abyss-pe - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

abyss-pe - contigs ആയി വായനകൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുക

സിനോപ്സിസ്

abyss-pe [ഓപ്ഷൻ]... [പാരാമീറ്റർ=, VALUE-]... [MAKE_TARGET]...

വിവരണം

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകളുടെ റീഡുകൾ കോൺടിഗുകളിലേക്ക് കൂട്ടിച്ചേർക്കുക. വായനകൾ FASTA, FASTQ എന്നിവയിലായിരിക്കാം,
qseq, കയറ്റുമതി, SRA, SAM അല്ലെങ്കിൽ BAM ഫോർമാറ്റ്, gz, bz2 അല്ലെങ്കിൽ xz എന്നിവ ഉപയോഗിച്ച് കംപ്രസ് ചെയ്തേക്കാം.
ടാർ ചെയ്തു.

abyss-pe ഒരു Makefile സ്ക്രിപ്റ്റാണ്. നിർമ്മാണത്തിനുള്ള ഏത് ഓപ്ഷനുകളും abyss-pe ഉപയോഗിച്ചും ഉപയോഗിക്കാം.

പരാമീറ്ററുകൾ of abyss-pe
പേര്, JOB_NAME
ഈ അസംബ്ലിയുടെ പേര്. തത്ഫലമായുണ്ടാകുന്ന സ്കാർഫോൾഡുകൾ അതിൽ സൂക്ഷിക്കും
${name}-scaffolds.fa.

in ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ. ഒരൊറ്റ ലൈബ്രറിയിൽ നിന്ന് ഡാറ്റ കൂട്ടിച്ചേർക്കുമ്പോൾ ഈ വേരിയബിൾ ഉപയോഗിക്കുക.

ലിബ് വൈറ്റ്‌സ്‌പേസ്-വേർതിരിക്കപ്പെട്ട ജോടിയാക്കിയ-അവസാനം ലൈബ്രറി പേരുകളുടെ ഒരു ഉദ്ധരണി ലിസ്റ്റ്. ഈ വേരിയബിൾ ഉപയോഗിക്കുക
ഒന്നിലധികം പെയർ-എൻഡ് ലൈബ്രറികളിൽ നിന്നുള്ള ഡാറ്റ കൂട്ടിച്ചേർക്കുമ്പോൾ. ഓരോ ലൈബ്രറി നാമത്തിനും
lib, ഉപയോക്താവ് കമാൻഡ് ലൈനിൽ അതേ പേരിൽ ഒരു വേരിയബിൾ നിർവചിക്കണം, ഏത്
ആ ലൈബ്രറിയുടെ റീഡ് ഫയലുകളെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു. കാണുക ഉദാഹരണങ്ങൾ ഒരു കോൺക്രീറ്റിനായി താഴെ
ഉപയോഗത്തിന്റെ ഉദാഹരണം.

pe യൂണിറ്റിഗുകൾ ലയിപ്പിക്കുന്നതിന് മാത്രം ഉപയോഗിക്കുന്ന പെയർ-എൻഡ് ലൈബ്രറികളുടെ ലിസ്റ്റ്
contigs, സമവായ ക്രമത്തിലേക്ക് സംഭാവന നൽകില്ല.

mp സ്കാർഫോൾഡിംഗിനായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ഇണ-ജോഡി ലൈബ്രറികളുടെ ലിസ്റ്റ്. ഇണ-ജോഡി ലൈബ്രറികൾ
സമവായ ക്രമത്തിലേക്ക് സംഭാവന നൽകരുത്.

നീളമുള്ള റീസ്‌കാഫോൾഡിംഗിനായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ലോംഗ് സീക്വൻസ് ലൈബ്രറികളുടെ ലിസ്റ്റ്. നീണ്ട ക്രമം
ഗ്രന്ഥശാലകൾ സമവായ ക്രമത്തിലേക്ക് സംഭാവന ചെയ്യുന്നില്ല.

se സിംഗിൾ-എൻഡ് റീഡുകൾ അടങ്ങിയ ഫയലുകൾ

a ഒരു കുമിളയുടെ പരമാവധി ശാഖകൾ [2]

b ഒരു കുമിളയുടെ പരമാവധി നീളം (ബിപി) [10000]

c ഒരു യൂണിറ്റിന്റെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ശരാശരി k-mer കവറേജ് [ചതുരശ്ര(മധ്യസ്ഥം)]

d ദൂര എസ്റ്റിമേറ്റിന്റെ അനുവദനീയമായ പിശക് (bp) [6]

e ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ മണ്ണൊലിപ്പ് കെ-മെർ കവറേജ് [ചതുരശ്ര(മധ്യസ്ഥം)]

E ഓരോ സ്ട്രോണ്ടിലും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ മണ്ണൊലിപ്പ് കെ-മെർ കവറേജ് [1]

j ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം [2]

k ഒരു k-mer ന്റെ വലിപ്പം (K സജ്ജീകരിക്കാത്തപ്പോൾ) അല്ലെങ്കിൽ ഒരു k-mer ജോടിയുടെ സ്പാൻ (K സജ്ജമാക്കുമ്പോൾ)

K ഒരു k-mer ജോഡിയിലെ ഒരു k-mer-ന്റെ വലിപ്പം (bp)

l ഒരു വായനയുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വിന്യാസ ദൈർഘ്യം (bp) [k]

m രണ്ട് യൂണിറ്റുകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ഓവർലാപ്പ് (ബിപി) [30]

n നിർമ്മാണത്തിന് ആവശ്യമായ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ജോഡികളുടെ എണ്ണം [10]

N സ്കാർഫോൾഡുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നതിന് ആവശ്യമായ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ജോഡികളുടെ എണ്ണം [n]

p ഒരു കുമിളയുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി [0.9]

q ട്രിം ചെയ്യുമ്പോൾ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ അടിസ്ഥാന നിലവാരം [3]
ക്വാളിറ്റി കുറവായ റീഡുകളുടെ അറ്റത്ത് നിന്ന് ബേസ് ട്രിം ചെയ്യുക.

Q കുറഞ്ഞ അടിസ്ഥാന നിലവാരം [0]
Q-നേക്കാൾ നിലവാരം കുറഞ്ഞ വായനകളുടെ എല്ലാ അടിസ്ഥാനങ്ങളും `N' ആയി മറയ്ക്കുക.

s കോൺടിഗുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നതിന് ആവശ്യമായ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ യൂണിറ്റ് വലുപ്പം (ബിപി) [200]
വിത്തിന്റെ നീളം കെയുടെ മൂല്യത്തിന്റെ ഇരട്ടിയെങ്കിലും ആയിരിക്കണം. കൂടുതൽ ക്രമം ആണെങ്കിൽ
പ്രതീക്ഷിച്ച ജീനോം വലുപ്പത്തേക്കാൾ കൂട്ടിച്ചേർത്തത്, s വർദ്ധിപ്പിക്കാൻ ശ്രമിക്കുക.

S സ്കാർഫോൾഡുകൾ (ബിപി) നിർമ്മിക്കുന്നതിന് ആവശ്യമായ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ കോൺടിഗ് വലുപ്പം [s]

SS സ്‌ട്രാൻഡ് സ്‌പെസിഫിക് മോഡിൽ അസംബിൾ ചെയ്യാൻ SS=--SS
എല്ലാ ലൈബ്രറികളും സ്ട്രാൻഡ്-നിർദ്ദിഷ്ട RNA-Seq ലൈബ്രറികളായിരിക്കണം. എന്ന് ഊഹിക്കുന്നു
ഒരു റീഡ് ജോഡിയിൽ ആദ്യം വായിച്ചത് ബഹുമാനിക്കപ്പെടുന്നു WRT ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ ക്രമീകരിച്ചിരിക്കുന്നു.

t ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ടിപ്പ് വലിപ്പം (ബിപി) [2k]

v വെർബോസ് ലോഗിംഗ് പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കാൻ v=-v

np, NSLOTS
ഒരു MPI അസംബ്ലിയുടെ പ്രക്രിയകളുടെ എണ്ണം

എംപിരുൺ എംപിറൂണിലേക്കുള്ള പാത

വിന്യസിക്കുക
വായനകളെ കോൺടിഗുകളിലേക്ക് വിന്യസിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കേണ്ട പ്രോഗ്രാം [മാപ്പ്].
അനുവദനീയമായ മൂല്യങ്ങൾ ഇവയാണ്: മാപ്പ്, കലിഗ്നർ, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida. കാണുക
DIDA ഡിഡ ഓപ്ഷനെക്കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് ചുവടെയുള്ള വിഭാഗം.

cs അസംബ്ലിക്ക് ശേഷം കളർ-സ്പേസ് കോണ്ടിഗുകളെ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് കോണ്ടിഗുകളാക്കി മാറ്റുക

ഓപ്ഷനുകൾ of ഉണ്ടാക്കുക
-n, --ഡ്രൈ-റൺ
എക്സിക്യൂട്ട് ചെയ്യപ്പെടുന്ന കമാൻഡുകൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക, പക്ഷേ അവ എക്സിക്യൂട്ട് ചെയ്യരുത്.

ഉണ്ടാക്കുക ലക്ഷ്യങ്ങൾ വേണ്ടി abyss-pe
സ്ഥിരസ്ഥിതി
`സ്‌കാഫോൾഡ് സ്‌കാഫോൾഡ്‌സ്-ഡോട്ട് സ്റ്റാറ്റ്‌സ്' എന്നതിന് തുല്യമാണ്.

യൂണിറ്റുകൾ
യൂണിറ്റുകൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുക.

യൂണിറ്റിഗ്സ്-ഡോട്ട്
യൂണിറ്റിഗ് ഓവർലാപ്പ് ഗ്രാഫ് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക.

പെ-സാം മാപ്പ് പെയർ-എൻഡ് യൂണിറ്റിഗുകളിലേക്ക് റീഡ് ചെയ്യുകയും ഒരു SAM ഫയൽ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു. SAM ഫയൽ മാത്രമായിരിക്കും
വ്യത്യസ്‌ത കോൺടിഗുകളിലേക്കുള്ള റീഡ്‌സ് മാപ്പിംഗ്, റീഡ് ഐഡി, സീക്വൻസ്, ക്വാളിറ്റി എന്നിവ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
സ്ട്രിംഗുകൾക്ക് പകരം '*' പ്രതീകങ്ങൾ നൽകും.

പെ-ബാം മാപ്പ് പെയർ-എൻഡ് യൂണിറ്റിഗുകളിലേക്ക് റീഡ് ചെയ്യുകയും ഒരു BAM ഫയൽ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു. BAM ഫയൽ മാത്രമായിരിക്കും
വ്യത്യസ്‌ത കോൺടിഗുകളിലേക്കുള്ള റീഡ്‌സ് മാപ്പിംഗ്, റീഡ് ഐഡി, സീക്വൻസ്, ക്വാളിറ്റി എന്നിവ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
സ്ട്രിംഗുകൾക്ക് പകരം '*' പ്രതീകങ്ങൾ നൽകും.

പെ-ഇൻഡക്സ്
അബിസ്-മാപ്പ് ഉപയോഗിക്കുന്ന യൂണിറ്റിഗുകളുടെ ഒരു സൂചിക സൃഷ്ടിക്കുക.

കോണ്ടിഗുകൾ
കോണ്ടിഗുകൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുക.

contigs-dot
കോണ്ടിഗ് ഓവർലാപ്പ് ഗ്രാഫ് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക.

mp-sam മാപ്പ് ഇണ-ജോഡി കോൺടിഗുകളിലേക്ക് വായിക്കുകയും ഒരു SAM ഫയൽ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു. SAM ഫയൽ മാത്രമായിരിക്കും
വ്യത്യസ്‌ത കോൺടിഗുകളിലേക്കുള്ള റീഡ്‌സ് മാപ്പിംഗ്, റീഡ് ഐഡി, സീക്വൻസ്, ക്വാളിറ്റി എന്നിവ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
സ്ട്രിംഗുകൾക്ക് പകരം '*' പ്രതീകങ്ങൾ നൽകും.

എംപി-ബാം മാപ്പ് ഇണ-ജോഡി കോൺടിഗുകളിലേക്ക് വായിക്കുകയും ഒരു BAM ഫയൽ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു. BAM ഫയൽ മാത്രമായിരിക്കും
വ്യത്യസ്‌ത കോൺടിഗുകളിലേക്കുള്ള റീഡ്‌സ് മാപ്പിംഗ്, റീഡ് ഐഡി, സീക്വൻസ്, ക്വാളിറ്റി എന്നിവ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
സ്ട്രിംഗുകൾക്ക് പകരം '*' പ്രതീകങ്ങൾ നൽകും.

mp-ഇൻഡക്സ്
abyss-map ഉപയോഗിക്കുന്ന contigs-ന്റെ ഒരു സൂചിക സൃഷ്ടിക്കുക.

സ്കാർഫോൾഡുകൾ
സ്കാർഫോൾഡുകൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുക.

സ്കാർഫോൾഡ്സ്-ഡോട്ട്
സ്കാർഫോൾഡ് ഓവർലാപ്പ് ഗ്രാഫ് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക.

സ്കാഫ്റ്റിഗുകൾ
സ്കാർഫോൾഡുകൾ തകർത്ത് എജിപി ഫയൽ സൃഷ്ടിക്കുക.

നീണ്ട-സ്കഫുകൾ
RNA-Seq അസംബിൾഡ് കോണ്ടിഗുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്ന റെസ്‌കാഫോൾഡ്.

നീണ്ട-സ്കഫ്സ്-ഡോട്ട്
RNA സ്കാർഫോൾഡ് ഓവർലാപ്പ് ഗ്രാഫ് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക.

സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ അസംബ്ലി കോൺടിഗുറ്റി സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക.

വെടിപ്പുള്ള ഇന്റർമീഡിയറ്റ് ഫയലുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക.

പതിപ്പ്
abyss-pe പതിപ്പ് പ്രദർശിപ്പിക്കുക.

പതിപ്പുകൾ
abyss-pe ഉപയോഗിക്കുന്ന എല്ലാ പ്രോഗ്രാമുകളുടെയും പതിപ്പുകൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക.

സഹായിക്കൂ സഹായകരമായ ഒരു സന്ദേശം പ്രദർശിപ്പിക്കുക.

DIDA

MPI-അടിസ്ഥാനത്തിലുള്ള DIDA (ഡിസ്ട്രിബ്യൂട്ടഡ് ഇൻഡക്‌സിംഗ് ഡിസ്‌പാച്ച്ഡ് അലൈൻമെന്റ്) ഉപയോഗത്തെ ABySS പിന്തുണയ്ക്കുന്നു.
ഒന്നിലധികം മെഷീനുകളിലുടനീളമുള്ള ക്രമ വിന്യാസങ്ങൾ കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള വിന്യാസ ചട്ടക്കൂട്. ഉപയോഗിക്കാൻ
ABySS ഉള്ള DIDA, ആദ്യം DIDA ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത് ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്യുക
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, തുടർന്ന് `dida` മൂല്യമായി വ്യക്തമാക്കുക
The വിന്യസിക്കുക പാരാമീറ്റർ abyss-pe.

DIDA- ബന്ധപ്പെട്ട abyss-pe പാരാമീറ്ററുകൾ
DIDA_MPIRUN
DIDA ജോലികൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ ഉപയോഗിച്ചിരുന്ന `mpirun` കമാൻഡ്.

DIDA_RUN_OPTIONS
ഓരോ MPI റാങ്കിനും ഓരോ ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണവും പരിസ്ഥിതിയുടെ മൂല്യങ്ങളും പോലുള്ള റൺടൈം ഓപ്ഷനുകൾ
വേരിയബിളുകൾ (ഉദാ. PATH, LD_LIBRARY_PATH). ഒരു ലിസ്റ്റിനായി `abyss-dida --help` റൺ ചെയ്യുക
ലഭ്യമായ ഓപ്ഷനുകൾ.

DIDA_OPTIONS
DIDA ബൈനറിയിലേക്ക് നേരിട്ട് കൈമാറുന്ന ഓപ്ഷനുകൾ. ഉദാഹരണത്തിന്, ഇത് ഉപയോഗിക്കാം
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വിന്യാസ ദൈർഘ്യം ത്രെഷോൾഡ് നിയന്ത്രിക്കാൻ. a എന്നതിനായി `dida-wrapper --help` റൺ ചെയ്യുക
ലഭ്യമായ ഓപ്ഷനുകളുടെ പട്ടിക.

എം.പി.ഐ. അനുയോജ്യത
മൾട്ടി-ത്രെഡിംഗിന്റെ ഉപയോഗം കാരണം, ഓപ്പൺഎംപിഐയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട തടസ്സങ്ങൾ DIDA-യ്ക്ക് അറിയാം. ഉപയോഗിക്കുന്നത്
DIDA ഉപയോഗിച്ച് അസംബ്ലികൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുമ്പോൾ MPICH MPI ലൈബ്രറി ശക്തമായി ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു. ടെസ്റ്റിംഗ്
--enable-threads=funneled ഉപയോഗിച്ച് സമാഹരിച്ച MPICH 3.1.3 ഉപയോഗിച്ച് ചെയ്തു.

ഉദാഹരണം
DIDA-യ്‌ക്കായി ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന റൺടൈം കോൺഫിഗറേഷൻ ഒരു മെഷീന് 1 MPI റാങ്കും ഓരോ ത്രെഡും ആണ്
സിപിയു കോർ. ഉദാഹരണത്തിന്, 3 കോറുകൾ വീതമുള്ള 12 ക്ലസ്റ്റർ നോഡുകളിലുടനീളം ഒരു അസംബ്ലി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ, ചെയ്യുക:

abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -bind-to board'

ഈ ഉദാഹരണം `mpirun` എന്നതിനായുള്ള MPICH കമാൻഡ് ലൈൻ ഓപ്ഷനുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഇവിടെ, `-np 3` സൂചിപ്പിക്കുന്നു
MPI റാങ്കുകളുടെ എണ്ണം, `-ppn 1` ഓരോ "നോഡിനും" MPI റാങ്കുകളുടെ എണ്ണത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു, കൂടാതെ
`-ബൈൻഡ്-ടു ബോർഡ്` ഒരു "നോഡ്" ഒരു മദർബോർഡ് (അതായത് ഒരു മുഴുവൻ മെഷീൻ) ആണെന്ന് നിർവചിക്കുന്നു.

ENVIRONMENT വ്യത്യാസങ്ങൾ

കമാൻഡ് ലൈനിൽ വ്യക്തമാക്കിയേക്കാവുന്ന ഏത് പരാമീറ്ററും a-ലും വ്യക്തമാക്കിയേക്കാം
എൻവയോൺമെന്റ് വേരിയബിൾ.

PATH ABySS എക്സിക്യൂട്ടബിളുകൾ ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്തിട്ടുള്ള ഡയറക്ടറി അടങ്ങിയിരിക്കണം. അഗാധം- ഉപയോഗിക്കുക
PATH ശരിയായി ക്രമീകരിച്ചിട്ടുണ്ടോ എന്ന് പരിശോധിക്കാൻ pe പതിപ്പുകൾ`.

ടിഎംപിഡിഐആർ താൽക്കാലിക ഫയലുകൾക്കായി ഉപയോഗിക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു ഡയറക്ടറി വ്യക്തമാക്കുന്നു

ഷെഡ്യൂളർ സംയോജനം
ABySS ക്ലസ്റ്റർ ജോബ് ഷെഡ്യൂളർമാരുമായി നന്നായി സംയോജിപ്പിക്കുന്നു, ഇനിപ്പറയുന്നവ:
* SGE (സൺ ഗ്രിഡ് എഞ്ചിൻ)
* പോർട്ടബിൾ ബാച്ച് സിസ്റ്റം (PBS)
* ലോഡ് ഷെയറിംഗ് സൗകര്യം (LSF)
* ഐബിഎം ലോഡ് ലെവലർ

SGE പരിസ്ഥിതി വേരിയബിളുകൾ JOB_NAME, SGE_TASK_ID, NSLOTS എന്നിവ വ്യക്തമാക്കാൻ ഉപയോഗിച്ചേക്കാം
പാരാമീറ്ററുകൾ പേര്, k, np, യഥാക്രമം, അതുപോലെ മറ്റ് ഷെഡ്യൂളർമാർക്കും.

ഉദാഹരണങ്ങൾ

ഒന്ന് ജോടിയാക്കിയ അവസാനം ലൈബ്രറി
abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

ഒന്നിലധികം ജോടിയാക്കിയ അവസാനം ലൈബ്രറികൾ
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

ജോടിയാക്കിയ അവസാനം ഒപ്പം ഇണ-ജോടി ലൈബ്രറികൾ
abyss-pe k=64 name=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

ഉൾപ്പെടെ RNA-Seq സമ്മേളനങ്ങൾ
abyss-pe k=64 name=ecoli lib=pe1 mp=mp1 long=long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
നീണ്ട1=നീണ്ട1.fa

എം.പി.ഐ.
abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് abyss-pe ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക