bowtie2-build - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

bowtie2-build - bowtie2-build-* എന്നതിനുള്ള റാപ്പർ

സിനോപ്സിസ്

bowtie2-ബിൽഡ് [ഓപ്ഷനുകൾ]*

വിവരണം

ബെൻ ലാങ്‌മീഡിന്റെ ബൗട്ടി 2 പതിപ്പ് 2.2.6 ([ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു], www.cs.jhu.edu/~langmea)

റഫറൻസ്_ഇൻ
റെഫ് സീക്വൻസുകളുള്ള ഫയലുകളുടെ കോമയാൽ വേർതിരിച്ച ലിസ്റ്റ്

bt2_index_base
ഈ dir/അടിസ്ഥാന നാമമുള്ള ഫയലുകളിലേക്ക് bt2 ഡാറ്റ എഴുതുക

*** Bowtie 2 സൂചികകൾ v2-ൽ മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കൂ (v1 അല്ല). അതുപോലെ v1 സൂചികകൾക്കും. ***

ഓപ്ഷനുകൾ

-f റഫറൻസ് ഫയലുകൾ ഫാസ്റ്റയാണ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-c cmd ലൈനിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന റഫറൻസ് സീക്വൻസുകൾ (അതുപോലെ )

--വലിയ സൂചിക
ref 4 ബില്ല്യണിൽ താഴെ ആണെങ്കിൽ പോലും ജനറേറ്റഡ് ഇൻഡക്സ് 'വലുത്' ആകാൻ നിർബന്ധിക്കുന്നു
ഏകകോശ

-a/--noauto
ഓട്ടോമാറ്റിക് പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുക -p/--bmax/--dcv മെമ്മറി-ഫിറ്റിംഗ്

-p/--പാക്ക് ചെയ്തു
പായ്ക്ക് ചെയ്ത സ്ട്രിംഗുകൾ ആന്തരികമായി ഉപയോഗിക്കുക; പതുക്കെ, മെമ്മറി കുറവ്

--bmax
ബ്ലോക്ക്വൈസ് സഫിക്സ്-അറേ ബിൽഡറിനുള്ള പരമാവധി ബക്കറ്റ് sz

--bmaxdivn
പരമാവധി ബക്കറ്റ് sz, ref len ന്റെ വിഭജനം (ഡിഫോൾട്ട്: 4)

--dcv
ബ്ലോക്ക്വൈസിനുള്ള ഡിഫ്-കവർ കാലയളവ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1024)

--nodc ഡിഫ്-കവർ പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുക (അൽഗോരിതം ക്വാഡ്രാറ്റിക് ആയി മാറുന്നു)

-r/--നോറഫ്
.3/.4 സൂചിക ഫയലുകൾ നിർമ്മിക്കരുത്

-3/--justref
.3/.4 സൂചിക ഫയലുകൾ നിർമ്മിക്കുക

-o/--ഓഫ്റേറ്റ്
ഓരോ 2^ലും SA സാമ്പിൾ എടുക്കുന്നു BWT അക്ഷരങ്ങൾ (ഡിഫോൾട്ട്: 5)

-t/--ftabchars
പ്രാരംഭ ലുക്കപ്പിൽ ഉപയോഗിച്ച അക്ഷരങ്ങളുടെ # എണ്ണം (ഡിഫോൾട്ട്: 10)

--വിത്ത്
റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്ററിനുള്ള വിത്ത്

-q/--നിശബ്ദമായി
വെർബോസ് ഔട്ട്പുട്ട് (ഡീബഗ്ഗിംഗിന്)

-h/--സഹായം
ഉപകരണത്തിന്റെയും അതിന്റെ ഓപ്ഷനുകളുടെയും വിശദമായ വിവരണം അച്ചടിക്കുക

--ഉപയോഗം
ഈ ഉപയോഗ സന്ദേശം അച്ചടിക്കുക

--പതിപ്പ്
പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ അച്ചടിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് bowtie2-build ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക