അലിമാസ്ക് - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

അലിമാസ്ക് - ഒരു മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റിലേക്ക് മാസ്ക് ലൈൻ ചേർക്കുക

സിനോപ്സിസ്

അലിമാസ്ക് [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

അലിമാസ്ക് നൽകിയിരിക്കുന്നതിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി, ഒരു മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റിലേക്ക് ഒരു മാസ്ക് ലൈൻ പ്രയോഗിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
വിന്യാസം അല്ലെങ്കിൽ മോഡൽ കോർഡിനേറ്റുകൾ. എപ്പോൾ hmmbuild ഇൻപുട്ടായി ഒരു മാസ്ക്ഡ് അലൈൻമെന്റ് സ്വീകരിക്കുന്നു, അത്
മാസ്ക് ചെയ്ത സ്ഥാനങ്ങളിലെ എമിഷൻ പ്രോബബിലിറ്റികൾ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്ന ഒരു പ്രൊഫൈൽ മോഡൽ നിർമ്മിക്കുന്നു
നിരീക്ഷിച്ച ആവൃത്തികളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി സജ്ജീകരിക്കുന്നതിനുപകരം പശ്ചാത്തല ആവൃത്തിയുമായി പൊരുത്തപ്പെടുത്തുന്നതിന്
വിന്യാസം. സ്ഥാനം-നിർദ്ദിഷ്‌ട ഉൾപ്പെടുത്തൽ, ഇല്ലാതാക്കൽ നിരക്കുകൾ എന്നിവയിൽ പോലും മാറ്റം വരുത്തിയിട്ടില്ല
മുഖംമൂടി പ്രദേശങ്ങൾ. അലിമാസ്ക് ഇൻപുട്ട് ഫോർമാറ്റ് സ്വയമേവ കണ്ടെത്തുകയും മാസ്ക് ചെയ്ത വിന്യാസങ്ങൾ നിർമ്മിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു
സ്റ്റോക്ക്ഹോം ഫോർമാറ്റ്. ഒരു സീക്വൻസ് വിന്യാസം മാത്രം അടങ്ങിയിരിക്കാം.

ഒരു പ്രദേശത്തെ ഒരു വിന്യാസത്തിൽ മറയ്ക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു പൊതു പ്രേരണ, മേഖലയിൽ a അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു എന്നതാണ്
തെറ്റായ പോസിറ്റീവിന്റെ അസ്വീകാര്യമായ ഉയർന്ന നിരക്കിന് കാരണമാകുന്നതായി നിരീക്ഷിക്കപ്പെടുന്ന ലളിതമായ ടാൻഡം ആവർത്തനം
ഹിറ്റുകൾ.

ഏറ്റവും ലളിതമായ സാഹചര്യത്തിൽ, ഇൻപുട്ടുമായി ബന്ധപ്പെട്ട കോർഡിനേറ്റുകളിൽ ഒരു മാസ്ക് ശ്രേണി നൽകിയിരിക്കുന്നു
വിന്യാസം, ഉപയോഗിക്കുന്നത് --alirange . എന്നിരുന്നാലും, പ്രദേശം ആകുന്നത് പലപ്പോഴും സംഭവിക്കാറുണ്ട്
പ്രൊഫൈൽ മോഡലുമായി ബന്ധപ്പെട്ട കോർഡിനേറ്റുകളിൽ മുഖംമൂടി തിരിച്ചറിഞ്ഞിട്ടുണ്ട് (ഉദാ. അടിസ്ഥാനമാക്കി
തെറ്റായ ഹിറ്റ് വിന്യാസത്തിലോ HMM ലോഗോയിലോ ഒരു ലളിതമായ ആവർത്തന പാറ്റേൺ തിരിച്ചറിയുന്നു). എല്ലാം അല്ല
അലൈൻമെന്റ് കോളങ്ങൾ പ്രൊഫൈലിലെ സംസ്ഥാന സ്ഥാനങ്ങളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നതിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു (കാണുക --സിംഫ്രാക്
വേണ്ടി പതാക hmmbuild ചർച്ചയ്ക്കായി), അതിനാൽ മോഡൽ സ്ഥാനങ്ങൾ വരെ പൊരുത്തപ്പെടണമെന്നില്ല
വിന്യാസ നിര സ്ഥാനങ്ങൾ. മോഡൽ സ്ഥാനങ്ങൾ പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഭാരം നീക്കംചെയ്യുന്നതിന്
വിന്യാസ സ്ഥാനങ്ങൾ, അലിമാസ്ക് മോഡൽ കോർഡിനേറ്റുകളിലും മാസ്ക് ശ്രേണി ഇൻപുട്ട് സ്വീകരിക്കുന്നു,
ഉപയോഗിച്ച് --മോഡൽ റേഞ്ച് . ഈ പതാക ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ, അലിമാസ്ക് ഏത് വിന്യാസം നിർണ്ണയിക്കുന്നു
സ്ഥാനങ്ങൾ നിർണ്ണയിക്കും hmmbuild മാച്ച് സ്റ്റേറ്റുകൾ പോലെ, അത് ആവശ്യമായ ഒരു പ്രക്രിയ
എല്ലാം hmmbuild ആ തീരുമാനത്തെ ബാധിക്കുന്ന പതാകകൾ വിതരണം ചെയ്യും അലിമാസ്ക്. ഈ കാരണത്താലാണ്
അതിൽ പലതും hmmbuild പതാകകളും ഉപയോഗിക്കുന്നു അലിമാസ്ക്.

ഓപ്ഷനുകൾ

-h സഹായം; കമാൻഡ് ലൈൻ ഉപയോഗത്തിന്റെയും ലഭ്യമായ എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളുടെയും ഒരു ഹ്രസ്വ ഓർമ്മപ്പെടുത്തൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

-o സംഗ്രഹ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിലേക്ക് നയിക്കുക , എന്നതിലുപരി stdout.

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി വ്യക്തമാക്കുന്നത് മാസ്ക്കോടുകൂടിയ റേഞ്ച്

ഒരൊറ്റ മാസ്‌ക് ശ്രേണി ഒരു ഡാഷ്-വേർതിരിക്കപ്പെട്ട ജോഡിയായി നൽകിയിരിക്കുന്നു --മോഡൽ റേഞ്ച് 10-20 ഒപ്പം
ഒന്നിലധികം ശ്രേണികൾ കോമയാൽ വേർതിരിച്ച പട്ടികയായി സമർപ്പിക്കാം, --മോഡൽ റേഞ്ച് 10-20,30-42.

--മോഡൽ റേഞ്ച്
നൽകിയിരിക്കുന്ന ശ്രേണി(കൾ) മോഡൽ കോർഡിനേറ്റുകളിൽ നൽകുക.

--alirange
അലൈൻമെന്റ് കോർഡിനേറ്റുകളിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന ശ്രേണി(കൾ) നൽകുക.

--അപെൻഡ്മാസ്ക്
അലൈൻമെന്റിനൊപ്പം കണ്ടെത്തിയ നിലവിലുള്ള മാസ്കിലേക്ക് ചേർക്കുക. എന്തെങ്കിലും തിരുത്തിയെഴുതുക എന്നതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി
നിലവിലുള്ള മാസ്ക്.

--model2ali
യഥാർത്ഥത്തിൽ മാസ്ക് ചെയ്ത വിന്യാസം നിർമ്മിക്കുന്നതിനുപകരം, മോഡൽ ശ്രേണി(കൾ) പ്രിന്റ് ചെയ്യുക
ഇൻപുട്ട് അലൈൻമെന്റ് ശ്രേണി(കൾ)ക്ക് അനുസൃതമായി

--ali2 മോഡൽ
യഥാർത്ഥത്തിൽ മാസ്ക് ചെയ്ത വിന്യാസം നിർമ്മിക്കുന്നതിനുപകരം, വിന്യാസ ശ്രേണി(കൾ) പ്രിന്റ് ചെയ്യുക
ഇൻപുട്ട് മോഡൽ ശ്രേണി(കൾ) യുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി വ്യക്തമാക്കുന്നത് ദി ആൽഫബെറ്റ്

അക്ഷരമാല തരം (അമിനോ, ഡിഎൻഎ, അല്ലെങ്കിൽ ആർഎൻഎ) സ്വയമേവ കണ്ടുപിടിക്കുന്നു.
യുടെ രചന msafile. ഓട്ടോ ഡിറ്റക്ഷൻ സാധാരണയായി തികച്ചും വിശ്വസനീയമാണ്, പക്ഷേ ഇടയ്ക്കിടെ
അക്ഷരമാല അവ്യക്തമാകാം, സ്വയം കണ്ടെത്തൽ പരാജയപ്പെടാം (ഉദാഹരണത്തിന്, ചെറിയ കളിപ്പാട്ടത്തിൽ
കുറച്ച് അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ വിന്യാസങ്ങൾ). ഇത് ഒഴിവാക്കാൻ, അല്ലെങ്കിൽ ഓട്ടോമേറ്റഡിൽ ദൃഢത വർദ്ധിപ്പിക്കുക
വിശകലന പൈപ്പ്ലൈനുകൾ, നിങ്ങൾക്ക് അക്ഷരമാല തരം വ്യക്തമാക്കാം msafile ഈ ഓപ്ഷനുകൾക്കൊപ്പം.

--അമിനോ
എല്ലാ സീക്വൻസുകളും ഇൻ എന്ന് വ്യക്തമാക്കുക msafile പ്രോട്ടീനുകളാണ്.

--ഡിഎൻഎ എല്ലാ സീക്വൻസുകളും ഇൻ എന്ന് വ്യക്തമാക്കുക msafile ഡിഎൻഎ ആണ്.

--rna എല്ലാ സീക്വൻസുകളും ഇൻ എന്ന് വ്യക്തമാക്കുക msafile RNAകളാണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു പ്രൊഫൈൽ നിർമാണം

ഒരു വിന്യാസത്തിൽ സമവായ നിരകൾ എങ്ങനെ നിർവചിക്കപ്പെടുന്നു എന്നത് ഈ ഓപ്‌ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു.

--വേഗത സമവായ നിരകളെ ഒരു ഭിന്നസംഖ്യ ഉള്ളവയായി നിർവ്വചിക്കുക >= സിംഫ്രാക് എന്ന നിലയിൽ അവശിഷ്ടങ്ങൾ
വിടവുകൾക്ക് എതിരാണ്. (അതിന് താഴെ കാണുക --സിംഫ്രാക് ഓപ്ഷൻ.) ഇതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി.

--കൈ ഒന്നിലധികം റഫറൻസ് വ്യാഖ്യാനം ഉപയോഗിച്ച് അടുത്ത പ്രൊഫൈലിൽ സമവായ നിരകൾ നിർവചിക്കുക
വിന്യാസം. നിങ്ങൾ ഇഷ്ടപ്പെടുന്ന ഏത് സമവായ നിരകളും നിർവചിക്കാൻ ഇത് നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു.

--സിംഫ്രാക്
എപ്പോൾ ഒരു സമവായ കോളം നിർവ്വചിക്കുന്നതിന് ആവശ്യമായ അവശിഷ്ട ഭിന്നസംഖ്യയുടെ പരിധി നിർവചിക്കുക
ഉപയോഗിച്ച് --വേഗത ഓപ്ഷൻ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.5 ആണ്. ഓരോ നിരയിലെയും ചിഹ്ന ഭിന്നസംഖ്യ
ആപേക്ഷിക ശ്രേണി വെയ്റ്റിംഗ് കണക്കിലെടുത്ത്, വിടവ് അവഗണിച്ചതിന് ശേഷം കണക്കാക്കുന്നു
സീക്വൻസ് ശകലങ്ങളുടെ അറ്റങ്ങളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന പ്രതീകങ്ങൾ (ആന്തരികത്തിന് വിപരീതമായി
ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ/ഇല്ലാതാക്കലുകൾ). ഇത് 0.0 ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നത് അർത്ഥമാക്കുന്നത് ഓരോ വിന്യാസ കോളവും ചെയ്യും എന്നാണ്
സമവായമായി നിയോഗിക്കുക, ചില സന്ദർഭങ്ങളിൽ ഇത് ഉപയോഗപ്രദമാകും. ഇത് 1.0 ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നു
0 വിടവുകൾ (ആന്തരിക ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ/ഇല്ലാതാക്കലുകൾ) ഉൾപ്പെടുന്ന നിരകൾ മാത്രമായിരിക്കും എന്നാണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്
സമവായമായി നിയോഗിച്ചു.

--ഫ്രാഗ്രെഷ്
വിന്യസിച്ച ക്രമം അറിയാമെങ്കിൽ മാത്രമേ ഞങ്ങൾ ടെർമിനൽ വിടവുകൾ ഇല്ലാതാക്കലായി കണക്കാക്കൂ
പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ളതായിരിക്കണം, അതൊരു ശകലമാണെങ്കിൽ അല്ല (ഉദാഹരണത്തിന്, കാരണം അതിന്റെ ഒരു ഭാഗം മാത്രം
ക്രമീകരിച്ചു). ശകലങ്ങൾ അനുമാനിക്കാൻ HMMER ഒരു ലളിതമായ നിയമം ഉപയോഗിക്കുന്നു: സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യമാണെങ്കിൽ
L ഒരു ഭിന്നസംഖ്യയേക്കാൾ കുറവോ തുല്യമോ ആണ് നിരകളിലെ വിന്യാസ ദൈർഘ്യത്തിന്റെ ഇരട്ടി,
തുടർന്ന് ക്രമം ഒരു ശകലമായി കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.5 ആണ്. ക്രമീകരണം
--ഫ്രാഗ്രെഷ്0 ഒരു ശകലമായി നോ (ശൂന്യമല്ലാത്ത) ക്രമം നിർവചിക്കും; നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിച്ചേക്കാം
പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള ശ്രദ്ധാപൂർവ്വം ക്യൂറേറ്റ് ചെയ്ത വിന്യാസം നിങ്ങൾക്ക് ലഭിച്ചിട്ടുണ്ടെന്ന് നിങ്ങൾക്കറിയാമെങ്കിൽ ഇത് ചെയ്യുക
ക്രമങ്ങൾ. ക്രമീകരണം --ഫ്രാഗ്രെഷ്1 എല്ലാ സീക്വൻസുകളും ശകലങ്ങളായി നിർവ്വചിക്കും; നിങ്ങൾ ഒരുപക്ഷേ
നിങ്ങളുടെ വിന്യാസം പൂർണ്ണമായും ശകലങ്ങൾ അടങ്ങിയതാണെന്ന് നിങ്ങൾക്കറിയാമെങ്കിൽ ഇത് ചെയ്യാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നു
മെറ്റാജെനോമിക് ഷോട്ട്ഗൺ ഡാറ്റയിൽ ചെറിയ വായനകൾ പരിഭാഷപ്പെടുത്തിയത് പോലെ.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു ആപേക്ഷികം ഭാരം

HMMER, അടുത്ത് ബന്ധപ്പെട്ട സീക്വൻസുകൾ കുറയ്ക്കാൻ ഒരു അഡ്‌ഹോക്ക് സീക്വൻസ് വെയ്റ്റിംഗ് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുന്നു
ഒപ്പം ഉയർന്ന ഭാരവും വിദൂര ബന്ധമുള്ളവയും. ഇത് മോഡലുകളെ പക്ഷപാതപരമായി കുറച്ചുകൊണ്ടുവരുന്നു
അസമമായ ഫൈലോജെനെറ്റിക് പ്രാതിനിധ്യം. ഉദാഹരണത്തിന്, രണ്ട് സമാന ശ്രേണികൾ സാധാരണ ആയിരിക്കും
ഓരോന്നിനും ഒരു ശ്രേണിയുടെ പകുതി ഭാരം ലഭിക്കും. ഈ ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നത്
അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുന്നു.

--wpb Henikoff പൊസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സീക്വൻസ് വെയ്റ്റിംഗ് സ്കീം ഉപയോഗിക്കുക [Henikoff, Henikoff,
ജെ. മോൾ. ബയോൾ. 243:574, 1994]. ഇതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി.

--wgsc Gerstein/Sonnhammer/Chothia വെയ്റ്റിംഗ് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുക [Gerstein et al, J. Mol.
ബയോൾ. 235:1067, 1994].

--wblosum
BLOSUM കണക്കാക്കുന്നതിൽ ഡാറ്റ വെയ്റ്റ് ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിച്ച അതേ ക്ലസ്റ്ററിംഗ് സ്കീം ഉപയോഗിക്കുക
സബ്സിറ്റ്യൂഷൻ മെട്രിക്സ് [ഹെനിക്കോഫ് ആൻഡ് ഹെനിക്കോഫ്, പ്രോസി. നാറ്റ്ൽ. അക്കാഡ്. ശാസ്ത്രം 89:10915, 1992].
സീക്വൻസുകൾ ഒരു ഐഡന്റിറ്റി ത്രെഷോൾഡിൽ ഒറ്റ-ലിങ്കേജ് ക്ലസ്റ്ററാണ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.62; കാണുക
--വിശാലം) കൂടാതെ സി സീക്വൻസുകളുടെ ഓരോ ക്ലസ്റ്ററിനുള്ളിലും, ഓരോ സീക്വൻസിനും ആപേക്ഷിക ഭാരം ലഭിക്കുന്നു
1/c.

--സ്വന്തം
ആപേക്ഷിക ഭാരം ഇല്ല. എല്ലാ സീക്വൻസുകൾക്കും ഏകീകൃത ഭാരം നിശ്ചയിച്ചിരിക്കുന്നു.

--വിശാലം
ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ സിംഗിൾ-ലിങ്കേജ് ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ഉപയോഗിക്കുന്ന ഐഡന്റിറ്റി ത്രെഷോൾഡ് സജ്ജമാക്കുന്നു --wblosum.
മറ്റേതെങ്കിലും വെയ്റ്റിംഗ് സ്കീമിനൊപ്പം അസാധുവാണ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.62 ആണ്.

മറ്റുള്ളവ ഓപ്ഷനുകൾ

--വിവരങ്ങൾ
ഇൻപുട്ട് എന്ന് പ്രഖ്യാപിക്കുക msafile ഫോർമാറ്റിലാണ് . നിലവിൽ അംഗീകരിച്ച ഒന്നിലധികം
അലൈൻമെന്റ് സീക്വൻസ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകളിൽ സ്റ്റോക്ക്ഹോം, അലൈൻഡ് ഫാസ്റ്റ, ക്ലസ്റ്റൽ, എൻസിബിഐ എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു
PSI-BLAST, PHYLIP, Selex, UCSC SAM A2M. യുടെ ഫോർമാറ്റ് സ്വയമേവ കണ്ടെത്തുന്നതാണ് ഡിഫോൾട്ട്
ഫയല്.

--വിത്ത്
റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്റർ ഉപയോഗിച്ച് സീഡ് ചെയ്യുക , ഒരു പൂർണ്ണസംഖ്യ >= 0. എങ്കിൽ പൂജ്യമല്ല, ഏതെങ്കിലും
സ്ഥായിയായ അനുകരണങ്ങൾ പുനർനിർമ്മിക്കാവുന്നതാണ്; അതേ കമാൻഡ് അത് തന്നെ നൽകും
ഫലം. എങ്കിൽ 0 ആണ്, റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്റർ ഏകപക്ഷീയമായി സീഡ് ചെയ്യുന്നു, ഒപ്പം
ഒരേ കമാൻഡിന്റെ റൺ മുതൽ റൺ വരെ സ്റ്റോക്കാസ്റ്റിക് സിമുലേഷനുകൾ വ്യത്യാസപ്പെടും. സ്ഥിരസ്ഥിതി
വിത്ത് 42 ആണ്.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് അലിമാസ്ക് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക