ABYSS - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ABYSS - ചെറിയ വായനകൾ കോൺടിഗുകളായി കൂട്ടിച്ചേർക്കുക

സിനോപ്സിസ്

എബിവൈഎസ്എസ് [ഓപ്ഷൻ]... FILE...

വിവരണം

FASTA, FASTQ, qseq, കയറ്റുമതി, SRA, SAM അല്ലെങ്കിൽ എല്ലാ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകളും കൂട്ടിച്ചേർക്കുക, FILE
BAM ഫോർമാറ്റ്, gz, bz2 അല്ലെങ്കിൽ xz എന്നിവ ഉപയോഗിച്ച് കംപ്രസ് ചെയ്തേക്കാം, ടാർ ചെയ്തേക്കാം.

ABySS ഉപയോഗിച്ച് ഒരു പൂർണ്ണ അസംബ്ലി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്ന ഉപയോക്താക്കൾ abyss-pe ഉപയോഗിക്കാൻ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു
ABYSS പ്രോഗ്രാമിനേക്കാൾ പ്രവേശന പോയിന്റ്. abyss-pe പലരെയും ഏകോപിപ്പിക്കുന്ന ഒരു Makefile ആണ്
മുഴുവൻ ABySS അസംബ്ലി പൈപ്പ്‌ലൈൻ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനായി ABySS ടൂളുകളുടെ (ABYSS ഉൾപ്പെടെ).
ABYSS അല്ലാത്ത പല കാര്യങ്ങളും ചെയ്യാൻ abyss-pe പ്രാപ്തമാണ്
ജോടിയാക്കിയ എൻഡ് റീഡുകളും ഇണ ജോഡി റീഡുകളും നൽകുന്ന ദൂര വിവരങ്ങൾ.

--പരിശുദ്ധി
തെറ്റായ വായനകൾ ഉപേക്ഷിക്കുക [സ്ഥിരസ്ഥിതി]

--പാതിത്വമില്ല
വൃത്തികെട്ട വായനകൾ തള്ളിക്കളയരുത്

--ട്രിം-മാസ്ക്
റീഡുകളുടെ അറ്റത്ത് നിന്ന് മാസ്ക് ചെയ്ത ബേസുകൾ ട്രിം ചെയ്യുക [സ്ഥിരസ്ഥിതി]

--നോ-ട്രിം-മാസ്ക്
വായനയുടെ അറ്റത്ത് നിന്ന് മുഖംമൂടി ധരിച്ച ബേസ് ട്രിം ചെയ്യരുത്

-q, --ട്രിം-ക്വാളിറ്റി=ത്രെഷോൾഡ്
ത്രെഷോൾഡിനേക്കാൾ ഗുണനിലവാരം കുറവായ വായനകളുടെ അറ്റത്ത് നിന്ന് അടിസ്ഥാനങ്ങൾ ട്രിം ചെയ്യുക

-Q, --മാസ്ക്-നിലവാരം=ത്രെഷോൾഡ്
ത്രെഷോൾഡിനേക്കാൾ ഗുണനിലവാരം കുറവുള്ള വായനകളിലെ എല്ലാ അടിസ്ഥാനങ്ങളും മറയ്ക്കുക

--നിലവാര നിലവാരം
പൂജ്യം ഗുണനിലവാരം `!' (33)
FASTQ, SAM ഫയലുകൾക്കുള്ള ഡിഫോൾട്ട്

--ഇല്ലുമിന-ക്വാളിറ്റി
പൂജ്യം ഗുണനിലവാരം `@' ആണ് (64)
qseq, എക്‌സ്‌പോർട്ട് ഫയലുകൾക്കുള്ള സ്ഥിരസ്ഥിതി

-o, --പുറത്ത്=FILE
കോൺടിഗുകൾ ഫയലിലേക്ക് എഴുതുക

-k, --കിലോമീറ്റർ=KMER_SIZE
k-mer വലിപ്പം

-t, --ട്രിം-നീളം=TRIM_LENGTH
ട്രിം ചെയ്യാൻ തൂങ്ങിക്കിടക്കുന്ന അരികുകളുടെ പരമാവധി നീളം

-c, --കവറേജ്=കവാടം
ഈ ത്രെഷോൾഡിനേക്കാൾ കുറഞ്ഞ ശരാശരി k-mer കവറേജുള്ള contigs നീക്കം ചെയ്യുക

-b, --കുമിളകൾ=N
N bp-നേക്കാൾ ചെറുതായ പോപ്പ് ബബിളുകൾ (ഡിഫോൾട്ട്: 3*k).

-b0, --കുമിളകൾ ഇല്ല
കുമിളകൾ പൊട്ടരുത്

-e, --ഇറോഡ്=കവാടം
ഈ ത്രെഷോൾഡിനേക്കാൾ കുറഞ്ഞ കവറേജുള്ള ബ്ലണ്ട് കോണ്ടിഗുകളുടെ അറ്റത്തുള്ള അടിത്തറകൾ നശിപ്പിക്കുക

-E, --ഇറോഡ്-സ്ട്രാൻഡ്=കവാടം
ഈ ത്രെഷോൾഡിനേക്കാൾ കുറഞ്ഞ കവറേജുള്ള ബ്ലണ്ട് കോണ്ടിഗുകളുടെ അറ്റത്തുള്ള അടിത്തറകൾ നശിപ്പിക്കുക
ഒന്നുകിൽ strand

--കവറേജ്-ഹിസ്റ്റ്=FILE
k-mer കവറേജ് ഹിസ്റ്റോഗ്രാം ഫയലിൽ രേഖപ്പെടുത്തുക

-g, --ഗ്രാഫ്=FILE
ഡോട്ട് ഫോർമാറ്റിൽ ഒരു ഗ്രാഫ് സൃഷ്ടിക്കുക

-s, --snp=FILE
FILE-ൽ പോപ്പ് ചെയ്ത കുമിളകൾ രേഖപ്പെടുത്തുക

-v, --വാക്കുകൾ
വെർബോസ് ഔട്ട്പുട്ട് പ്രദർശിപ്പിക്കുക

--സഹായിക്കൂ ഈ സഹായം പ്രദർശിപ്പിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

--പതിപ്പ്
ഔട്ട്പുട്ട് പതിപ്പ് വിവരങ്ങളും പുറത്തുകടക്കുക

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ABYSS ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക