This is the Linux app named NGSEP whose latest release can be downloaded as NGSEPcore_5.1.0.jar. It can be run online in the free hosting provider OnWorks for workstations.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ NGSEP ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
ໜ້າ ຈໍ
Ad
NGSE
ລາຍລະອຽດ
NGSEP ແມ່ນກອບປະສົມປະສານສໍາລັບການວິເຄາະຂອງ DNA ສັ້ນແລະຍາວທີ່ມີລໍາດັບການອ່ານທີ່ສົ່ງຜ່ານສູງ. ສະບັບປະຈຸບັນສະຫນອງການທໍາງານສໍາລັບທັງສອງ de-novo ແລະການອ້າງອິງການວິເຄາະຂໍ້ມູນການຈັດລໍາດັບ, ລວມທັງການປະກອບ genome, ອ່ານແຜນທີ່, variants detection ແລະ genotyping ແລະ de-novo ການວິເຄາະຂອງຂໍ້ມູນທີ່ສ້າງຂຶ້ນຈາກການຫຼຸດຜ່ອນການເປັນຕົວແທນ. NGSEP ຍັງສະຫນອງໂມດູນສໍາລັບການວິເຄາະຖານຂໍ້ມູນການປ່ຽນແປງພັນທຸກໍາ (ໄຟລ໌ VCF), ລວມທັງຄໍາບັນຍາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ການກັ່ນຕອງ, ການແປງຮູບແບບ, ການປຽບທຽບ, ກຸ່ມ, imputation, ການວິເຄາະ introgression ແລະປະເພດທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງສະຖິຕິ. ຕັ້ງແຕ່ສະບັບທີ 4, ພວກເຮົາໃຫ້ຟັງຊັນຕ່າງໆໃນການຈັດການ genomes ແລະ transcriptomes, ລວມທັງການຈັດລຽງຂອງ genome ແລະ annotation ຂອງອົງປະກອບ transposable. ບັນຊີລາຍຊື່ເຕັມຂອງຫນ້າທີ່ສາມາດໃຊ້ໄດ້ໃນ wiki ຂອງພວກເຮົາ (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
ກ່ອນການດາວໂຫຼດ: ປຸ່ມສີຂຽວຊີ້ໄປຫາກະປ໋ອງເພື່ອໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງ. ເບິ່ງ wiki ສໍາລັບ GUI ແລະທາງເລືອກອື່ນໆ
ຄຸນລັກສະນະ
- De-novo genomes ປະກອບ
- ການຈັດຮຽງການອ່ານດິບໄປຫາ genome ອ້າງອີງ
- SNPs, CNVs ແລະການກວດຫາຕົວແປໂຄງສ້າງ
- ການຫມູນໃຊ້ VCF: ຄໍາອະທິບາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ລວມ, ການກັ່ນຕອງ, ປຽບທຽບ, ການແປງຮູບແບບ, imputation
- ອ່ານ Demultiplexing
- ການຈັດລຽງຂອງອົງປະກອບພັນທຸກໍາທີ່ລະບຸໄວ້
- ສະຖິຕິແລະການກັ່ນຕອງກ່ຽວກັບການອະທິບາຍບົດຂຽນໃນຮູບແບບ GFF3
Audience
ອຸດສາຫະກໍາການດູແລສຸຂະພາບ, ວິທະຍາສາດ / ການຄົ້ນຄວ້າ, ຜູ້ຊົມອື່ນໆ, ກະສິກໍາ
ໃນການໂຕ້ຕອບຜູ້ໃຊ້
Java SWT, Console/Terminal, Eclipse
ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ
Java
ປະເພດ
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/ngsep/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.
