ງ່າຍດາຍ - ອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

ງ່າຍດາຍ - array-based kmer counter ທີ່ຈະແຈ້ງ

ສະຫຼຸບສັງລວມ

ງ່າຍດາຍ [-f|-r|-C] [-c compression] [-m mersize] -i ການປ້ອນຂໍ້ມູນ -o output

ລາຍລະອຽດ

ງ່າຍດາຍ ເປັນ counter mer ງ່າຍດາຍຫຼາຍ. ມັນຈັດສັນ array 32-bit ຂະໜາດໃຫຍ່, populates the
array ກັບ mers, ຄັດ, ແລະຂຽນຜົນໄດ້ຮັບ. ມັນຈະຈັດສັນ 4 bytes ຕໍ່ກິໂລແມັດ. k=16
ຈະຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີ 16 GB ເພື່ອດໍາເນີນການ.

OPTIONS

-i ການປ້ອນຂໍ້ມູນ

-o output

-m mersize
ຂະຫນາດ mer. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 22

-f forward kmer (ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ)

-r reverse kmer

-C kmer canonical (lexicographically ນ້ອຍກວ່າຂອງ kmer ຂ້າງຫນ້າແລະ reverse ໃນແຕ່ລະ
ສະຖານທີ່)

-c # mer compression

ໃຊ້ອອນໄລນ໌ແບບງ່າຍດາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net