bowtie2-align-l - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

bowtie2-align-l - സീക്വൻസിംഗിനെ വിന്യസിക്കുന്നതിനുള്ള അൾട്രാഫാസ്റ്റും മെമ്മറി കാര്യക്ഷമവുമായ ബാക്കെൻഡ് ടൂൾ
ദൈർഘ്യമേറിയ റഫറൻസ് സീക്വൻസുകളിലേക്ക് വായിക്കുന്നു

വിവരണം

ബെൻ ലാങ്‌മീഡിന്റെ ബൗട്ടി 2 പതിപ്പ് 2.2.6 ([ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു], www.cs.jhu.edu/~langmea)

USAGE

bowtie2-align [ഓപ്ഷനുകൾ]* -x {-2 -2 | -U } [-എസ് ]


സൂചിക ഫയൽനാമം പ്രിഫിക്സ് (മൈനസ് ട്രെയിലിംഗ് .X.bt2l). ശ്രദ്ധിക്കുക: Bowtie 1 ഉം Bowtie 2 ഉം
സൂചികകൾ അനുയോജ്യമല്ല.

#1 ഇണകളുള്ള ഫയലുകൾ, ഫയലുകളുമായി ജോടിയാക്കിയിരിക്കുന്നു .

#2 ഇണകളുള്ള ഫയലുകൾ, ഫയലുകളുമായി ജോടിയാക്കിയിരിക്കുന്നു .

ജോടിയാക്കാത്ത വായനകളുള്ള ഫയലുകൾ.

SAM ഔട്ട്‌പുട്ടിനുള്ള ഫയൽ (ഡിഫോൾട്ട്: stdout)

, , കോമയാൽ വേർതിരിച്ച ലിസ്റ്റുകളാകാം (വൈറ്റ്‌സ്‌പെയ്‌സ് ഇല്ല) കൂടാതെ വ്യക്തമാക്കാനും കഴിയും
പല തവണ. ഉദാ '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'.

ഓപ്ഷനുകൾ (സ്ഥിരസ്ഥിതി in പരാൻതീസിസ്)

ഇൻപുട്ട്:
-q അന്വേഷണ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ FASTQ .fq/.fastq ആണ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

--qseq ക്വറി ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ ഇല്ലുമിനയുടെ qseq ഫോർമാറ്റിലാണ്

-f അന്വേഷണ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ (multi-)FASTA .fa/.mfa ആണ്

-r ക്വറി ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ ഓരോ വരിയിലും റോ വൺ സീക്വൻസ് ആണ്

-c , , ഫയലുകളല്ല, ക്രമങ്ങളാണ്

-s/--ഒഴിവാക്കുക
ആദ്യത്തേത് ഒഴിവാക്കുക ഇൻപുട്ടിൽ വായിക്കുന്നു/ജോടിയാക്കുന്നു (ഒന്നുമില്ല)

-u/--വരെ
ആദ്യം ശേഷം നിർത്തുക വായിക്കുന്നു/ജോടികൾ (പരിധിയില്ല)

-5/--ട്രിം5
ട്രിം റീഡുകളുടെ ഇടത് അറ്റത്ത് 5' മുതൽ അടിസ്ഥാനങ്ങൾ (0)

-3/--ട്രിം3
ട്രിം വായനയുടെ വലത് അവസാനം 3' മുതൽ അടിസ്ഥാനങ്ങൾ (0)

--phred33
ഗുണങ്ങൾ Phred+33 (ഡിഫോൾട്ട്)

--phred64
ഗുണങ്ങൾ Phred+64 ആണ്

--int-quals
സ്പെയ്സ്-ഡീലിമിറ്റഡ് പൂർണ്ണസംഖ്യകളായി എൻകോഡ് ചെയ്ത ഗുണങ്ങൾ

പ്രീസെറ്റുകൾ:
സമാനമായത്:

വേണ്ടി --അവസാനം മുതൽ അവസാനം വരെ:

--വളരെ വേഗത്തിൽ -D 5 -R 1 -N 0 -L 22 -i എസ്,0,2.50

--വേഗത -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i എസ്,0,2.50

--സെൻസിറ്റീവ് -D 15 -R 2 -N 0 -L 22 -i എസ്,1,1.15 (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

--വളരെ സെൻസിറ്റീവ് -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i എസ്,1,0.50

വേണ്ടി --പ്രാദേശിക:

--വളരെ-വേഗത-പ്രാദേശിക -D 5 -R 1 -N 0 -L 25 -i എസ്,1,2.00

--വേഗത-പ്രാദേശിക -D 10 -R 2 -N 0 -L 22 -i എസ്,1,1.75

--സെൻസിറ്റീവ്-ലോക്കൽ -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i എസ്,1,0.75 (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

--വളരെ സെൻസിറ്റീവ്-ലോക്കൽ -D 20 -R 3 -N 0 -L 20 -i എസ്,1,0.50

വിന്യാസം:
-N
വിത്ത് വിന്യാസത്തിൽ പരമാവധി # പൊരുത്തക്കേടുകൾ; 0 അല്ലെങ്കിൽ 1 (0) ആകാം

-L
വിത്ത് സബ്സ്ട്രിംഗുകളുടെ നീളം; >3, <32 (22) ആയിരിക്കണം

-i
സീഡ് സബ്‌സ്ട്രിംഗുകൾക്കിടയിലുള്ള ഇടവേള w/r/t റീഡ് ലെൻ (S,1,1.15)

--എൻ-സെയിൽ
aln-ൽ അനുവദനീയമായ പരമാവധി # നോൺ-എ/സി/ജി/ടികൾക്കുള്ള func (L,0,0.15)

--dpad
ഉൾപ്പെടുന്നു ഡിപി ടേബിളിന്റെ വശങ്ങളിൽ അധിക റെഫർ അക്ഷരങ്ങൾ (15)

--gbar
ഉള്ളിലെ വിടവുകൾ അനുവദിക്കരുത് വായന അതിരുകടന്നതിന്റെ ന്യൂക്‌സ് (4)

--അവഗണിക്കുക-ക്വാൾസ്
എല്ലാ ഗുണനിലവാര മൂല്യങ്ങളും ഫ്രെഡ് സ്കെയിലിൽ 30 ആയി കണക്കാക്കുക (ഓഫ്)

--nofw റീഡ് (ഓഫ്) എന്നതിന്റെ ഫോർവേഡ് (യഥാർത്ഥ) പതിപ്പ് അലൈൻ ചെയ്യരുത്

--നോർക്ക് വായനയുടെ (ഓഫ്) റിവേഴ്സ്-കംപ്ലിമെന്റ് പതിപ്പ് വിന്യസിക്കരുത്

--no-1mm-മുന്നോട്ട്
ഒപ്റ്റിമൽ സീഡിനായി സ്കാൻ ചെയ്യാൻ ശ്രമിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് 1 പൊരുത്തക്കേട് വിന്യാസം അനുവദിക്കരുത്
വിന്യാസങ്ങൾ

--അവസാനം മുതൽ അവസാനം വരെ
മുഴുവൻ വായനയും വിന്യസിക്കണം; ക്ലിപ്പിംഗ് ഇല്ല (ഓൺ)

OR

--പ്രാദേശിക
പ്രാദേശിക വിന്യാസം; അറ്റങ്ങൾ മൃദുവായ ക്ലിപ്പ് ആയിരിക്കാം (ഓഫ്)

സ്‌കോറിംഗ്:
--മാ
മാച്ച് ബോണസ് (0-ന് --അവസാനം മുതൽ അവസാനം വരെ, ഇതിനായുള്ള 2 --പ്രാദേശിക)

--mp
പൊരുത്തക്കേടിനുള്ള പരമാവധി പിഴ; കുറഞ്ഞ ക്വാൽ = കുറഞ്ഞ പെനാൽറ്റി (6)

--np
റീഡ്/റെഫറിലെ നോൺ-എ/സി/ജി/ടികൾക്കുള്ള പിഴ (1)

--rdg ,
വായന വിടവ് തുറക്കുക, പിഴകൾ നീട്ടുക (5,3)

--rfg ,
റഫറൻസ് വിടവ് തുറന്നു, പിഴകൾ നീട്ടുക (5,3)

--സ്കോർ-മിനിറ്റ് ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സ്വീകാര്യമായ അലൈൻമെന്റ് സ്കോർ w/r/t റീഡ് ലെങ്ത്
(ലോക്കലിന് G,20,8, അവസാനം മുതൽ അവസാനം വരെ L,-0.6,-0.6)

റിപ്പോർട്ടിംഗ്:
(സ്ഥിരസ്ഥിതി)
MAPQ ഉപയോഗിച്ച് ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങൾക്കായി നോക്കുക, മികച്ചതായി റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക

OR

-k
വരെ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക ഓരോ വായനയ്ക്കും alns; MAPQ അർത്ഥപൂർണ്ണമല്ല

OR

-a/--എല്ലാം
എല്ലാ വിന്യാസങ്ങളും റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക; വളരെ പതുക്കെ, MAPQ അർത്ഥവത്തല്ല

ശ്രമം:
-D
ശേഷം നീട്ടുന്നത് ഉപേക്ഷിക്കുക പരാജയപ്പെട്ടത് തുടർച്ചയായി നീളുന്നു (15)

-R
ആവർത്തിച്ചുള്ള വിത്ത് വായിക്കാൻ, ശ്രമിക്കുക വിത്തുകൾ (2)

ജോടിയാക്കിയ അവസാനം:

-I/--മിനിൻസ്
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ശകലത്തിന്റെ നീളം (0)

-X/--മാക്സിൻസ്
പരമാവധി ശകല ദൈർഘ്യം (500)

--fr/--rf/--ff -1, -2 ഇണകൾ fw/rev, rev/fw, fw/fw (--fr)

--മിശ്രിതമല്ല
ജോടിയാക്കിയ വായനകൾക്കായി ജോടിയാക്കാത്ത അലൈൻമെന്റുകൾ അടിച്ചമർത്തുക

--വിയോജിപ്പില്ല
ജോടിയാക്കിയ വായനകൾക്കായി ഡിസോർഡന്റ് അലൈൻമെന്റുകൾ അടിച്ചമർത്തുക

--നോ-ഡോവെറ്റൈൽ
ഇണകൾ പരസ്പരം നീട്ടുമ്പോൾ യോജിപ്പില്ല

--അടങ്ങിയിട്ടില്ല
ഒരു ഇണയുടെ വിന്യാസത്തിൽ മറ്റൊന്ന് അടങ്ങിയിരിക്കുമ്പോൾ പൊരുത്തപ്പെടുന്നില്ല

--ഓവർലാപ്പ് ഇല്ല
ഇണകൾ ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുമ്പോൾ യോജിപ്പില്ല

ഔട്ട്പുട്ട്:
-t/--സമയം
തിരച്ചിൽ ഘട്ടങ്ങളാൽ എടുത്ത വാൾ-ക്ലോക്ക് സമയം പ്രിന്റ് ചെയ്യുക

--നിശബ്ദമായി
ഗുരുതരമായ പിശകുകളല്ലാതെ stderr-ലേക്ക് ഒന്നും പ്രിന്റ് ചെയ്യരുത്

--met-file
ഫയൽ ചെയ്യാൻ മെട്രിക്‌സ് അയയ്‌ക്കുക (ഓഫ്)

--met-stderr
stderr-ലേക്ക് മെട്രിക്‌സ് അയയ്‌ക്കുക (ഓഫ്)

--കണ്ടുമുട്ടി
ഇന്റേണൽ കൗണ്ടറുകളും മെട്രിക്‌സും റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക സെക്കന്റ് (1)

--no-unal
വിന്യസിക്കാത്ത വായനകൾക്കായി SAM റെക്കോർഡുകൾ അടിച്ചമർത്തുക

--ഇല്ല-തല
ഹെഡർ ലൈനുകൾ അടിച്ചമർത്തുക, അതായത് @ ൽ തുടങ്ങുന്ന വരികൾ

--ഇല്ല-ചതുരശ്ര
@SQ ഹെഡർ ലൈനുകൾ അടിച്ചമർത്തുക

--rg-id
@RG ലൈനിലും RG:Z: opt ഫീൽഡിലും പ്രതിഫലിക്കുന്ന റീഡ് ഗ്രൂപ്പ് ഐഡി സജ്ജമാക്കുക

--ആർജി
ചേർക്കുക ("lab:value") SAM ഹെഡറിന്റെ @RG ലൈനിലേക്ക്. ശ്രദ്ധിക്കുക: @RG ലൈൻ മാത്രം പ്രിന്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു
എപ്പോൾ --rg-id സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു.

--omit-sec-seq
ദ്വിതീയ വിന്യാസങ്ങൾക്കായി SEQ, QUAL ഫീൽഡുകളിൽ '*' ഇടുക.

പ്രകടനം:
-p/--ത്രെഡുകൾ സമാരംഭിക്കാനുള്ള അലൈൻമെന്റ് ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം (1)

--പുനഃക്രമീകരിക്കുക
ഇൻപുട്ട് റീഡുകളുടെ ക്രമം പൊരുത്തപ്പെടുത്തുന്നതിന് SAM ഔട്ട്‌പുട്ട് ഓർഡർ നിർബന്ധിക്കുക

--മില്ലീമീറ്റർ സൂചികയ്ക്കായി മെമ്മറി-മാപ്പ് ചെയ്ത I/O ഉപയോഗിക്കുക; നിരവധി 'ബോട്ടികൾക്ക് പങ്കിടാനാകും

മറ്റുള്ളവ:
--qc-ഫിൽട്ടർ
QSEQ ഫിൽട്ടർ അനുസരിച്ച് മോശമായ വായനകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക

--വിത്ത്
റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്ററിനുള്ള വിത്ത് (0)

--നിർണ്ണായകമല്ലാത്തത് വിത്ത് റാൻഡ്. ജനനം. റീഡ് ആട്രിബ്യൂട്ടുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് പകരം ഏകപക്ഷീയമായി

--പതിപ്പ്
പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ അച്ചടിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

-h/--സഹായം
ഈ ഉപയോഗ സന്ദേശം അച്ചടിക്കുക

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് bowtie2-align-l ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക