈະຖືກພິມອອກຈົນກ່ວາຜົນລວມຂອງການຈັດວາງຂອງພວກເຂົາ
ນ້ຳໜັກໄດ້ຮອດເກນກຳນົດແລ້ວ. ໃຫ້ສັງເກດວ່າ, ທາງເລືອກນີ້ບໍ່ສາມາດເປັນ
ນໍາໃຊ້ໃນການປະສົມປະສານກັບ --epa-prob-threshold ຫຼືກັບ --epa-keep-placements!
--JC69 ລະບຸວ່າການແບ່ງປັນ DNA ທັງຫມົດຈະພັດທະນາພາຍໃຕ້ຮູບແບບ Jukes-Cantor, ນີ້
overrides ສະເພາະຕົວແບບອື່ນໆທັງໝົດສໍາລັບ DNA partitions.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
--K80 ລະບຸວ່າສ່ວນແບ່ງ DNA ທັງໝົດຈະພັດທະນາພາຍໃຕ້ຮູບແບບ K80, ນີ້ຈະລົບລ້າງທັງໝົດ
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະຂອງຕົວແບບອື່ນໆສໍາລັບການແບ່ງສ່ວນ DNA.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
--HKY85 ລະບຸວ່າສ່ວນແບ່ງ DNA ທັງໝົດຈະພັດທະນາພາຍໃຕ້ແບບຈໍາລອງ HKY85, ນີ້ເປັນການລົບລ້າງ
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະຂອງຕົວແບບອື່ນໆທັງຫມົດສໍາລັບການແບ່ງສ່ວນ DNA.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ປິດ
ນີ້ແມ່ນ RAxML ເວີຊັ່ນ 8.2.4 ອອກມາໂດຍ Alexandros Stamatakis ໃນວັນທີ 02 ຕຸລາ 2015.
ດ້ວຍການປະກອບສ່ວນລະຫັດທີ່ຊື່ນຊົມຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໂດຍ: Andre Aberer (HITS) Simon Berger
(HITS) Alexey Kozlov (HITS) Kassian Kobert (HITS) David Dao (KIT ແລະ HITS)
Nick Pattengale (Sandia) Wayne Pfeiffer (SDSC) Akifumi S. Tanabe (NRIFS)
ໃຊ້ raxmlHPC ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net
