vcftools - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

vcftools - ວິເຄາະໄຟລ໌ VCF

ສະຫຼຸບສັງລວມ

vcfools [OPTIONS]

ລາຍລະອຽດ

ໂປຣແກຣມ vcftools ແມ່ນແລ່ນຈາກເສັ້ນຄຳສັ່ງ. ການໂຕ້ຕອບແມ່ນໄດ້ຮັບການດົນໃຈໂດຍ PLINK, ແລະ
ສະນັ້ນຄວນຈະຄຸ້ນເຄີຍກັບຜູ້ໃຊ້ຊຸດນັ້ນສ່ວນໃຫຍ່. ຄໍາສັ່ງມີຮູບແບບດັ່ງຕໍ່ໄປນີ້:

vcftools --vcf file1.vcf --chr 20 --freq

ຄໍາສັ່ງຂ້າງເທິງນີ້ບອກ vcftools ທີ່ຈະອ່ານໃນໄຟລ໌ file1.vcf, ສະກັດສະຖານທີ່ຢູ່ໃນ
chromosome 20, ແລະຄິດໄລ່ຄວາມຖີ່ຂອງ allele ຢູ່ແຕ່ລະບ່ອນ. allele ຜົນໄດ້ຮັບ
ການຄາດຄະເນຄວາມຖີ່ຈະຖືກເກັບໄວ້ໃນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ, out.freq. ດັ່ງໃນຕົວຢ່າງຂ້າງເທິງ,
ຜົນຜະລິດຈາກ vcftools ສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນຖືກສົ່ງໄປຫາໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ, ກົງກັນຂ້າມກັບການສະແດງຢູ່ໃນ
ຫນ້າຈໍ.

ກະລຸນາຮັບຊາບວ່າບາງຄຳສັ່ງອາດມີຢູ່ໃນ vcftools ເວີຊັນຫຼ້າສຸດເທົ່ານັ້ນ. ເພື່ອໃຫ້ໄດ້ຮັບ
ຮຸ່ນຫຼ້າສຸດ, ທ່ານຄວນໃຊ້ SVN ເພື່ອກວດສອບລະຫັດຫຼ້າສຸດ, ດັ່ງທີ່ອະທິບາຍໄວ້ໃນ
ຫນ້າທໍາອິດ.

ກະລຸນາຮັບຊາບວ່າ genotypes polyploid ຍັງບໍ່ໄດ້ຮັບການສະຫນັບສະຫນູນໃນປັດຈຸບັນ.

ພື້ນຖານ ທາງເລືອກໃນການ
--vcf
ຕົວເລືອກນີ້ກໍານົດໄຟລ໌ VCF ທີ່ຈະດໍາເນີນການ. ໄຟລ໌ຈໍາເປັນຕ້ອງຖືກບີບອັດ
ກ່ອນທີ່ຈະໃຊ້ກັບ vcftools. vcftools ຄາດວ່າໄຟລ໌ໃນຮູບແບບ VCF v4.0, a
ສະ​ເພາະ​ຂອງ​ທີ່​ສາ​ມາດ​ພົບ​ເຫັນ​ຢູ່​ທີ່​ນີ້​.

--gzvcf
ຕົວເລືອກນີ້ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ແທນທາງເລືອກ --vcf ເພື່ອອ່ານການບີບອັດ (gzipped)
ໄຟລ໌ VCF ໂດຍກົງ. ໃຫ້ສັງເກດວ່າທາງເລືອກນີ້ສາມາດຂ້ອນຂ້າງຊ້າເມື່ອໃຊ້ກັບຂະຫນາດໃຫຍ່
ໄຟລ໌.

--ອອກ
ທາງ​ເລືອກ​ນີ້​ກໍາ​ນົດ​ຄໍາ​ນໍາ​ຫນ້າ​ໄຟລ​໌​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ສໍາ​ລັບ​ໄຟລ​໌​ທັງ​ຫມົດ​ທີ່​ສ້າງ​ໂດຍ vcftools​.
ຕົວຢ່າງ, ຖ້າ ຖືກຕັ້ງເປັນ output_filename, ຫຼັງຈາກນັ້ນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທັງຫມົດຈະເປັນ
ຂອງແບບຟອມ output_filename.*** . ຖ້າຕົວເລືອກນີ້ຖືກລະເວັ້ນ, ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທັງຫມົດຈະ
ມີຄໍານໍາຫນ້າ 'ອອກ.'.

ເວັບໄຊ ການ​ກັ່ນ​ຕອງ ທາງເລືອກໃນການ
--chr
ພຽງແຕ່ປະມວນຜົນສະຖານທີ່ທີ່ມີການຈັບຄູ່ຕົວລະບຸໂຄໂມໂຊມ

--from-bp

--to-bp
ຕົວເລືອກເຫຼົ່ານີ້ກໍານົດຂອບເຂດທາງດ້ານຮ່າງກາຍຂອງສະຖານທີ່ຈະຖືກປະມວນຜົນ. ສະຖານທີ່ນອກ
ຂອງຊ່ວງນີ້ຈະຖືກຍົກເວັ້ນ. ທາງເລືອກເຫຼົ່ານີ້ພຽງແຕ່ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ຮ່ວມກັບ
--chr.

--snp
ຮວມ SNP(s) ກັບ ID ທີ່ກົງກັນ. ຄໍາສັ່ງນີ້ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ຫຼາຍຄັ້ງໃນຄໍາສັ່ງ
ເພື່ອປະກອບມີຫຼາຍກວ່າຫນຶ່ງ SNP.

--snps
ລວມເອົາລາຍຊື່ຂອງ SNPs ທີ່ມອບໃຫ້ຢູ່ໃນໄຟລ໌. ໄຟລ໌ຄວນມີລາຍຊື່ຂອງ SNP IDs,
ດ້ວຍໜຶ່ງ ID ຕໍ່ແຖວ.

--ຍົກເວັ້ນ
ບໍ່ລວມເອົາລາຍຊື່ຂອງ SNPs ທີ່ໃຫ້ຢູ່ໃນໄຟລ໌. ໄຟລ໌ຄວນມີລາຍຊື່ຂອງ SNP IDs,
ດ້ວຍໜຶ່ງ ID ຕໍ່ແຖວ.

--ຕໍາ​ແຫນ່ງ​
ລວມເອົາຊຸດຂອງສະຖານທີ່ບົນພື້ນຖານຂອງບັນຊີລາຍຊື່ຂອງຕໍາແຫນ່ງ. ແຕ່ລະສາຍຂອງວັດສະດຸປ້ອນ
ໄຟລ໌ຄວນມີໂຄໂມໂຊມ (ແຍກແຖບ) ແລະຕໍາແໜ່ງ. ໄຟລ໌ຄວນ
ມີເສັ້ນຫົວ. ສະຖານທີ່ທີ່ບໍ່ລວມຢູ່ໃນບັນຊີລາຍຊື່ແມ່ນໄດ້ຖືກຍົກເວັ້ນ.

--ຕຽງ

--ຍົກເວັ້ນ-ຕຽງ
ຮວມ ຫຼືຍົກເວັ້ນຊຸດຂອງເວັບໄຊບົນພື້ນຖານຂອງໄຟລ໌ BED. ພຽງແຕ່ສາມຄັ້ງທໍາອິດ
ຖັນ (chrom, chromStart ແລະ chromEnd) ແມ່ນຕ້ອງການ. ໄຟລ໌ BED ຄວນມີ a
ແຖວຫົວ.

--remove-filtered-ທັງໝົດ

--remove-filtered

--keep-filtered
ຕົວເລືອກເຫຼົ່ານີ້ຖືກໃຊ້ເພື່ອກັ່ນຕອງເວັບໄຊບົນພື້ນຖານຂອງທຸງ FILTER ຂອງເຂົາເຈົ້າ. ໄດ້
ທາງ​ເລືອກ​ທໍາ​ອິດ​ລົບ​ທຸກ​ເວັບ​ໄຊ​ທີ່​ມີ​ທຸງ FILTER. ທາງເລືອກທີສອງສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອ
ຍົກເວັ້ນເວັບໄຊທີ່ມີທຸງການກັ່ນຕອງສະເພາະ. ທາງເລືອກທີສາມສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອເລືອກ
ສະຖານທີ່ບົນພື້ນຖານຂອງທຸງການກັ່ນຕອງສະເພາະ. ທາງເລືອກທີສອງແລະທີສາມສາມາດເປັນ
ໃຊ້ຫຼາຍຄັ້ງເພື່ອລະບຸຕົວກອງຫຼາຍອັນ. ທາງເລືອກ --keep-filtered ແມ່ນ
ນຳໃຊ້ກ່ອນຕົວເລືອກ --remove-filtered.

--minQ
ຮວມເອົາສະເພາະເວັບໄຊທ໌ທີ່ມີຄຸນນະພາບເກີນຂອບເຂດນີ້.

--min-meanDP

--max-meanDP
ລວມເອົາເວັບໄຊທ໌ທີ່ມີຄວາມເລິກສະເລ່ຍພາຍໃນຂອບເຂດທີ່ກໍານົດໄວ້ໂດຍທາງເລືອກເຫຼົ່ານີ້.

--maf

--max-maf
ຮວມເອົາສະເພາະເວັບໄຊທ໌ທີ່ມີຄວາມຖີ່ Allele ໜ້ອຍ ພາຍໃນຂອບເຂດທີ່ລະບຸ.

--ບໍ່ອ້າງອີງ af

--max-non-ref-af
ຮວມເອົາສະເພາະເວັບໄຊທ໌ທີ່ມີຄວາມຖີ່ Allele ທີ່ບໍ່ອ້າງອີງພາຍໃນຂອບເຂດທີ່ລະບຸ.

--ສີ
ປະເມີນສະຖານທີ່ສໍາລັບ Hardy-Weinberg Equilibrium ໂດຍໃຊ້ການທົດສອບທີ່ແນ່ນອນ, ຕາມທີ່ກໍານົດໂດຍ
Wigginton, Cutler ແລະ Abecasis (2005). ເວັບໄຊທີ່ມີ p-value ຕໍ່າກວ່າເກນ
ກໍານົດໂດຍທາງເລືອກນີ້ໄດ້ຖືກປະຕິບັດເພື່ອອອກຈາກ HWE, ແລະດັ່ງນັ້ນຈຶ່ງຖືກຍົກເວັ້ນ.

--geno
ຍົກເວັ້ນສະຖານທີ່ບົນພື້ນຖານຂອງອັດຕາສ່ວນຂອງຂໍ້ມູນທີ່ຂາດຫາຍໄປ (ກໍານົດໃຫ້ຢູ່ລະຫວ່າງ
0 ແລະ 1).

--ນາທີ-alleles

--max-alleles
ລວມເອົາພຽງແຕ່ເວັບໄຊທ໌ທີ່ມີຈໍານວນ alleles ພາຍໃນຂອບເຂດທີ່ກໍານົດໄວ້. ສໍາລັບ
ຕົວຢ່າງ, ເພື່ອປະກອບມີພຽງແຕ່ເວັບໄຊທ໌ bi-allelic, ຫນຶ່ງສາມາດນໍາໃຊ້:

vcftools --vcf file1.vcf --min-alleles 2 --max-alleles 2

--ຫນ້າ​ກາກ

--invert-mask

-- ໜ້າກາກ-ນາທີ
ລວມເອົາເວັບໄຊທ໌ບົນພື້ນຖານຂອງໄຟລ໌ທີ່ຄ້າຍຄື FASTA. ໄຟລ໌ທີ່ສະໜອງໃຫ້ປະກອບມີ a
ລໍາດັບຂອງຕົວເລກຈໍານວນເຕັມ (ລະຫວ່າງ 0 ແລະ 9) ສໍາລັບແຕ່ລະຕໍາແໜ່ງຂອງໂຄໂມໂຊມທີ່
ລະບຸວ່າສະຖານທີ່ໃດໜຶ່ງຢູ່ໃນຕຳແໜ່ງນັ້ນຄວນຈະຖືກກັ່ນຕອງຫຼືບໍ່. ໄຟລ໌ຫນ້າກາກຕົວຢ່າງ
ເບິ່ງຄືວ່າ:

>1
0000011111222 ...

ໃນຕົວຢ່າງນີ້, ສະຖານທີ່ຢູ່ໃນໄຟລ໌ VCF ທີ່ຕັ້ງຢູ່ພາຍໃນ 5 ຖານທໍາອິດຂອງ
ການເລີ່ມຕົ້ນຂອງໂຄໂມໂຊມ 1 ຈະຖືກເກັບຮັກສາໄວ້, ໃນຂະນະທີ່ສະຖານທີ່ຢູ່ຕຳແໜ່ງ 6 ເປັນຕົ້ນໄປ
ກັ່ນຕອງອອກ. ຈຳນວນເຕັມທີ່ກຳນົດວ່າເວັບໄຊຖືກກັ່ນຕອງຫຼືບໍ່ແມ່ນ
ຕັ້ງໂດຍໃຊ້ຕົວເລືອກ --mask-min, ເຊິ່ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນເປັນ 0. ໂຄໂມໂຊມທີ່ມີຢູ່ໃນ
ໄຟລ໌ຫນ້າກາກຕ້ອງໄດ້ຮັບການຈັດຮຽງຢູ່ໃນລໍາດັບດຽວກັນກັບໄຟລ໌ VCF. ທາງເລືອກ --mask
ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອລະບຸໄຟລ໌ຫນ້າກາກທີ່ຈະນໍາໃຊ້, ໃນຂະນະທີ່ທາງເລືອກ --invert-mask ສາມາດ
ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອກໍານົດໄຟລ໌ຫນ້າກາກທີ່ຈະ inverted ກ່ອນທີ່ຈະຖືກນໍາໃຊ້.

ບຸກຄົນ ການກັ່ນຕອງ
--indv
ກໍານົດບຸກຄົນທີ່ຈະເກັບຮັກສາໄວ້ໃນການວິເຄາະ. ທາງເລືອກນີ້ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ຫຼາຍ
ເວລາທີ່ຈະລະບຸບຸກຄົນຫຼາຍ.

--ຮັກສາ
ສະໜອງໄຟລ໌ທີ່ມີລາຍຊື່ຂອງບຸກຄົນທີ່ຈະປະກອບເຂົ້າໃນການວິເຄາະຕໍ່ມາ.
ແຕ່ລະ ID ບຸກຄົນ (ຕາມທີ່ໄດ້ກໍານົດໄວ້ໃນຫົວຂໍ້ VCF) ຄວນຖືກລວມຢູ່ໃນ a
ເສັ້ນ​ແຍກ​ຕ່າງ​ຫາກ​.

--remove-indv
ກໍານົດບຸກຄົນທີ່ຈະເອົາອອກຈາກການວິເຄາະ. ທາງເລືອກນີ້ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້
ຫຼາຍຄັ້ງເພື່ອລະບຸບຸກຄົນຫຼາຍ. ຖ້າທາງເລືອກ --indv ແມ່ນຄືກັນ
ລະບຸໄວ້, ຫຼັງຈາກນັ້ນທາງເລືອກ --indv ຖືກປະຕິບັດກ່ອນທາງເລືອກ --remove-indv.

-- ເອົາອອກ
ສະໜອງໄຟລ໌ທີ່ມີລາຍຊື່ບຸກຄົນເພື່ອຍົກເວັ້ນໃນການວິເຄາະຕໍ່ໄປ.
ແຕ່ລະ ID ບຸກຄົນ (ຕາມທີ່ໄດ້ກໍານົດໄວ້ໃນຫົວຂໍ້ VCF) ຄວນຖືກລວມຢູ່ໃນ a
ເສັ້ນ​ແຍກ​ຕ່າງ​ຫາກ​. ຖ້າທັງສອງທາງເລືອກ --keep ແລະ --remove ຖືກນໍາໃຊ້, ຫຼັງຈາກນັ້ນ
--keep option ແມ່ນປະຕິບັດກ່ອນຕົວເລືອກ --remove.

--mon-indv-meanDP

--max-indv-meanDP
ຄິດ​ໄລ່​ຄ່າ​ປົກ​ຄອງ​ສະ​ເລ່ຍ​ເປັນ​ພື້ນ​ຖານ​ຂອງ​ບຸກ​ຄົນ​. ສະເພາະບຸກຄົນທີ່ມີ
ການ​ຄຸ້ມ​ຄອງ​ພາຍ​ໃນ​ຂອບ​ເຂດ​ທີ່​ລະ​ບຸ​ໄວ້​ໂດຍ​ທາງ​ເລືອກ​ເຫຼົ່າ​ນີ້​ແມ່ນ​ລວມ​ຢູ່​ໃນ​ຕໍ່​ມາ​
ການວິເຄາະ.

--ໃຈ
ກໍານົດຂອບເຂດອັດຕາການໂທຕໍາ່ສຸດສໍາລັບແຕ່ລະບຸກຄົນ.

-- ໄລຍະ
ຫນ້າທໍາອິດຍົກເວັ້ນບຸກຄົນທັງຫມົດທີ່ມີ genotypes ທັງຫມົດ unphased, ແລະຕໍ່ມາ
ບໍ່ລວມທຸກເວັບໄຊທີ່ມີ genotypes ທີ່ບໍ່ມີໄລຍະ. ດັ່ງນັ້ນຂໍ້ມູນທີ່ຍັງເຫຼືອແມ່ນປະກອບດ້ວຍ
ຂອງຂໍ້ມູນໄລຍະເທົ່ານັ້ນ.

Genotype ການກັ່ນຕອງ
--remove-filtered-geno-all

--remove-filtered-geno
ທາງ​ເລືອກ​ທໍາ​ອິດ​ລົບ genotypes ທັງ​ຫມົດ​ທີ່​ມີ​ທຸງ FILTER. ທາງເລືອກທີສອງສາມາດເປັນ
ໃຊ້ເພື່ອຍົກເວັ້ນ genotypes ດ້ວຍທຸງການກັ່ນຕອງສະເພາະ.

--minGQ
ບໍ່ລວມທຸກ genotypes ທີ່ມີຄຸນນະພາບຕໍ່າກວ່າເກນທີ່ລະບຸໄວ້ໂດຍຕົວເລືອກນີ້
(GQ).

--minDP
ບໍ່ລວມທຸກ genotypes ທີ່ມີຄວາມເລິກຕາມລໍາດັບຂ້າງລຸ່ມນີ້ທີ່ລະບຸໄວ້ໂດຍທາງເລືອກນີ້
(DP)

ຜົນຜະລິດ ສະຖິຕິ
--ຄວາມຖີ່

--ນັບ

--freq2

--ນັບ 2
ຂໍ້ມູນຄວາມຖີ່ຂອງແຕ່ລະບ່ອນອອກ. The --freq ຜົນໄດ້ຮັບຄວາມຖີ່ຂອງ allele ໃນ a
ໄຟລ໌ທີ່ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.frq'. ຕົວເລືອກ --counts ສົ່ງອອກໄຟລ໌ທີ່ຄ້າຍຄືກັນກັບ
suffix '.frq.count', ທີ່ປະກອບດ້ວຍການນັບ allele ດິບໃນແຕ່ລະເວັບໄຊ. The --freq2
ແລະຕົວເລືອກ --count2 ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອສະກັດກັ້ນຂໍ້ມູນ allele ໃນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ. ໃນ
ໃນ​ກໍ​ລະ​ນີ​ນີ້​, ຄໍາ​ສັ່ງ​ຂອງ freqs/counts ແມ່ນ​ຂຶ້ນ​ກັບ​ການ​ຈໍາ​ນວນ​ໃນ​ໄຟລ​໌ VCF ໄດ້​.

-- ຄວາມ​ເລິກ
ສ້າງໄຟລ໌ທີ່ມີຄວາມເລິກສະເລ່ຍຕໍ່ບຸກຄົນ. ໄຟລ໌ນີ້ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ
'.ຄວາມເລິກ'.

--ຄວາມ​ເລິກ​ຂອງ​ເວັບ​ໄຊ

--site-mean-depth
ສ້າງໄຟລ໌ທີ່ມີຄວາມເລິກຕໍ່ເວັບໄຊ. ທາງເລືອກ --site-depth outputs the
ຄວາມເລິກສໍາລັບແຕ່ລະເວັບໄຊທ໌ລວມຢູ່ໃນບຸກຄົນ. ໄຟລ໌ນີ້ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.ldepth'.
ເຊັ່ນດຽວກັນ, --site-mean-depth outputs the mean depth for each site, and the
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.ldepth.mean'.

--ຄວາມ​ເລິກ geno
ສ້າງໄຟລ໌ (ອາດຈະເປັນຂະຫນາດໃຫຍ່ຫຼາຍ) ທີ່ມີຄວາມເລິກສໍາລັບແຕ່ລະ genotype ໃນ
ໄຟລ໌ VCF. ລາຍການທີ່ຂາດຫາຍໄປແມ່ນໃຫ້ຄ່າ -1. ໄຟລ໌ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ
'.gdepth'.

--site-quality
ສ້າງໄຟລ໌ທີ່ມີຄຸນະພາບ SNP ຕໍ່ເວັບໄຊ, ດັ່ງທີ່ພົບໃນຖັນ QUAL
ຂອງໄຟລ໌ VCF. ໄຟລ໌ນີ້ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.lqual'.

--ເຮດ ຄິດໄລ່ມາດຕະການຂອງ heterozygosity ບົນພື້ນຖານຂອງບຸກຄົນ. ໂດຍສະເພາະ, ໄດ້
ຕົວຄູນ inbreeding, F, ແມ່ນຄາດຄະເນສໍາລັບແຕ່ລະບຸກຄົນໂດຍໃຊ້ວິທີການຂອງ
ຊ່ວງເວລາ. ໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.het'.

--ແຂງ
ລາຍງານ p-value ສໍາລັບແຕ່ລະເວັບໄຊຈາກການທົດສອບຄວາມສົມດຸນຂອງ Hardy-Weinberg (ຕາມທີ່ໄດ້ກໍານົດໄວ້.
ໂດຍ Wigginton, Cutler ແລະ Abecasis (2005)). ໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບ (ມີ suffix '.hwe')
ຍັງມີຕົວເລກທີ່ສັງເກດໄດ້ຂອງ Homozygotes ແລະ Heterozygotes ແລະ
ຕົວເລກທີ່ຄາດໄວ້ທີ່ສອດຄ້ອງກັນພາຍໃຕ້ HWE.

--ຫາຍ
ສ້າງສອງໄຟລ໌ທີ່ລາຍງານຄວາມຂາດຫາຍໄປໃນແຕ່ລະບຸກຄົນ ແລະຕໍ່ເວັບໄຊ
ພື້ນຖານ. ທັງສອງໄຟລ໌ມີ '.imiss' ແລະ '.lmiss' ຕາມລໍາດັບ.

--hap-r2

--geno-r2

--ld-window

--ld-window-bp

--ນາທີ-r2
ທາງເລືອກເຫຼົ່ານີ້ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອລາຍງານສະຖິຕິ Linkage Disequilibrium (LD) ເປັນ
ສະຫຼຸບໂດຍສະຖິຕິ r2. ທາງເລືອກ --hap-r2 ແຈ້ງໃຫ້ vcftools ຜົນຜະລິດ a
ໄຟລ໌ລາຍງານສະຖິຕິ r2 ໂດຍໃຊ້ haplotypes phased. ນີ້ແມ່ນປະເພນີ
ການວັດແທກ LD ມັກຈະລາຍງານຢູ່ໃນວັນນະຄະດີພັນທຸກໍາປະຊາກອນ. ຖ້າໄລຍະ
haplotypes ແມ່ນບໍ່ສາມາດໃຊ້ໄດ້ຫຼັງຈາກນັ້ນທາງເລືອກ --geno-r2 ອາດຈະຖືກນໍາໃຊ້, ເຊິ່ງຄິດໄລ່
ຄ່າສໍາປະສິດຄວາມສຳພັນສອງເທົ່າລະຫວ່າງ genotypes ທີ່ເຂົ້າລະຫັດເປັນ 0, 1 ແລະ 2 ຫາ
ເປັນຕົວແທນຂອງຈໍານວນຂອງ alleles ທີ່ບໍ່ແມ່ນອ້າງອີງໃນແຕ່ລະຄົນ. ອັນນີ້ຄືກັນ
ດັ່ງທີ່ມາດຕະການ LD ລາຍງານໂດຍ PLINK. ສະບັບ haplotype ສົ່ງອອກໄຟລ໌ທີ່ມີ
suffix '.hap.ld', ໃນຂະນະທີ່ genotype ສະບັບອອກໄຟລ໌ທີ່ມີຄໍາຕໍ່ທ້າຍ.
'.geno.ld'. ສະບັບ haplotype ຫມາຍເຖິງທາງເລືອກ --phased.

ທາງເລືອກ --ld-window ກໍານົດການແຍກ SNP ສູງສຸດສໍາລັບການຄິດໄລ່ຂອງ
LD. ເຊັ່ນດຽວກັນ, ທາງເລືອກ --ld-window-bp ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອກໍານົດຄ່າທາງດ້ານຮ່າງກາຍສູງສຸດ
ການແຍກ SNPs ລວມຢູ່ໃນການຄິດໄລ່ LD. ສຸດທ້າຍ, --min-r2 ກໍານົດ a
ຄ່າຕໍ່າສຸດສໍາລັບ r2 ຂ້າງລຸ່ມນີ້ທີ່ສະຖິຕິ LD ບໍ່ໄດ້ຖືກລາຍງານ.

--SNPdnsity
ຄິດໄລ່ຈໍານວນແລະຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງ SNPs ໃນຖັງຂອງຂະຫນາດທີ່ກໍານົດໄວ້ໂດຍທາງເລືອກນີ້.
ໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ມີຄໍາຕໍ່ທ້າຍ '.snpden'.

--TsTv
ຄິດ​ໄລ່​ອັດ​ຕາ​ສ່ວນ​ການ​ຫັນ​ປ່ຽນ / ການ​ປ່ຽນ​ແປງ​ໃນ bins ຂອງ​ຂະ​ຫນາດ​ທີ່​ກໍາ​ນົດ​ໂດຍ​ນີ້​
ທາງເລືອກ. ໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ມີຄໍາຕໍ່ທ້າຍ '.TsTv'. ບົດສະຫຼຸບກໍ່ແມ່ນ
ສະໜອງໃຫ້ຢູ່ໃນໄຟລ໌ທີ່ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.TsTv.summary'.

--FILTER-ສະຫຼຸບ
ສ້າງບົດສະຫຼຸບຂອງຈໍານວນ SNPs ແລະອັດຕາສ່ວນ Ts/Tv ສໍາລັບແຕ່ລະປະເພດການກັ່ນຕອງ.
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.FILTER.summary.

--filtered-sites
ສ້າງສອງໄຟລ໌ລາຍຊື່ເວັບໄຊທ໌ທີ່ຖືກເກັບໄວ້ຫຼືເອົາອອກຫຼັງຈາກການກັ່ນຕອງ. ໄດ້
ໄຟລ໌ທໍາອິດ, ດ້ວຍຄໍາຕໍ່ທ້າຍ '.kept.sites', ລາຍຊື່ສະຖານທີ່ເກັບຮັກສາໄວ້ໂດຍ vcftools ຫຼັງຈາກການກັ່ນຕອງ
ໄດ້​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​. ໄຟລ໌ທີສອງ, ດ້ວຍຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.removed.sites', ລາຍຊື່ເວັບໄຊ
ເອົາອອກໂດຍການກັ່ນຕອງທີ່ນໍາໃຊ້.

--ໂສດ
ທາງເລືອກນີ້ຈະສ້າງໄຟລ໌ລາຍລະອຽດສະຖານທີ່ຂອງ singletons, ແລະ
ສ່ວນບຸກຄົນທີ່ເຂົາເຈົ້າເກີດຂຶ້ນໃນ. ເອກະສານລາຍງານທັງສອງ singletons ທີ່ແທ້ຈິງ, ແລະເອກະຊົນ
doubletons (ie SNPs ທີ່ allele ເລັກນ້ອຍເກີດຂຶ້ນໃນບຸກຄົນດຽວແລະ
ບຸກຄົນນັ້ນແມ່ນ homozygotic ສໍາລັບ allele ນັ້ນ). ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດມີຄໍາຕໍ່ທ້າຍ
'.ໂສດ'.

--site-pi

--window-pi
ຕົວເລືອກເຫຼົ່ານີ້ຖືກໃຊ້ເພື່ອປະເມີນລະດັບຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງ nucleotide. ທາງເລືອກທໍາອິດ
ເຮັດອັນນີ້ບົນພື້ນຖານແຕ່ລະເວັບໄຊ, ແລະໄຟລ໌ຜົນຜະລິດມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.sites.pi'. ໄດ້
ທາງເລືອກທີສອງຄິດໄລ່ຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງ nucleotide ໃນປ່ອງຢ້ຽມ, ດ້ວຍຂະຫນາດປ່ອງຢ້ຽມ
ກໍານົດຢູ່ໃນການໂຕ້ຖຽງທາງເລືອກ. ຜົນຜະລິດສໍາລັບຕົວເລືອກນີ້ມີຄໍາຕໍ່ທ້າຍ
'.windowed.pi'. ສະບັບ windowed ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີຂໍ້ມູນ phased, ແລະເພາະສະນັ້ນການນໍາໃຊ້ນີ້
ທາງເລືອກຫມາຍເຖິງທາງເລືອກ --phased.

ຜົນຜະລິດ in ອື່ນ ໆ ຮູບແບບ
--O12 ທາງ​ເລືອກ​ນີ້​ສົ່ງ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ຕະ​ພັນ​ເປັນ​ເມ​ຕ​ຣິກ​ຂະ​ຫນາດ​ໃຫຍ່​. ສາມໄຟລ໌ແມ່ນຜະລິດ. ໄດ້
ທຳອິດ, ດ້ວຍຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.012', ມີ genotypes ຂອງແຕ່ລະບຸກຄົນຢູ່ແຍກຕ່າງຫາກ.
ສາຍ. Genotypes ແມ່ນສະແດງເປັນ 0, 1 ແລະ 2, ບ່ອນທີ່ຕົວເລກເປັນຕົວແທນ
ຈໍານວນຂອງ alleles ທີ່ບໍ່ແມ່ນອ້າງອີງ. genotypes ທີ່ຂາດຫາຍໄປແມ່ນສະແດງໂດຍ -1. ໄດ້
ໄຟລ໌ທີສອງ, ພ້ອມກັບຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.012.indv' ລາຍລະອຽດຂອງບຸກຄົນລວມຢູ່ໃນຫຼັກ
ໄຟລ໌. ໄຟລ໌ທີສາມ, ມີ suffix '.012.pos' ລາຍລະອຽດສະຖານທີ່ເວັບໄຊທ໌ລວມຢູ່ໃນ
ໄຟລ໌ຕົ້ນຕໍ.

--IMPUTE
ຕົວເລືອກນີ້ສົ່ງຜົນຂອງ haplotypes ທີ່ເປັນໄລຍະໃນຮູບແບບແຜງອ້າງອີງ IMPUTE. ເປັນ IMPUTE
ຮຽກ​ຮ້ອງ​ໃຫ້​ມີ​ຂໍ້​ມູນ phased​, ການ​ນໍາ​ໃຊ້​ທາງ​ເລືອກ​ນີ້​ຍັງ​ຫມາຍ​ຄວາມ​ວ່າ --phased​. ບໍ່ມີໄລຍະ
ດັ່ງນັ້ນ, ບຸກຄົນ ແລະ genotypes ຈຶ່ງຖືກຍົກເວັ້ນ. ມີພຽງແຕ່ສະຖານທີ່ bi-allelic ເທົ່ານັ້ນ
ລວມຢູ່ໃນຜົນຜະລິດ. ການນໍາໃຊ້ທາງເລືອກນີ້ສ້າງສາມໄຟລ໌. IMPUTE
ໄຟລ໌ haplotype ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.impute.hap', ແລະໄຟລ໌ນິທານ IMPUTE ມີ
ຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.impute.hap.legend'. ໄຟລ໌ທີສາມ, ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.impute.hap.indv',
ລາຍລະອຽດບຸກຄົນລວມຢູ່ໃນໄຟລ໌ haplotype, ເຖິງແມ່ນວ່າໄຟລ໌ນີ້ບໍ່ແມ່ນ
ຕ້ອງການໂດຍ IMPUTE.

--ldhat

--ldhat-geno
ຕົວເລືອກເຫຼົ່ານີ້ສົ່ງຂໍ້ມູນອອກໃນຮູບແບບ LDhat. ການນໍາໃຊ້ທາງເລືອກເຫຼົ່ານີ້ຍັງຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີ
--chr ທາງເລືອກທີ່ຈະນໍາໃຊ້. ທາງເລືອກ --ldhat ສົ່ງອອກຂໍ້ມູນ phased ເທົ່ານັ້ນ, ແລະດັ່ງນັ້ນ
ຍັງຫມາຍຄວາມວ່າ --phased, ນໍາໄປສູ່ການ unphased ບຸກຄົນແລະ genotypes ເປັນ
ຍົກເວັ້ນ. ອີກທາງເລືອກ, ທາງເລືອກ --ldhat-geno ປະຕິບັດຂໍ້ມູນທັງຫມົດເປັນ
unphased, ແລະດັ່ງນັ້ນຈຶ່ງສົ່ງໄຟລ໌ LDhat ໃນຮູບແບບ genotype/unphased. ໃນບໍ່ວ່າຈະ
ກໍ​ລະ​ນີ, ສອງ​ໄຟລ​໌​ແມ່ນ​ໄດ້​ຖືກ​ສ້າງ​ຂຶ້ນ​ດ້ວຍ​ຄໍາ​ຕໍ່​ທ້າຍ '.ldhat.sites' ແລະ '.ldhat.locs',
ເຊິ່ງກົງກັບໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ LDhat 'sites' ແລະ 'locs' ຕາມລໍາດັບ.

--BEAGLE-GL
ຕົວເລືອກນີ້ໃຫ້ຂໍ້ມູນຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງ genotype ສໍາລັບການປ້ອນເຂົ້າໄປໃນ BEAGLE
ໂຄງການ. ຕົວເລືອກນີ້ຕ້ອງການໄຟລ໌ VCF ເພື່ອບັນຈຸແທັກ FORMAT GL, ເຊິ່ງສາມາດ
ໂດຍທົ່ວໄປແລ້ວຈະເປັນຜົນຜະລິດໂດຍຜູ້ໂທ SNP ເຊັ່ນ GATK. ການນໍາໃຊ້ທາງເລືອກນີ້ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ມີ a
ໂຄໂມໂຊມທີ່ຈະຖືກກໍານົດໂດຍຜ່ານທາງເລືອກ --chr. ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຜົນໄດ້ຮັບ (ມີ
ຄໍາຕໍ່ທ້າຍ '.BEAGLE.GL') ປະກອບມີຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງ genotype ສໍາລັບສະຖານທີ່ biallelic, ແລະແມ່ນ
ເຫມາະສໍາລັບການປ້ອນເຂົ້າໄປໃນ BEAGLE ຜ່ານ 'like=' argument.

--plink
ຕົວເລືອກນີ້ສົ່ງຂໍ້ມູນ genotype ໃນຮູບແບບ PLINK PED. ສອງ​ໄຟລ​໌​ໄດ້​ຖືກ​ສ້າງ​ຂຶ້ນ​,
ດ້ວຍຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.ped' ແລະ '.map'. ໃຫ້ສັງເກດວ່າພຽງແຕ່ loci bi-allelic ຈະເປັນຜົນຜະລິດ.
ລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມຂອງໄຟລ໌ເຫຼົ່ານີ້ສາມາດພົບໄດ້ໃນເອກະສານ PLINK.

ຫມາຍເຫດ: ທາງເລືອກນີ້ສາມາດຊ້າຫຼາຍໃນຊຸດຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່. ການນໍາໃຊ້ທາງເລືອກ --chr ກັບ
ແນະນໍາໃຫ້ແບ່ງຊຸດຂໍ້ມູນ.

--plink-tped
ທາງເລືອກ --plink ຂ້າງເທິງສາມາດຊ້າທີ່ສຸດກ່ຽວກັບຊຸດຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່. ທາງເລືອກ
ທີ່ອາດຈະໄວກວ່າຫຼາຍແມ່ນການສົ່ງອອກໃນຮູບແບບ PLINK transposed.
ນີ້ສາມາດບັນລຸໄດ້ໂດຍໃຊ້ທາງເລືອກ --plink-tped, ເຊິ່ງຜະລິດສອງໄຟລ໌ທີ່ມີ
ຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.tped' ແລະ '.tfam'.

--recode
ທາງເລືອກ --recode ແມ່ນໃຊ້ເພື່ອສ້າງໄຟລ໌ VCF ຈາກໄຟລ໌ VCF ທີ່ປ້ອນເຂົ້າ
ນຳໃຊ້ຕົວເລືອກທີ່ຜູ້ໃຊ້ກຳນົດໄວ້. ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດມີຄໍາຕໍ່ທ້າຍ
'.recode.vcf'.

ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ຊ່ອງຂໍ້ມູນຂໍ້ມູນຈະຖືກລຶບອອກຈາກໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ, ເປັນຄ່າ INFO
ອາດຈະບໍ່ຖືກຕ້ອງໂດຍການ recoding (ເຊັ່ນ: ຄວາມເລິກທັງຫມົດອາດຈະຕ້ອງການ
ຄິດໄລ່ຄືນໃຫມ່ຖ້າບຸກຄົນຖືກໂຍກຍ້າຍ). ການທໍາງານເລີ່ມຕົ້ນນີ້ສາມາດເປັນ
overridden ໂດຍໃຊ້ --keep-INFO ທາງເລືອກ, ບ່ອນທີ່ ກໍານົດ
ລະຫັດຂໍ້ມູນເພື່ອເກັບໄວ້ໃນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ. ທຸງ --keep-INFO ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ຫຼາຍ
ເທື່ອ. ອີກທາງເລືອກ, ທາງເລືອກ --keep-INFO-all ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອເກັບຂໍ້ມູນທັງຫມົດ
ທົ່ງນາ.

Miscellaneous
--extract-FORMAT-ຂໍ້ມູນ
ສະກັດຂໍ້ມູນຈາກຂົງເຂດ genotype ໃນໄຟລ໌ VCF ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການລະບຸ
ຕົວລະບຸ FORMAT. ຕົວຢ່າງ, ການນໍາໃຊ້ທາງເລືອກ '--extract-FORMAT-info GT' ຈະ
ສະກັດທັງໝົດຂອງ GT (ie Genotype) ລາຍການ. ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດຜົນໄດ້ຮັບມີ
ຄຳຕໍ່ທ້າຍ '. .FORMAT'.

-- get-INFO
ທາງເລືອກນີ້ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອສະກັດຂໍ້ມູນຈາກພາກສະຫນາມ INFO ໃນໄຟລ໌ VCF. ໄດ້
argument ກໍານົດ tag INFO ທີ່ຈະສະກັດ, ແລະທາງເລືອກສາມາດເປັນ
ໃຊ້ຫຼາຍຄັ້ງເພື່ອສະກັດຂໍ້ມູນຂໍ້ມູນຫຼາຍອັນ. ໄຟລ​໌​ທີ່​ໄດ້​ຮັບ​,
ດ້ວຍຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.INFO', ມີຂໍ້ມູນ INFO ທີ່ຕ້ອງການຢູ່ໃນແຖບທີ່ແຍກກັນ
ໂຕະ. ຕົວຢ່າງ, ເພື່ອສະກັດທຸງ NS ແລະ DB, ຫນຶ່ງຈະໃຊ້ຄໍາສັ່ງ:

vcftools --vcf file1.vcf --get-INFO NS --get-INFO DB

ທ່ານ F ເອກະສານ ປຽບທຽບ ທາງເລືອກໃນການ
ຕົວເລືອກການປຽບທຽບໄຟລ໌ຢູ່ໃນສະຖານະຂອງ flux ແລະອາດຈະ buggy. ຖ້າ​ເຈົ້າ
ຊອກຫາແມງໄມ້, ກະລຸນາລາຍງານມັນ. ກະລຸນາຮັບຊາບວ່າຕົວກອງລະດັບ genotype ແມ່ນບໍ່ຮອງຮັບໃນສິ່ງເຫຼົ່ານີ້
ຕົວເລືອກ

--ຄວາມ​ແຕກ​ຕ່າງ

--gzdiff
ເລືອກໄຟລ໌ VCF ສໍາລັບການປຽບທຽບກັບໄຟລ໌ທີ່ລະບຸໄວ້ໂດຍທາງເລືອກ --vcf.
ຜົນໄດ້ຮັບສອງໄຟລ໌ທີ່ອະທິບາຍສະຖານທີ່ແລະບຸກຄົນທົ່ວໄປ / ເປັນເອກະລັກຂອງແຕ່ລະຄົນ
ໄຟລ໌. ໄຟລ໌ເຫຼົ່ານີ້ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.diff.sites_in_files' ແລະ
'.diff.indv_in_files' ຕາມລໍາດັບ. ສະບັບ --gzdiff ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອອ່ານ
ບີບອັດໄຟລ໌ VCF.

--diff-site-discordance
ໃຊ້ຮ່ວມກັບທາງເລືອກ --diff ເພື່ອຄິດໄລ່ຄວາມບໍ່ສອດຄ່ອງຢູ່ໃນເວັບໄຊໂດຍ
ພື້ນ​ຖານ​ເວັບ​ໄຊ​. ໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ມີຄໍາຕໍ່ທ້າຍ '.diff.sites'.

--diff-indv-ຄວາມບໍ່ສອດຄ່ອງ
ໃຊ້ຮ່ວມກັບທາງເລືອກ --diff ເພື່ອຄິດໄລ່ຄວາມບໍ່ສອດຄ່ອງໃນຕໍ່-
ພື້ນຖານສ່ວນບຸກຄົນ. ໄຟລ໌ທີ່ອອກມາມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.diff.indv'.

--diff-discordance-matrix
ໃຊ້ຮ່ວມກັບທາງເລືອກ --diff ເພື່ອຄິດໄລ່ matrix ທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນ. ນີ້
ທາງເລືອກພຽງແຕ່ເຮັດວຽກກັບ loci bi-allelic ກັບ alleles ທີ່ກົງກັນທີ່ມີຢູ່ໃນ
ທັງສອງໄຟລ໌. ໄຟລ໌ທີ່ອອກມາມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.diff.discordance.matrix'.

--diff-switch-error
ໃຊ້ຮ່ວມກັບທາງເລືອກ --diff ເພື່ອຄິດໄລ່ຄວາມຜິດພາດຂອງໄລຍະ
(ໂດຍສະເພາະ 'ປ່ຽນຄວາມຜິດພາດ'). ທາງເລືອກນີ້ສ້າງສອງໄຟລ໌ຜົນຜະລິດອະທິບາຍ
ສະຫຼັບຄວາມຜິດພາດທີ່ພົບລະຫວ່າງເວັບໄຊ, ແລະຄວາມຜິດພາດສະຫຼັບສະເລ່ຍຕໍ່ບຸກຄົນ.
ສອງໄຟລ໌ນີ້ມີຄຳຕໍ່ທ້າຍ '.diff.switch' ແລະ '.diff.indv.switch'
ຕາມລໍາດັບ.

ທາງເລືອກໃນການ ຍັງ in ການພັດທະນາ
ທາງ​ເລືອກ​ດັ່ງ​ຕໍ່​ໄປ​ນີ້​ຍັງ​ບໍ່​ທັນ​ໄດ້​ຮັບ​ການ​ສະ​ບັບ​ສຸດ​ທ້າຍ​, ມີ​ແນວ​ໂນ້ມ​ທີ່​ຈະ​ມີ​ຂໍ້​ບົກ​ພ່ອງ​, ແລະ​ມີ​ແນວ​ໂນ້ມ​
ທີ່ຈະປ່ຽນແປງໃນອະນາຄົດ.

--fst

--gzfst
ການຄິດໄລ່ FST ສໍາລັບຄູ່ຂອງໄຟລ໌ VCF, ໄຟລ໌ທີສອງແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍນີ້
ທາງເລືອກ. FST ປະຈຸບັນຖືກຄິດໄລ່ໂດຍໃຊ້ສູດທີ່ໄດ້ອະທິບາຍໄວ້ໃນ
ອຸປະກອນເສີມຂອງເຈ້ຍ HapMap ໄລຍະທີ I. ໃນປັດຈຸບັນ, ພຽງແຕ່ FST ຄູ່
ການຄິດໄລ່ແມ່ນສະຫນັບສະຫນູນ, ເຖິງແມ່ນວ່ານີ້ອາດຈະມີການປ່ຽນແປງໃນອະນາຄົດ. ໄດ້
--gzfst ທາງເລືອກສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອອ່ານໄຟລ໌ VCF ບີບອັດ.

--LROH ກໍານົດໄລຍະຍາວຂອງ Homozygosity.

-- ຄວາມ​ກ່ຽວ​ຂ້ອງ​
ຜົນຜະລິດສະຖິຕິຄວາມກ່ຽວຂ້ອງຂອງບຸກຄົນ.

ໃຊ້ vcftools ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net