ബയോ-റെയിൻബോ - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

റെയിൻബോ - റെയിൻബോ 2.0.4 നായുള്ള മാനുവൽ പേജ് --[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു], [ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]>

സിനോപ്സിസ്

മഴവില്ല് [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

മഴവില്ല് 2.0.4 -- <[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു], [ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]>

ക്ലസ്റ്റർ

ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്: ജോടിയാക്കിയ fasta/fastq ഫയൽ(കൾ) ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്:
\t \t \t

-1 ഫാസ്റ്റ/ഫാസ്റ്റ്ക് ഫയൽ ഇൻപുട്ട് ചെയ്യുക, ഒന്നിലധികം '-1' പിന്തുണയ്ക്കുന്നു

-2 Fasta/fastq ഫയൽ ഇൻപുട്ട് ചെയ്യുക, ഒന്നിലധികം '-2' പിന്തുണയ്ക്കുന്നു [null]

-l
റീഡ് ലെങ്ത്, ഡിഫോൾട്ട്: 0 വേരിയബിൾ

-m
പരമാവധി പൊരുത്തക്കേടുകൾ [4]

-e
കൃത്യമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന പരിധി [2000]

-L പോളിമോർഫിസത്തിന്റെ താഴ്ന്ന നില

DIV

ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്: \t \t \t ഔട്ട്പുട്ട്
ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്:
\t \t \t [\t ]

-i ഇൻപുട്ട് ഫയൽ [stdin]

-o ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ [stdout]

-k
K_allele, ഒരു പുതിയ ഗ്രൂപ്പ് സൃഷ്‌ടിക്കുന്നതിനുള്ള ചെറിയ വകഭേദങ്ങൾ [2]

-K
K_allele, വേരിയന്റുകളുടെ എണ്ണം ഈ മൂല്യം കവിയുമ്പോൾ ആവൃത്തി പരിഗണിക്കാതെ വിഭജിക്കുക
[50]

-f
ഒരു പുതിയ ഗ്രൂപ്പ് സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനുള്ള ആവൃത്തി, കുറഞ്ഞ വേരിയന്റ് ആവൃത്തി [0.2]

ലയിപ്പിക്കുക

ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്:
\t \t \t [\t ]

-i ഇൻപുട്ട് rbasm ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ [stdin]

-a ഔട്ട്പുട്ട് അസംബ്ലി

-o ലയിപ്പിച്ച കോൺടിഗുകൾക്കുള്ള ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ, ഒരു ക്ലസ്റ്ററിന് ഒരു വരി [stdout]

-N
ലയിപ്പിക്കാനുള്ള വിഭജിത ക്ലസ്റ്ററുകളുടെ പരമാവധി എണ്ണം [300]

-l
രണ്ട് റീഡുകൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുമ്പോൾ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ഓവർലാപ്പ് ('-a' തുറക്കുമ്പോൾ മാത്രമേ സാധുതയുള്ളൂ) [5]

-f
അസംബ്ലി ചെയ്യുമ്പോൾ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സാമ്യം ('-a' തുറക്കുമ്പോൾ മാത്രമേ സാധുതയുള്ളൂ)
[0.90]

-r
കൂട്ടിച്ചേർക്കാനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ റീഡുകളുടെ എണ്ണം ('-a' തുറക്കുമ്പോൾ മാത്രമേ സാധുതയുള്ളൂ) [5]

-R
കൂട്ടിച്ചേർക്കാനുള്ള പരമാവധി എണ്ണം വായനകൾ ('-a' തുറക്കുമ്പോൾ മാത്രമേ സാധുതയുള്ളൂ) [300]

ഉപയോഗം: മഴവില്ല് [ഓപ്ഷനുകൾ]

ക്ലസ്റ്റർ

ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്: ജോടിയാക്കിയ fasta/fastq ഫയൽ(കൾ) ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്:
\t \t \t

-1 ഫാസ്റ്റ/ഫാസ്റ്റ്ക് ഫയൽ ഇൻപുട്ട് ചെയ്യുക, ഒന്നിലധികം '-1' പിന്തുണയ്ക്കുന്നു

-2 Fasta/fastq ഫയൽ ഇൻപുട്ട് ചെയ്യുക, ഒന്നിലധികം '-2' പിന്തുണയ്ക്കുന്നു [null]

-l
റീഡ് ലെങ്ത്, ഡിഫോൾട്ട്: 0 വേരിയബിൾ

-m
പരമാവധി പൊരുത്തക്കേടുകൾ [4]

-e
കൃത്യമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന പരിധി [2000]

-L പോളിമോർഫിസത്തിന്റെ താഴ്ന്ന നില

DIV

ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്: \t \t \t ഔട്ട്പുട്ട്
ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്:
\t \t \t [\t ]

-i ഇൻപുട്ട് ഫയൽ [stdin]

-o ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ [stdout]

-k
K_allele, ഒരു പുതിയ ഗ്രൂപ്പ് സൃഷ്‌ടിക്കുന്നതിനുള്ള ചെറിയ വകഭേദങ്ങൾ [2]

-K
K_allele, വേരിയന്റുകളുടെ എണ്ണം ഈ മൂല്യം കവിയുമ്പോൾ ആവൃത്തി പരിഗണിക്കാതെ വിഭജിക്കുക
[50]

-f
ഒരു പുതിയ ഗ്രൂപ്പ് സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനുള്ള ആവൃത്തി, കുറഞ്ഞ വേരിയന്റ് ആവൃത്തി [0.2]

ലയിപ്പിക്കുക

ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്:
\t \t \t [\t ]

-i ഇൻപുട്ട് rbasm ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ [stdin]

-a ഔട്ട്പുട്ട് അസംബ്ലി

-o ലയിപ്പിച്ച കോൺടിഗുകൾക്കുള്ള ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ, ഒരു ക്ലസ്റ്ററിന് ഒരു വരി [stdout]

-N
ലയിപ്പിക്കാനുള്ള വിഭജിത ക്ലസ്റ്ററുകളുടെ പരമാവധി എണ്ണം [300]

-l
രണ്ട് റീഡുകൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുമ്പോൾ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ഓവർലാപ്പ് ('-a' തുറക്കുമ്പോൾ മാത്രമേ സാധുതയുള്ളൂ) [5]

-f
അസംബ്ലി ചെയ്യുമ്പോൾ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സാമ്യം ('-a' തുറക്കുമ്പോൾ മാത്രമേ സാധുതയുള്ളൂ)
[0.90]

-r
കൂട്ടിച്ചേർക്കാനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ റീഡുകളുടെ എണ്ണം ('-a' തുറക്കുമ്പോൾ മാത്രമേ സാധുതയുള്ളൂ) [5]

-R
കൂട്ടിച്ചേർക്കാനുള്ള പരമാവധി എണ്ണം വായനകൾ ('-a' തുറക്കുമ്പോൾ മാത്രമേ സാധുതയുള്ളൂ) [300]

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനായി ബയോ-റെയിൻബോ ഉപയോഗിക്കുക