bed2gff3p - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ucsc_genes2gff.pl - UCSC ജീനോം ബ്രൗസർ ഫോർമാറ്റ് ജീൻ ഫയലുകളെ അനുയോജ്യമായ GFF ഫയലുകളാക്കി മാറ്റുക
gbrowse-ലേക്ക് ലോഡുചെയ്യുന്നതിന്

സിനോപ്സിസ്

% uscsc_genes2gff.pl [ഓപ്ഷനുകൾ] ucsc_file1 ucsc_file2...

ഓപ്ഷനുകൾ:

-src ജീനിനായി ഒരു ഉറവിടം തിരഞ്ഞെടുക്കുക, ഡിഫോൾട്ട് "UCSC"
- ഉത്ഭവം ഡിഫോൾട്ടിൽ നിന്നുള്ള നമ്പറിലേക്ക് ആപേക്ഷിക സ്ഥാനം തിരഞ്ഞെടുക്കുക
"1" ആണ്

വിവരണം

UCSC ജീനോമിന്റെ "ടേബിളുകൾ" ലിങ്കിൽ നിന്ന് ലഭ്യമായ ജീൻ ഫയലുകളെ ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് മസാജ് ചെയ്യുന്നു
gbrowse ലോഡുചെയ്യുന്നതിന് അനുയോജ്യമായ ഒരു ഫോമിലേക്ക് ബ്രൗസർ (genome.ucsc.edu). മുന്നറിയിപ്പ്: അത് മാത്രം
ജീൻ ടേബിളുകൾക്കൊപ്പം പ്രവർത്തിക്കുന്നു. EST വിന്യാസങ്ങൾ, രൂപരേഖകൾ, ആവർത്തനങ്ങൾ എന്നിവ പോലുള്ള മറ്റ് പട്ടികകൾ,
പാഴ്‌സ് ചെയ്യുന്നതിന് മറ്റ് സ്‌ക്രിപ്റ്റുകൾ ആവശ്യമായി വരുന്ന സ്വന്തം ഫോർമാറ്റുകൾ ഉണ്ട്.

ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്നതിന്, ഒന്നോ അതിലധികമോ UCSC പട്ടികകൾ നേടുക, ഒന്നുകിൽ "ടേബിളുകൾ" എന്ന ലിങ്കിൽ നിന്ന്
ബ്രൗസർ, അല്ലെങ്കിൽ UCSC ജീനോം ബ്രൗസർ FTP സൈറ്റിൽ നിന്ന്. ആർഗ്യുമെന്റായി പട്ടിക ഫയൽ നൽകുക
ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ്. നിങ്ങൾ ഒരു ഇതര "ഉറവിടം" ഫീൽഡ് നൽകാൻ ആഗ്രഹിച്ചേക്കാം. അല്ലെങ്കിൽ ഇത്
സ്ക്രിപ്റ്റ് ഡിഫോൾട്ടായി "UCSC".

% pucsc_genes2gff.pl -src RefSeq refseq_data.ucsc > refseq.gff

തത്ഫലമായുണ്ടാകുന്ന GFF ഫയൽ പിന്നീട് ഇനിപ്പറയുന്നവ ഉപയോഗിച്ച് ഒരു Bio::DB::GFF ഡാറ്റാബേസിലേക്ക് ലോഡ് ചെയ്യാൻ കഴിയും
കമാൻഡ്:

% bulk_load_gff.pl -d refseq.gff

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനായി bed2gff3p ഉപയോഗിക്കുക