ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ codonPhyML ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີສໍາລັບບ່ອນເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ codonPhyML ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
ໜ້າ ຈໍ
Ad
codonPhyML
ລາຍລະອຽດ
codonPhyML ໃຊ້ຕົວແບບ codon Markovian ຂອງວິວັດທະນາການໃນການຟື້ນຟູ phylogeny. ເນື່ອງຈາກຊຸດຂອງຊະນິດພັນທີ່ມີລັກສະນະໂດຍລໍາດັບ DNA ຂອງເຂົາເຈົ້າເປັນການປ້ອນ, codonPhyML ຈະກັບຄືນຕົ້ນໄມ້ phylogenetic ທີ່ອະທິບາຍຄວາມສໍາພັນທາງວິວັດທະນາການຂອງເຂົາເຈົ້າໄດ້ດີທີ່ສຸດ. ເອກະສານຂອງພວກເຮົາທີ່ອະທິບາຍ codonPhyML ໄດ້ຖືກຕີພິມໃນວາລະສານ "ຊີວະສາດໂມເລກຸນແລະການວິວັດທະນາການ" (MBE). ສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມ, ປະຕິບັດຕາມການເຊື່ອມຕໍ່: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML ຢູ່ເທິງໜ້າປົກຂອງ MBE! ກວດເບິ່ງນີ້ (ເດືອນສິງຫາ 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.ສໍາລັບ CodonPhyML ເວີຊັ່ນ multimodel, ກະລຸນາໃຊ້ tarball 'codonphyml_multi.tgz'.
ຄຸນລັກສະນະ
- ຮູບແບບວິວັດທະນາການ Markovian codon: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- NNI ແລະ SPR tree topology ຊອກຫາ heuristic
- ຕົວກໍານົດການອັດຕາການທົດແທນທີ່ຄາດຄະເນໂດຍຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດ
- ຮອງຮັບ multicore ຜ່ານ OpenMP
- ຄວາມເປັນໄປໄດ້ປຽບທຽບໃນຕົວແບບທີ່ແຕກຕ່າງກັນ (ເຊັ່ນ AA, NT ແລະ CODON)
Audience
ວິທະຍາສາດ/ການຄົ້ນຄວ້າ, ການສຶກສາ
ໃນການໂຕ້ຕອບຜູ້ໃຊ້
Console/Terminal, ແຖວຄໍາສັ່ງ
ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ
C
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.
