alien_hunter - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

alien_hunter - തിരശ്ചീനമായി തിരിച്ചറിയുന്നതിനുള്ള ഇന്റർപോളേറ്റഡ് വേരിയബിൾ ഓർഡർ മോട്ടിഫുകൾ
ഡിഎൻഎ നേടിയെടുത്തു

സിനോപ്സിസ്

അന്യഗ്രഹ വേട്ടക്കാരൻ [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

Alien_hunter എന്നത് പുട്ടേറ്റീവ് ഹോറിസോണ്ടൽ ജീൻ ട്രാൻസ്ഫറിന്റെ പ്രവചനത്തിനുള്ള ഒരു ആപ്ലിക്കേഷനാണ്
(HGT) ഇവന്റുകൾ ഇന്റർപോളേറ്റഡ് വേരിയബിൾ ഓർഡർ മോട്ടിഫുകൾ (IVOMs) നടപ്പിലാക്കുന്നു. എ
IVOM സമീപനം വേരിയബിൾ ഓർഡർ മോട്ടിഫ് ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷനുകൾ ഉപയോഗിച്ച് കോമ്പോസിഷണൽ പക്ഷപാതങ്ങളെ ചൂഷണം ചെയ്യുന്നു
നിശ്ചിത ക്രമവുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ ഒരു ശ്രേണിയുടെ പ്രാദേശിക ഘടന കൂടുതൽ വിശ്വസനീയമായി പിടിച്ചെടുക്കുന്നു
രീതികൾ. ഓപ്ഷണലായി പ്രവചനങ്ങൾ 2-സ്റ്റേറ്റ് 2nd ഓർഡർ ഹിഡൻ മാർക്കോവിലേക്ക് പാഴ്‌സ് ചെയ്യാം
മോഡൽ (HMM), ഒരു മാറ്റം-പോയിന്റ് കണ്ടെത്തൽ ചട്ടക്കൂടിൽ, പ്രാദേശികവൽക്കരണം ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യാൻ
പ്രവചിക്കപ്പെട്ട പ്രദേശങ്ങളുടെ അതിരുകൾ. പ്രവചനങ്ങൾ (എംബ്ൽ ഫോർമാറ്റ്) സ്വയമേവ ആകാം
ആർട്ടെമിസ് ജീനോം വ്യൂവറിൽ ലോഡ് ചെയ്‌തത് ഇവിടെ സൗജന്യമായി ലഭ്യമാണ്:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

ഇൻപുട്ട്: റോ ജീനോമിക് സീക്വൻസ് പ്രെഡിക്ഷൻ: ഇന്റർപോളേറ്റഡ് വേരിയബിൾ ഓർഡറിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള HGT മേഖലകൾ
മോട്ടിഫുകൾ (IVOMs) ആർഗ്യുമെന്റുകൾ:


അസംസ്കൃത ജീനോമിക് സീക്വൻസ്


ഔട്ട്പുട്ട് ഡാറ്റയ്ക്കുള്ള ഫയലിന്റെ പേര്

ഓപ്ഷണൽ ആർഗ്യുമെന്റുകൾ:

-a പ്രവചന ഫയൽ ആർട്ടിമിസിലേക്ക് ലോഡ് ചെയ്യാൻ

-c ഒരു ചേഞ്ച്-പോയിന്റ് ഡിറ്റക്ഷൻ 2 സ്റ്റേറ്റ് 2nd ഓർഡർ HMM ഉപയോഗിച്ച് പ്രവചിച്ച അതിരുകൾ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യുക

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ:


embl ഫോർമാറ്റിലുള്ള പ്രവചനങ്ങൾ (ടാബ് ഫയൽ).

.opt
ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്ത (HMM) പ്രവചനങ്ങൾ (ടാബ് ഫയൽ) embl ഫോർമാറ്റിൽ

.പ്ലോട്ട്
ആർട്ടെമിസ് യൂസർ പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിലുള്ള പ്രവചനങ്ങൾ ഗ്രാഫ് -> ആഡ് ഉപയോഗിച്ച് സ്വമേധയാ ലോഡ് ചെയ്യണം
ഉപയോക്തൃ പ്ലോട്ട്...

.opt.പ്ലോട്ട്
ആർട്ടെമിസ് യൂസർ പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിലുള്ള ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്ത (HMM) പ്രവചനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് സ്വമേധയാ ലോഡ് ചെയ്യണം
ഗ്രാഫ് -> ഉപയോക്തൃ പ്ലോട്ട് ചേർക്കുക...

.സ്കോ
എല്ലാ സ്ലൈഡിംഗ് വിൻഡോകളിലെയും സ്കോറുകൾ - സ്കോർ വിതരണ പരിശോധനയ്ക്കായി

കുറിപ്പ്: rRNA ഓപ്പറോണുമായി ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുന്ന പ്രവചനങ്ങൾ നോട്ട് ക്വാളിഫയറിൽ സൂചിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് alien_hunter ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക