remape - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

remap - ສະ​ແດງ​ຂໍ້​ຈໍາ​ກັດ​ບ່ອນ​ຜູກ​ມັດ enzyme ໃນ​ລໍາ​ດັບ nucleotide​

ສະຫຼຸບສັງລວມ

remap - ລໍາດັບ seqall -mfile ຂໍ້ມູນ - enzymes string -sitelen integer [- mincuts integer]
[- ການຕັດສູງສຸດ integer] [-ໂສດ ປຸ້ຍ] [- ບິດ ປຸ້ຍ] [- ໜຽວ ປຸ້ຍ]
[- ຄວາມບໍ່ແນ່ນອນ ປຸ້ຍ] [-plasmid ປຸ້ຍ] [-methylation ປຸ້ຍ] [-ການ​ຄ້າ ປຸ້ຍ]
[- ຕາ​ຕະ​ລາງ​ ບັນຊີລາຍຊື່] [-Frame ບັນຊີລາຍຊື່] -outfile outfile [- ລາຍ​ການ​ຕັດ​ ປຸ້ຍ]
[- ຮູບ​ແບບ Flatre ປຸ້ຍ] [- ຈໍາ​ກັດ​ ປຸ້ຍ] - ການ​ແປ​ພາ​ສາ​ ປຸ້ຍ - ປີ້ນກັບກັນ ປຸ້ຍ
-formminsize integer - ຕົວພິມໃຫຍ່ ລະດັບ - ຈຸດ​ເດັ່ນ​ ລະດັບ - ຈົດ​ຫມາຍ​ສາມ​ ປຸ້ຍ
- ເລກ ປຸ້ຍ - ກວ້າງ integer - ຄວາມຍາວ integer - ຂອບ integer -yam ປຸ້ຍ
- ລາຍ​ລະ​ອຽດ​ ປຸ້ຍ - ຊົດເຊີຍ integer -html ປຸ້ຍ

remap -ຊ່ວຍ

ລາຍລະອຽດ

remap ແມ່ນໂຄງການເສັ້ນຄໍາສັ່ງຈາກ EMBOSS (“ຊອບແວເປີດທາງຊີວະສາດໂມເລກຸນຂອງເອີຣົບ
ຊຸດ”). ມັນແມ່ນສ່ວນຫນຶ່ງຂອງຄໍາສັ່ງ "ສະແດງ, Nucleic: Restriction, Nucleic: Translation"
ກຸ່ມ.

OPTIONS

ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ສ່ວນ
- ລໍາດັບ seqall

-mfile ຂໍ້ມູນ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Emethylsites.dat

ທີ່ກໍານົດໄວ້ ສ່ວນ
- enzymes string
ຊື່ 'ທັງຫມົດ' ອ່ານຢູ່ໃນຊື່ enzyme ທັງຫມົດຈາກຖານຂໍ້ມູນ REBASE. ທ່ານສາມາດກໍານົດ
enzymes ໂດຍການໃຫ້ຊື່ຂອງພວກມັນດ້ວຍເຄື່ອງໝາຍຈຸດລະຫວ່າງນັ້ນ, ເຊັ່ນ:
'HincII,hinfI,ppiI,hindiii'. ກໍລະນີຂອງຊື່ແມ່ນບໍ່ສໍາຄັນ. ທ່ານສາມາດກໍານົດ a
ໄຟລ໌ຂອງຊື່ enzyme ທີ່ຈະອ່ານໂດຍການໃຫ້ຊື່ຂອງໄຟລ໌ທີ່ຖື enzyme ໄດ້
ຊື່ທີ່ມີຕົວອັກສອນ '@' ຢູ່ທາງຫນ້າຂອງມັນ, ຕົວຢ່າງ, '@enz.list'. ສາຍເປົ່າ ແລະ
ເສັ້ນເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍຕົວອັກສອນ hash ຫຼື '!' ຖືກລະເລີຍແລະສາຍອື່ນໆທັງຫມົດແມ່ນ
concatenated ຮ່ວມ​ກັນ​ກັບ​ຕົວ​ອັກ​ສອນ​ເຄື່ອງ​ຫມາຍ​ຈຸດ ',' ແລະ​ຫຼັງ​ຈາກ​ນັ້ນ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ປິ່ນ​ປົວ​ເປັນ​ບັນ​ຊີ​ລາຍ​ການ​ຂອງ​
enzymes ເພື່ອຊອກຫາ. ຕົວຢ່າງຂອງໄຟລ໌ຊື່ enzyme ແມ່ນ: ! enzymes HincII ຂອງຂ້ອຍ,
ppiIII ! enzymes ອື່ນໆ hindiii HinfI PpiI ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ທັງຫມົດ

-sitelen integer
ນີ້ກໍານົດຄວາມຍາວຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງສະຖານທີ່ຮັບຮູ້ enzyme ຈໍາກັດ. enzymes ໃດ
ເວັບໄຊທີ່ສັ້ນກວ່ານີ້ຈະຖືກລະເລີຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 4

ເພີ່ມເຕີມ ສ່ວນ
- mincuts integer
ນີ້ກໍານົດຈໍານວນຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງການຕັດສໍາລັບ enzyme ຈໍາກັດໃດໆທີ່ຈະເປັນ
ພິຈາລະນາ. ເອນໄຊໃດໆທີ່ຕັດເວລາໜ້ອຍກວ່ານີ້ຈະຖືກລະເລີຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
1

- ການຕັດສູງສຸດ integer
ນີ້ກໍານົດຈໍານວນສູງສຸດຂອງການຕັດສໍາລັບ enzyme ຈໍາກັດໃດໆທີ່ຈະເປັນ
ພິຈາລະນາ. ເອນໄຊໃດໆທີ່ຕັດເວລາຫຼາຍກວ່ານີ້ຈະຖືກລະເລີຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
2000000000

-ໂສດ ປຸ້ຍ
ຖ້າຕັ້ງອັນນີ້ແລ້ວອັນນີ້ບັງຄັບໃຫ້ຄ່າຂອງ mincuts ແລະ maxcuts qualifiers ໄປ
ທັງສອງເປັນ 1. ຄ່າອື່ນໃດທີ່ເຈົ້າອາດຈະຕັ້ງພວກມັນໄວ້ຈະຖືກລະເລີຍ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N

- ບິດ ປຸ້ຍ
ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ enzymes ເຫຼົ່ານັ້ນຕັດຢູ່ໃນຕໍາແຫນ່ງດຽວກັນໃນຕໍ່ຫນ້າແລະປີ້ນກັບກັນ
strands ທີ່ຈະພິຈາລະນາ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y

- ໜຽວ ປຸ້ຍ
ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ enzymes ເຫຼົ່ານັ້ນຕັດຢູ່ໃນຕໍາແຫນ່ງທີ່ແຕກຕ່າງກັນກ່ຽວກັບການຕໍ່ຫນ້າແລະປີ້ນກັບກັນ
strands, ອອກຈາກ overhang, ພິຈາລະນາ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y

- ຄວາມບໍ່ແນ່ນອນ ປຸ້ຍ
ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ enzymes ທີ່ມີຫນຶ່ງຫຼືຫຼາຍລະຫັດ 'N' ambiguity ໃນຮູບແບບຂອງເຂົາເຈົ້າ
ຖືວ່າເປັນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y

-plasmid ປຸ້ຍ
ຖ້າຫາກວ່ານີ້ຖືກກໍານົດຫຼັງຈາກນັ້ນນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ຄົ້ນຫາສໍາລັບສະຖານທີ່ການຮັບຮູ້ enzyme ຈໍາກັດແລະ
ຕັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ກວມເອົາໃນຕອນທ້າຍຂອງລໍາດັບທີ່ຈະພິຈາລະນາ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N

-methylation ປຸ້ຍ
ຖ້າອັນນີ້ຖືກຕັ້ງແລ້ວ ສະຖານທີ່ຮັບຮູ້ RE ຈະບໍ່ກົງກັບຖານເມທີລະ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ຄ່າ: ນ

-ການ​ຄ້າ ປຸ້ຍ
ຖ້າມັນຖືກກໍານົດ, ຫຼັງຈາກນັ້ນພຽງແຕ່ enzymes ທີ່ມີຜູ້ສະຫນອງການຄ້າຈະຖືກຄົ້ນຫາ
ສໍາລັບ. ຄຸນສົມບັດນີ້ຖືກລະເລີຍຖ້າທ່ານໄດ້ລະບຸລາຍຊື່ຂອງ enzymes ຢ່າງຊັດເຈນ
ຄົ້ນຫາ, ແທນທີ່ຈະຊອກຫາ 'ທັງຫມົດ' enzymes ໃນຖານຂໍ້ມູນ REBASE. ມັນ
ສົມມຸດວ່າ, ຖ້າທ່ານຮ້ອງຂໍໃຫ້ມີ enzyme ຢ່າງຊັດເຈນ, ທ່ານອາດຈະຮູ້
ບ່ອນທີ່ໄດ້ຮັບມັນຈາກແລະດັ່ງນັ້ນຊື່ enzymes ທັງຫມົດທີ່ທ່ານໄດ້ຮ້ອງຂໍໃຫ້ຊອກຫາ,
ແລະການຕັດອັນໃດ, ຈະຖືກລາຍງານວ່າພວກເຂົາມີຜູ້ສະຫນອງການຄ້າຫຼືບໍ່.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y

- ຕາ​ຕະ​ລາງ​ ບັນຊີລາຍຊື່

-Frame ບັນຊີລາຍຊື່
ນີ້ອະນຸຍາດໃຫ້ທ່ານລະບຸກອບທີ່ຖືກແປ. ຖ້າທ່ານບໍ່ສະແດງ
ຕັດສະຖານທີ່ກ່ຽວກັບຄວາມຮູ້ສຶກປີ້ນກັບກັນ, ຫຼັງຈາກນັ້ນການແປພາສາຄວາມຮູ້ສຶກປີ້ນກັບກັນຈະບໍ່ເປັນ
ສະ​ແດງ​ເຖິງ​ແມ່ນ​ວ່າ​ທ່ານ​ໄດ້​ຮ້ອງ​ຂໍ​ເຟຣມ 4​, 5 ຫຼື 6​. ໂດຍ​ເລີ່ມ​ຕົ້ນ​, ທັງ​ຫມົດ​ຫົກ​ເຟຣມ​ຈະ
ຖືກ​ສະ​ແດງ​ອອກ​. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 6

ຜົນຜະລິດ ສ່ວນ
-outfile outfile

- ລາຍ​ການ​ຕັດ​ ປຸ້ຍ
ນີ້ຜະລິດລາຍການໃນຜົນຜະລິດຂອງ enzymes ທີ່ຕັດ, ທີ່ຕັດແຕ່ເປັນ
ຍົກເວັ້ນເນື່ອງຈາກວ່າການຕັດເວລາຫນ້ອຍກວ່າ mincut ຫຼືເວລາຫຼາຍກວ່າ maxcut ແລະເຫຼົ່ານັ້ນ
enzymes ທີ່ບໍ່ໄດ້ຕັດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y

- ຮູບ​ແບບ Flatre ປຸ້ຍ
ນີ້ຈະປ່ຽນຮູບແບບຜົນຜະລິດໄປຫາບ່ອນທີ່ສະຖານທີ່ຮັບຮູ້ຖືກສະແດງໂດຍແຖວ
ຂອງ '===' ຕົວອັກສອນແລະສະຖານທີ່ຕັດແມ່ນຊີ້ໄປໂດຍ '>' ຕົວອັກສອນຢູ່ຂ້າງຫນ້າ
ຄວາມຮູ້ສຶກ, ຫຼື '<' ໃນຄວາມຮູ້ສຶກປີ້ນກັບກັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N

- ຈໍາ​ກັດ​ ປຸ້ຍ
ນີ້ຈໍາກັດການລາຍງານຂອງ enzymes ພຽງແຕ່ຫນຶ່ງ enzyme ຈາກແຕ່ລະກຸ່ມຂອງ
isoschizomers. ເອນໄຊທີ່ຖືກເລືອກເພື່ອເປັນຕົວແທນຂອງກຸ່ມ isoschizomer ແມ່ນຕົ້ນແບບ
ລະບຸໄວ້ໃນໄຟລ໌ຂໍ້ມູນ 'embossre.equ', ເຊິ່ງສ້າງຂຶ້ນໂດຍໂປຣແກຣມ
'ການສະກັດເອົາຄືນ'. ຖ້າທ່ານຕ້ອງການໃຊ້ prototypes ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ໃຫ້ເຮັດສໍາເນົາ
embossre.equ ໃນໄດເລກະທໍລີເຮືອນຂອງທ່ານແລະແກ້ໄຂມັນ. ຖ້າຄ່ານີ້ຖືກຕັ້ງເປັນຜິດຫຼັງຈາກນັ້ນ
ທັງຫມົດຂອງ enzymes ປ້ອນຈະໄດ້ຮັບການລາຍງານ. ເຈົ້າອາດຈະຕ້ອງການຕັ້ງອັນນີ້ເປັນຜິດ ຖ້າເຈົ້າ
ກໍາລັງສະຫນອງຊຸດ enzymes ຢ່າງຊັດເຈນແທນທີ່ຈະຊອກຫາ 'ທັງຫມົດ' ຂອງມັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ຄ່າ: Y

- ການ​ແປ​ພາ​ສາ​ ປຸ້ຍ
ນີ້ສະແດງການແປ 6 ເຟຣມຂອງລໍາດັບໃນຜົນໄດ້ຮັບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y

- ປີ້ນກັບກັນ ປຸ້ຍ
ນີ້ສະແດງສະຖານທີ່ຕັດແລະການແປພາສາຂອງຄວາມຮູ້ສຶກປີ້ນກັບກັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y

-formminsize integer
ນີ້ກໍານົດຂະຫນາດຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງ Open Reading Frames (ORFs) ເພື່ອສະແດງຢູ່ໃນ
ການແປ. ພາກພື້ນການແປພາສາອື່ນໆທັງຫມົດແມ່ນຫນ້າກາກໂດຍການປ່ຽນອາຊິດ amino ເປັນ
'-' ຕົວອັກສອນ.

- ຕົວພິມໃຫຍ່ ລະດັບ
ພາກພື້ນທີ່ຈະໃສ່ຕົວພິມໃຫຍ່. ຖ້ານີ້ຖືກປະໄວ້ຫວ່າງເປົ່າ, ຫຼັງຈາກນັ້ນກໍລະນີລໍາດັບຖືກປະໄວ້
ຄົນດຽວ. ຊຸດຂອງພາກພື້ນແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍຊຸດຂອງຄູ່ຕໍາແຫນ່ງ. ຕໍາ​ແຫນ່ງ​ແມ່ນ​
ຈຳນວນເຕັມ. ພວກມັນຖືກແຍກອອກດ້ວຍຕົວອັກສອນທີ່ບໍ່ແມ່ນຕົວເລກ, ບໍ່ແມ່ນອັກຂະລະ. ຕົວຢ່າງຂອງພາກພື້ນ
ສະເພາະແມ່ນ: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

- ຈຸດ​ເດັ່ນ​ ລະດັບ
ພາກພື້ນທີ່ຈະໃສ່ສີຖ້າການຈັດຮູບແບບສໍາລັບ HTML. ຖ້າຫາກວ່ານີ້ຖືກປະໄວ້ຫວ່າງເປົ່າ, ຫຼັງຈາກນັ້ນລໍາດັບແມ່ນ
ປະໄວ້ຄົນດຽວ. ຊຸດຂອງພາກພື້ນແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍຊຸດຂອງຄູ່ຕໍາແຫນ່ງ. ໄດ້
ຕຳແໜ່ງແມ່ນຈຳນວນເຕັມ. ພວກມັນຖືກຕິດຕາມດ້ວຍສີຕົວອັກສອນ HTML ທີ່ຖືກຕ້ອງ. ຕົວຢ່າງຂອງ
ສະເພາະພາກພື້ນຄື: 24-45 ສີຟ້າ 56-78 ສີສົ້ມ 1-100 ສີຂຽວ 120-156 ສີແດງ ໄຟລ໌ A ຂອງ
ໄລຍະເປັນສີ (ໜຶ່ງໄລຍະຕໍ່ແຖວ) ສາມາດລະບຸເປັນ '@filename'.

- ຈົດ​ຫມາຍ​ສາມ​ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N

- ເລກ ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N

- ກວ້າງ integer
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 60

- ຄວາມຍາວ integer

- ຂອບ integer
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 10

-yam ປຸ້ຍ
ຕັ້ງ​ຄ່າ​ນີ້​ເປັນ​ຜິດ​ຖ້າ​ຫາກ​ວ່າ​ທ່ານ​ບໍ່​ຕ້ອງ​ການ​ທີ່​ຈະ​ສະ​ແດງ​ຊື່ ID ຂອງ​ລໍາ​ດັບ​ມາດ​ຕະ​ຖານ​
ຄ່າ: Y

- ລາຍ​ລະ​ອຽດ​ ປຸ້ຍ
ຕັ້ງຄ່ານີ້ເປັນຜິດ ຖ້າເຈົ້າບໍ່ຕ້ອງການສະແດງລາຍລະອຽດຂອງລຳດັບ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Y

- ຊົດເຊີຍ integer
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1

-html ປຸ້ຍ
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: N

ໃຊ້ remape ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net