abacas - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

abacas - അൽഗോരിതം അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സ്വയമേവയുള്ള അസംബിൾഡ് സീക്വൻസുകൾ

സിനോപ്സിസ്

അബാകാസ് -r റഫറൻസ് -q qs -p പ്രോഗ് [ഓപ്ഷനുകൾ]

OR

അബാകാസ് -r റഫറൻസ് -q psf -e

റഫറൻസ് ഒരൊറ്റ ഫാസ്റ്റ ഫയലിലെ റഫറൻസ് സീക്വൻസ്

qs മൾട്ടി-ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ contigs

രൊഗ് ഉപയോഗിക്കാനുള്ള MUMmer പ്രോഗ്രാം: 'nucmer' അല്ലെങ്കിൽ 'promer'

psf ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ സ്യൂഡോമോളിക്യൂൾ/ഓർഡർ ചെയ്ത സീക്വൻസ് ഫയൽ

ഓപ്ഷനുകൾ

-h പ്രിന്റ് ഉപയോഗം

-d ഡിഫോൾട്ട് ന്യൂക്മർ/പ്രോമർ പാരാമീറ്ററുകൾ ഉപയോഗിക്കുക

-s കൃത്യമായ പൊരുത്തമുള്ള പദത്തിന്റെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം int (ന്യൂക്മർ ഡിഫോൾട്ട് = 12, പ്രൊമർ ഡിഫോൾട്ട്
= 4)

-m മൾട്ടിഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ ഫയൽ ചെയ്യാൻ ഓർഡർ ചെയ്ത contigs പ്രിന്റ് ചെയ്യുക

-b ഫയലിലേക്ക് ബിന്നിൽ contigs പ്രിന്റ് ചെയ്യുക

-N "N" ഇല്ലാതെ ഒരു കപട തന്മാത്ര അച്ചടിക്കുക

-i ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റി [സ്ഥിരസ്ഥിതി 40]

-v int mimimum contig കവറേജ് [സ്ഥിരസ്ഥിതി 40]

-V int ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ contig കവറേജ് വ്യത്യാസം [സ്ഥിരസ്ഥിതി 1]

-l int ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ കോണ്ടിഗ് ദൈർഘ്യം [സ്ഥിരസ്ഥിതി 1]

-t മാപ്പ് ചെയ്യാത്ത contigs-ൽ tblastx പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക

-g സ്ട്രിംഗ് (ഫയൽ നാമം) ഫയലിന്റെ പേരിനെ പരാമർശിച്ച് മറയ്ക്കാത്ത പ്രദേശങ്ങൾ (വിടവുകൾ) പ്രിന്റ് ചെയ്യുക

-a സ്യൂഡോമോളിക്യൂളിലേക്ക് ബിന്നിലെ കോണ്ടിഗുകൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുക

-o പ്രിഫിക്സ് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾക്ക് ഈ പ്രിഫിക്സ് ഉണ്ടായിരിക്കും

-P വിടവുകൾ അടയ്ക്കുന്നതിന് പ്രൈമർ സെറ്റുകൾ തിരഞ്ഞെടുക്കുക

-f പ്രൈമർ ഡിസൈനിനായി ഒരു വിടവിന്റെ ഇരുവശത്തുമുള്ള ഫ്ലാങ്കിംഗ് ബേസുകളുടെ എണ്ണം (സ്ഥിരസ്ഥിതി
350)

-R int റൺ മമ്മർ [ഡിഫോൾട്ട് 1, ഉപയോഗിക്കുക -R മമ്മർ ഓടുന്നത് ഒഴിവാക്കാൻ 0]

-e കോൺടിഗ് ഓർഡറിംഗിൽ നിന്ന് രക്ഷപ്പെടുക, അതായത് പ്രൈമർ ഡിസൈനിലേക്ക് പോകുക

-c റഫറൻസ് ക്രമം വൃത്താകൃതിയിലാണ്

വിവരണം

ABACAS അതിവേഗം സംയോജിപ്പിക്കാൻ ഉദ്ദേശിച്ചുള്ളതാണ് (വിന്യസിക്കുക, ക്രമപ്പെടുത്തുക, ഓറിയന്റേറ്റ് ചെയ്യുക), ദൃശ്യവൽക്കരിക്കുക, രൂപകൽപ്പന ചെയ്യുക
ഒരു റഫറൻസ് സീക്വൻസ് അടിസ്ഥാനമാക്കി ഷോട്ട്ഗൺ അസംബിൾ ചെയ്ത കോൺടിഗുകളിലെ വിടവുകൾ അടയ്ക്കുന്നതിനുള്ള പ്രൈമറുകൾ.

അലൈൻമെന്റ് പൊസിഷനുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിനും കൂട്ടിച്ചേർത്ത കോണ്ടിഗുകളുടെ സിന്റനികൾ തിരിച്ചറിയുന്നതിനും ABACAS MUMmer ഉപയോഗിക്കുന്നു
പരാമർശത്തിനെതിരെ. ഒരു സ്യൂഡോമോളിക്യൂൾ ടേക്കിംഗ് സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനായി ഔട്ട്പുട്ട് പിന്നീട് പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുന്നു
അക്കൗണ്ടിലെ കോണ്ടിഗുകളും വിടവുകളും ഓവർലാപ്പുചെയ്യുന്നു. ABACAS ഒരു താരതമ്യ ഫയൽ സൃഷ്ടിക്കുന്നു
ACT-ൽ ക്രമീകരിച്ചതും അധിഷ്‌ഠിതവുമായ കോണ്ടിഗുകൾ ദൃശ്യവൽക്കരിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു. സിന്റനിയെ ചുവപ്പ് പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു
തമ്മിലുള്ള ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റിയുടെ താഴ്ന്ന മൂല്യങ്ങൾക്കൊപ്പം വർണ്ണ തീവ്രത കുറയുന്ന ബാറുകൾ
താരതമ്യപ്പെടുത്താവുന്ന ബ്ലോക്കുകൾ. ഓറിയന്റേഷൻ, ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റി, പോലെയുള്ള കോൺടിഗുകളെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ
ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്‌തത് ലോഡുചെയ്യുന്നതിലൂടെ മറ്റ് കോൺടിഗുകളുമായുള്ള കവറേജും ഓവർലാപ്പും ദൃശ്യവൽക്കരിക്കാൻ കഴിയും
ACT-ലെ ഫീച്ചർ ഫയൽ.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനായി abacas ഉപയോഗിക്കുക